genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34680847--34680916	30	2.3	31	80	7	81	34	20	2	42	1.66
34681159--34681219	21	2.8	22	75	12	63	49	0	0	50	1.00
34685717--34685741	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
34685902--34685971	9	7.8	9	96	0	113	38	28	10	22	1.87
34687406--34687446	16	2.7	15	85	10	57	46	0	9	43	1.36
34690937--34690983	22	2.1	22	100	0	94	36	12	8	42	1.74
34702560--34702593	10	3.4	10	91	0	59	29	11	20	38	1.88
34707288--34707353	28	2.4	28	84	2	80	31	27	21	19	1.97
34707511--34707562	27	1.9	27	84	0	68	32	21	23	23	1.98
34707732--34707822	27	3.4	27	82	0	101	27	21	17	32	1.96
34711522--34711655	66	2.0	66	82	2	162	21	11	14	51	1.75
34718759--34718855	51	2.0	50	90	8	155	8	21	16	53	1.69
34719538--34719601	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
34721591--34721646	14	4.0	14	88	0	76	35	17	7	39	1.78
34721602--34721653	14	3.7	14	85	10	54	38	15	5	40	1.71
34725169--34725218	25	2.0	25	100	0	100	24	28	4	44	1.72
34728657--34728737	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
34734470--34734609	53	2.6	54	87	8	216	29	23	19	27	1.98
34734470--34734615	26	5.6	26	88	8	215	28	23	19	27	1.99
34737929--34738054	41	3.1	40	85	3	164	37	20	23	19	1.94
34743669--34743904	43	5.5	43	82	5	289	25	16	28	29	1.97
34746540--34746570	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34750624--34750716	18	5.2	18	93	0	159	31	17	24	26	1.97
34750624--34750716	36	2.6	36	98	0	177	31	17	24	26	1.97
34751261--34751291	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
34764126--34764186	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
34764229--34764264	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
34764357--34764398	3	13.7	3	95	5	75	64	0	0	35	0.94
34764847--34764922	26	2.9	26	88	5	100	50	18	3	27	1.65
34765388--34765615	44	5.2	44	75	8	178	24	25	17	32	1.96
34765755--34766680	205	4.5	206	91	2	1359	29	20	18	31	1.96
34773338--34773407	35	2.0	35	94	0	122	27	18	21	32	1.97
34774701--34774750	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
34778394--34778436	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
34779989--34780143	40	3.9	39	93	0	247	29	20	3	47	1.68
34786309--34786372	32	2.0	32	96	0	119	12	26	12	48	1.76
34786311--34786382	32	2.3	30	88	9	101	11	30	11	47	1.74
34789832--34789871	9	4.4	9	84	12	55	0	20	0	80	0.72
34789833--34789871	14	2.8	14	92	7	62	0	17	0	82	0.68
34805599--34806061	77	6.1	76	90	3	639	32	21	17	28	1.96
34806052--34806089	14	2.7	14	91	0	67	60	7	18	13	1.56
34805967--34806177	103	2.0	103	87	3	300	40	18	18	23	1.91
34806055--34806329	92	3.1	88	84	8	315	38	18	17	25	1.92
34806256--34806415	71	2.2	71	82	6	196	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34806162--34806685	162	3.1	163	84	8	608	37	19	16	26	1.92
34806416--34806587	76	2.3	76	85	1	238	36	20	16	27	1.94
34806575--34806612	14	2.7	14	91	0	67	60	7	18	13	1.56
34806578--34806773	90	2.2	88	85	7	265	39	19	18	22	1.93
34806685--34806830	72	2.0	74	85	6	199	32	22	17	27	1.97
34842499--34842534	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
34845509--34845538	15	2.0	15	100	0	60	46	20	0	33	1.51
34859175--34859213	18	2.2	18	90	0	60	38	5	5	51	1.46
34860006--34860052	18	2.4	21	86	10	64	25	6	2	65	1.27
34860159--34860210	7	7.4	7	91	8	88	13	0	0	86	0.57
34860154--34860234	14	5.7	14	82	2	81	24	0	0	75	0.81
34860172--34860227	21	2.7	21	82	0	67	25	0	0	75	0.81
34860891--34860948	20	2.8	20	78	2	62	44	25	1	27	1.64
34861108--34861164	20	2.9	19	87	7	78	63	5	7	24	1.41
34861349--34861461	40	2.8	40	85	6	140	26	24	22	26	2.00
34861512--34861629	40	3.0	40	79	1	121	24	23	19	32	1.98
34862394--34862599	105	2.0	105	93	0	349	30	18	19	30	1.96
34863898--34864228	168	1.9	171	83	4	429	34	8	13	43	1.74
34864770--34864794	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
34865166--34865892	289	2.4	292	81	10	796	37	8	12	40	1.74
34865610--34866028	138	3.0	136	81	7	490	38	9	12	38	1.77
34871647--34871686	17	2.3	18	83	12	57	22	2	0	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34876023--34876454	88	5.0	85	71	16	309	37	19	16	26	1.92
34876202--34876263	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
34876373--34876971	79	7.7	77	74	13	392	33	19	17	30	1.95
34876528--34876699	93	1.8	93	85	2	238	31	19	20	27	1.97
34876034--34876971	253	3.9	237	82	9	976	34	19	17	28	1.94
34876621--34876974	78	4.7	75	88	4	473	32	19	17	31	1.95
34876621--34876974	153	2.4	147	87	4	485	32	19	17	31	1.95
34877099--34877249	78	2.0	74	87	7	214	33	19	17	29	1.95
34877174--34877531	142	2.5	142	95	2	641	37	20	16	24	1.93
34877462--34877755	78	3.8	78	97	0	543	34	18	14	32	1.91
34877730--34877783	28	1.9	28	84	0	72	29	29	12	27	1.94
34877810--34877984	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
34878580--34878675	48	2.0	48	93	0	165	39	19	13	27	1.89
34886821--34886897	39	2.0	38	97	0	136	24	20	14	38	1.90
34890497--34890547	26	2.0	27	84	7	70	23	15	23	37	1.93
34892037--34892094	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
34894464--34894523	23	2.6	23	81	5	59	51	43	1	3	1.28
34896758--34896789	11	2.6	13	85	14	50	25	21	12	40	1.88
34896782--34896817	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
34901075--34901410	75	4.5	75	95	1	577	30	21	16	32	1.95
34901075--34901804	150	4.7	148	80	12	776	33	21	15	29	1.95
34901409--34901443	14	2.5	14	90	0	52	62	8	11	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34901345--34901520	89	2.0	86	84	7	230	38	20	15	25	1.92
34901270--34901590	162	2.0	161	87	4	459	34	21	16	27	1.95
34901463--34901663	73	2.8	71	83	3	249	32	21	14	30	1.93
34901075--34901804	233	3.2	227	81	9	777	33	21	15	29	1.95
34901955--34902236	78	3.7	75	84	7	365	33	19	14	31	1.93
34902223--34902250	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
34902142--34902394	91	2.8	91	84	5	332	32	20	18	29	1.96
34901153--34902815	666	2.5	644	82	10	1903	33	21	16	29	1.95
34902367--34902597	127	1.8	126	86	6	333	33	22	16	27	1.95
34902493--34902815	73	4.4	73	92	0	504	31	22	16	29	1.96
34917526--34917700	71	2.5	69	83	3	190	29	13	22	34	1.92
34917700--34917865	72	2.3	71	85	4	217	23	15	19	41	1.89
34917798--34919122	140	9.5	140	96	0	2343	25	16	20	38	1.93
34918961--34918994	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
34919026--34919303	71	3.8	71	77	10	254	28	14	20	37	1.91
34919418--34919508	47	1.9	47	95	0	164	21	16	19	41	1.90
34919520--34919746	75	3.0	75	85	3	296	30	15	20	32	1.94
34919575--34919887	171	1.9	167	85	5	434	28	18	19	32	1.96
34919668--34919839	93	1.8	93	82	4	222	27	19	19	33	1.96
34919740--34920124	79	4.7	78	76	12	335	28	17	18	35	1.93
34920108--34920167	30	2.0	30	90	6	95	23	10	25	41	1.85
34919762--34920335	254	2.3	249	85	6	754	28	16	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34924679--34925170	140	3.5	140	96	1	880	25	17	20	37	1.94
34925008--34925041	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
34925196--34925291	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
34925174--34925484	121	2.6	121	97	0	577	31	16	18	33	1.94
34925317--34925412	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
34925416--34925652	83	3.0	82	81	9	310	35	14	17	32	1.90
34925498--34925724	75	3.0	75	85	3	296	30	15	20	32	1.94
34925366--34925652	158	1.8	155	88	3	441	34	14	18	32	1.91
34925553--34925865	171	1.9	167	85	5	434	28	18	19	32	1.96
34925646--34925817	93	1.8	93	82	4	222	27	19	19	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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