genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458556--2458698	25	5.8	25	92	2	229	27	21	23	27	1.99
2458556--2458726	50	3.5	49	88	5	240	28	21	23	26	1.99
2458555--2458725	25	7.0	23	85	8	200	28	21	23	26	1.99
2458918--2458981	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
2467769--2467920	56	2.7	56	93	0	250	34	25	15	25	1.95
2468672--2468711	15	2.7	15	100	0	80	55	20	0	25	1.44
2469921--2470063	43	3.3	43	75	7	137	21	17	20	40	1.91
2504018--2504150	55	2.4	54	80	3	149	30	30	23	15	1.95
2508185--2508224	13	3.1	13	96	0	71	20	27	37	15	1.92
2514262--2514373	46	2.4	46	75	8	120	31	18	27	22	1.97
2517137--2517183	22	2.1	22	100	0	94	36	23	4	36	1.75
2519916--2519981	27	2.4	27	75	9	62	21	24	31	22	1.98
2521822--2521861	20	2.0	20	90	0	62	55	2	5	37	1.35
2523373--2523480	28	3.8	29	82	2	123	28	30	13	26	1.94
2527855--2528032	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2527876--2528031	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2538725--2538781	28	2.0	28	96	0	105	31	21	8	38	1.84
2539010--2539287	139	2.0	139	99	0	547	28	23	16	31	1.96
2540094--2540271	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
2540115--2540270	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	26	1.96
2540094--2540270	54	3.3	54	81	6	196	29	28	15	26	1.96
2544642--2545019	187	2.0	186	98	0	738	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2545250--2545362	58	1.9	58	96	0	208	27	26	14	31	1.94
2546521--2546634	57	2.0	57	96	3	212	29	22	21	26	1.99
2547939--2548090	75	2.0	75	94	2	270	35	21	18	25	1.95
2548605--2548782	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
2548626--2548781	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
2550654--2550741	44	2.0	44	88	0	131	28	28	13	29	1.94
2556877--2557054	27	6.6	27	81	5	189	30	28	14	26	1.95
2556897--2557053	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
2559761--2559985	40	5.7	40	84	5	278	24	21	27	25	1.99
2566849--2566930	41	2.0	41	97	0	155	42	12	18	26	1.85
2567247--2568295	47	22.3	47	98	0	1864	30	10	31	27	1.90
2568414--2568492	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
2570369--2570442	29	2.6	29	82	4	87	27	14	31	27	1.95
2570751--2570933	40	4.6	40	83	8	203	24	22	27	25	2.00
2573635--2573754	61	2.0	60	95	1	213	44	8	24	23	1.80
2579943--2580217	47	5.8	46	74	12	193	28	19	28	22	1.98
2579948--2580213	49	5.6	47	73	12	177	29	19	28	23	1.98
2582403--2582446	21	2.1	22	80	16	58	70	2	20	6	1.21
2589224--2589747	48	10.8	48	89	3	773	30	27	17	24	1.97
2590401--2590461	30	2.0	30	87	6	88	27	26	11	34	1.91
2595237--2595475	49	4.8	48	78	6	235	29	27	18	24	1.98
2595232--2595475	100	2.5	99	84	4	312	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596122--2596182	30	2.0	30	87	6	88	29	26	8	36	1.85
2597285--2597332	16	2.9	17	70	17	55	25	33	14	27	1.94
2597267--2597332	33	2.0	33	93	0	114	27	33	15	24	1.95
2597269--2597326	17	3.5	17	72	13	57	27	32	15	24	1.95
2602529--2603475	40	23.7	40	99	0	1849	27	20	27	24	1.99
2605583--2605670	36	2.5	34	75	12	88	42	7	5	44	1.57
2609808--2609883	9	8.4	9	86	0	107	38	26	11	23	1.89
2609808--2609883	18	4.2	18	96	0	143	38	26	11	23	1.89
2616588--2616617	15	2.0	15	93	0	51	30	6	16	46	1.73
2619371--2619413	19	2.2	20	87	4	61	37	0	2	60	1.10
2620800--2620872	28	2.6	27	79	14	69	15	6	5	72	1.24
2620758--2620967	101	2.0	105	92	4	358	16	8	8	67	1.41
2621542--2621600	29	2.0	29	96	0	109	37	8	0	54	1.31
2624089--2624136	5	9.4	5	84	8	53	20	25	14	39	1.91
2626360--2626551	24	8.3	23	70	11	106	46	21	5	26	1.73
2626353--2626593	69	3.5	69	91	0	392	45	21	6	26	1.76
2626464--2626563	22	4.4	23	73	5	87	44	20	11	25	1.84
2626718--2627149	69	6.3	69	99	0	846	44	21	9	24	1.81
2627909--2628065	41	3.8	41	87	0	215	33	27	19	19	1.96
2628442--2628500	28	2.0	30	81	15	70	42	11	1	44	1.51
2634549--2634638	44	2.0	44	97	0	171	15	34	0	50	1.45
2636274--2636354	35	2.3	35	82	2	92	24	20	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637223--2637309	25	3.4	25	78	10	81	68	2	26	2	1.13
2644365--2644645	44	6.1	44	67	11	159	33	15	19	30	1.93
2644405--2644637	95	2.5	95	87	1	351	33	14	19	31	1.92
2644405--2644669	95	2.8	95	81	4	241	33	15	19	30	1.93
2646315--2646375	3	20.0	3	77	9	61	27	4	3	63	1.30
2652028--2652073	23	2.1	22	84	8	58	30	13	13	43	1.81
2658773--2658825	22	2.5	21	73	11	54	41	5	11	41	1.64
2663495--2663559	27	2.4	26	82	7	85	41	18	18	21	1.90
2674599--2674789	56	3.4	56	94	1	321	34	26	13	26	1.93
2683447--2683486	20	2.0	20	95	0	71	45	0	17	37	1.49
2683443--2683490	20	2.7	18	79	17	55	41	0	16	41	1.48
2689005--2689177	68	2.5	68	81	3	179	37	16	22	23	1.94
2695586--2695619	10	3.3	10	88	8	50	2	20	17	58	1.51
2705929--2705976	23	2.1	23	84	0	60	33	22	27	16	1.96
2705848--2706000	25	6.2	24	66	14	73	35	20	24	18	1.95
2705888--2706015	25	5.2	25	70	13	77	35	20	24	20	1.96
2708320--2708344	13	1.9	13	100	0	50	0	32	28	40	1.57
2713363--2713393	11	2.8	11	100	0	62	48	29	0	22	1.51
2734546--2734589	23	2.0	22	86	4	61	45	31	4	18	1.69
2735302--2735433	42	3.1	42	84	5	160	29	25	15	30	1.95
2735855--2735890	17	2.1	17	100	0	72	30	22	11	36	1.89
2741652--2741728	37	2.1	37	100	0	154	20	19	15	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744459--2744633	46	3.8	46	96	0	314	20	21	29	29	1.98
2754942--2755117	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
2754939--2755110	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
2760943--2761251	47	6.7	46	73	16	185	22	29	20	27	1.98
2760890--2761248	94	3.8	93	80	12	391	22	29	20	27	1.98
2760890--2761251	141	2.6	139	78	9	344	22	29	20	27	1.98
2760891--2761245	188	1.9	184	85	9	486	22	29	20	27	1.98
2764422--2764481	27	2.2	27	93	0	102	30	30	13	26	1.94
2764865--2764911	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
2770716--2770901	47	3.9	47	92	2	300	34	8	27	29	1.85
2770716--2770901	96	2.0	93	91	2	282	34	8	27	29	1.85
2781521--2781549	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2782842--2782870	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2790114--2790231	51	2.2	53	86	4	159	42	22	17	16	1.89
2790527--2790565	9	4.4	9	93	3	53	61	5	0	33	1.18
2790533--2790568	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
2791223--2791263	22	1.9	21	85	5	55	2	19	7	70	1.22
2795577--2795608	15	2.1	15	100	0	64	31	6	25	37	1.81
2795903--2795940	11	3.5	11	85	10	51	52	0	28	18	1.45
2799790--2799990	108	1.9	108	95	0	366	43	9	4	42	1.59
2804420--2804495	22	3.5	22	78	5	82	36	17	27	18	1.93
2806786--2806946	10	16.7	9	69	22	71	58	1	2	37	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806786--2806946	20	8.3	19	65	20	84	58	1	2	37	1.22
2809284--2809325	21	2.0	21	100	0	84	47	19	14	19	1.82
2824422--2824564	55	2.6	55	82	6	173	29	29	24	16	1.97
2830343--2830534	40	4.8	40	91	0	276	27	22	25	25	2.00
2830264--2830539	80	3.5	80	82	3	297	26	22	26	24	2.00
2834227--2835168	47	20.0	47	99	0	1812	31	8	29	29	1.87
2835163--2835387	113	2.0	113	98	0	432	27	18	30	24	1.98
2835451--2835530	38	2.1	37	86	6	108	25	18	30	26	1.98
2835451--2835530	37	2.1	38	86	6	110	25	18	30	26	1.98
2844159--2844216	29	2.0	29	93	0	98	29	17	15	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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