genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16314513--16314573	21	2.9	21	80	4	70	31	11	22	34	1.90
16321175--16321214	20	2.0	20	90	0	62	37	17	22	22	1.94
16323498--16323603	23	4.7	22	73	16	83	24	20	17	36	1.94
16327108--16327290	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
16327087--16327290	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
16334378--16334651	40	6.8	40	87	3	395	22	29	22	25	1.99
16334378--16334651	82	3.4	82	93	1	435	22	29	22	25	1.99
16334378--16334651	122	2.2	121	88	2	397	22	29	22	25	1.99
16347582--16347624	20	2.2	20	86	0	59	27	4	20	46	1.71
16363998--16364028	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
16366842--16367010	39	4.3	39	88	0	248	24	26	18	30	1.98
16371315--16371372	28	2.1	28	80	6	64	48	17	15	18	1.82
16371792--16371878	27	3.3	27	82	7	81	27	11	16	44	1.81
16371802--16372042	27	9.1	26	78	9	193	31	12	19	37	1.88
16371833--16372044	53	4.0	54	80	5	225	31	11	19	37	1.88
16371834--16372048	106	2.0	106	83	5	274	31	11	20	37	1.88
16374078--16374185	27	4.0	27	88	0	144	31	16	22	29	1.96
16374090--16374265	54	3.3	52	77	10	133	35	17	15	31	1.91
16374170--16374254	27	3.2	27	96	1	154	38	14	9	37	1.78
16374248--16374453	27	7.7	27	79	3	209	42	20	8	28	1.82
16374170--16374325	54	2.9	52	82	3	150	39	19	9	32	1.84
16374275--16374428	80	1.9	81	85	6	215	41	19	9	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16374248--16374455	107	1.9	108	82	2	258	41	20	8	29	1.82
16374891--16374941	22	2.3	23	83	10	70	25	23	19	31	1.98
16376404--16376464	21	2.9	21	90	0	68	37	16	13	32	1.87
16376403--16376477	10	7.1	11	74	7	57	33	18	13	34	1.90
16376417--16376465	21	2.3	21	92	0	71	36	20	10	32	1.86
16376621--16376714	27	3.4	27	86	2	143	23	23	17	36	1.95
16376591--16376715	27	4.6	28	81	5	141	27	23	14	35	1.93
16376589--16376732	55	2.6	55	83	5	177	26	21	15	36	1.94
16376770--16377137	27	13.6	27	88	1	486	32	9	19	39	1.83
16376770--16377137	81	4.5	81	92	1	569	32	9	19	39	1.83
16402182--16402250	30	2.3	30	84	0	93	21	23	33	21	1.97
16405181--16405345	40	4.2	40	85	5	212	28	26	21	23	1.99
16409870--16410011	71	2.0	71	85	0	194	29	23	15	30	1.95
16412193--16412377	40	4.7	40	79	5	178	24	20	27	27	1.99
16412232--16412410	79	2.3	79	77	5	182	26	20	27	25	1.99
16413333--16413508	88	2.0	88	94	0	307	31	35	9	22	1.87
16417227--16417389	23	6.9	23	71	18	95	25	23	20	30	1.98
16424449--16424864	225	1.9	224	96	0	769	29	17	24	29	1.97
16428103--16428201	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
16438936--16439122	39	4.8	38	84	6	216	29	29	21	18	1.97
16438962--16439122	77	2.1	77	86	6	220	29	29	22	19	1.98
16444477--16444631	39	4.0	38	84	4	184	32	30	20	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16450633--16450817	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
16450614--16450817	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
16456018--16456242	40	5.7	39	86	3	263	26	28	22	23	1.99
16456018--16456242	79	2.8	78	83	4	263	26	28	22	23	1.99
16460652--16460713	28	2.2	28	88	2	88	32	24	22	20	1.98
16460660--16460714	28	2.0	28	92	0	92	29	21	27	21	1.99
16460823--16460884	28	2.2	28	91	0	97	32	8	27	32	1.86
16468508--16468730	28	8.0	28	98	0	428	31	21	28	18	1.97
16468836--16468900	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
16472731--16472879	27	5.4	27	90	2	217	30	28	13	27	1.94
16472731--16472879	55	2.7	54	88	2	217	30	28	13	27	1.94
16475219--16475251	17	1.9	17	93	0	57	42	18	15	24	1.88
16483054--16483213	44	3.8	43	75	14	120	29	17	25	28	1.97
16483095--16483213	44	2.8	43	81	11	129	26	18	26	27	1.98
16486143--16486318	39	4.5	40	89	3	227	26	30	22	21	1.99
16486143--16486318	79	2.2	79	86	6	241	26	30	22	21	1.99
16493557--16493601	16	2.9	16	77	16	58	48	0	0	51	1.00
16498880--16499487	55	10.9	55	83	4	752	33	16	20	29	1.95
16498880--16499487	111	5.4	110	85	5	758	33	16	20	29	1.95
16506281--16506361	40	2.0	40	100	0	162	40	7	22	29	1.81
16506534--16506567	17	1.9	17	88	5	50	58	11	0	29	1.33
16508519--16508554	19	1.9	18	88	5	54	41	25	0	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16509204--16509283	40	2.0	40	100	0	160	32	7	15	45	1.74
16509357--16509405	20	2.5	19	83	6	71	46	0	0	53	1.00
16514076--16514145	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
16514076--16514173	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
16514620--16514646	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
16526438--16526475	17	2.2	17	100	0	76	34	21	10	34	1.87
16529757--16529914	46	3.5	44	77	10	124	25	29	20	24	1.99
16529794--16529999	46	4.5	45	76	7	157	25	29	20	24	1.99
16532666--16532703	17	2.2	17	100	0	76	34	21	10	34	1.87
16533432--16533524	27	3.4	27	92	0	150	34	24	17	23	1.96
16533707--16533759	27	2.0	26	85	7	70	20	24	22	32	1.98
16533948--16534018	33	2.1	34	84	2	90	21	22	26	29	1.99
16538152--16538189	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
16547729--16547794	28	2.4	28	97	0	123	16	46	21	15	1.83
16548778--16549140	46	7.7	47	70	14	182	23	28	19	28	1.98
16548876--16549141	94	2.8	93	79	11	260	23	28	18	29	1.97
16551756--16551889	49	2.7	48	86	6	189	22	30	20	26	1.98
16553220--16553287	34	2.0	34	100	0	136	32	29	17	20	1.96
16565367--16565515	73	2.0	73	98	0	289	38	12	10	37	1.79
16566078--16566271	47	4.1	47	82	7	203	34	8	29	27	1.87
16566078--16566225	51	3.1	48	86	9	196	33	8	29	29	1.87
16566199--16566335	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16570981--16571203	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
16570981--16571203	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
16576481--16576545	30	2.2	29	91	2	103	23	16	24	35	1.95
16577936--16578045	6	17.8	6	69	15	73	47	10	20	20	1.80
16577948--16578045	25	3.7	25	84	8	106	45	11	21	21	1.82
16577948--16578023	31	2.5	31	95	0	134	44	11	22	21	1.84
16577948--16578045	31	3.4	30	78	16	107	45	11	21	21	1.82
16579523--16579786	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
16579523--16579819	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
16587555--16587816	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
16591226--16591332	27	4.0	27	80	9	119	25	22	18	33	1.97
16591230--16591332	54	1.9	53	86	2	143	25	23	17	33	1.96
16593915--16594103	50	3.8	49	85	1	225	25	18	25	29	1.98
16601750--16601810	30	2.1	29	90	3	95	22	14	24	37	1.92
16611384--16611469	42	2.0	43	86	2	120	22	9	23	45	1.81
16620641--16620906	40	6.7	40	90	3	385	24	21	28	25	1.99
16633751--16633837	43	2.0	43	82	4	104	25	19	29	25	1.98
16637244--16637356	29	4.0	29	86	2	149	24	14	30	30	1.94
16637242--16637357	57	2.0	57	86	3	162	25	13	30	30	1.94
16640698--16641567	41	21.2	41	99	0	1695	21	21	29	26	1.99
16645482--16645585	50	2.1	50	98	0	199	36	11	17	34	1.86
16647308--16647362	27	2.0	27	100	0	110	38	3	10	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16648402--16648434	12	2.5	14	85	14	52	24	0	0	75	0.80
16649366--16649424	28	2.1	29	93	3	102	28	11	28	30	1.92
16649371--16649448	28	2.8	29	84	5	90	26	12	30	29	1.93
16652086--16652195	27	4.1	27	82	6	127	40	22	22	14	1.90
16653604--16653728	24	5.2	24	91	0	133	24	39	1	35	1.65
16653617--16653724	48	2.2	48	88	0	162	25	38	0	35	1.62
16658195--16658225	16	1.9	16	93	0	53	35	0	16	48	1.46
16662693--16662776	27	3.1	27	81	6	107	36	21	25	16	1.94
16664186--16664285	24	4.2	24	89	0	137	24	40	2	34	1.66
16666727--16666827	29	3.6	29	90	2	152	25	13	29	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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