genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83636715--83636776	3	20.3	3	75	21	58	64	3	1	30	1.19
83637338--83637371	14	2.3	15	90	10	52	82	0	11	5	0.83
83637338--83637372	15	2.2	16	90	5	54	82	0	11	5	0.82
83641710--83641746	15	2.4	17	82	17	53	35	16	0	48	1.46
83649182--83649217	17	2.1	17	89	0	54	63	5	2	27	1.30
83651421--83651470	4	12.5	4	86	0	73	24	4	2	70	1.15
83658310--83658758	45	9.8	46	70	13	234	34	15	20	30	1.93
83658271--83659267	89	10.9	88	71	13	421	34	16	19	30	1.94
83658356--83658626	140	1.9	140	89	0	416	34	16	19	29	1.94
83659141--83659303	51	3.3	49	76	13	174	34	17	15	31	1.92
83659102--83659328	96	2.4	95	86	1	310	37	17	17	28	1.92
83661077--83661138	3	19.7	3	74	9	52	24	4	1	69	1.17
83662189--83662230	17	2.5	17	84	0	57	64	4	0	30	1.14
83662678--83662902	120	1.9	121	85	4	321	28	8	15	48	1.74
83664251--83664452	82	2.5	81	91	0	323	50	15	6	28	1.68
83664535--83664823	153	1.9	153	82	3	368	32	14	17	34	1.91
83671900--83671958	31	1.9	31	86	3	84	32	10	5	52	1.57
83673096--83673146	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
83679960--83679989	13	2.4	13	94	5	53	26	0	3	70	1.03
83698444--83698477	12	3.1	11	91	8	52	8	0	8	82	0.85
83698509--83698657	74	2.0	74	96	2	271	23	9	8	59	1.55
83701016--83701095	37	2.2	37	93	0	133	36	13	6	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83702357--83702389	14	2.3	15	89	5	50	66	6	3	24	1.28
83703993--83704044	25	2.1	25	85	7	70	53	0	0	46	1.00
83704750--83704809	19	2.9	21	68	12	61	61	16	6	15	1.53
83707620--83707980	69	5.2	69	84	3	386	32	24	23	19	1.98
83707906--83708060	83	1.9	83	85	5	215	30	23	25	20	1.98
83708766--83708792	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
83709545--83709571	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
83709615--83709664	24	2.2	23	80	13	59	34	4	4	58	1.36
83712223--83712325	42	2.5	41	85	4	143	23	26	11	38	1.89
83714624--83714649	12	2.2	12	100	0	52	23	15	0	61	1.33
83718914--83718956	19	2.3	19	88	4	61	27	2	0	69	1.00
83718912--83718956	18	2.3	20	81	7	58	28	2	0	68	1.01
83722829--83722959	66	2.0	66	98	0	253	48	6	7	38	1.57
83727224--83727283	27	2.2	28	79	11	70	25	20	5	50	1.68
83737383--83737540	37	4.3	37	82	0	163	25	20	19	34	1.96
83737383--83737541	74	2.1	74	82	0	183	25	20	19	35	1.96
83747982--83748009	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
83756626--83756697	26	2.8	25	85	10	92	40	9	18	31	1.83
83758848--83758896	18	2.8	17	79	17	55	71	4	2	22	1.13
83766645--83766679	15	2.3	15	100	0	70	20	22	31	25	1.98
83769846--83769889	20	2.3	18	84	7	52	38	6	11	43	1.67
83771608--83771702	30	3.2	30	70	7	77	51	2	4	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83774984--83775032	24	2.1	23	85	7	64	34	0	2	63	1.06
83774991--83775071	39	2.1	39	81	4	92	38	0	4	56	1.21
83775344--83775382	16	2.4	16	87	8	53	28	25	7	38	1.83
83778310--83778344	3	11.7	3	87	0	52	40	0	28	31	1.57
83778882--83778949	27	2.5	27	92	4	111	39	10	1	48	1.46
83778950--83778986	18	2.0	19	89	5	58	86	8	2	2	0.76
83779016--83779093	27	2.9	26	88	7	111	26	26	30	15	1.96
83779376--83779404	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
83780131--83780175	18	2.5	18	85	0	63	28	4	46	20	1.69
83802836--83802931	47	2.0	47	91	0	156	26	13	13	46	1.80
83805236--83805292	29	1.9	30	82	10	73	57	7	8	26	1.54
83807782--83807840	30	2.0	29	90	3	91	20	40	0	38	1.53
83807903--83807968	21	3.0	22	81	16	75	27	42	0	30	1.56
83812775--83812845	32	2.2	32	80	11	76	46	4	0	49	1.21
83812992--83813044	19	2.7	20	74	17	56	43	5	5	45	1.51
83815857--83815919	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
83818017--83818083	22	3.0	23	73	20	77	46	13	4	35	1.63
83820243--83820305	29	2.1	29	85	11	83	36	7	4	50	1.53
83826402--83826485	43	2.0	43	85	0	114	32	23	15	28	1.95
83835641--83835689	24	2.0	24	84	7	64	32	4	14	48	1.62
83840832--83840889	19	2.9	21	82	12	68	56	5	0	37	1.21
83841000--83841024	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83843978--83844392	32	13.0	32	79	1	445	33	10	14	40	1.81
83843978--83844416	64	6.9	64	89	1	614	33	10	14	41	1.81
83845452--83845501	23	2.2	23	96	3	93	38	0	18	44	1.50
83867433--83867493	18	3.4	18	81	2	70	42	27	16	13	1.85
83867539--83867584	17	2.7	17	86	0	65	28	26	26	19	1.99
83874441--83874477	13	2.8	13	95	0	65	43	5	29	21	1.75
83876586--83876640	21	2.6	21	88	0	74	16	21	41	20	1.90
83880356--83880579	69	3.2	68	74	3	198	26	15	26	31	1.95
83881243--83881465	69	3.2	69	71	6	173	26	17	25	31	1.97
83880015--83881983	138	14.3	138	75	5	1240	27	16	25	31	1.96
83891696--83891752	21	2.8	20	83	5	69	50	1	17	29	1.56
83891704--83891752	7	7.0	7	78	17	57	53	2	14	30	1.52
83891698--83891753	14	4.0	14	74	6	51	48	1	17	32	1.58
83895614--83895652	18	2.2	18	100	0	78	43	5	10	41	1.61
83899033--83899091	31	1.9	31	96	0	109	45	11	23	18	1.83
83904230--83904886	323	2.0	324	86	2	919	36	18	12	33	1.88
83910731--83910780	19	2.6	19	80	3	55	58	2	2	38	1.21
83915820--83915866	5	9.2	5	80	13	51	21	25	14	38	1.92
83922550--83922621	26	2.8	26	86	0	99	43	13	16	26	1.86
83922553--83922635	26	3.2	26	84	0	85	43	10	18	27	1.83
83924272--83924334	23	2.7	25	87	9	73	33	26	19	20	1.96
83924282--83924334	23	2.3	23	96	0	97	32	24	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83926973--83927033	30	2.0	30	90	6	97	34	24	16	24	1.95
83928687--83928735	22	2.2	22	88	0	71	30	16	18	34	1.93
83933479--83933522	17	2.6	17	75	3	54	20	27	34	18	1.96
83933673--83933707	17	2.1	17	94	0	61	31	2	11	54	1.51
83934189--83934237	18	2.5	18	83	12	53	24	4	10	61	1.45
83941537--83941570	17	2.0	17	88	0	50	44	0	2	52	1.16
83942016--83942051	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
83947431--83947561	37	3.5	37	81	4	165	42	25	13	18	1.87
83960679--83960703	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
83971222--83971283	29	2.1	28	85	5	79	29	14	14	41	1.85
83971558--83971833	125	2.2	125	88	3	405	30	15	21	32	1.95
83974485--83974539	25	2.2	25	100	0	110	36	5	20	38	1.75
83974707--83975322	29	21.6	29	81	9	732	31	1	23	43	1.62
83975248--83975303	28	2.2	23	73	26	67	33	0	17	48	1.48
83978832--83978870	7	5.6	7	100	0	78	58	12	0	28	1.34
83979827--83979860	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
83979958--83980015	29	2.0	28	87	9	82	56	1	1	39	1.19
83980049--83980099	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
83980052--83980151	52	1.9	52	91	0	164	38	0	32	30	1.58
83980104--83980159	22	2.5	22	97	2	103	41	0	30	28	1.57
83984133--83984160	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
83989844--83989878	18	1.9	18	88	0	52	20	51	5	22	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83996324--83996367	14	3.1	14	84	9	54	77	18	0	4	0.94
83998675--83998736	32	1.9	32	86	0	88	62	1	3	32	1.20
83998633--83998734	40	2.6	40	81	7	111	59	3	3	32	1.34
83998681--83998738	17	3.6	16	72	11	55	65	0	1	32	1.03
83999797--83999838	3	14.3	3	90	5	68	30	0	0	69	0.89
84007458--84007528	31	2.3	31	82	0	88	22	11	18	47	1.80
84009768--84009839	36	2.0	36	97	0	135	37	16	19	26	1.93
84010838--84010868	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
84015272--84015301	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
84015301--84015335	18	1.9	18	94	0	61	62	0	8	28	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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