genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29206184--29206286	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
29206206--29206291	46	1.9	44	90	4	136	29	24	13	32	1.94
29209435--29209461	13	2.1	13	100	0	54	18	7	22	51	1.70
29213314--29213358	15	3.1	15	77	3	56	62	13	13	11	1.55
29217165--29217189	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
29226774--29226824	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
29231447--29231497	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
29233135--29233167	12	2.6	13	90	4	50	45	9	9	36	1.68
29236142--29236175	15	2.3	15	94	0	59	38	41	11	8	1.73
29239309--29239368	26	2.4	25	81	8	70	66	1	0	31	1.01
29251580--29251621	2	21.0	2	85	0	57	57	0	0	42	0.99
29251580--29251617	8	4.8	8	96	0	67	57	0	0	42	0.98
29259044--29259085	17	2.5	17	92	0	66	57	9	26	7	1.56
29262025--29262603	284	2.0	286	98	1	1126	42	8	10	38	1.71
29264142--29264186	22	2.0	22	95	0	81	46	20	4	28	1.69
29272642--29272698	20	2.9	19	82	12	71	52	3	3	40	1.35
29293325--29293423	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
29295839--29295978	43	3.3	43	81	2	156	35	16	17	30	1.93
29312832--29312869	17	2.2	17	100	0	76	18	36	7	36	1.80
29315599--29315771	43	4.0	43	70	11	147	23	17	26	33	1.96
29318725--29318763	18	2.1	19	90	4	62	30	7	12	48	1.69
29334500--29334540	13	3.2	13	86	10	50	14	7	0	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29334519--29334547	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
29334547--29334576	5	5.8	5	92	7	51	60	0	0	40	0.97
29338795--29338970	49	3.6	49	74	9	146	28	18	27	25	1.98
29345286--29345392	54	2.0	54	94	0	187	27	19	14	38	1.91
29347897--29347949	25	2.1	25	82	0	61	60	7	7	24	1.50
29351044--29351668	212	3.0	210	89	2	934	41	17	18	23	1.90
29354954--29355038	43	2.0	43	97	0	161	41	10	9	38	1.72
29357470--29357505	12	3.0	12	91	0	54	33	11	0	55	1.35
29362911--29362950	20	2.1	20	86	9	57	50	7	15	27	1.70
29366692--29366745	27	2.0	27	96	0	99	42	18	24	14	1.88
29366847--29366976	47	2.8	47	87	0	179	20	17	28	33	1.96
29378318--29378361	15	3.1	13	84	12	52	31	4	0	63	1.14
29378699--29378895	90	2.2	90	100	0	394	27	14	20	37	1.91
29389532--29389586	28	2.0	28	88	0	83	29	14	29	27	1.95
29390016--29390058	21	2.0	22	86	4	61	39	4	23	32	1.75
29390820--29390991	66	2.6	66	100	0	344	25	1	24	48	1.58
29399454--29400293	70	12.0	70	100	0	1680	34	18	22	24	1.96
29403613--29403653	17	2.4	17	87	4	55	12	36	26	24	1.91
29408243--29408276	12	2.9	12	91	4	52	82	2	0	14	0.79
29416452--29416571	56	2.1	56	96	3	224	45	9	22	22	1.80
29417702--29417887	40	4.7	40	83	2	205	25	21	26	25	1.99
29417756--29417920	80	2.1	79	82	5	199	27	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29419584--29419628	21	2.1	21	83	0	54	26	42	22	8	1.83
29421954--29422032	24	3.3	24	73	16	83	50	0	11	37	1.38
29421940--29422046	47	2.3	47	93	3	180	56	1	8	33	1.40
29421935--29422062	47	2.5	52	79	17	167	59	2	7	31	1.37
29422281--29422323	21	2.0	22	86	13	63	72	0	4	23	1.04
29422392--29422447	29	1.9	29	96	0	103	32	23	19	25	1.98
29423619--29424375	87	8.7	87	70	14	468	27	19	18	33	1.96
29423754--29424375	175	3.6	175	92	1	1032	27	19	18	34	1.95
29436685--29436743	16	3.9	15	78	17	59	64	1	1	32	1.13
29437149--29437191	21	2.0	22	86	13	63	72	0	4	23	1.04
29439807--29440821	47	21.6	47	97	0	1877	29	29	8	32	1.87
29447208--29447315	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29454141--29454248	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29483668--29483693	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
29494226--29494279	27	2.0	27	82	7	65	42	5	5	46	1.50
29506314--29506384	36	2.0	35	94	0	115	28	14	22	33	1.93
29509314--29509360	25	2.0	24	87	8	69	34	4	14	46	1.64
29510285--29510325	16	2.6	16	92	0	64	70	0	29	0	0.87
29510758--29510783	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
29519919--29519957	18	2.2	18	100	0	78	38	12	5	43	1.65
29533856--29534037	48	3.8	48	81	5	197	24	29	20	25	1.99
29533904--29534117	48	4.5	48	81	0	221	24	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29533856--29534117	96	2.7	96	79	2	285	24	29	19	25	1.98
29537426--29537461	11	3.3	11	88	0	54	86	0	11	2	0.68
29537426--29537461	16	2.2	16	90	5	54	86	0	11	2	0.68
29539241--29539285	22	2.0	22	87	8	65	44	0	0	55	0.99
29542444--29542482	18	2.1	19	85	4	53	69	0	10	20	1.17
29543999--29544170	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
29543992--29544165	46	3.8	46	78	14	205	29	29	20	20	1.98
29543995--29544186	46	4.2	46	72	20	143	29	28	19	21	1.98
29552699--29552755	28	2.0	29	82	3	71	64	5	1	28	1.25
29555657--29555693	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
29560231--29560326	26	3.5	26	67	15	66	41	2	3	53	1.28
29561407--29561461	20	2.7	21	84	13	71	54	1	0	43	1.10
29562524--29562549	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
29574757--29574854	28	3.4	27	73	20	83	27	26	17	28	1.98
29574750--29574901	60	2.5	60	80	7	157	28	24	18	28	1.98
29576204--29576245	22	1.9	22	90	0	66	71	2	19	7	1.20
29586509--29586632	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
29586509--29586743	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
29586594--29586770	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
29592424--29592484	29	2.1	29	93	0	104	26	11	8	54	1.64
29599516--29599576	27	2.2	27	80	8	70	55	0	9	34	1.33
29601019--29601057	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29603176--29603211	17	2.1	17	100	0	72	25	16	27	30	1.97
29604702--29604732	14	2.2	14	100	0	62	25	25	32	16	1.96
29604799--29604896	19	5.2	19	91	7	155	36	10	17	35	1.84
29604818--29604874	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
29604799--29604896	36	2.6	37	88	9	144	36	10	17	35	1.84
29611875--29611917	19	2.3	19	91	0	68	23	2	0	74	0.93
29613693--29613732	21	1.9	21	85	10	55	22	10	10	57	1.61
29630159--29630193	18	2.0	17	88	5	52	60	8	2	28	1.41
29630631--29630669	14	2.7	15	84	4	53	48	0	0	51	1.00
29631319--29631368	11	4.5	11	78	7	57	24	30	2	44	1.65
29631319--29631368	22	2.3	22	89	6	75	24	30	2	44	1.65
29631577--29631601	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
29632393--29632420	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
29633372--29633421	25	1.9	27	88	8	77	54	6	4	36	1.44
29635708--29635743	18	2.0	18	88	0	54	22	25	0	52	1.47
29636303--29636473	90	1.9	88	87	7	247	37	15	7	39	1.76
29637830--29637859	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
29639529--29639587	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
29641085--29641123	18	2.2	18	86	4	53	23	23	0	53	1.46
29641477--29641529	21	2.7	19	81	16	63	67	3	0	28	1.07
29641475--29641538	22	2.9	22	84	15	80	70	4	0	25	1.06
29643672--29643742	23	3.2	21	77	15	72	26	14	1	57	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29647678--29647723	21	2.2	20	88	3	65	63	8	0	28	1.24
29654288--29654339	22	2.4	22	87	6	70	23	3	3	69	1.22
29655043--29655074	16	2.0	16	100	0	64	31	31	0	37	1.58
29655980--29656045	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
29658590--29659031	125	3.4	125	76	7	337	38	18	15	27	1.91
29660339--29660389	18	2.7	18	84	6	57	74	5	15	3	1.16
29669045--29669087	20	2.2	19	84	12	52	53	4	6	34	1.49
29673685--29673729	13	3.3	15	76	17	53	31	22	6	40	1.80
29674234--29674270	18	2.0	19	89	5	58	64	8	0	27	1.21
29674388--29674429	19	2.2	19	100	0	84	61	4	9	23	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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