genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  213  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65494786--65495027	28	8.6	28	87	1	270	40	14	21	23	1.90
65509858--65510009	75	2.0	75	80	2	169	36	4	15	43	1.67
65510395--65510491	40	2.4	40	92	0	167	24	18	22	34	1.96
65510899--65510972	31	2.4	31	90	0	112	27	13	17	41	1.87
65519884--65519952	16	3.9	16	68	26	50	36	0	13	50	1.41
65519969--65520316	119	2.9	119	87	2	477	35	2	11	50	1.50
65524312--65524434	38	3.2	39	76	11	105	41	17	7	33	1.78
65524621--65524711	41	2.2	41	88	2	128	21	27	19	30	1.98
65545348--65545372	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
65546450--65546566	43	2.8	42	74	8	112	26	17	23	33	1.96
65557502--65557635	56	2.4	56	96	0	241	26	16	25	32	1.96
65559007--65559047	18	2.3	18	91	4	66	43	0	14	41	1.45
65561781--65561862	41	2.0	41	90	0	128	28	26	10	34	1.90
65564939--65564996	27	2.1	27	80	0	62	31	12	15	41	1.84
65566547--65566768	46	4.8	46	84	9	299	20	19	30	29	1.97
65571085--65571123	18	2.2	18	90	4	62	58	0	7	33	1.26
65574206--65574373	46	3.6	45	78	12	180	29	28	20	22	1.98
65574207--65574377	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
65585757--65585810	15	3.6	15	73	9	56	12	25	29	31	1.93
65589978--65590127	28	5.3	28	86	1	183	28	33	12	26	1.93
65589999--65590127	56	2.3	57	91	1	206	27	34	12	26	1.92
65593416--65593492	36	2.1	36	85	4	102	28	9	27	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65596258--65596319	30	2.1	30	96	0	115	40	20	9	29	1.84
65596263--65596317	16	3.6	15	71	28	53	41	20	9	29	1.82
65598451--65598667	40	5.5	40	84	3	244	26	29	22	22	1.99
65601485--65601577	39	2.4	39	92	0	150	22	29	20	27	1.98
65609423--65609554	39	3.4	39	89	0	192	22	27	19	30	1.98
65614905--65614962	7	8.3	7	88	0	71	39	37	3	18	1.68
65618958--65619123	86	1.9	85	82	8	203	36	25	13	24	1.92
65633400--65633444	23	1.9	24	82	13	58	40	22	15	22	1.91
65642684--65642722	2	20.0	2	84	5	53	43	0	5	51	1.24
65646112--65646340	48	4.8	48	70	11	166	27	18	25	27	1.98
65647280--65647311	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
65647433--65647490	29	2.0	29	93	0	98	63	20	3	12	1.42
65655665--65655715	19	2.5	20	71	9	50	56	1	1	39	1.22
65656369--65656407	11	3.5	11	85	0	60	2	0	20	76	0.90
65657132--65657186	28	1.9	29	85	10	78	30	0	0	69	0.89
65659006--65659070	28	2.3	28	80	15	64	29	3	1	66	1.16
65659048--65659113	28	2.4	27	77	7	78	28	1	0	69	0.97
65659028--65659091	19	3.3	20	72	22	57	29	1	1	67	1.09
65659609--65659634	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
65663825--65663885	24	2.6	24	84	2	88	42	8	3	45	1.50
65666397--65666611	46	4.6	48	80	5	226	29	19	27	23	1.98
65666404--65666611	94	2.2	92	87	5	292	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65666631--65666760	49	2.7	48	85	3	163	30	20	27	22	1.98
65668455--65668673	46	4.7	46	81	9	266	30	27	19	22	1.98
65673489--65673617	66	1.9	67	81	12	156	33	14	31	20	1.93
65674986--65675064	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
65675183--65675345	47	3.5	47	88	0	227	26	30	9	33	1.88
65680316--65680492	70	2.5	70	100	0	354	38	10	19	30	1.86
65683631--65683870	120	2.0	120	95	0	435	32	28	17	21	1.96
65688964--65689612	343	1.9	343	90	1	1034	23	23	20	32	1.98
65689940--65689987	18	2.7	18	78	9	62	39	16	2	41	1.60
65695590--65695625	16	2.2	16	95	0	63	41	5	25	27	1.77
65695607--65695695	45	2.0	44	91	6	144	32	4	25	37	1.76
65695870--65695980	20	5.8	20	65	23	60	58	2	0	37	1.18
65697920--65697984	32	2.0	32	100	0	130	26	33	6	33	1.81
65705484--65705535	18	2.7	19	77	14	54	40	5	19	34	1.75
65706146--65706215	31	2.3	31	83	16	101	30	0	5	64	1.17
65706438--65706523	35	2.5	35	90	0	136	25	26	18	29	1.98
65707704--65707751	25	1.9	25	83	8	62	56	16	6	20	1.62
65708603--65708777	9	19.4	9	84	2	208	39	23	12	24	1.89
65708879--65708922	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
65712387--65712429	19	2.4	17	78	14	50	37	11	2	48	1.52
65712392--65712429	19	2.0	19	94	0	67	34	10	2	52	1.50
65713166--65713202	19	1.9	19	94	0	65	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65713166--65713212	19	2.5	19	85	0	58	53	2	2	42	1.25
65717534--65717603	24	3.0	23	78	2	68	25	8	18	47	1.77
65741897--65741986	20	4.2	20	76	15	74	10	25	14	50	1.74
65741952--65742025	30	2.5	29	75	16	71	9	21	14	54	1.69
65741953--65742025	20	3.7	20	74	7	53	9	21	15	53	1.70
65749964--65750124	27	6.0	27	82	0	187	22	18	18	40	1.91
65749962--65750125	54	3.0	54	81	0	211	23	17	17	40	1.90
65749975--65750130	81	1.9	81	88	0	231	22	17	17	42	1.89
65752043--65752118	22	3.4	22	83	1	71	46	32	5	15	1.69
65752058--65752199	23	6.2	22	72	13	92	40	35	5	18	1.74
65752058--65752199	48	3.1	45	79	15	155	40	35	5	18	1.74
65752058--65752270	93	2.3	94	83	4	263	42	33	4	19	1.72
65752225--65752271	23	2.1	22	92	4	76	42	34	2	21	1.65
65762556--65762732	43	4.1	43	81	2	221	23	18	27	31	1.97
65762568--65762733	86	1.9	86	88	0	251	24	18	27	29	1.98
65763623--65763668	23	2.0	23	86	0	65	41	26	4	28	1.74
65772327--65772361	18	1.9	18	88	0	52	8	22	8	60	1.54
65777335--65777393	18	3.2	19	77	17	61	64	3	8	23	1.37
65777340--65777394	20	2.8	19	76	10	58	67	1	7	23	1.26
65777603--65777634	17	1.9	16	93	6	55	53	3	0	43	1.16
65777846--65777898	27	2.0	27	88	7	81	64	5	5	24	1.38
65786477--65786507	13	2.4	13	100	0	62	6	61	0	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65786459--65786516	18	3.5	17	75	22	61	3	60	0	36	1.14
65786458--65786516	31	1.9	31	92	0	100	3	61	0	35	1.13
65789014--65789090	14	5.0	15	71	20	52	41	15	10	32	1.81
65793305--65793367	28	2.3	27	83	8	81	38	1	3	57	1.24
65793817--65794165	114	3.1	113	94	1	619	25	23	26	24	2.00
65794093--65794206	41	2.8	41	91	0	183	19	19	33	28	1.96
65793977--65794319	154	2.2	154	92	1	562	23	21	28	26	1.99
65793870--65794432	267	2.1	268	92	1	923	24	22	27	26	2.00
65794138--65794609	113	4.2	113	90	2	685	24	21	26	27	1.99
65794138--65794609	227	2.1	228	87	2	682	24	21	26	27	1.99
65794529--65794668	74	1.9	73	89	1	217	26	22	22	28	1.99
65794405--65794795	188	2.1	188	85	1	534	25	22	23	28	1.99
65794600--65794856	115	2.2	114	86	0	352	27	22	23	26	2.00
65799155--65799205	21	2.4	21	83	0	57	35	13	45	5	1.68
65799115--65799276	87	1.9	87	90	0	261	40	17	28	14	1.88
65799127--65799317	87	2.2	86	83	5	224	41	17	28	12	1.86
65799707--65799732	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
65799663--65799775	56	2.0	57	89	1	174	33	21	24	20	1.97
65799720--65799812	43	2.2	43	94	0	159	33	19	23	23	1.97
65799972--65800823	53	16.1	53	100	0	1704	33	15	9	41	1.79
65806795--65806914	60	2.0	60	91	0	195	36	11	10	40	1.77
65806799--65806942	60	2.4	60	82	2	155	39	9	11	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65813197--65813223	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
65813464--65813622	50	3.2	50	78	6	162	25	21	30	22	1.99
65824950--65825100	41	3.6	41	83	6	178	29	13	19	36	1.91
65826530--65826583	22	2.5	22	87	6	74	18	22	16	42	1.89
65829050--65829091	17	2.5	17	96	3	77	35	9	0	54	1.33
65837632--65837674	4	10.5	4	85	5	59	69	0	0	30	0.88
65837634--65837674	21	2.0	21	90	0	64	70	0	0	29	0.87
65840333--65840357	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
65840289--65840505	41	5.0	41	79	13	215	37	0	0	60	1.09
65840312--65840492	52	3.7	51	79	18	242	35	1	1	61	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313