genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82446961--82447079	37	3.2	37	83	2	150	49	11	5	32	1.63
82450767--82450835	19	3.0	25	64	24	69	20	2	31	44	1.66
82450734--82450837	44	2.3	45	95	3	192	22	2	29	45	1.67
82452450--82452487	12	3.2	12	85	3	51	68	5	2	23	1.23
82461566--82461638	20	3.7	20	75	14	69	9	31	21	36	1.86
82464085--82464221	69	2.0	69	81	5	161	33	11	26	28	1.91
82468775--82468809	16	2.2	16	100	0	70	51	0	11	37	1.38
82468701--82469043	90	3.8	90	100	0	686	42	2	20	34	1.65
82468865--82468899	16	2.2	16	100	0	70	51	0	11	37	1.38
82468955--82468989	16	2.2	16	100	0	70	51	0	11	37	1.38
82480511--82480544	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
82481231--82481259	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
82482342--82482534	14	13.3	14	64	13	59	20	1	33	45	1.58
82482374--82482540	7	22.7	7	69	10	57	20	0	33	45	1.56
82482374--82482449	36	2.1	35	85	2	98	22	0	32	44	1.53
82482487--82482528	22	1.9	22	90	0	66	21	0	30	47	1.51
82482894--82482971	41	2.0	39	90	7	122	53	5	3	37	1.41
82484965--82485012	21	2.3	21	85	7	62	41	8	0	50	1.33
82484751--82485211	123	3.8	122	91	3	748	43	8	3	44	1.51
82485211--82485404	9	22.3	9	78	8	163	47	18	0	34	1.52
82485197--82485282	27	3.0	27	77	13	84	46	15	1	37	1.53
82491222--82491406	43	4.3	43	84	2	219	27	17	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82492864--82492923	24	2.5	24	86	0	84	21	3	23	51	1.62
82507252--82507313	12	5.2	12	88	0	79	16	56	0	27	1.40
82507260--82507313	6	9.0	6	95	0	72	16	57	0	25	1.40
82507252--82507312	18	3.4	17	82	10	77	16	57	0	26	1.39
82507787--82507892	55	1.9	55	90	0	167	24	21	12	41	1.87
82517560--82517773	41	5.3	41	85	2	272	39	21	16	22	1.92
82517560--82517757	81	2.5	82	86	2	276	39	19	17	23	1.92
82518507--82518766	127	2.0	127	95	0	466	30	11	13	45	1.78
82518754--82518809	24	2.3	24	93	0	94	14	10	17	57	1.65
82522387--82522452	33	2.0	33	93	0	114	45	15	24	15	1.84
82525066--82525104	18	2.1	19	85	4	53	25	15	15	43	1.86
82526897--82526962	33	2.0	33	93	0	114	43	16	24	15	1.86
82540486--82540686	92	2.2	92	87	2	280	33	19	10	36	1.86
82542270--82542570	146	2.1	146	98	0	584	25	17	23	33	1.97
82551666--82551701	17	2.1	18	89	5	56	58	0	0	41	0.98
82551937--82552816	294	3.0	294	80	5	886	35	13	10	40	1.79
82568089--82568148	32	1.9	31	86	3	84	61	1	5	31	1.27
82568131--82568155	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
82568376--82568436	28	2.3	28	83	13	76	27	1	1	68	1.08
82569308--82570148	3	280.3	3	100	0	1682	0	33	0	66	0.92
82570908--82570963	25	2.2	25	93	0	94	37	7	25	30	1.82
82571101--82571167	19	3.5	19	71	17	57	22	28	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82578867--82578912	23	2.0	23	100	0	92	21	26	17	34	1.95
82582911--82583025	23	5.2	23	80	7	139	17	1	37	43	1.59
82582920--82582979	20	2.8	20	87	7	75	16	1	36	45	1.58
82582920--82583002	43	1.9	43	90	0	130	18	2	36	43	1.63
82584535--82584607	29	2.5	29	84	0	92	19	26	31	23	1.98
82587955--82587979	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
82588212--82588257	20	2.4	19	85	3	56	67	0	2	30	1.03
82588445--82589337	297	3.0	293	80	5	822	35	13	10	41	1.78
82601709--82601762	26	2.1	26	96	0	99	46	11	29	12	1.77
82617632--82617711	9	7.9	9	72	20	52	3	18	2	75	1.07
82617634--82617688	27	2.0	26	83	13	67	1	21	1	74	1.01
82623916--82624105	63	3.0	63	90	0	308	31	23	13	32	1.93
82626416--82626455	21	2.0	21	90	5	64	27	10	20	42	1.83
82627846--82627888	16	2.6	16	85	10	52	51	9	4	34	1.55
82630331--82630424	44	2.2	44	96	1	172	27	11	9	51	1.69
82635957--82636003	20	2.3	21	85	10	62	57	2	0	40	1.11
82637462--82637537	40	1.9	39	84	7	100	31	25	21	22	1.98
82640813--82640847	17	2.1	17	89	5	54	48	0	11	40	1.39
82647267--82647311	18	2.5	18	78	7	56	37	2	17	42	1.62
82652338--82652371	6	5.7	6	92	0	59	2	0	44	52	1.16
82655479--82655533	28	2.0	28	85	0	74	25	14	16	43	1.86
82661707--82661761	15	3.7	15	75	22	53	14	3	7	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82662653--82662703	20	2.4	21	83	6	59	13	39	27	19	1.90
82664554--82664606	16	3.2	16	82	12	56	50	0	7	41	1.30
82671849--82672000	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
82671849--82672025	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
82683319--82683352	16	2.2	15	89	5	50	23	0	0	76	0.79
82688641--82688691	21	2.4	21	93	0	84	31	37	7	23	1.83
82695381--82695461	8	9.6	8	75	17	67	58	2	1	38	1.20
82695387--82695445	18	3.3	18	75	17	59	59	1	1	37	1.18
82695374--82695461	43	2.0	43	82	4	106	59	3	2	35	1.27
82695380--82695445	28	2.5	26	87	7	89	60	1	1	36	1.15
82697125--82697158	11	3.1	11	95	0	59	26	14	29	29	1.95
82697610--82697660	11	4.8	11	77	15	54	60	0	1	37	1.08
82697606--82697650	18	2.4	18	75	17	56	66	0	0	33	0.92
82697628--82697661	12	2.9	12	91	4	52	55	0	2	41	1.15
82702200--82702237	19	2.0	20	89	5	60	0	26	18	55	1.43
82702202--82702245	19	2.3	19	84	4	52	2	29	18	50	1.59
82704426--82705506	46	23.7	46	98	0	1953	33	15	21	29	1.94
82706084--82706135	25	2.1	25	92	0	86	1	23	23	51	1.58
82706107--82706143	19	1.9	19	88	0	56	0	21	21	56	1.42
82708152--82708192	16	2.8	14	86	13	64	58	9	7	24	1.55
82708159--82708191	16	2.1	16	100	0	66	57	12	6	24	1.57
82710172--82710237	18	3.7	18	97	0	123	34	13	12	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82710662--82710834	72	2.4	72	83	5	242	27	6	12	54	1.61
82712890--82712953	13	4.9	13	80	0	83	35	23	7	32	1.84
82712890--82712953	26	2.5	26	86	0	101	35	23	7	32	1.84
82721577--82721611	11	3.3	10	92	8	52	74	0	0	25	0.82
82721577--82721611	5	6.6	5	87	12	52	74	0	0	25	0.82
82721577--82721611	16	2.2	16	90	10	54	74	0	0	25	0.82
82723053--82723161	44	2.5	44	81	3	130	32	21	17	29	1.96
82723133--82723254	45	2.7	45	79	0	109	28	26	17	27	1.97
82723263--82723395	45	3.0	45	88	0	194	29	22	17	30	1.96
82723366--82723426	31	2.0	31	100	0	122	32	22	22	21	1.98
82723321--82723546	76	3.0	76	92	1	355	32	22	17	27	1.96
82723435--82723504	31	2.3	31	89	0	104	32	18	20	28	1.96
82723489--82724221	45	15.8	45	78	7	612	34	22	12	30	1.91
82723482--82724221	90	8.0	90	81	9	725	34	22	12	30	1.91
82723489--82724221	135	5.3	135	82	6	863	34	22	12	30	1.91
82723619--82723747	66	2.0	66	96	0	240	39	18	11	30	1.86
82723404--82724107	201	3.3	206	83	7	842	34	21	13	30	1.91
82723574--82723795	111	2.0	111	97	0	417	38	19	10	31	1.86
82723529--82723837	156	2.0	156	96	0	573	37	21	10	30	1.87
82723688--82724205	180	2.9	180	95	0	903	33	22	13	31	1.93
82725505--82725538	5	7.0	5	86	6	52	0	20	0	79	0.73
82725503--82725539	19	1.9	19	100	0	74	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82727375--82727408	16	2.1	17	88	5	52	29	14	11	44	1.81
82728747--82728780	16	2.1	16	88	0	50	41	23	17	17	1.90
82742570--82742602	12	2.8	12	82	17	50	24	48	12	15	1.78
82746463--82746513	24	2.2	25	86	10	72	39	29	1	29	1.68
82747738--82747895	83	1.9	84	82	4	201	32	21	17	28	1.96
82747795--82748271	45	10.8	45	77	5	452	27	23	18	30	1.98
82747815--82748271	135	3.4	134	84	3	516	26	24	18	30	1.98
82765567--82765625	25	2.4	25	79	0	73	44	11	18	25	1.84
82774102--82774153	21	2.5	20	76	14	52	36	5	3	53	1.43
82786957--82787075	44	2.7	44	75	5	123	30	22	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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