genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77674675--77675126	34	13.3	34	69	19	191	45	18	0	35	1.55
77674798--77675124	25	13.0	25	75	12	125	45	19	0	34	1.57
77674911--77674967	29	2.0	29	89	0	87	42	17	1	38	1.60
77678389--77678452	12	5.5	12	87	3	69	32	4	1	60	1.26
77678401--77678452	3	17.0	3	88	4	77	34	3	0	61	1.14
77683698--77683730	9	3.8	9	88	4	50	87	3	0	9	0.63
77684471--77684521	9	5.8	9	88	4	68	88	5	1	3	0.69
77684471--77684520	17	2.9	17	87	3	64	88	6	2	4	0.70
77684470--77684521	26	2.0	26	88	0	77	86	7	1	3	0.76
77684535--77684569	3	12.3	3	88	11	56	68	0	31	0	0.90
77684657--77684768	43	2.6	45	80	7	115	31	12	27	28	1.93
77686011--77687511	100	15.1	99	82	5	1552	32	22	20	23	1.98
77686012--77687511	498	3.0	498	88	2	2068	32	22	20	23	1.98
77686821--77687349	147	3.5	147	73	7	413	32	23	20	23	1.98
77686125--77687490	50	27.4	49	68	8	437	32	22	20	23	1.98
77689411--77689474	12	5.5	12	87	3	69	32	4	1	60	1.26
77689423--77689474	3	17.0	3	88	4	77	34	3	0	61	1.14
77690257--77690457	108	1.9	106	89	4	314	29	16	17	36	1.92
77693486--77693546	21	3.2	21	61	29	55	27	19	8	44	1.79
77693487--77693555	35	2.0	35	100	0	138	28	20	7	43	1.78
77694117--77694171	27	2.2	23	84	12	65	14	9	0	76	1.02
77694139--77694171	6	5.7	6	85	7	50	15	3	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77694135--77694171	12	3.2	12	88	3	58	16	5	0	78	0.93
77694883--77694925	23	1.9	22	85	4	59	30	4	2	62	1.28
77695687--77695735	20	2.5	20	93	0	80	46	12	18	22	1.82
77696008--77696160	78	2.0	77	94	2	272	32	13	22	32	1.92
77698416--77698535	41	2.9	40	77	2	132	23	19	29	28	1.98
77705770--77705847	11	7.4	11	73	17	58	24	28	2	44	1.67
77705777--77705852	40	1.9	40	88	0	116	26	25	2	46	1.66
77705771--77705871	51	2.0	52	84	5	134	25	25	1	46	1.63
77707850--77707892	13	3.5	13	75	18	56	48	18	0	32	1.48
77707848--77707894	23	2.0	23	95	0	85	46	19	0	34	1.50
77708607--77708656	19	2.7	19	84	9	59	54	6	0	40	1.25
77709945--77710065	60	2.0	60	100	0	242	34	13	21	30	1.92
77730531--77730556	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
77733069--77733098	10	3.1	10	95	4	53	43	0	0	56	0.99
77734048--77734086	15	2.7	15	84	7	55	46	20	0	33	1.51
77751062--77751107	21	2.2	20	84	3	56	67	0	8	23	1.18
77751354--77751454	24	4.3	24	72	16	79	45	1	11	40	1.52
77754824--77755536	354	2.0	354	89	0	1095	24	21	28	25	1.99
77755569--77755634	27	2.4	27	82	0	78	33	18	15	33	1.92
77755923--77755983	32	1.9	32	87	12	90	31	19	24	24	1.98
77761318--77761432	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
77761318--77761451	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77763270--77763337	32	2.2	31	84	10	86	48	1	2	47	1.26
77763727--77763784	16	3.6	16	90	0	89	41	3	34	20	1.69
77763722--77763791	16	4.4	16	87	0	86	38	2	31	27	1.71
77764162--77764329	47	3.7	46	70	18	143	46	4	2	46	1.37
77764196--77764403	91	2.3	91	92	0	335	45	4	3	46	1.39
77764221--77764363	44	3.2	43	67	16	110	47	3	2	46	1.31
77764246--77764384	47	3.0	47	67	17	128	48	4	2	44	1.34
77766585--77766611	12	2.2	12	100	0	54	37	33	7	22	1.82
77772824--77772860	15	2.4	16	82	17	51	40	2	5	51	1.39
77772867--77772905	21	1.9	20	89	5	60	33	7	2	56	1.41
77772920--77772978	27	2.1	28	87	3	84	27	1	5	66	1.22
77773327--77773370	18	2.5	17	85	3	52	20	4	18	56	1.58
77774829--77774861	15	2.2	15	94	0	57	18	12	21	48	1.80
77783427--77783530	52	2.0	52	98	0	199	47	13	20	19	1.82
77791898--77792253	44	7.6	44	67	17	164	33	19	20	26	1.96
77792068--77792254	98	1.9	98	82	2	232	34	19	19	26	1.96
77791898--77792310	142	2.9	142	93	0	684	33	19	20	26	1.96
77800466--77800542	39	2.0	39	100	0	154	45	10	10	33	1.72
77806585--77806683	47	2.1	48	90	1	155	47	19	19	14	1.82
77808295--77808524	45	5.2	44	69	14	166	26	20	25	27	1.99
77808033--77808580	89	6.2	89	81	3	586	29	20	23	27	1.99
77810226--77810264	21	1.9	21	89	5	62	30	7	5	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77810279--77810337	27	2.1	28	87	3	84	27	1	5	66	1.22
77810684--77810727	18	2.5	17	85	3	52	20	4	18	56	1.58
77815186--77815273	33	2.7	33	80	3	90	50	4	3	42	1.39
77815617--77815667	26	2.0	24	81	7	57	37	7	0	54	1.29
77818035--77818076	21	2.0	21	100	0	84	42	0	23	33	1.55
77820046--77820087	19	2.2	19	95	0	75	4	42	26	26	1.75
77823375--77823447	27	2.7	27	89	0	101	46	9	20	23	1.80
77825513--77825551	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
77825777--77825874	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
77825779--77825867	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
77832882--77832920	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
77833147--77833220	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
77833148--77833213	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
77839577--77839922	115	3.0	115	98	0	656	35	13	11	39	1.81
77842511--77842544	15	2.3	15	90	5	52	32	29	0	38	1.58
77845946--77846099	45	3.4	45	68	5	139	24	21	13	40	1.89
77845889--77846095	90	2.3	91	83	2	256	23	22	15	38	1.92
77846082--77846113	14	2.3	14	100	0	64	12	21	18	46	1.82
77850346--77850742	48	8.3	48	99	0	785	50	6	7	35	1.57
77861018--77861199	44	4.2	44	66	10	113	30	24	19	24	1.98
77860578--77861967	131	10.6	131	92	1	2046	29	25	18	26	1.98
77863242--77863274	14	2.4	14	90	5	50	15	21	0	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77866868--77866914	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
77870703--77870858	77	2.0	78	98	1	305	36	14	21	27	1.92
77872762--77872794	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
77873833--77873971	59	2.4	58	85	4	181	37	20	17	24	1.94
77878406--77878431	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
77880816--77880841	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
77884909--77884935	14	1.9	14	100	0	54	55	44	0	0	0.99
77887373--77887435	32	2.0	32	100	0	126	33	12	25	28	1.92
77889510--77889560	24	2.1	24	82	7	59	25	5	0	68	1.12
77889749--77889980	114	2.0	113	88	0	338	26	21	26	25	2.00
77889963--77890411	114	4.0	113	82	5	518	25	20	26	27	1.99
77890876--77890963	26	3.3	26	84	9	108	27	4	6	61	1.41
77894057--77894463	114	3.6	114	85	2	489	25	21	26	27	1.99
77894772--77894815	14	3.1	14	83	3	52	29	0	31	38	1.58
77895441--77895606	84	2.0	84	87	0	242	28	18	22	30	1.97
77895949--77896151	84	2.4	84	84	4	225	31	17	20	30	1.96
77895990--77896195	84	2.5	84	84	6	251	27	18	19	33	1.96
77896425--77896821	84	4.7	83	87	4	417	29	15	20	33	1.94
77895381--77896691	540	2.4	542	91	1	2137	29	15	19	34	1.93
77896515--77896821	84	3.7	84	92	2	467	27	17	21	33	1.96
77898344--77898457	47	2.5	45	89	8	171	39	13	2	44	1.57
77898441--77898531	18	4.9	18	77	15	96	43	10	1	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77898423--77898512	35	2.6	31	76	19	90	42	12	1	44	1.49
77898432--77898524	22	4.4	22	66	21	65	41	12	1	44	1.50
77898634--77898691	30	1.9	30	82	6	73	46	13	5	34	1.66
77898652--77898814	9	18.1	9	65	20	65	47	17	1	32	1.59
77898678--77898953	16	16.8	16	66	21	103	49	17	1	31	1.56
77898798--77898913	44	2.6	46	86	5	173	50	16	0	31	1.51
77898814--77898883	21	3.2	21	76	7	86	52	14	0	32	1.41
77898890--77898953	9	7.6	9	69	13	55	48	20	3	28	1.64
77901013--77901307	43	6.9	43	87	0	349	28	20	26	24	1.99
77903670--77903702	14	2.4	14	85	5	50	75	6	0	18	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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