genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95084938--95085025	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
95086772--95086829	23	2.7	22	79	10	66	3	20	1	74	1.06
95091192--95091245	22	2.5	22	81	3	65	20	29	31	18	1.96
95099853--95099904	21	2.4	21	77	3	59	48	0	7	44	1.31
95111171--95111475	46	6.6	46	85	2	362	41	14	24	19	1.89
95111185--95111485	138	2.2	138	86	2	408	41	15	23	19	1.90
95114217--95114325	50	2.2	50	93	0	182	33	5	25	34	1.79
95118374--95118427	14	3.6	14	82	7	54	48	9	0	42	1.35
95123890--95123919	13	2.4	13	94	5	53	26	20	10	43	1.83
95125264--95125289	12	2.2	12	100	0	52	42	0	15	42	1.47
95125816--95125848	16	2.0	17	88	5	50	24	15	21	39	1.91
95127443--95127470	13	2.2	13	100	0	56	64	21	0	14	1.29
95128092--95128188	19	5.2	19	86	8	137	37	11	17	34	1.86
95133362--95133448	1	87.0	1	69	0	57	85	0	12	2	0.70
95133364--95133448	7	11.9	7	82	14	102	84	0	12	2	0.71
95133362--95133448	16	5.4	16	76	16	90	85	0	12	2	0.70
95133362--95133448	23	4.0	21	77	10	86	85	0	12	2	0.70
95134457--95134972	44	11.7	44	75	11	405	29	15	26	28	1.96
95134445--95134928	176	2.8	175	89	0	734	30	15	26	28	1.96
95135031--95136050	134	7.6	134	96	0	1772	33	18	22	26	1.97
95136037--95136185	45	3.3	45	81	1	156	31	13	28	26	1.94
95136546--95136643	19	5.2	19	87	7	137	39	11	14	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95136536--95136643	36	2.9	35	75	20	103	39	11	13	35	1.81
95140234--95140294	32	1.9	32	86	6	88	36	9	3	50	1.52
95145103--95145151	3	16.3	3	95	0	89	65	0	34	0	0.93
95146847--95146978	66	2.0	66	93	0	228	32	18	12	36	1.88
95147086--95147193	43	2.4	44	85	8	139	33	23	20	23	1.97
95147031--95147286	132	1.9	131	83	5	329	35	20	22	21	1.96
95147127--95147333	86	2.4	89	81	4	251	33	21	24	20	1.97
95151992--95152126	43	3.1	44	83	6	184	24	17	29	28	1.97
95152009--95152126	45	2.7	43	84	6	166	26	17	28	27	1.98
95152396--95152593	38	5.2	38	88	3	249	21	22	26	30	1.99
95152586--95152758	45	3.9	45	84	6	210	22	23	29	24	1.99
95152962--95153028	33	2.0	33	97	0	125	32	1	20	44	1.61
95154280--95154335	21	2.6	21	72	13	51	37	7	1	53	1.39
95154271--95154350	19	4.4	18	72	9	56	38	5	3	52	1.41
95157473--95157549	39	2.0	39	94	0	136	33	12	20	32	1.91
95175713--95175774	25	2.5	26	84	5	74	30	19	24	25	1.98
95182880--95183025	21	6.7	21	94	2	193	17	9	54	18	1.69
95189871--95189948	16	4.8	17	74	13	67	37	0	0	62	0.95
95193727--95193772	20	2.3	20	96	0	83	23	26	13	36	1.91
95194401--95194443	20	2.2	19	91	4	68	30	32	6	27	1.83
95195805--95195897	18	5.2	18	92	0	123	29	20	16	34	1.94
95203250--95203307	31	1.9	29	82	6	71	24	15	8	51	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95204326--95204373	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
95204322--95204377	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
95204322--95204373	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
95204649--95204844	30	6.7	30	85	6	278	24	3	47	25	1.66
95204731--95204779	24	2.0	24	100	0	98	28	0	51	20	1.48
95204671--95204839	84	2.0	84	96	0	311	24	2	48	24	1.63
95205594--95205643	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
95205666--95205867	76	2.7	75	87	3	309	34	21	13	30	1.92
95205855--95205881	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
95205869--95207150	73	16.9	73	74	12	941	32	22	17	27	1.96
95205869--95207150	146	8.5	146	83	8	1541	32	22	17	27	1.96
95206166--95206193	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
95205615--95207150	550	2.9	543	90	4	2301	33	22	17	27	1.96
95208098--95208200	48	2.1	48	94	1	179	22	33	13	31	1.93
95222215--95222570	46	7.7	46	92	1	545	24	23	12	38	1.90
95224926--95224993	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
95233333--95233367	14	2.5	14	85	0	52	22	11	2	62	1.41
95233270--95234029	89	8.5	88	74	12	543	27	16	17	37	1.92
95233273--95234030	174	4.2	172	76	12	631	27	16	17	37	1.92
95233594--95233627	16	2.2	15	89	5	50	23	5	0	70	1.09
95233687--95233717	14	2.2	14	100	0	62	19	22	6	51	1.69
95233279--95234030	261	2.8	263	81	8	808	27	16	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95233711--95233905	103	1.9	101	87	4	284	25	17	17	40	1.91
95233875--95233905	13	2.4	13	94	0	53	12	9	6	70	1.31
95233795--95234029	88	2.7	87	86	4	303	26	16	17	39	1.91
95235308--95235350	22	1.9	23	85	4	61	0	41	0	58	0.98
95242157--95242241	38	2.2	39	87	6	120	23	22	25	28	1.99
95245345--95245458	28	3.9	27	72	19	79	25	27	21	26	1.99
95245487--95245542	19	2.8	20	81	2	60	33	21	16	28	1.95
95246844--95246881	19	2.1	19	85	9	53	73	0	15	10	1.09
95249056--95249118	26	2.4	26	79	10	74	9	6	7	76	1.16
95250539--95250620	26	3.2	26	98	0	155	30	6	26	36	1.81
95257742--95257780	20	2.0	20	94	0	69	41	5	10	43	1.61
95259748--95259781	12	2.8	12	95	4	59	47	0	11	41	1.40
95260066--95260162	48	2.0	48	95	0	176	27	7	12	52	1.65
95264528--95264579	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
95266496--95266547	24	2.2	24	82	0	59	53	11	3	30	1.54
95268801--95268856	26	2.2	26	83	0	67	26	23	10	39	1.87
95270006--95270038	5	6.8	5	93	6	59	0	0	18	81	0.68
95270817--95271207	192	2.0	192	97	0	746	32	22	5	39	1.78
95272941--95273003	32	2.0	32	96	0	117	26	26	25	20	1.99
95273184--95273236	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
95273661--95273737	38	2.0	38	97	0	145	37	27	9	25	1.86
95275163--95275246	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95282108--95282234	63	2.0	63	93	3	220	32	12	20	34	1.90
95282477--95282519	12	3.6	11	81	12	50	2	25	2	69	1.12
95283352--95283445	38	2.6	35	81	5	116	32	14	15	36	1.89
95286446--95286515	34	2.1	34	100	0	140	22	14	25	37	1.92
95288407--95288591	92	2.0	93	94	1	327	17	11	14	56	1.67
95289029--95289078	25	2.0	25	100	0	100	28	28	4	40	1.74
95290326--95290363	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
95292263--95292487	46	4.9	46	91	1	317	40	14	22	22	1.90
95293599--95293636	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
95294755--95294780	5	5.2	5	100	0	52	23	57	0	19	1.40
95295935--95295982	18	2.5	19	80	10	62	52	0	0	47	1.00
95306971--95307006	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
95318424--95318517	26	3.7	26	69	21	67	56	2	2	39	1.23
95320407--95320648	41	5.9	41	81	0	286	18	18	26	37	1.93
95320438--95320648	82	2.6	82	90	0	323	18	18	25	37	1.93
95320588--95320715	67	1.9	67	86	0	184	19	15	24	40	1.90
95323733--95323853	57	2.1	57	81	4	145	24	23	6	45	1.76
95325495--95325638	46	3.1	46	72	14	134	29	29	19	21	1.98
95330013--95330183	47	3.7	48	81	6	151	22	32	20	23	1.98
95333654--95333762	54	2.0	54	92	0	182	41	14	8	35	1.76
95338717--95338748	14	2.3	14	100	0	64	56	21	0	21	1.43
95339716--95339907	43	4.5	43	89	0	258	32	18	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95339715--95339907	86	2.2	86	88	0	287	32	18	18	31	1.95
95346962--95346995	18	1.9	18	88	5	52	76	11	0	11	1.02
95347783--95347819	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
95347761--95347819	6	10.2	6	76	10	52	69	3	0	27	1.04
95347821--95347858	19	2.0	20	84	5	51	73	2	7	15	1.17
95366883--95366918	16	2.2	17	90	5	56	58	30	0	11	1.33
95368433--95368530	29	3.4	29	83	6	110	27	15	27	29	1.96
95372291--95372329	20	2.0	19	85	14	53	15	25	35	23	1.94
95372764--95372862	27	3.8	27	73	20	93	17	19	22	41	1.90
95375599--95375699	51	2.0	51	100	0	202	25	9	27	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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