genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  91  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30315670--30315815	27	5.4	27	83	3	186	26	22	8	41	1.83
30315847--30315970	27	4.6	26	74	11	88	41	20	7	30	1.79
30315982--30316033	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
30316961--30317055	25	3.8	25	92	0	154	25	24	23	27	2.00
30316961--30317082	25	5.0	24	85	7	90	27	22	22	27	2.00
30316961--30317080	50	2.4	50	83	5	118	26	23	23	26	2.00
30317203--30317294	42	2.2	42	94	0	157	28	11	21	38	1.89
30321395--30321432	18	2.1	19	90	5	60	15	23	0	60	1.35
30322992--30323175	48	3.8	48	87	1	253	30	17	22	29	1.97
30326264--30326530	27	9.9	27	71	12	115	26	21	17	33	1.96
30326279--30326530	26	9.4	26	69	16	106	26	20	18	34	1.96
30328506--30328531	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
30333560--30333607	20	2.3	21	82	13	55	50	2	45	2	1.25
30334095--30334126	15	2.3	15	89	10	50	6	21	40	31	1.78
30336429--30336466	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
30349863--30349914	18	2.9	18	94	0	86	36	13	9	40	1.77
30350334--30350670	72	4.7	72	92	3	509	24	5	16	54	1.62
30354897--30354932	3	12.0	3	87	0	54	30	2	36	30	1.72
30363173--30363210	19	2.1	18	95	5	67	47	5	0	47	1.24
30363249--30363299	26	2.0	25	85	11	68	56	11	0	31	1.35
30363249--30363299	25	2.0	26	85	11	70	56	11	0	31	1.35
30367764--30367804	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30370462--30370512	26	1.9	26	84	11	68	45	1	13	39	1.55
30371643--30371689	24	1.9	25	86	4	69	12	6	31	48	1.66
30371658--30371752	40	2.4	39	82	7	109	14	15	27	42	1.86
30371766--30371989	110	2.1	107	82	4	261	25	19	24	30	1.98
30372675--30372922	128	1.9	129	90	0	399	37	19	16	27	1.93
30375491--30375946	176	2.6	176	82	5	507	23	23	19	34	1.97
30375511--30375968	87	5.2	87	83	6	480	23	22	20	33	1.97
30383909--30383948	21	1.9	21	85	10	55	17	30	10	42	1.82
30387493--30387798	128	2.5	124	81	6	368	35	20	17	26	1.95
30397539--30397584	6	7.5	6	87	4	65	19	2	2	76	1.00
30397539--30397584	19	2.5	19	89	3	67	19	2	2	76	1.00
30397546--30397594	25	2.0	25	83	0	62	20	4	2	73	1.10
30412523--30412758	116	2.0	116	90	0	364	19	18	20	40	1.91
30417553--30417662	55	2.0	54	91	1	175	20	24	22	31	1.97
30423603--30423751	59	2.5	59	98	1	289	22	24	26	26	2.00
30426497--30426525	13	2.1	14	93	6	51	65	0	6	27	1.18
30428793--30428820	12	2.3	12	100	0	56	78	0	7	14	0.95
30428805--30428856	20	2.5	21	80	20	65	67	1	7	23	1.27
30428907--30428931	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
30455596--30455629	17	2.0	17	88	0	50	61	2	0	35	1.11
30465847--30465871	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
30468636--30468679	10	4.1	10	78	16	52	54	29	4	11	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30469435--30469576	42	3.3	41	79	11	133	33	24	16	25	1.95
30469467--30469576	44	2.6	42	80	12	125	34	24	17	23	1.96
30476843--30476876	2	17.0	2	93	0	59	47	50	2	0	1.16
30476883--30476926	16	2.6	18	75	14	56	34	22	0	43	1.54
30477108--30477206	42	2.3	41	81	11	119	33	22	17	27	1.96
30477120--30477201	42	1.9	43	87	7	123	32	23	18	25	1.97
30477097--30477246	43	3.5	42	80	9	135	31	24	18	26	1.97
30488996--30489021	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
30489045--30489135	41	2.2	40	84	3	110	42	20	17	18	1.89
30489136--30489249	41	2.8	41	93	0	192	31	24	25	18	1.97
30489366--30489446	41	2.0	41	92	0	135	32	27	23	17	1.97
30489176--30489562	197	2.0	197	96	2	724	39	21	14	25	1.90
30489625--30489700	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
30493447--30493486	21	2.0	20	85	5	53	12	7	17	62	1.52
30493446--30493830	133	2.9	133	99	0	761	20	10	18	51	1.74
30495245--30496250	160	6.3	160	99	0	2003	35	13	12	39	1.82
30496579--30496618	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
30496200--30497165	460	2.1	460	99	0	1914	35	11	11	42	1.76
30497039--30497078	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
30497095--30497235	70	2.0	70	98	0	273	32	12	14	40	1.83
30497350--30498424	537	2.0	537	99	0	2141	41	12	5	40	1.65
30504160--30504363	44	4.7	43	78	5	194	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30504248--30504451	43	4.7	43	80	5	225	31	23	20	25	1.98
30504204--30504390	87	2.1	87	87	3	261	25	22	21	29	1.99
30507659--30507795	42	3.2	44	80	5	145	29	16	21	32	1.96
30507991--30508029	19	2.0	20	85	14	55	46	0	15	38	1.46
30508172--30508208	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
30520634--30520701	25	2.6	27	79	11	79	23	26	10	39	1.87
30523086--30523118	15	2.1	16	94	5	59	15	18	6	60	1.54
30524649--30524717	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
30525705--30525819	33	3.3	33	69	19	108	26	6	22	43	1.78
30525666--30525875	71	2.9	71	97	0	393	27	9	20	42	1.82
30526070--30526097	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
30526180--30526256	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
30526196--30526235	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
30526184--30526250	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
30526219--30526258	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
30543032--30543086	21	2.6	22	81	13	62	38	18	1	41	1.61
30547790--30547823	6	5.7	6	86	13	52	82	0	2	14	0.79
30548289--30548367	9	8.6	9	77	16	56	34	0	3	62	1.14
30548289--30548367	19	4.3	18	79	17	74	34	0	3	62	1.14
30548300--30548458	39	4.1	39	72	9	128	31	0	6	61	1.22
30548626--30548658	15	2.1	16	88	5	50	42	6	9	42	1.61
30554825--30555199	38	8.9	38	71	20	252	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30554858--30555154	47	6.7	47	76	13	324	30	15	23	30	1.95
30554901--30555188	85	3.4	85	99	0	567	29	15	25	29	1.96
30558437--30558477	15	2.7	15	80	0	55	17	14	12	56	1.68
30560323--30560603	69	4.1	69	80	3	278	22	18	22	36	1.95
30566405--30566535	41	3.2	41	85	0	163	25	19	29	24	1.99
30567483--30567773	144	2.0	144	95	0	528	33	23	18	24	1.97
30573135--30573160	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
30577399--30577510	59	1.9	57	92	3	188	29	5	17	47	1.70
30577850--30577894	17	2.6	17	96	0	81	28	6	11	53	1.61
30582152--30582216	33	1.9	35	81	6	80	38	3	3	55	1.31
30582439--30582483	23	2.0	23	86	8	65	40	0	8	51	1.33
30584024--30584068	20	2.4	19	82	10	56	42	2	15	40	1.59
30590575--30590654	40	2.0	39	85	2	106	50	6	28	13	1.66
30592659--30592715	28	2.0	28	100	0	114	45	19	10	24	1.81
30597452--30597481	8	3.8	8	90	0	51	40	20	10	30	1.85
30599363--30599418	29	1.9	29	100	0	112	28	12	7	51	1.65
30600545--30600584	19	2.1	19	85	0	53	7	10	15	67	1.41
30600928--30600985	28	2.1	28	83	0	71	67	3	5	24	1.27
30601323--30601352	14	2.1	14	100	0	60	36	6	6	50	1.55
30601433--30601473	19	2.2	19	86	8	57	63	2	0	34	1.08
30602907--30602975	18	3.8	18	76	14	61	27	1	5	65	1.24
30603124--30603197	31	2.4	31	79	0	85	45	10	16	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30607980--30608069	26	3.5	25	70	8	65	48	26	0	24	1.51
30623998--30624062	28	2.4	28	76	10	80	47	13	13	24	1.80
30625202--30625343	40	3.5	40	84	1	176	26	16	24	31	1.97
30626770--30626815	24	1.9	24	82	8	58	41	0	28	30	1.56
30632804--30632911	41	2.7	39	79	9	119	22	13	28	35	1.92
30632804--30632952	40	3.7	41	78	4	142	22	14	28	34	1.93
30635674--30635724	25	2.0	25	100	0	102	43	0	23	33	1.54
30636332--30636368	18	2.0	19	89	5	58	48	0	2	48	1.15
30637270--30637344	37	2.0	38	89	2	116	26	21	25	26	1.99
30640865--30640914	19	2.5	20	81	18	61	56	6	0	38	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313