genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92513204--92513255	16	3.2	16	88	0	77	7	25	17	50	1.72
92517596--92517633	11	3.5	11	82	7	51	50	10	0	39	1.37
92526431--92526472	22	1.9	22	100	0	84	19	16	35	28	1.93
92526993--92527581	27	21.9	27	82	3	517	38	19	9	31	1.85
92536826--92536857	8	4.0	8	95	0	55	53	0	12	34	1.39
92537226--92537390	86	1.9	85	81	8	201	23	18	26	31	1.97
92537219--92537390	43	4.0	43	75	11	172	23	18	26	31	1.97
92542209--92542381	49	3.5	49	76	7	147	30	19	26	23	1.98
92543346--92543415	28	2.5	28	92	0	113	17	15	47	20	1.83
92549561--92549744	40	4.6	41	81	12	199	25	22	27	24	2.00
92549561--92549744	79	2.3	81	81	11	213	25	22	27	24	2.00
92549613--92549777	79	2.1	79	81	8	185	26	21	27	24	1.99
92553032--92553213	49	3.7	49	79	4	163	28	20	27	23	1.99
92553075--92553213	49	2.8	49	83	1	170	27	21	28	22	1.99
92556097--92556126	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
92565114--92565222	43	2.6	42	78	11	116	29	27	20	22	1.98
92570031--92570139	37	2.9	37	95	0	191	27	30	19	22	1.98
92570348--92570538	47	4.1	47	94	0	310	25	30	11	32	1.91
92570438--92570512	22	3.3	22	66	23	64	25	30	13	30	1.94
92575501--92575576	21	3.6	21	69	24	61	53	9	2	34	1.46
92577457--92577538	41	2.0	40	95	2	146	36	12	25	24	1.90
92579025--92579221	44	4.4	44	78	9	195	29	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92579020--92579252	90	2.6	88	76	14	233	31	15	26	26	1.96
92579020--92579242	44	5.0	44	78	10	186	30	15	26	26	1.96
92579198--92579401	80	2.6	79	84	1	266	29	16	26	26	1.97
92580857--92580969	53	2.1	54	79	11	126	37	2	2	57	1.27
92580891--92580973	18	4.6	19	76	11	93	31	1	3	63	1.19
92580869--92580991	55	2.3	53	81	12	151	34	3	2	60	1.26
92580897--92581009	53	2.1	53	82	12	135	30	3	2	62	1.25
92580867--92581011	60	2.6	53	80	12	134	33	4	2	60	1.28
92581024--92581113	42	2.1	42	82	8	103	28	5	3	62	1.34
92582593--92582648	25	2.2	25	90	3	85	32	1	1	64	1.14
92585971--92586140	78	2.2	78	80	5	202	31	8	7	52	1.59
92590720--92590897	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
92590721--92590876	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
92590717--92590897	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
92606132--92606201	27	2.6	27	83	0	68	31	32	20	15	1.94
92606384--92606419	16	2.2	16	95	0	63	47	5	13	33	1.67
92606541--92606572	15	2.1	16	94	5	57	68	0	0	31	0.90
92607146--92607184	19	2.1	19	90	4	62	56	5	0	38	1.22
92618400--92618437	18	2.1	18	90	0	58	39	13	31	15	1.86
92618408--92618443	18	2.0	18	94	0	63	36	11	36	16	1.84
92622723--92622752	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
92623149--92623199	18	2.8	18	74	14	50	23	3	5	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92634278--92634429	53	3.0	51	82	7	184	46	19	22	11	1.82
92634340--92634446	53	2.0	53	80	12	121	51	16	21	10	1.74
92635406--92635435	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
92638670--92638820	68	2.3	64	82	10	171	29	15	27	26	1.96
92648281--92648306	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
92650634--92650727	47	2.0	47	91	4	154	19	23	20	37	1.94
92653171--92653229	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
92653184--92653229	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
92653200--92653248	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
92653203--92653260	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
92656142--92656206	31	2.1	30	94	2	112	43	23	21	12	1.86
92659657--92659816	64	2.5	64	90	4	241	39	5	8	46	1.59
92662020--92662236	111	2.0	109	90	3	346	54	7	5	33	1.50
92662917--92662957	20	2.0	20	86	9	57	0	39	0	60	0.96
92662913--92662960	15	3.5	15	75	18	59	0	39	0	60	0.97
92666083--92666213	46	2.8	46	82	2	156	30	21	18	29	1.97
92670758--92670925	48	3.6	47	71	19	129	27	23	20	27	1.99
92677992--92678126	43	3.1	44	84	6	193	25	17	28	28	1.98
92678396--92678587	38	5.1	38	80	5	185	25	20	22	31	1.98
92678396--92678587	75	2.5	74	81	8	215	25	20	22	31	1.98
92678585--92678710	45	2.8	45	86	7	175	20	23	28	27	1.99
92678594--92678728	45	3.0	44	84	6	139	23	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92681301--92681394	46	2.0	46	89	4	145	32	25	14	26	1.95
92684381--92684433	16	3.1	17	78	10	54	71	0	15	13	1.14
92698575--92698705	44	3.0	42	81	8	131	34	23	17	24	1.96
92698544--92698705	43	3.8	42	76	11	125	32	22	17	27	1.97
92703467--92703681	45	4.9	45	73	12	171	24	16	27	32	1.96
92712663--92712693	15	2.1	15	100	0	62	41	19	0	38	1.51
92723587--92723626	19	2.1	19	100	0	80	25	20	22	32	1.98
92723726--92723760	16	2.2	16	90	10	54	25	0	22	51	1.48
92727393--92727460	34	2.0	34	91	0	109	22	20	20	36	1.95
92728042--92728119	31	2.5	31	82	0	102	21	39	20	17	1.92
92735265--92735476	106	2.0	106	99	0	415	33	9	17	39	1.82
92735467--92735498	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
92738685--92738745	32	1.9	32	96	0	113	42	9	21	26	1.84
92742074--92742126	27	2.0	27	96	0	97	39	18	18	22	1.92
92744276--92744307	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
92744402--92744743	50	6.7	50	88	3	443	26	24	29	19	1.98
92744402--92744743	150	2.2	154	87	4	496	26	24	29	19	1.98
92749602--92749805	27	7.5	27	85	4	214	26	14	28	29	1.95
92749601--92749805	109	1.9	109	82	2	259	26	14	28	29	1.95
92766346--92766377	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
92769412--92769597	30	6.3	30	80	7	173	34	17	15	32	1.91
92769464--92769597	58	2.3	58	92	5	216	33	17	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92773738--92773772	17	2.1	17	100	0	70	28	28	0	42	1.56
92784305--92784425	42	2.9	41	80	7	125	31	26	17	24	1.97
92787742--92787771	14	2.1	14	93	0	51	43	33	6	16	1.74
92788926--92788966	17	2.3	19	84	12	52	46	17	2	34	1.61
92792384--92792417	17	1.9	17	94	5	59	11	0	23	64	1.26
92792384--92792417	9	3.9	9	96	3	61	11	0	23	64	1.26
92792741--92792835	28	3.3	29	83	4	104	29	21	25	24	1.99
92798200--92798300	28	3.6	28	81	4	105	31	17	25	24	1.97
92801044--92801087	20	2.0	22	87	12	65	47	0	0	52	1.00
92801050--92801107	30	2.0	29	86	10	82	53	1	0	44	1.10
92803412--92803451	21	2.0	21	90	5	64	10	7	2	80	1.00
92803411--92803482	32	2.3	30	82	13	92	12	8	1	77	1.04
92803501--92803549	18	2.7	18	84	9	64	12	6	2	79	0.99
92803501--92803544	17	2.5	17	85	3	52	11	6	0	81	0.86
92803501--92803561	9	6.8	9	76	10	54	11	6	1	80	0.97
92803570--92803616	21	2.2	22	88	11	71	42	0	4	53	1.20
92803569--92803618	22	2.3	23	83	16	70	44	0	4	52	1.20
92803702--92803728	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
92803587--92803728	37	4.0	35	77	8	144	39	0	2	57	1.13
92803687--92803728	21	1.9	23	85	9	61	45	0	0	54	0.99
92803780--92803826	20	2.3	20	82	10	60	23	8	0	68	1.17
92803973--92804020	18	2.7	18	83	0	60	25	4	0	70	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92804063--92804158	34	2.8	35	77	15	110	33	1	4	61	1.22
92804062--92804171	37	3.2	35	74	15	104	33	1	4	60	1.28
92804368--92804504	33	4.0	34	85	9	165	35	0	2	61	1.11
92804391--92804436	20	2.1	23	80	15	62	34	0	6	58	1.24
92804393--92804436	22	2.1	22	87	8	65	34	0	6	59	1.24
92804427--92804472	22	2.1	22	84	15	60	34	0	4	60	1.16
92804449--92804480	15	2.3	15	89	10	50	31	0	3	65	1.08
92807847--92807949	30	3.4	29	82	5	107	28	23	22	26	1.99
92809927--92810474	274	2.0	274	99	0	1078	38	23	16	22	1.93
92814408--92814444	19	2.0	18	89	5	56	40	0	5	54	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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