genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90020974--90021021	24	2.0	24	96	4	89	54	0	16	29	1.43
90024435--90024490	22	2.5	22	82	0	67	25	26	28	19	1.99
90031239--90031298	29	2.1	29	96	0	111	33	25	20	21	1.97
90032139--90032178	19	2.1	19	86	9	55	62	2	0	35	1.09
90032273--90032313	18	2.3	18	87	4	57	60	4	12	21	1.50
90032553--90032636	14	5.9	14	70	20	57	64	2	5	27	1.29
90032576--90032610	17	2.1	17	89	10	54	68	5	0	25	1.11
90032560--90032640	43	1.9	41	85	5	108	65	2	4	27	1.26
90032553--90032640	15	6.1	15	74	13	69	64	2	5	27	1.28
90032677--90032701	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
90033871--90033913	22	2.0	22	85	0	59	9	0	37	53	1.33
90034625--90034732	30	3.6	30	76	3	94	28	25	14	31	1.95
90036375--90036405	12	2.6	12	94	0	53	74	9	6	9	1.23
90037329--90037385	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
90037329--90037395	16	4.3	14	78	17	62	74	2	20	1	1.03
90037433--90037464	12	2.7	12	100	0	64	46	12	15	25	1.81
90037457--90037500	18	2.4	18	80	0	52	68	2	13	15	1.31
90037526--90037564	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
90039657--90039743	30	2.9	31	77	5	90	28	25	16	29	1.96
90041155--90042028	45	19.5	45	68	12	340	28	20	17	33	1.95
90041207--90042084	179	4.9	179	84	2	1116	28	20	17	33	1.95
90041598--90041854	137	1.9	135	80	3	300	28	21	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90041253--90042084	359	2.3	359	90	0	1324	28	20	17	33	1.95
90042122--90042238	44	2.7	44	81	2	128	26	23	18	30	1.98
90063918--90064002	12	7.1	12	73	14	50	68	1	5	24	1.19
90064150--90064185	17	2.1	17	90	10	56	66	2	2	27	1.19
90064252--90064316	3	21.0	3	75	6	58	58	4	6	30	1.43
90066850--90066899	22	2.3	22	86	6	66	30	32	24	14	1.94
90068405--90068495	45	2.0	45	95	0	164	29	19	8	41	1.82
90068948--90068986	19	2.0	20	90	5	62	17	2	7	71	1.21
90068967--90069012	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
90075454--90075494	21	2.0	21	90	0	64	36	21	12	29	1.90
90084767--90084815	18	2.7	18	81	6	55	59	10	0	30	1.31
90093728--90093800	31	2.3	31	80	2	83	36	6	4	52	1.48
90097543--90097608	9	7.2	9	77	14	64	34	1	3	60	1.21
90097571--90097683	20	5.8	20	69	17	58	37	1	2	58	1.23
90097579--90097613	18	1.9	19	88	11	56	34	0	0	65	0.93
90097570--90097689	50	2.4	50	80	4	118	38	2	2	56	1.26
90099628--90099678	26	2.0	26	84	7	68	39	23	13	23	1.91
90113987--90114038	27	1.9	27	88	0	77	50	1	11	36	1.50
90114551--90114584	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
90115241--90115270	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57
90122719--90122854	26	5.2	26	96	0	236	37	25	5	31	1.78
90123570--90123615	24	1.9	24	91	8	76	23	6	0	69	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90124040--90124069	14	2.1	14	100	0	60	33	0	13	53	1.40
90126856--90126881	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
90133595--90133642	21	2.3	21	92	0	78	8	43	12	35	1.73
90133705--90133878	86	2.0	86	90	0	276	24	20	17	37	1.93
90144818--90144866	24	2.2	23	85	10	66	32	22	30	14	1.93
90145618--90145975	175	2.0	176	97	1	675	34	23	21	20	1.96
90146997--90147228	56	4.1	56	97	0	437	45	9	22	22	1.81
90157316--90157460	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
90164990--90165548	133	4.2	133	94	0	895	29	21	22	27	1.99
90164999--90165470	43	10.7	43	68	14	214	29	20	23	26	1.99
90166875--90166922	15	3.3	15	82	5	53	27	12	2	58	1.46
90166962--90167016	24	2.3	25	79	14	62	32	3	0	63	1.12
90167563--90167790	126	1.8	126	86	1	332	27	19	17	35	1.95
90168615--90168657	20	2.2	20	83	8	52	27	6	9	55	1.57
90170520--90170593	35	2.1	35	100	0	148	48	32	0	18	1.49
90171359--90171394	19	1.9	19	88	5	56	50	5	2	41	1.40
90171389--90171429	18	2.3	18	91	4	66	43	0	0	56	0.99
90171640--90171675	19	1.9	19	88	5	56	50	5	2	41	1.40
90171670--90171710	18	2.3	18	91	4	66	43	0	0	56	0.99
90171356--90171919	281	2.0	281	100	0	1128	41	7	5	45	1.55
90172016--90172055	21	1.9	21	89	0	62	52	12	15	20	1.74
90172993--90173176	92	2.0	92	90	2	289	25	23	12	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90176709--90176761	21	2.6	19	75	13	61	52	9	5	32	1.57
90177925--90177983	15	3.9	15	80	12	75	64	0	0	35	0.94
90177925--90177982	17	3.6	17	76	21	70	63	0	0	36	0.94
90178246--90178287	18	2.3	19	80	12	52	61	4	4	28	1.36
90178257--90178393	18	7.4	17	69	25	57	59	0	5	34	1.27
90178274--90178386	7	16.1	7	69	27	64	58	0	5	36	1.21
90178277--90178387	20	5.8	18	76	21	95	58	0	5	36	1.21
90178274--90178393	25	4.9	25	67	26	78	60	0	5	35	1.19
90180043--90180075	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
90180712--90180748	11	3.5	11	92	3	58	21	2	0	75	0.92
90181999--90182033	14	2.5	14	95	0	61	65	5	8	20	1.40
90182142--90182175	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
90182065--90182244	92	1.9	92	80	4	209	33	21	15	30	1.94
90182255--90182289	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
90182344--90182392	14	3.5	14	94	0	80	59	8	16	16	1.60
90182255--90182446	103	1.9	103	91	2	314	38	18	16	27	1.92
90182372--90182683	76	4.2	73	85	5	385	32	19	16	30	1.95
90183443--90183561	43	2.7	44	85	7	145	15	23	13	47	1.80
90190489--90190718	26	8.8	26	96	0	388	36	25	6	31	1.82
90190722--90190746	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
90192405--90192848	222	2.0	222	97	0	834	19	21	31	27	1.98
90194840--90194891	12	4.5	12	76	16	56	61	0	7	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90194820--90194882	21	3.2	19	78	22	67	61	0	7	30	1.24
90194860--90194897	12	3.2	12	92	0	58	65	2	2	28	1.19
90195043--90195079	3	13.0	3	83	11	51	67	0	0	32	0.91
90204330--90204370	21	2.0	21	90	0	64	0	53	19	26	1.45
90206134--90206192	22	2.5	24	83	5	68	27	3	18	50	1.62
90206243--90206297	21	2.8	20	83	8	76	10	0	34	54	1.36
90206236--90206316	21	4.0	21	72	23	73	13	0	29	56	1.37
90219100--90219133	17	1.9	18	88	5	52	47	2	11	38	1.55
90222686--90222754	35	2.0	34	85	2	93	21	17	7	53	1.67
90238586--90238696	17	6.2	18	70	22	67	27	8	0	63	1.29
90238645--90238721	29	2.6	28	80	13	84	28	10	0	61	1.29
90238606--90238687	43	1.9	43	82	5	103	28	8	1	62	1.32
90249330--90249507	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90249351--90249506	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90256995--90257124	46	2.8	45	89	4	197	32	16	28	22	1.96
90257126--90257583	132	3.5	131	85	2	553	30	18	24	26	1.98
90257559--90257738	89	2.0	89	81	0	207	32	22	23	22	1.98
90257710--90258139	45	9.6	45	78	3	229	31	17	24	26	1.97
90257741--90258139	90	4.4	90	79	2	408	31	17	23	27	1.97
90257733--90258139	179	2.3	179	88	1	582	31	17	24	26	1.97
90259136--90259246	29	3.8	29	68	9	82	26	7	2	63	1.33
90259151--90259267	15	8.1	14	71	17	62	25	8	1	64	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90259151--90259267	58	2.0	58	81	6	139	25	8	1	64	1.32
90259179--90259298	44	2.8	44	79	13	108	26	9	0	63	1.30
90259214--90259259	15	2.9	15	93	6	74	23	8	2	65	1.32
90264684--90264766	22	3.8	22	83	0	94	60	26	4	8	1.46
90264684--90264821	33	4.1	33	73	12	120	60	28	4	6	1.41
90264684--90264803	11	10.8	11	73	0	69	60	27	5	6	1.42
90264964--90265005	9	4.7	9	87	0	66	9	40	14	35	1.78
90272286--90272337	26	2.0	27	85	11	72	67	1	15	15	1.32
90277858--90278075	47	4.7	46	80	10	232	25	21	30	22	1.98
90277855--90278075	94	2.4	94	84	6	274	25	21	30	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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