genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70847557--70847587	14	2.2	14	100	0	62	38	19	12	29	1.89
70848936--70849149	107	2.0	107	99	0	419	30	18	27	23	1.97
70850726--70850769	12	3.2	14	78	15	56	63	0	0	36	0.95
70853574--70853603	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
70853910--70854070	79	2.0	79	97	0	304	34	15	15	34	1.89
70854057--70854089	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
70856554--70856599	22	2.2	20	79	17	58	58	2	6	32	1.36
70861664--70861704	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
70875294--70875328	14	2.5	14	95	0	61	37	0	0	62	0.95
70881710--70881743	17	1.9	17	88	5	50	20	11	2	64	1.39
70882299--70882357	17	3.5	17	100	0	118	20	37	27	15	1.92
70883197--70883226	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
70883481--70883507	14	1.9	14	100	0	54	14	3	7	74	1.18
70886696--70886749	22	2.6	20	78	16	65	20	7	0	72	1.08
70886699--70886765	29	2.3	29	84	5	91	17	7	0	74	1.04
70888470--70888502	6	5.5	6	92	0	57	15	0	3	81	0.80
70889468--70889492	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
70898767--70898922	22	7.1	21	75	8	98	21	23	29	25	1.99
70898779--70898879	43	2.3	44	84	1	132	19	22	31	25	1.98
70899084--70899161	22	3.5	22	79	6	86	16	19	33	30	1.94
70899126--70899173	22	2.2	22	92	0	78	20	22	29	27	1.99
70899134--70899200	22	3.0	21	78	8	53	25	22	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70898803--70899372	287	2.0	287	86	3	799	27	22	19	29	1.98
70901068--70901102	7	5.0	7	92	0	61	40	28	2	28	1.71
70904750--70904820	34	2.1	34	97	0	133	19	14	25	40	1.89
70905233--70905353	49	2.5	48	78	8	129	23	14	30	32	1.94
70907557--70907667	57	1.9	57	85	1	150	26	21	7	45	1.78
70919243--70919278	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
70920971--70921048	5	15.4	5	72	19	56	75	0	3	20	0.95
70920964--70921041	4	18.5	4	78	19	63	74	0	3	21	0.98
70920956--70921048	31	3.1	30	83	10	120	74	0	4	21	0.99
70927509--70927544	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
70931544--70931627	35	2.4	35	85	0	105	30	11	26	30	1.92
70936605--70936634	7	4.3	7	95	0	51	43	16	3	36	1.65
70953835--70953859	10	2.5	10	100	0	50	36	8	32	24	1.84
70955259--70955292	16	2.1	16	88	0	50	23	5	11	58	1.55
70968509--70968555	13	3.6	13	85	0	58	27	4	14	53	1.60
70970214--70970336	40	3.1	39	84	2	147	13	16	27	42	1.86
70980985--70981022	17	2.2	17	90	0	58	50	31	5	13	1.63
70984278--70984558	140	2.0	140	99	0	553	26	17	19	36	1.94
70988144--70988168	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
70989683--70989723	15	2.7	15	88	0	64	46	24	7	21	1.77
70990232--70990652	214	2.0	212	94	1	745	31	16	19	32	1.95
70993663--70993701	19	2.1	19	95	0	69	28	5	25	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71000609--71000650	18	2.3	18	84	8	50	85	0	7	7	0.73
71012401--71012425	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
71017717--71017771	27	2.0	28	82	3	67	41	34	5	18	1.73
71022604--71022652	21	2.4	19	80	16	53	69	4	2	24	1.17
71027818--71027874	29	2.0	29	89	0	87	21	31	12	35	1.90
71031215--71031254	17	2.4	17	91	8	64	65	2	0	32	1.06
71039191--71039670	240	2.0	240	100	0	960	38	14	15	32	1.87
71046043--71046141	50	2.0	50	91	0	162	26	25	29	19	1.98
71046053--71046171	50	2.4	50	82	0	139	27	22	28	21	1.99
71058363--71058545	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
71058342--71058545	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71059673--71059792	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
71060458--71060553	50	1.9	50	91	0	156	26	26	31	16	1.97
71060468--71060586	50	2.4	50	81	0	130	27	22	29	20	1.98
71060850--71060888	12	3.2	12	88	0	51	53	5	20	20	1.64
71064873--71064910	20	1.9	20	94	0	67	31	5	0	63	1.17
71067335--71068352	509	2.0	509	100	0	2036	36	10	15	38	1.81
71068169--71069342	587	2.0	587	100	0	2348	37	14	14	32	1.88
71084416--71084463	23	2.1	23	88	0	69	37	14	20	27	1.92
71089895--71089946	21	2.4	22	80	9	61	63	7	1	26	1.32
71091883--71091949	32	2.1	32	97	0	125	40	11	11	35	1.79
71098363--71098406	22	2.1	20	87	8	61	38	2	4	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71101462--71101559	42	2.3	42	94	0	169	26	26	10	36	1.88
71101958--71101991	17	2.1	17	88	5	52	32	17	0	50	1.47
71110957--71110990	11	3.2	11	91	4	52	29	0	0	70	0.87
71111198--71111249	26	1.9	27	88	7	79	19	11	13	55	1.68
71117417--71117452	6	6.0	6	90	9	56	19	0	0	80	0.71
71117483--71117538	27	2.0	28	82	3	69	39	10	3	46	1.56
71117722--71117783	26	2.4	26	80	0	70	41	6	1	50	1.38
71123439--71123473	13	2.7	13	91	8	54	85	0	11	2	0.69
71124877--71128241	50	67.3	50	74	4	2194	32	20	20	27	1.97
71124875--71127811	100	29.4	100	86	0	3253	32	21	19	27	1.97
71128144--71128244	51	2.0	51	86	0	139	31	15	23	28	1.96
71128533--71128707	44	3.9	44	75	12	151	28	20	23	27	1.99
71130459--71130569	58	1.9	59	83	5	145	35	12	4	47	1.62
71130609--71130662	26	2.1	26	86	6	74	42	9	1	46	1.46
71130609--71130678	26	2.8	24	82	4	68	42	8	1	47	1.43
71130621--71130682	26	2.4	26	80	0	70	41	6	1	50	1.38
71131121--71131255	71	1.9	71	93	0	234	28	19	19	32	1.96
71134705--71134750	20	2.4	19	86	13	67	69	0	0	30	0.89
71134724--71134872	39	3.7	39	81	12	169	65	0	2	32	1.07
71134767--71134829	31	2.2	27	83	13	81	63	0	1	34	1.04
71140738--71140937	41	4.9	40	87	4	249	20	19	31	29	1.97
71140738--71140937	82	2.4	82	89	1	303	20	19	31	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71141286--71141332	14	3.3	15	79	8	53	29	0	29	40	1.57
71141429--71141458	15	2.0	15	100	0	60	20	0	33	46	1.51
71141472--71141518	24	1.9	25	91	4	78	19	2	44	34	1.62
71141465--71141623	7	22.0	7	73	15	74	20	0	36	42	1.57
71141503--71141622	50	2.4	48	93	4	195	21	0	35	43	1.53
71145781--71145871	43	2.1	43	87	2	130	32	9	10	46	1.72
71146275--71146530	43	5.9	43	79	1	287	25	18	26	28	1.98
71146268--71146516	88	2.9	86	82	1	300	25	18	26	28	1.98
71148632--71148719	23	3.8	23	80	4	88	40	19	10	29	1.84
71154442--71154601	45	3.6	44	83	5	187	23	18	15	42	1.88
71169033--71169271	41	5.8	41	80	0	271	18	20	24	36	1.94
71171594--71171693	34	2.8	36	87	6	150	34	7	15	44	1.73
71171815--71171893	41	1.9	42	86	2	115	25	17	25	31	1.97
71178630--71178734	34	3.1	34	83	5	126	35	6	14	43	1.71
71178876--71178954	41	1.9	42	82	7	99	26	16	22	34	1.95
71180740--71180825	33	2.7	31	77	19	88	56	1	0	41	1.06
71180747--71180809	16	3.9	16	77	18	69	55	1	0	42	1.09
71180740--71180809	34	2.1	32	84	10	88	57	1	0	41	1.08
71180748--71180831	15	5.2	16	75	21	61	57	1	0	41	1.06
71197152--71197305	43	3.6	43	75	10	122	35	25	16	22	1.94
71197282--71197331	26	1.9	26	95	0	91	26	34	22	18	1.96
71197305--71197455	41	3.7	41	86	3	216	23	23	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71199536--71199568	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
71209106--71209138	16	2.1	16	94	0	57	24	3	3	69	1.16
71212057--71212098	22	1.9	22	85	0	57	57	26	7	9	1.56
71215112--71215347	47	5.0	47	94	0	400	31	9	31	27	1.88
71221429--71221481	27	2.0	27	84	0	70	22	28	16	32	1.96
71233079--71233164	26	3.3	26	85	1	111	17	41	25	15	1.88
71235672--71235696	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
71243426--71243480	13	4.2	13	76	4	56	34	18	0	47	1.49
71243428--71243480	27	2.0	27	85	7	72	35	18	0	45	1.50
71252149--71252410	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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