genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630740--1630875	49	2.7	50	81	10	154	27	22	28	22	1.99
1631952--1631996	21	2.1	21	95	0	81	15	31	26	26	1.96
1635902--1636072	43	4.0	43	86	1	236	23	30	20	25	1.98
1636894--1638099	603	2.0	603	97	0	2259	39	20	9	30	1.84
1643094--1643260	43	3.9	43	84	4	221	23	31	20	24	1.98
1649590--1649701	46	2.5	44	79	16	122	25	17	28	27	1.98
1649546--1649813	49	5.7	46	72	16	160	26	18	29	25	1.98
1649636--1649812	98	1.9	98	83	8	240	27	19	29	23	1.98
1650850--1650894	21	2.1	21	87	0	63	17	31	22	28	1.97
1659907--1660040	55	2.4	54	92	2	214	23	26	33	16	1.95
1674126--1674213	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
1679013--1679040	9	3.1	9	100	0	56	42	10	10	35	1.74
1685618--1685645	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
1686687--1686981	55	5.5	54	83	4	346	22	24	17	35	1.96
1686687--1686981	108	2.7	108	91	1	457	22	24	17	35	1.96
1686968--1687089	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
1687317--1687604	144	2.0	144	99	0	567	31	23	9	36	1.86
1687665--1687725	30	2.0	30	83	3	77	32	19	11	36	1.88
1697463--1697527	32	2.0	32	100	0	130	21	3	24	50	1.63
1701334--1701399	24	2.7	25	76	2	62	27	22	19	30	1.98
1702332--1702370	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
1702808--1702922	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1702833--1702922	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
1703028--1703092	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
1704160--1704192	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
1710832--1710858	14	1.9	14	100	0	54	3	0	59	37	1.15
1724731--1724905	40	4.4	40	98	0	332	30	30	18	21	1.97
1736166--1736203	19	2.0	19	90	10	60	28	5	10	55	1.56
1737328--1737367	14	2.8	14	88	3	53	65	12	2	20	1.38
1737749--1737791	16	2.5	18	85	11	63	16	9	34	39	1.80
1741533--1741617	29	3.0	29	80	1	91	27	29	15	28	1.96
1742660--1742729	35	2.0	36	83	8	90	21	37	1	40	1.62
1746418--1746486	28	2.5	28	90	4	104	33	26	11	28	1.91
1756545--1756765	49	4.6	47	79	11	202	25	30	16	26	1.97
1756545--1756760	50	4.5	47	79	14	196	25	31	17	26	1.97
1756545--1756765	92	2.3	99	81	6	260	25	30	16	26	1.97
1756753--1756804	25	2.1	25	96	3	97	26	19	19	34	1.95
1760673--1760745	35	2.1	35	97	0	137	35	20	8	35	1.83
1766090--1766173	39	2.2	38	82	6	98	23	17	23	34	1.96
1774152--1774304	39	3.9	39	79	10	150	22	20	26	31	1.98
1774181--1774304	39	3.2	39	86	2	160	20	20	26	33	1.97
1777423--1777490	26	2.7	26	81	4	77	13	25	20	41	1.88
1777423--1777489	25	2.7	25	84	6	75	13	23	20	41	1.88
1777526--1777573	25	2.0	25	83	4	62	20	25	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1780812--1780889	15	5.1	17	71	24	57	60	7	0	32	1.25
1780891--1780932	11	3.7	11	87	3	57	57	0	4	38	1.20
1780886--1780933	11	4.5	11	79	12	55	56	0	8	35	1.30
1787199--1787244	17	2.7	17	100	0	92	32	8	6	52	1.58
1791274--1791437	56	2.9	56	98	0	310	34	25	14	26	1.94
1813599--1813842	108	2.3	108	91	1	391	27	19	24	28	1.98
1819352--1819572	40	5.6	41	82	6	251	24	23	27	25	2.00
1822651--1822887	43	5.6	43	87	3	286	27	15	24	31	1.96
1824791--1824860	31	2.3	31	87	0	95	34	4	15	45	1.66
1831279--1831395	23	5.1	22	69	19	80	38	17	21	22	1.93
1831326--1831393	24	2.9	23	71	6	57	38	19	20	22	1.94
1833405--1833549	37	3.9	37	80	1	128	35	14	15	34	1.88
1844640--1844845	109	1.9	109	96	0	385	26	23	16	33	1.96
1848492--1848657	53	3.1	53	98	0	314	31	22	18	27	1.97
1852077--1852128	25	2.1	25	100	0	104	36	3	32	26	1.75
1854045--1854131	44	2.0	43	91	6	140	21	12	24	41	1.88
1854052--1854141	45	2.0	44	89	2	135	23	13	24	38	1.90
1858965--1859003	20	2.0	20	100	0	78	41	5	7	46	1.55
1861644--1861712	28	2.5	28	80	7	86	42	21	15	20	1.89
1863235--1863407	46	3.7	46	80	9	208	21	20	27	30	1.98
1863632--1863669	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
1874763--1874838	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1874691--1875007	47	6.7	47	90	3	476	34	7	30	28	1.84
1889435--1889465	12	2.6	12	94	0	53	29	25	16	29	1.96
1891432--1891603	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
1891379--1891601	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
1891459--1891636	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
1899337--1899594	40	6.5	39	90	2	250	24	20	28	26	1.99
1899290--1899592	80	3.8	80	84	3	344	24	21	28	26	1.99
1899290--1899592	120	2.5	119	82	3	331	24	21	28	26	1.99
1903906--1904041	56	2.4	54	84	7	157	30	33	16	19	1.94
1905615--1905656	22	2.0	22	85	4	59	52	0	9	38	1.34
1907382--1907428	20	2.4	20	89	3	69	44	2	0	53	1.12
1915520--1915602	35	2.4	35	95	0	148	32	21	21	24	1.98
1918609--1918751	21	6.9	20	65	17	62	57	1	6	34	1.33
1918844--1918887	19	2.2	20	88	11	65	68	0	6	25	1.14
1919869--1920118	126	2.0	125	96	0	464	21	18	35	24	1.96
1920687--1921372	120	5.7	120	91	0	903	30	18	16	34	1.94
1929387--1929436	15	3.5	15	76	15	52	44	10	22	24	1.83
1933164--1933200	19	1.9	19	94	0	65	62	2	5	29	1.31
1938282--1938340	31	1.9	31	83	13	77	30	3	3	62	1.28
1945057--1945100	23	1.9	23	85	0	61	34	27	13	25	1.93
1947433--1947530	28	3.5	28	75	0	88	29	21	18	30	1.97
1949631--1949698	29	2.3	29	82	5	84	29	30	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958643--1958716	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
1963695--1963780	43	2.0	43	95	0	154	22	19	31	26	1.98
1976289--1976346	25	2.4	25	85	2	82	44	0	1	53	1.10
1991773--1992453	44	15.3	44	92	2	1071	32	16	25	25	1.96
1996038--1996079	22	1.9	22	85	9	59	42	19	16	21	1.89
2011419--2011591	49	3.6	47	76	8	161	24	26	20	28	1.99
2029215--2029343	50	2.5	51	87	5	190	36	17	20	25	1.94
2029319--2029459	31	4.6	31	88	5	196	27	19	28	24	1.99
2029322--2029458	61	2.2	62	89	3	206	27	20	28	23	1.99
2029483--2029696	47	4.7	46	79	11	152	28	16	26	28	1.97
2029534--2029705	49	3.7	47	85	8	205	28	15	26	29	1.96
2029626--2029740	42	2.7	42	86	4	151	31	15	25	27	1.96
2039458--2039519	31	2.0	31	96	0	115	40	6	27	25	1.80
2040905--2040936	16	1.9	17	93	6	57	37	6	0	56	1.25
2040889--2040947	17	3.0	20	73	21	61	44	3	3	49	1.36
2046014--2046191	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
2046015--2046170	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
2046011--2046191	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
2056583--2056645	6	10.3	6	74	16	58	49	12	19	19	1.79
2056604--2056672	31	2.2	31	84	0	84	44	14	21	18	1.85
2057003--2057066	22	2.9	22	77	9	76	32	21	23	21	1.98
2057451--2057645	27	7.2	27	87	2	266	28	19	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059706--2059818	6	18.3	6	69	18	72	48	12	18	20	1.80
2059727--2059818	25	3.7	25	91	0	139	47	11	19	20	1.81
2060149--2060204	22	2.6	22	80	2	60	37	25	21	16	1.93
2064823--2064862	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
2066511--2066553	19	2.2	20	83	8	52	25	4	2	67	1.22
2066505--2066562	25	2.4	24	82	8	64	22	5	1	70	1.16
2068371--2068406	16	2.2	16	100	0	72	25	19	27	27	1.99
2074603--2074650	17	2.8	17	74	0	51	8	10	4	77	1.12
2078323--2078694	93	4.0	93	99	0	735	33	24	5	36	1.79
2083140--2083208	6	11.0	6	84	9	93	78	4	1	15	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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