Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
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This is table  176  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
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G
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22
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2
4
40
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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(0-2)
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2.0
310
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1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54830751--54830869
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0
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1.11
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0
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1.22
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4
11.5
4
85
0
56
23
6
2
67
1.25
54878427--54878520
50
2.0
47
87
10
138
54
11
4
29
1.56
54893248--54893313
34
2.0
31
83
13
80
63
0
1
34
1.04
54903598--54903651
23
2.2
25
78
18
69
31
18
27
22
1.97
54903604--54903651
23
2.1
23
88
7
71
31
16
29
22
1.96
54903738--54903810
26
2.8
26
77
2
85
17
23
23
35
1.95
54910782--54910896
27
4.3
27
84
0
131
41
23
14
20
1.89
54911212--54911319
28
3.9
28
96
0
198
22
22
25
30
1.99
54922296--54922332
16
2.4
16
86
8
51
18
2
2
75
1.04
54923572--54923603
6
5.2
6
92
7
55
15
18
15
50
1.79
54923572--54923603
13
2.6
12
95
5
55
15
18
15
50
1.79
54926413--54926460
25
1.9
25
91
0
78
35
8
18
37
1.81
54933535--54933576
9
4.6
9
80
14
50
57
0
0
42
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54933535--54933568
17
1.9
18
88
5
52
55
0
0
44
0.99
54944087--54944184
25
4.0
24
71
15
74
23
25
19
31
1.98
54947010--54947051
16
2.5
17
80
11
50
61
19
7
11
1.52
54955596--54955646
20
2.6
19
82
11
59
29
0
3
66
1.09
54963493--54963542
3
16.7
3
82
0
55
36
0
6
58
1.23
54963675--54963709
18
1.9
18
88
0
52
34
0
0
65
0.93
54964621--54964645
11
2.3
11
100
0
50
68
0
16
16
1.22
54965225--54965283
22
2.7
22
89
0
82
47
10
15
27
1.77
54972295--54972587
50
5.8
50
91
0
469
20
31
23
25
1.98
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50
3.8
50
87
0
269
19
30
24
25
1.98
54979607--54979788
100
1.8
101
91
1
303
19
31
24
25
1.98
54979894--54979925
13
2.5
13
94
0
55
56
12
0
31
1.37
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30
2.0
30
87
3
86
30
23
3
43
1.70
54981566--54982401
431
2.0
420
91
2
1348
41
6
17
34
1.75
54993383--54993432
13
3.2
16
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18
61
52
0
0
48
1.00
54994363--54994420
29
2.0
29
86
6
82
55
12
5
27
1.58
54994577--54994653
28
2.9
25
78
16
75
48
2
0
49
1.15
54996516--54996648
41
3.3
40
85
7
189
60
0
1
37
1.06
54996551--54996631
11
7.5
11
77
13
71
59
0
1
39
1.05
54996516--54996648
40
3.3
41
86
7
193
60
0
1
37
1.06
54996615--54996659
16
2.7
17
79
6
56
60
0
0
40
0.97
55002500--55002529
3
10.0
3
100
0
60
33
0
33
33
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55004452--55004511
31
2.0
29
87
6
84
33
13
10
43
1.77
55004737--55004775
16
2.5
16
88
12
55
46
0
10
43
1.37
55005952--55005982
15
2.0
16
93
6
55
35
0
0
64
0.94
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23
2.2
22
82
10
57
46
2
10
42
1.49
55019591--55019632
21
2.0
21
90
0
66
40
21
11
26
1.88
55022573--55022630
19
2.9
19
75
14
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39
10
12
37
1.77
55025661--55025745
3
27.3
3
75
15
75
60
3
2
34
1.27
55025724--55025761
14
2.6
15
88
12
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63
0
2
34
1.09
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2.0
23
90
0
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42
6
11
40
1.67
55027865--55027930
23
2.8
24
80
17
68
43
7
7
40
1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313