genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86725016--86725144	59	2.2	59	88	1	197	23	28	11	36	1.90
86727735--86727774	21	1.9	21	89	0	62	30	40	12	17	1.86
86730433--86730507	27	2.8	27	77	4	71	41	21	17	20	1.90
86732353--86732421	34	2.1	32	86	5	93	21	23	31	23	1.98
86738744--86738881	40	3.5	40	90	3	199	23	23	28	23	1.99
86740259--86740310	22	2.4	22	80	0	59	38	19	21	21	1.94
86745959--86746034	23	3.3	23	77	14	86	26	26	17	30	1.97
86748218--86748309	28	3.3	28	95	0	157	18	16	38	27	1.92
86748626--86748884	27	9.7	27	80	5	256	39	22	8	29	1.83
86748626--86748884	80	3.2	80	80	5	265	39	22	8	29	1.83
86752700--86752876	40	4.4	40	92	2	286	25	25	23	24	2.00
86758883--86759077	27	7.2	27	80	8	227	19	25	21	33	1.97
86758880--86759077	54	3.7	54	93	1	335	19	25	21	33	1.97
86761970--86762083	41	2.7	42	82	2	140	30	15	23	29	1.96
86762018--86762124	42	2.5	42	78	3	117	31	20	24	23	1.98
86764411--86764573	43	3.9	41	75	9	132	33	24	14	27	1.94
86768893--86769043	47	3.2	47	92	0	230	36	7	29	26	1.85
86768893--86769083	47	4.1	47	85	4	188	35	8	29	26	1.86
86768893--86769083	94	2.0	94	82	2	231	35	8	29	26	1.86
86769057--86769239	46	4.0	46	89	0	258	34	9	31	24	1.87
86774364--86774469	6	17.3	6	77	14	110	48	15	17	18	1.82
86774364--86774469	31	3.5	31	85	6	137	48	15	17	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86775612--86775672	27	2.3	26	80	8	68	40	21	9	27	1.85
86775651--86775742	27	3.4	27	84	3	114	29	20	6	43	1.77
86775741--86775924	54	3.4	54	79	5	185	38	21	9	30	1.85
86775741--86775924	27	6.8	26	85	1	143	38	21	9	30	1.85
86775907--86775981	27	2.8	26	74	8	78	37	20	8	34	1.82
86775963--86776185	27	8.3	27	88	0	284	33	18	21	26	1.97
86776592--86776675	6	13.7	6	75	14	73	20	17	14	47	1.82
86776592--86776666	31	2.4	31	90	0	114	18	18	14	48	1.82
86776663--86776696	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
86777582--86777777	27	7.3	27	88	0	275	24	20	19	35	1.96
86777586--86777777	81	2.4	81	91	0	314	24	21	18	35	1.96
86777762--86778102	27	12.6	27	82	3	202	33	9	21	35	1.86
86777583--86777804	54	4.1	52	79	12	225	25	19	18	35	1.95
86777762--86778102	54	6.3	54	80	4	229	33	9	21	35	1.86
86782271--86782319	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
86787071--86787228	43	3.7	42	73	13	135	22	20	27	29	1.98
86788371--86788429	27	2.2	26	84	3	73	35	20	23	20	1.96
86790717--86790892	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
86790714--86790885	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
86794715--86794761	21	2.2	21	88	0	67	55	2	23	19	1.54
86804518--86804788	94	2.9	91	76	14	284	23	26	21	28	1.99
86811272--86811354	31	2.7	31	92	3	134	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86811561--86811644	25	3.4	24	81	12	82	28	22	19	29	1.98
86811574--86811643	25	2.8	25	89	4	97	28	22	21	27	1.99
86812099--86812147	20	2.5	20	93	0	80	16	34	24	24	1.95
86812543--86812726	54	3.4	54	81	3	174	29	10	20	39	1.87
86812543--86812693	27	5.6	27	81	0	176	29	8	21	40	1.83
86812513--86812726	81	2.6	81	79	4	225	28	11	20	39	1.87
86812725--86812870	27	5.4	27	85	6	206	37	6	26	30	1.81
86812725--86812861	54	2.5	54	93	0	238	39	5	24	30	1.79
86812831--86813023	27	7.2	26	74	9	129	33	8	19	38	1.82
86812715--86812897	54	3.4	53	83	8	210	36	7	24	31	1.84
86812716--86812977	81	3.3	80	78	9	221	35	8	22	34	1.84
86812849--86813023	54	3.2	53	73	11	151	32	8	18	40	1.81
86812849--86813023	80	2.2	81	90	2	271	32	8	18	40	1.81
86812867--86813018	54	2.8	53	80	8	191	32	9	17	40	1.81
86815176--86815490	49	6.7	46	74	12	216	22	27	20	29	1.98
86821905--86821950	22	2.0	23	83	4	58	28	34	19	17	1.94
86822573--86822611	12	3.0	13	85	11	53	82	0	15	2	0.79
86822574--86822611	19	2.0	19	90	10	60	84	0	13	2	0.73
86822730--86822887	80	2.0	80	98	0	307	31	20	11	37	1.88
86824994--86825834	3	280.3	3	99	0	1673	0	33	0	66	0.92
86835204--86835233	14	2.1	15	93	6	53	46	3	0	50	1.18
86837206--86837262	29	2.0	29	89	0	87	47	8	3	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86837544--86837715	94	1.8	94	97	0	326	40	6	19	33	1.78
86840283--86840335	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
86844514--86847540	153	19.8	153	85	3	3797	37	18	9	34	1.84
86844514--86847540	455	6.6	457	88	3	3815	37	18	9	34	1.84
86847684--86847713	12	2.5	12	100	0	60	26	16	16	40	1.90
86848758--86849081	48	6.8	48	75	4	271	28	19	28	23	1.98
86848752--86849081	96	3.4	96	88	0	464	28	18	28	23	1.98
86851277--86851336	30	2.0	30	100	0	120	23	13	16	46	1.82
86851447--86851569	43	2.9	43	79	9	126	28	17	26	28	1.97
86853362--86853685	48	6.8	48	75	4	271	28	19	28	23	1.98
86853356--86853685	96	3.4	96	88	0	464	28	18	28	23	1.98
86855881--86855940	30	2.0	30	100	0	120	23	13	16	46	1.82
86856051--86856173	43	2.9	43	79	9	126	28	17	26	28	1.97
86858803--86858930	40	3.2	39	80	4	148	22	20	28	28	1.98
86859153--86859194	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
86860952--86861004	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40
86860948--86861010	27	2.3	26	73	10	63	41	0	9	49	1.35
86861006--86861037	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
86864725--86864804	7	11.4	7	79	18	53	16	3	0	80	0.86
86865014--86865503	245	2.0	245	100	0	980	22	38	11	26	1.89
86866002--86866322	118	2.7	118	95	0	572	23	17	30	28	1.97
86866360--86866393	9	3.6	9	92	8	50	91	0	8	0	0.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86866360--86866399	11	3.7	11	83	16	57	90	0	10	0	0.47
86866360--86866399	20	2.0	21	95	5	73	90	0	10	0	0.47
86866360--86866400	15	2.8	15	88	3	57	90	0	9	0	0.46
86874579--86874637	21	2.9	21	94	2	102	11	42	28	16	1.84
86874868--86876097	153	8.1	153	80	6	1187	36	17	11	34	1.86
86874868--86876135	307	4.2	304	81	5	1314	36	17	10	34	1.85
86874868--86875898	460	2.2	459	83	2	1309	36	17	11	34	1.86
86880795--86881058	132	2.0	129	89	6	406	30	12	8	48	1.71
86884412--86884461	23	2.2	23	88	0	73	58	16	2	24	1.49
86891956--86892005	16	3.2	16	94	2	84	6	30	52	12	1.62
86892152--86892186	12	3.0	12	87	4	54	31	0	0	68	0.90
86892187--86892224	18	2.1	18	85	9	51	65	15	0	18	1.27
86892323--86892367	20	2.2	21	84	7	58	68	8	0	22	1.16
86892396--86892435	11	3.6	11	82	0	53	60	10	10	20	1.57
86896523--86896565	19	2.2	19	83	8	50	41	2	11	44	1.53
86905911--86905977	21	3.2	20	70	16	55	19	22	17	40	1.92
86905924--86905989	21	3.2	20	67	16	53	15	25	18	40	1.89
86909708--86909830	28	4.4	28	86	2	158	26	13	27	32	1.93
86910660--86910711	25	2.1	25	88	0	77	36	7	15	40	1.76
86911340--86911382	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
86911372--86911416	13	3.5	13	77	22	58	40	0	0	60	0.97
86911368--86911432	26	2.4	27	92	5	105	36	1	1	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86916326--86916415	23	4.0	23	77	7	78	22	17	20	40	1.92
86920441--86920491	25	2.0	25	84	0	66	39	7	11	41	1.71
86921122--86921149	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
86923848--86923973	38	3.3	38	84	2	144	30	25	20	23	1.99
86930051--86930099	26	1.9	25	87	4	71	38	0	0	61	0.96
86930020--86930117	28	3.5	28	74	17	78	41	0	1	57	1.05
86930537--86930600	32	2.0	32	93	0	110	32	12	3	51	1.55
86934257--86934312	26	2.1	27	83	6	71	26	0	5	67	1.11
86940903--86940970	14	4.9	14	80	8	68	1	29	0	69	0.98
86940909--86940943	17	2.1	17	94	0	61	0	25	0	74	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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