genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14523766--14523812	19	2.4	19	92	3	76	17	8	4	70	1.29
14530814--14530983	46	3.7	46	84	4	202	24	26	17	31	1.97
14532213--14532253	22	1.9	21	85	5	55	48	24	2	24	1.63
14532378--14532426	21	2.3	22	75	13	57	38	12	2	46	1.53
14534742--14534827	24	3.6	24	77	0	82	43	17	17	22	1.88
14542053--14542133	42	1.9	42	82	5	101	23	33	24	18	1.97
14544108--14544180	38	1.9	38	94	0	128	28	28	15	27	1.96
14544153--14544282	48	2.7	47	83	4	172	29	23	16	31	1.96
14549308--14549479	93	1.8	93	89	0	272	28	31	19	20	1.97
14549300--14549475	46	3.8	46	77	12	189	29	30	19	20	1.97
14549876--14549933	30	1.9	30	82	6	73	29	29	5	36	1.79
14551413--14551442	15	2.1	15	93	6	53	66	0	33	0	0.92
14564158--14564239	6	13.3	6	71	19	62	47	14	18	19	1.82
14564167--14564239	31	2.4	31	90	0	110	47	13	19	19	1.82
14564376--14564477	27	3.8	26	83	5	114	36	21	23	18	1.95
14564636--14564700	22	3.0	21	80	8	67	32	23	24	20	1.98
14565127--14565348	27	8.3	27	86	0	284	24	20	19	35	1.96
14565332--14565565	27	8.7	27	78	6	138	31	9	21	37	1.85
14565388--14565672	81	3.5	80	82	4	297	30	9	21	39	1.84
14565441--14565672	27	8.6	27	83	0	295	30	8	20	40	1.83
14565388--14565672	54	5.3	54	84	1	295	30	9	21	39	1.84
14568888--14569136	68	3.8	64	80	8	234	25	27	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14569538--14569593	28	2.0	28	96	0	103	35	17	5	41	1.73
14572557--14572732	46	3.8	46	71	14	155	23	17	27	31	1.97
14575655--14575697	15	2.9	15	82	0	59	13	18	11	55	1.68
14575594--14575800	97	2.2	97	92	1	346	13	15	17	53	1.74
14575752--14575801	15	3.4	15	80	2	57	10	16	12	62	1.55
14578192--14578367	46	3.8	46	76	12	171	21	22	27	28	1.99
14578188--14578360	93	1.9	93	90	0	274	21	22	28	27	1.99
14581202--14581233	16	2.0	16	93	0	55	25	21	18	34	1.96
14586027--14586068	14	2.9	15	75	7	50	42	4	14	38	1.66
14588964--14588993	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
14593292--14593378	43	2.0	43	82	12	108	24	19	29	26	1.98
14599279--14599335	29	2.0	29	82	3	71	47	14	8	29	1.74
14602051--14602200	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
14602075--14602258	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
14605068--14605118	7	7.1	7	78	12	59	41	0	15	43	1.47
14607204--14607285	27	3.1	26	87	8	103	35	20	24	19	1.96
14608213--14608288	37	2.1	37	94	0	134	42	3	26	27	1.73
14616963--14617097	70	1.9	70	92	0	225	36	18	13	31	1.89
14622776--14622932	43	3.6	43	86	0	215	23	27	22	26	2.00
14626279--14626428	64	2.2	65	81	8	167	32	17	28	22	1.96
14626303--14626474	67	2.7	64	77	7	195	29	17	29	24	1.97
14629068--14629153	27	3.2	26	82	8	93	34	20	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14632288--14632379	43	2.1	43	82	11	109	22	19	30	27	1.98
14638778--14638832	29	1.9	29	81	3	67	47	16	9	27	1.76
14638966--14639025	30	2.0	31	86	3	86	45	15	20	20	1.86
14642034--14642118	15	5.7	15	70	19	54	4	23	3	68	1.25
14642094--14642148	21	2.7	21	78	16	62	7	21	0	70	1.11
14644475--14644531	29	2.0	29	82	3	71	47	14	8	29	1.74
14647033--14647208	50	3.5	49	80	3	154	27	18	26	27	1.98
14647031--14647222	49	3.9	49	78	2	177	28	18	26	27	1.98
14647223--14647326	52	2.0	52	98	0	199	29	17	22	30	1.96
14651285--14651934	163	4.0	163	98	0	1237	34	12	24	28	1.91
14653150--14653203	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
14653437--14653625	50	3.8	49	81	1	198	26	19	25	28	1.98
14657658--14657787	60	2.2	59	83	8	156	26	24	19	29	1.98
14662011--14662147	60	2.3	60	82	8	154	27	24	18	29	1.98
14665359--14665461	37	2.8	37	93	0	170	23	31	21	24	1.99
14665611--14665799	50	3.8	50	95	1	319	31	25	6	36	1.82
14665611--14665799	98	1.9	98	92	2	315	31	25	6	36	1.82
14669146--14669934	40	19.7	40	99	0	1533	27	32	20	20	1.97
14670079--14670152	37	2.0	37	97	0	139	32	22	4	40	1.73
14671244--14671345	37	2.8	37	90	1	161	25	30	19	24	1.98
14671486--14672451	48	20.0	48	99	0	1833	31	27	6	35	1.82
14675874--14676914	40	26.0	40	97	0	1886	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14676968--14677042	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
14683144--14683618	237	2.0	237	100	0	950	26	29	13	30	1.94
14695039--14695217	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
14695041--14695196	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
14695037--14695217	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
14702980--14703131	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
14702980--14703131	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
14708012--14708189	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14708013--14708168	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14708009--14708189	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14710736--14710783	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
14710819--14710865	20	2.3	20	92	0	76	31	12	21	34	1.91
14710914--14711034	24	5.0	24	87	7	165	28	20	22	28	1.99
14710914--14711043	49	2.7	47	85	8	163	31	19	22	26	1.97
14711228--14711288	31	2.0	31	86	0	86	31	14	27	26	1.95
14719363--14719499	60	2.3	59	82	8	152	24	25	21	28	1.99
14719492--14719537	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
14721906--14721942	19	2.0	19	89	5	58	21	2	10	64	1.37
14734625--14734739	27	4.3	26	84	3	140	38	23	22	15	1.92
14736138--14736237	24	4.2	24	92	0	146	25	41	2	32	1.67
14741018--14741098	23	3.4	23	84	6	92	24	24	22	28	1.99
14741005--14741116	23	4.7	23	77	13	86	28	24	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14741242--14741285	20	2.2	20	95	0	79	27	4	22	45	1.72
14748191--14748308	46	2.5	47	82	11	145	23	25	20	30	1.98
14750876--14750985	42	2.6	42	81	2	132	29	25	16	29	1.97
14753983--14754304	28	11.5	28	95	0	547	34	25	11	28	1.91
14758749--14758919	46	3.7	45	77	9	164	26	28	15	29	1.96
14758705--14758919	94	2.3	94	79	4	211	25	27	17	29	1.98
14758796--14758919	48	2.7	46	83	7	153	27	26	15	30	1.96
14761241--14761354	45	2.6	44	81	8	126	29	28	18	23	1.98
14763358--14763573	108	2.0	108	98	0	414	37	27	7	27	1.84
14767005--14767320	157	2.0	157	99	0	623	29	10	29	29	1.91
14767306--14767402	27	3.6	27	90	2	140	26	12	28	31	1.93
14767306--14767415	27	4.0	27	85	4	105	29	11	26	32	1.92
14773399--14773478	39	2.1	39	100	0	160	45	17	2	35	1.62
14777440--14777478	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
14777857--14777891	17	2.1	17	89	5	54	51	17	5	25	1.67
14782251--14782376	47	2.6	47	86	7	171	23	19	28	28	1.98
14784713--14784830	41	2.9	40	77	8	123	33	28	13	24	1.93
14788110--14788282	48	3.6	48	85	4	199	35	27	17	19	1.95
14788891--14788926	17	2.1	17	94	0	63	33	2	11	52	1.51
14790799--14790864	21	3.1	21	93	0	114	33	37	18	10	1.85
14797871--14797913	19	2.3	19	84	4	61	46	4	4	44	1.45
14800421--14800458	19	2.0	19	85	10	51	21	21	36	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14800676--14800860	27	7.0	27	77	3	160	39	19	9	31	1.84
14800676--14800844	53	3.2	53	81	9	175	40	17	9	31	1.82
14800678--14800830	80	1.9	80	83	2	200	41	16	9	32	1.80
14800842--14800944	27	3.8	27	86	0	161	33	23	19	23	1.97
14801090--14801173	27	3.2	27	77	14	77	25	21	19	34	1.96
14801122--14801189	26	2.6	27	80	4	75	22	22	22	33	1.97
14801358--14801449	33	2.8	33	86	1	123	26	21	26	26	2.00
14806184--14806364	27	6.7	26	78	5	146	40	19	10	29	1.85
14806184--14806364	54	3.4	53	80	11	181	40	19	10	29	1.85
14806184--14806376	81	2.4	80	85	2	260	39	20	10	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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