genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33242395--33242432	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
33247980--33248613	126	5.0	126	92	0	1027	27	20	18	33	1.96
33249159--33249230	20	3.7	20	68	20	62	44	25	0	30	1.54
33249175--33249251	38	2.1	36	84	13	97	41	24	0	33	1.55
33249317--33249356	16	2.5	16	91	0	62	57	32	2	7	1.40
33249342--33249388	22	2.1	22	88	0	67	53	34	0	12	1.39
33249694--33249745	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
33249726--33249820	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
33249958--33250012	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
33250143--33250303	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
33255506--33255639	48	2.8	46	82	10	153	32	9	5	51	1.59
33257221--33257258	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
33261151--33261181	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33261148--33261187	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33261429--33261632	55	3.8	53	80	7	198	22	24	17	35	1.95
33263537--33264170	126	5.0	126	92	0	1036	26	20	18	33	1.96
33264716--33264787	20	3.7	20	68	20	62	44	25	0	30	1.54
33264732--33264808	38	2.1	36	84	13	97	41	24	0	33	1.55
33264874--33264913	16	2.5	16	91	0	62	57	32	2	7	1.40
33264899--33264945	22	2.1	22	88	0	67	53	34	0	12	1.39
33265251--33265302	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
33265283--33265377	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33265515--33265569	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
33265700--33265860	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
33272544--33272584	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
33272762--33272801	21	1.9	21	100	0	80	20	5	40	35	1.74
33283226--33283363	61	2.3	60	82	7	174	25	28	21	24	1.99
33285980--33286037	28	2.0	28	83	6	71	27	12	8	51	1.68
33286205--33286267	29	2.2	29	80	11	67	69	4	4	20	1.25
33286242--33286288	20	2.3	20	75	10	51	70	4	2	23	1.16
33287831--33287882	26	2.0	26	100	0	104	53	11	15	19	1.71
33292699--33292748	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
33292675--33292760	21	3.9	23	77	10	81	37	24	22	16	1.93
33293133--33293190	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
33294436--33294462	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
33294485--33294513	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
33297532--33297605	37	2.0	37	97	0	139	25	5	10	58	1.53
33300743--33300783	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
33306231--33306291	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33308557--33308605	22	2.3	23	82	13	68	8	10	10	71	1.31
33309510--33309574	3	22.0	3	71	3	51	7	29	0	63	1.22
33309533--33309561	6	4.8	6	100	0	58	13	34	0	51	1.42
33310689--33310795	32	3.4	31	83	5	124	42	8	10	39	1.69
33319904--33319935	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33323835--33323919	12	6.3	13	74	14	57	22	3	0	74	0.97
33323877--33323917	6	6.8	6	94	0	73	14	2	0	82	0.76
33326487--33326525	20	2.1	19	85	9	53	53	17	25	2	1.56
33326556--33326654	52	1.9	51	83	6	128	27	28	28	16	1.97
33327055--33327086	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
33331024--33331057	16	2.1	16	100	0	68	26	8	17	47	1.77
33351756--33351820	34	1.9	34	93	6	114	44	23	10	21	1.83
33356540--33356580	21	2.0	21	85	9	57	43	0	2	53	1.13
33358825--33359329	130	3.9	130	79	4	309	34	18	19	28	1.95
33358988--33359315	130	2.5	130	84	0	413	33	19	19	28	1.96
33365734--33366238	130	3.9	130	83	3	383	34	18	18	28	1.95
33365897--33366224	130	2.5	130	91	0	530	34	20	17	27	1.95
33371068--33371239	52	3.2	52	81	5	193	25	16	27	30	1.96
33372095--33372119	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
33375253--33375323	36	2.0	35	97	0	124	40	11	21	25	1.86
33381309--33381342	18	1.9	18	88	5	52	55	11	23	8	1.63
33386561--33386700	52	2.7	52	80	1	154	25	18	27	28	1.98
33387678--33387754	29	2.7	29	91	0	127	18	35	29	16	1.93
33389003--33389104	3	33.7	3	98	2	195	32	0	0	66	0.98
33389401--33389431	3	10.0	3	93	6	53	32	3	0	64	1.09
33397975--33398184	47	4.6	47	78	13	206	31	14	21	31	1.94
33398059--33398217	38	4.0	38	77	14	158	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33398011--33398217	85	2.4	85	92	0	351	30	14	23	31	1.94
33402023--33402103	27	3.0	27	75	10	85	39	14	1	44	1.54
33402023--33402103	26	3.0	28	75	10	89	39	14	1	44	1.54
33405208--33405242	17	2.1	17	94	0	61	37	25	2	34	1.71
33409794--33409837	6	7.3	6	97	0	61	34	6	34	25	1.82
33415685--33415760	10	7.5	11	72	19	58	38	3	1	56	1.26
33415680--33415760	20	4.1	20	72	9	67	37	3	1	58	1.24
33415685--33415760	30	2.5	31	85	6	102	38	3	1	56	1.26
33419032--33419219	48	3.9	48	71	2	137	32	26	18	22	1.97
33422700--33422903	17	12.3	17	75	9	154	45	11	9	33	1.73
33423456--33423507	26	2.0	26	85	3	70	0	25	0	75	0.81
33423870--33423986	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
33423885--33423986	30	3.4	30	84	2	134	44	3	21	30	1.70
33423982--33424016	14	2.4	15	90	4	54	28	0	2	68	1.04
33424258--33424475	54	4.1	55	87	8	315	37	17	16	28	1.91
33424454--33424488	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
33424578--33424825	85	2.8	87	80	10	299	36	18	18	26	1.94
33424738--33424771	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
33424578--33424832	91	2.9	88	82	9	315	36	18	18	26	1.93
33424755--33425073	123	2.6	123	91	3	523	36	21	14	27	1.92
33424915--33425723	194	4.2	193	98	0	1539	35	20	13	30	1.91
33424915--33425723	387	2.1	386	97	0	1548	35	20	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33434046--33434342	44	6.8	45	73	10	161	27	23	18	30	1.97
33434046--33434206	88	1.8	88	82	5	209	29	23	16	30	1.96
33434179--33434432	46	5.7	46	79	7	218	25	21	21	31	1.98
33434134--33434383	131	1.9	131	85	3	342	26	23	20	30	1.98
33448143--33448274	35	3.8	35	87	1	140	21	9	48	21	1.77
33448171--33448274	35	3.0	35	92	0	172	23	10	47	19	1.80
33453662--33453706	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
33457438--33457482	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
33460730--33460765	18	2.0	18	94	0	63	63	5	11	19	1.46
33463998--33464030	17	1.9	17	88	11	50	78	0	0	21	0.75
33464262--33464317	23	2.5	20	78	16	58	55	1	0	42	1.10
33464262--33464318	22	2.6	20	74	17	51	54	1	0	43	1.10
33468079--33468171	49	2.0	46	87	6	132	36	12	11	38	1.81
33473339--33473446	54	2.0	54	87	0	153	27	12	11	49	1.74
33474689--33474733	23	2.0	23	86	8	65	62	28	0	8	1.25
33485419--33486177	402	1.9	401	98	0	1473	38	0	36	24	1.59
33486194--33486230	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
33489163--33489200	12	2.9	14	80	15	53	31	2	0	65	1.06
33489134--33489242	26	4.2	25	80	5	110	31	3	1	63	1.22
33489129--33489242	51	2.2	53	87	7	171	30	4	1	63	1.24
33489206--33489263	22	2.6	21	81	15	55	39	6	0	53	1.28
33489127--33489371	25	9.6	25	68	16	96	29	3	3	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33495526--33496096	89	6.3	90	71	13	323	32	16	20	30	1.95
33495459--33495995	181	3.0	181	87	1	758	32	16	20	31	1.94
33495971--33496184	44	4.8	43	79	5	187	32	19	20	28	1.97
33495966--33496184	88	2.5	88	81	10	250	32	20	19	27	1.97
33497730--33497846	52	2.2	52	86	5	166	29	5	2	62	1.30
33497766--33497846	26	3.2	25	77	6	92	32	3	1	62	1.20
33497834--33497890	24	2.2	27	78	9	66	33	5	1	59	1.30
33497905--33497930	12	2.2	12	100	0	52	50	15	0	34	1.45
33497914--33497947	17	2.0	17	100	0	68	52	11	0	35	1.38
33503709--33503801	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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