genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95899124--95899285	85	1.9	84	82	7	202	19	33	32	13	1.91
95899404--95899428	13	1.9	13	100	0	50	24	16	56	4	1.57
95899460--95899532	24	3.1	24	86	2	103	16	35	38	9	1.81
95905569--95905689	58	2.1	59	88	1	181	25	20	23	30	1.98
95907767--95907850	36	2.3	36	78	8	100	34	34	5	25	1.80
95909058--95909107	11	5.0	10	81	16	59	24	38	26	12	1.90
95909057--95909098	21	2.0	22	90	4	68	26	38	23	11	1.90
95909368--95909488	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
95909522--95909572	24	2.1	24	81	0	57	19	33	33	13	1.91
95911876--95911945	31	2.3	29	80	9	77	35	4	4	55	1.39
95911887--95911944	30	1.9	31	85	3	82	36	3	5	55	1.39
95920869--95921139	44	5.9	45	70	16	119	33	21	20	25	1.97
95920901--95921139	45	5.2	45	73	13	164	33	21	21	24	1.97
95920864--95921147	143	2.0	143	85	2	383	33	21	20	25	1.97
95935157--95935222	26	2.6	25	81	6	80	25	13	12	48	1.77
95935698--95935722	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
95941595--95941650	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
95942050--95942102	25	2.1	25	89	6	81	22	24	16	35	1.95
95945343--95945375	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
95956309--95956341	15	2.1	16	88	5	50	33	15	0	51	1.43
95958033--95958109	40	1.9	39	84	10	102	40	29	12	16	1.86
95964415--95964540	63	2.0	64	95	4	229	53	14	11	20	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95964518--95964567	5	9.8	5	97	2	91	80	0	18	2	0.82
95964894--95964997	53	2.0	53	90	3	165	22	16	7	53	1.67
95967238--95967298	28	2.2	29	82	8	81	24	3	4	67	1.26
95985404--95985534	49	2.7	48	82	3	163	24	27	19	29	1.98
95986372--95986421	20	2.6	19	84	9	57	36	22	0	42	1.54
95987361--95987456	48	2.0	48	97	0	183	22	30	12	34	1.91
95989240--95989307	32	2.1	33	83	5	84	35	13	17	33	1.89
95990725--95990780	23	2.5	23	82	8	71	26	19	21	32	1.97
95997085--95997110	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
96000717--96000835	46	2.6	46	88	5	177	31	28	19	21	1.97
96002019--96002178	43	3.7	42	75	10	135	33	25	16	25	1.96
96002028--96002185	86	1.8	86	83	5	212	33	24	15	25	1.95
96004509--96004533	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
96028381--96028538	43	3.7	43	78	4	149	24	18	25	32	1.97
96028509--96028571	29	2.2	29	83	8	76	22	15	31	30	1.95
96054702--96054726	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
96061578--96061656	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
96061775--96062062	47	6.1	47	91	1	450	27	30	9	31	1.88
96069285--96069309	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
96073629--96073670	21	2.0	21	90	0	66	30	26	16	26	1.97
96076013--96076073	28	2.2	27	85	2	86	27	24	24	22	2.00
96076450--96076523	27	2.7	27	87	4	105	20	17	17	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96077609--96077708	50	2.0	50	98	0	191	26	18	23	33	1.97
96078973--96079197	75	3.0	75	99	0	441	36	5	25	32	1.79
96081471--96081498	14	2.0	14	100	0	56	50	14	14	21	1.78
96088923--96088969	22	2.1	22	96	0	85	38	8	17	36	1.80
96092248--96092324	36	2.1	36	80	4	84	32	16	1	49	1.54
96104136--96104182	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
96113332--96113595	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
96122186--96122447	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
96127072--96127333	40	6.6	40	94	1	411	25	26	22	25	2.00
96136301--96136356	21	2.7	21	77	5	60	23	26	33	16	1.95
96140435--96140484	25	1.9	27	88	8	77	72	14	14	0	1.14
96140804--96140850	22	2.1	22	88	7	69	70	0	27	2	0.99
96140806--96140855	25	1.9	27	88	8	77	70	0	28	2	0.99
96140819--96140854	17	2.1	17	89	0	54	72	0	27	0	0.85
96143532--96143929	131	3.0	132	82	2	460	34	18	19	27	1.95
96144266--96144295	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
96150533--96151219	146	4.7	145	91	3	1071	27	5	7	59	1.47
96153764--96153920	64	2.5	63	95	2	287	40	3	10	45	1.55
96154416--96154555	72	1.9	72	85	0	190	34	17	23	24	1.96
96156492--96157387	146	6.1	143	90	4	1341	27	5	7	58	1.48
96156492--96157387	291	3.1	288	89	4	1372	27	5	7	58	1.48
96157383--96157411	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96157553--96157581	5	6.0	5	96	4	51	79	0	0	20	0.74
96157869--96157908	12	3.2	12	89	3	62	0	22	0	77	0.77
96157863--96157900	18	2.1	18	90	0	58	0	26	0	73	0.83
96157872--96157907	6	5.8	6	87	6	54	0	19	0	80	0.71
96158058--96158102	22	2.0	22	100	0	90	13	26	42	17	1.86
96159548--96159723	88	2.0	88	92	0	289	32	6	21	39	1.79
96161906--96161949	22	2.0	22	95	0	79	34	4	22	38	1.75
96161909--96161957	22	2.2	22	88	0	71	36	4	20	38	1.72
96164906--96164949	22	2.0	22	95	0	79	34	4	22	38	1.75
96164909--96164957	22	2.2	22	88	0	71	36	4	20	38	1.72
96170052--96170080	13	2.1	14	93	6	51	17	0	0	82	0.66
96171610--96171705	21	4.7	19	73	15	77	46	0	3	50	1.17
96173574--96173688	46	2.5	46	81	7	126	26	18	29	25	1.98
96176007--96176184	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96176008--96176163	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
96176004--96176184	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96176089--96176195	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
96184068--96184244	27	6.5	27	82	7	180	27	15	27	29	1.96
96184069--96184224	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
96184065--96184244	82	2.2	81	82	3	218	27	15	27	29	1.96
96185384--96186042	324	2.0	324	98	0	1273	27	22	27	23	1.99
96186104--96186144	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96190468--96191155	177	3.9	176	80	6	630	28	24	17	29	1.97
96190670--96190939	86	3.1	84	65	17	194	29	22	18	29	1.98
96190511--96191168	172	3.7	178	81	5	671	29	24	17	29	1.97
96192285--96192428	54	2.7	53	82	10	186	15	25	18	40	1.89
96204171--96204670	177	2.8	179	85	3	680	28	24	18	28	1.98
96208943--96209009	21	3.2	21	82	4	73	20	29	20	28	1.98
96216054--96216192	40	3.5	39	82	5	138	27	22	25	25	2.00
96216074--96216190	40	3.0	40	85	6	141	26	23	26	23	2.00
96216396--96216420	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
96221123--96221186	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
96221401--96221542	23	6.1	23	94	0	239	30	19	21	28	1.98
96221593--96221659	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
96221593--96221648	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
96231684--96231727	22	2.0	22	86	0	61	59	4	0	36	1.18
96234282--96234306	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
96234470--96234560	15	6.6	14	71	22	52	73	3	19	3	1.11
96234475--96234556	30	2.9	28	74	12	78	73	3	20	2	1.11
96234504--96234560	30	1.9	30	85	7	80	73	1	22	1	1.02
96234793--96234820	13	2.2	13	100	0	56	17	0	25	57	1.41
96240115--96240151	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
96244314--96244360	17	2.6	18	83	6	51	25	17	23	34	1.96
96245832--96246051	45	5.0	45	87	2	295	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96254559--96254614	25	2.2	25	93	0	94	12	7	25	55	1.62
96258457--96258515	21	2.7	21	86	5	82	64	3	28	3	1.26
96273911--96273942	9	3.6	9	100	0	64	43	0	0	56	0.99
96273901--96273944	18	2.5	17	82	10	61	40	0	2	56	1.11
96280835--96280878	21	2.0	23	86	8	65	47	9	6	36	1.62
96281694--96281723	13	2.2	14	94	5	53	43	0	13	43	1.43
96283285--96283318	17	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
96285460--96285548	39	2.2	40	84	5	110	39	4	4	51	1.42
96291331--96291357	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
96291601--96291702	28	3.6	28	72	7	82	30	4	14	50	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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