genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  23  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7851864--7852031	46	3.6	45	78	12	180	27	19	29	23	1.98
7856545--7856715	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
7856540--7856712	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
7857135--7857194	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
7859626--7859891	47	5.7	46	76	6	198	22	27	19	29	1.98
7866092--7866143	23	2.4	22	84	12	63	1	21	3	73	1.10
7866155--7866201	17	2.5	19	86	13	71	4	19	0	76	0.95
7870219--7870278	28	2.2	27	91	5	95	15	10	3	71	1.25
7872226--7872335	50	2.2	51	88	1	159	31	14	13	40	1.85
7883717--7883748	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
7896419--7896470	25	2.1	25	89	7	79	25	9	25	40	1.85
7899960--7899999	19	2.1	19	100	0	80	32	20	22	25	1.98
7900954--7901005	25	2.1	25	85	7	70	26	7	23	42	1.81
7901653--7901757	49	2.1	49	82	3	122	26	18	24	30	1.98
7916039--7916071	16	2.1	16	94	0	57	24	15	6	54	1.63
7918870--7918994	49	2.6	49	78	7	137	24	27	20	28	1.99
7923189--7923232	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
7924292--7924328	20	1.9	20	94	5	67	67	5	0	27	1.12
7924296--7924360	24	2.6	25	83	13	80	69	4	3	23	1.21
7924356--7924429	20	3.9	18	77	19	71	62	1	6	29	1.29
7924365--7924443	18	4.3	17	75	18	61	63	1	5	30	1.24
7924398--7924443	18	2.5	19	89	6	69	69	0	2	28	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7925247--7925292	9	4.6	10	76	17	51	65	0	0	34	0.93
7925365--7925408	16	2.8	16	80	13	54	75	0	6	18	1.02
7925557--7925692	67	2.0	67	94	0	236	33	7	10	48	1.65
7932175--7932236	28	2.2	28	85	0	88	35	20	25	17	1.95
7935431--7935506	38	2.0	38	92	0	125	30	11	2	55	1.50
7937672--7937786	57	2.0	57	94	0	203	20	5	14	59	1.55
7940831--7940908	32	2.4	32	89	0	120	25	25	29	19	1.98
7941518--7941703	93	2.0	93	97	0	354	34	3	37	24	1.72
7954413--7954613	42	4.7	42	73	7	163	27	27	15	28	1.96
7954413--7954574	82	2.0	83	80	4	184	27	28	15	28	1.96
7955153--7955236	41	2.0	41	97	0	159	40	23	8	27	1.83
7957171--7957220	25	2.0	25	100	0	100	20	24	16	40	1.91
7958539--7958713	46	3.8	45	72	10	149	21	18	29	30	1.97
7964587--7964847	27	9.7	27	80	5	224	37	19	10	32	1.85
7965213--7965291	22	3.6	22	72	6	79	21	18	22	36	1.95
7965209--7965318	44	2.5	44	92	0	193	21	16	22	39	1.92
7965235--7965313	22	3.6	22	73	0	86	17	16	25	40	1.90
7971243--7971348	40	2.7	40	86	1	151	22	27	25	24	2.00
7971205--7971355	40	3.8	40	76	9	148	24	27	23	23	2.00
7977310--7977450	40	3.5	40	91	2	205	23	26	24	24	2.00
7979504--7979558	27	2.0	27	85	0	74	41	10	10	36	1.75
7979737--7979889	42	3.6	41	74	3	108	28	24	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7981213--7981407	38	5.0	38	87	3	248	30	26	22	21	1.98
7985939--7986023	45	1.9	44	82	2	107	27	14	21	37	1.91
7987495--7987571	31	2.5	31	89	0	109	20	33	28	16	1.95
7987867--7987892	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
7990897--7991130	49	4.7	49	81	3	288	30	27	17	23	1.97
7993574--7993612	21	1.9	20	84	5	51	56	12	0	30	1.37
7994654--7994739	28	3.0	28	81	3	100	29	29	12	29	1.93
7994948--7994981	15	2.3	15	89	0	50	8	23	20	47	1.78
8001866--8001939	28	2.6	28	91	0	121	28	16	27	28	1.97
8009585--8009686	28	3.7	27	78	19	120	25	16	31	26	1.97
8009585--8009708	56	2.2	56	92	2	205	23	15	33	27	1.95
8009613--8009708	28	3.4	28	75	16	108	21	14	35	28	1.93
8013285--8013507	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
8013285--8013507	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
8015590--8015766	43	4.1	43	83	4	232	31	27	15	25	1.96
8015590--8015766	85	2.1	86	89	3	268	31	27	15	25	1.96
8017295--8017321	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8030891--8030975	45	1.9	44	87	2	125	25	14	22	37	1.92
8031771--8031801	10	3.1	10	100	0	62	19	0	29	51	1.47
8032777--8032802	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
8035666--8035798	49	2.7	49	85	2	176	31	26	17	24	1.97
8035660--8035798	51	2.8	51	84	2	192	31	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040434--8040696	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
8040473--8040731	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
8048384--8048646	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
8048423--8048681	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
8050399--8050513	29	4.0	29	80	11	121	28	29	15	26	1.96
8050399--8050513	58	2.0	57	84	3	151	28	29	15	26	1.96
8055249--8055321	36	2.0	36	97	0	137	42	20	13	23	1.88
8056947--8056989	21	2.0	21	100	0	86	34	27	13	23	1.93
8064338--8064978	320	2.0	320	100	0	1282	35	18	14	31	1.90
8072265--8072338	37	2.0	37	100	0	148	32	8	18	40	1.80
8092424--8092629	40	5.2	40	96	0	360	22	22	27	27	1.99
8107240--8107499	40	6.5	40	93	1	434	23	22	25	29	1.99
8122796--8122820	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8124314--8124497	63	2.8	62	80	10	181	30	16	27	24	1.97
8125019--8125168	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
8125043--8125226	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
8131089--8131121	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
8131662--8131822	45	3.6	45	85	5	213	24	27	22	24	2.00
8132637--8132732	47	2.0	47	93	0	165	43	12	13	30	1.81
8135226--8135304	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8135423--8135755	47	7.1	47	96	0	594	28	30	9	31	1.88
8139726--8140509	27	29.2	27	82	4	852	36	17	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8140712--8140814	27	3.8	27	80	3	118	22	24	19	33	1.97
8140968--8140998	12	2.6	12	94	0	53	16	12	12	58	1.64
8151370--8151540	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
8151362--8151537	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
8153929--8154017	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
8153929--8154008	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
8153940--8154017	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
8156945--8157115	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
8156937--8157112	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
8170051--8170130	29	2.8	28	85	7	108	23	15	33	27	1.94
8172203--8172378	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
8172200--8172371	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
8178944--8178993	20	2.5	20	81	12	66	36	2	0	62	1.07
8178965--8179018	26	2.0	26	85	3	72	29	3	0	66	1.09
8182351--8182394	22	2.0	22	83	16	56	59	0	0	40	0.98
8183814--8183920	46	2.3	46	96	0	196	13	21	12	53	1.71
8191677--8191771	43	2.2	43	90	1	147	17	22	10	49	1.77
8199010--8199095	31	2.8	31	83	1	120	26	27	15	30	1.96
8199306--8199358	25	2.1	25	82	6	63	32	18	16	32	1.94
8199513--8199560	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
8203957--8204172	38	5.2	38	72	18	164	30	23	15	30	1.95
8203964--8204170	85	2.4	85	95	0	369	29	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8204091--8204212	48	2.6	47	92	1	199	30	22	15	31	1.95
8205424--8205530	53	2.0	53	94	0	187	32	19	12	35	1.89
8206968--8207026	22	2.7	22	81	0	64	33	22	23	20	1.97
8207382--8207836	27	16.9	27	80	6	455	26	19	16	37	1.93
8207355--8207877	54	9.6	55	85	4	564	26	19	16	37	1.93
8207355--8207843	81	6.1	81	82	3	551	26	19	16	37	1.93
8207812--8207877	34	2.0	34	93	3	116	28	16	16	37	1.91
8207862--8207965	27	3.9	27	69	5	84	30	8	25	35	1.86
8209055--8209260	27	7.7	26	82	6	198	42	19	7	31	1.78
8209109--8209258	80	1.9	80	83	5	196	44	20	7	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313