genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15290832--15290857	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
15298076--15298111	3	12.3	3	94	5	65	30	0	0	69	0.89
15310710--15310781	35	2.0	37	86	5	103	11	6	23	58	1.56
15313684--15313750	27	2.5	27	85	4	82	38	19	26	14	1.91
15316172--15316258	39	2.2	39	97	0	165	26	27	24	21	1.99
15320032--15320083	28	1.9	27	84	7	70	38	21	1	38	1.64
15320041--15320096	28	2.0	28	82	6	69	39	17	1	41	1.60
15320242--15320418	57	3.1	57	86	3	239	27	20	7	44	1.78
15321801--15321838	18	2.1	18	85	9	51	23	7	18	50	1.73
15323786--15323829	20	2.3	19	85	11	63	54	0	2	43	1.12
15344084--15344314	112	2.1	112	98	0	444	30	28	12	29	1.93
15344457--15344521	32	2.0	32	96	0	121	38	23	6	32	1.79
15344463--15344542	32	2.5	32	86	8	92	41	20	5	33	1.74
15350958--15351010	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
15351019--15351071	27	1.9	27	85	11	72	28	9	9	52	1.64
15377828--15377900	28	2.7	26	80	15	78	46	0	1	52	1.09
15381703--15381817	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
15381703--15381836	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
15387440--15387477	14	2.7	15	84	12	53	13	18	0	68	1.21
15387451--15387476	7	3.7	7	100	0	52	15	15	0	69	1.20
15388262--15388308	23	2.0	23	87	8	67	61	0	4	34	1.15
15395909--15396032	61	2.0	61	96	0	230	29	22	6	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15402303--15402480	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
15402304--15402454	82	1.9	81	88	4	232	27	15	27	29	1.96
15405026--15405055	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
15407933--15408011	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
15407917--15408530	47	13.1	47	93	0	978	32	8	30	28	1.88
15417323--15417364	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
15418605--15418763	49	3.2	50	85	6	200	30	27	17	25	1.97
15420716--15420759	21	2.1	21	95	0	79	40	20	13	25	1.89
15430125--15430190	33	2.0	33	100	0	132	18	9	33	39	1.82
15431528--15431746	80	2.8	77	80	6	233	26	27	21	24	1.99
15431567--15431694	40	3.2	40	96	0	229	27	28	21	22	1.99
15443872--15444048	51	3.5	51	88	4	243	27	15	30	27	1.96
15446798--15447013	47	4.6	47	77	12	196	22	30	19	27	1.98
15446798--15447061	47	5.6	47	77	9	195	22	29	19	28	1.98
15446798--15447061	140	1.9	141	85	3	372	22	29	19	28	1.98
15449550--15449617	18	3.8	18	80	3	84	44	10	22	23	1.83
15449553--15449621	35	1.9	36	88	2	104	44	10	21	23	1.82
15449934--15450073	27	5.2	27	83	2	165	38	19	14	27	1.90
15449934--15450085	81	1.9	81	84	0	205	40	18	13	27	1.89
15451655--15452518	40	21.5	40	96	1	1572	29	25	20	24	1.99
15457079--15458139	47	22.5	47	96	0	1890	29	31	8	30	1.87
15464765--15464897	63	2.1	63	95	1	239	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15465784--15466003	40	5.4	40	81	8	241	26	25	23	24	2.00
15472081--15472213	59	2.4	54	79	15	130	26	15	23	35	1.94
15472081--15472213	54	2.3	58	81	11	152	26	15	23	35	1.94
15477382--15477445	24	2.6	25	80	9	80	21	14	29	34	1.93
15479151--15479333	89	2.1	89	97	0	348	38	15	19	26	1.91
15480827--15481061	118	2.0	118	98	0	452	32	14	22	30	1.94
15483181--15483437	94	2.7	94	97	0	487	29	10	18	41	1.83
15485117--15485586	94	5.0	94	98	0	904	30	10	19	39	1.85
15485615--15485678	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
15487033--15487139	55	1.9	55	98	0	205	44	17	10	27	1.81
15487335--15487371	17	2.1	18	85	14	51	54	0	10	35	1.36
15489779--15490031	126	2.0	126	94	0	443	35	13	10	40	1.79
15495790--15495862	36	2.0	36	94	0	128	21	1	23	53	1.54
15500621--15500661	20	2.1	19	86	4	55	31	17	7	43	1.76
15506488--15506532	20	2.2	20	96	0	81	24	15	17	42	1.88
15520328--15520402	9	8.3	9	96	0	141	24	21	21	33	1.97
15527246--15527275	14	2.1	14	100	0	60	26	0	33	40	1.57
15528515--15528593	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
15528712--15532884	47	88.7	47	99	0	8195	29	29	8	31	1.87
15551942--15552003	30	2.1	30	100	0	124	32	20	9	37	1.86
15554845--15554892	13	3.5	13	74	20	53	10	20	39	29	1.86
15554838--15554898	28	2.2	28	96	0	113	16	22	37	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15558802--15558846	21	2.1	21	100	0	90	46	4	22	26	1.70
15563289--15563481	100	1.9	101	87	1	280	29	24	14	31	1.95
15563419--15563499	35	2.3	35	79	8	92	25	30	14	28	1.95
15571538--15571610	25	2.9	24	83	4	83	24	20	20	34	1.97
15573642--15573826	40	4.7	40	85	3	223	24	25	25	23	2.00
15594127--15594232	40	2.7	40	88	1	151	25	28	23	22	1.99
15600124--15600166	22	1.9	23	90	4	70	25	53	0	20	1.46
15602345--15602656	49	6.6	47	74	12	180	29	18	26	25	1.98
15602332--15602656	142	2.3	139	82	6	366	28	18	27	26	1.98
15604608--15604757	75	2.0	75	96	2	275	40	12	29	18	1.87
15605113--15605252	38	3.7	38	87	0	190	21	18	22	37	1.94
15605125--15605282	76	2.1	78	87	2	230	20	18	23	37	1.94
15611617--15611644	14	2.0	14	100	0	56	7	14	28	50	1.69
15611634--15611757	38	3.2	38	84	2	158	20	18	25	35	1.95
15616831--15616886	21	2.7	21	88	0	85	23	26	35	14	1.93
15618064--15618173	49	2.2	50	87	4	152	21	28	21	28	1.99
15618209--15618375	46	3.6	46	76	9	151	22	28	19	28	1.98
15625583--15625709	46	2.7	47	92	1	220	24	14	27	33	1.94
15628398--15628474	40	1.9	40	91	0	127	40	24	16	18	1.91
15634462--15634581	43	2.9	41	74	14	100	23	20	27	28	1.99
15636555--15636687	51	2.6	51	78	0	149	41	12	6	39	1.69
15641876--15642079	35	5.8	34	80	1	201	43	19	8	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15641876--15642076	105	1.9	105	81	6	246	43	19	8	28	1.81
15646410--15646479	35	2.0	35	94	0	122	24	14	22	38	1.91
15652860--15652909	25	2.0	25	92	0	82	12	28	20	40	1.87
15660297--15660554	26	10.0	26	70	9	141	27	23	16	32	1.96
15660323--15660500	52	3.5	51	77	6	162	26	23	16	33	1.96
15660457--15660568	52	2.2	52	83	6	138	25	25	15	33	1.95
15660482--15660563	26	3.1	26	81	6	103	23	23	17	36	1.94
15663975--15664146	42	4.0	42	72	6	130	31	16	24	26	1.96
15664303--15664380	41	1.9	41	97	0	147	41	12	20	25	1.88
15666646--15666684	20	2.0	20	84	0	51	43	7	15	33	1.75
15673645--15673697	3	18.0	3	88	11	83	66	0	1	32	1.03
15689163--15689219	20	2.9	20	89	7	82	14	29	33	22	1.93
15690541--15690746	47	4.4	47	89	0	286	27	30	8	33	1.87
15692994--15693090	40	2.5	39	78	8	110	29	28	24	16	1.97
15695599--15695713	28	4.2	26	80	12	113	36	22	21	19	1.95
15695599--15695713	57	2.1	54	82	8	133	36	22	21	19	1.95
15697131--15697201	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
15697712--15697742	11	2.7	12	90	10	55	38	0	0	61	0.96
15699022--15699050	13	2.2	13	100	0	58	27	13	37	20	1.91
15707114--15707142	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
15707674--15707836	42	3.9	42	81	1	191	31	16	23	27	1.96
15707673--15707836	85	1.9	84	85	1	220	31	16	23	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15707674--15707855	85	2.2	84	80	3	195	30	16	24	28	1.96
15712729--15712796	34	2.0	34	100	0	136	26	5	14	52	1.64
15716021--15716087	20	3.3	20	93	0	116	40	10	17	31	1.84
15716013--15716087	40	1.9	38	91	5	123	40	9	17	33	1.81
15716137--15716297	26	6.3	26	85	5	197	27	18	22	31	1.97
15723591--15723659	34	2.0	34	91	0	111	31	17	28	21	1.96
15724223--15724299	9	7.8	10	69	16	54	38	9	18	33	1.82
15724222--15724316	20	4.8	20	88	5	133	38	9	17	33	1.82
15724241--15724316	11	7.5	11	66	16	56	39	10	18	31	1.85
15724230--15724316	40	2.2	40	93	4	149	39	10	18	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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