genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57201054--57201087	6	5.7	6	85	0	50	79	5	0	14	0.91
57201982--57202006	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
57208255--57208288	16	2.1	16	94	0	59	14	11	32	41	1.82
57209710--57209735	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
57209844--57209962	45	2.6	45	90	0	175	43	16	16	22	1.87
57209844--57209985	45	3.2	45	86	2	169	44	16	16	22	1.86
57215693--57215767	34	2.2	34	92	4	125	40	28	4	28	1.74
57225366--57225408	20	2.2	20	87	8	61	34	0	2	62	1.08
57225336--57225406	13	5.8	13	66	24	55	40	0	1	57	1.07
57225359--57225408	15	3.4	15	74	23	52	36	0	2	62	1.07
57226187--57226276	37	2.4	36	80	8	101	43	1	22	33	1.61
57233409--57233582	48	3.8	44	86	5	154	29	25	16	28	1.97
57233456--57233605	48	3.1	48	87	2	223	32	24	16	28	1.96
57235888--57236395	251	2.0	251	99	0	1009	27	16	24	31	1.96
57236304--57236418	43	2.7	42	75	11	119	22	19	24	33	1.97
57239354--57239395	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
57243359--57243411	16	3.0	16	78	21	61	49	0	5	45	1.26
57243409--57243494	21	4.3	21	65	21	58	53	0	2	44	1.13
57243478--57243510	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
57243473--57243590	56	2.1	55	83	9	141	55	1	0	42	1.09
57243537--57243623	38	2.3	39	80	9	99	52	4	0	42	1.21
57243648--57243672	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57243993--57244018	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
57243967--57244112	67	2.2	67	81	1	166	35	9	6	47	1.63
57243994--57244141	67	2.2	67	93	0	260	30	10	6	53	1.59
57245840--57246002	77	2.1	77	95	0	290	20	9	42	26	1.82
57255611--57256176	125	4.5	125	83	2	688	29	16	22	30	1.96
57255611--57256173	250	2.3	250	86	1	761	29	16	22	30	1.96
57259350--57260212	43	20.0	43	81	5	904	25	1	29	43	1.61
57259350--57260212	22	40.0	22	81	5	926	25	1	29	43	1.61
57261416--57261448	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
57262652--57262717	11	5.9	11	70	22	57	42	0	27	30	1.56
57262652--57262711	22	2.7	22	87	5	77	41	0	25	33	1.55
57271292--57271342	26	2.0	26	84	0	66	60	15	0	23	1.35
57272855--57272881	10	2.7	10	100	0	54	51	22	0	25	1.48
57274168--57274200	17	1.9	17	93	0	57	36	36	0	27	1.57
57275061--57275301	114	2.1	113	84	5	317	28	22	19	29	1.98
57275214--57275357	74	1.9	74	91	0	234	22	21	21	34	1.97
57275101--57275488	188	2.1	187	88	2	573	26	21	21	31	1.98
57275288--57275720	114	3.8	114	90	2	683	27	22	19	30	1.98
57276014--57276058	22	2.0	22	95	0	81	13	22	24	40	1.90
57276123--57276265	43	3.4	42	87	4	180	25	31	18	24	1.97
57276123--57276284	86	1.9	85	81	6	193	28	31	16	23	1.96
57276144--57276284	43	3.3	43	82	5	135	31	29	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57277173--57277452	23	12.3	23	70	15	154	40	24	6	28	1.81
57277272--57277420	45	3.3	45	71	5	156	43	22	4	28	1.73
57277233--57277452	91	2.4	91	96	1	397	40	24	6	29	1.80
57277178--57277399	114	1.9	114	87	3	322	40	23	5	30	1.78
57277181--57277450	114	2.4	114	81	6	289	40	24	6	28	1.80
57277788--57277871	39	2.1	39	86	4	114	51	7	11	29	1.65
57279318--57279703	138	2.7	142	83	6	438	27	16	13	43	1.85
57279580--57279959	133	3.0	123	88	7	600	25	17	12	45	1.83
57279702--57280110	133	3.0	133	87	9	631	25	16	12	44	1.83
57279573--57280110	255	2.0	261	88	9	793	25	17	12	44	1.83
57279319--57280105	402	1.9	395	86	6	1114	26	16	13	43	1.85
57279828--57280125	146	2.0	147	95	1	537	26	17	13	42	1.86
57280499--57280569	15	4.9	14	81	11	65	36	40	0	22	1.54
57280514--57280559	14	3.2	14	87	9	58	30	47	0	21	1.51
57280581--57280629	14	3.4	14	80	5	62	38	34	0	26	1.57
57280848--57280894	15	3.3	15	85	8	62	38	36	0	25	1.56
57281141--57281398	113	2.3	112	88	4	378	24	25	23	26	2.00
57281473--57281498	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
57291055--57291079	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
57293204--57293324	57	2.1	57	84	6	156	23	17	7	51	1.71
57302549--57302623	25	3.0	25	78	9	80	34	13	9	42	1.76
57317279--57317355	36	2.1	36	85	4	102	41	27	15	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57323233--57323335	53	1.9	53	92	0	170	31	5	27	35	1.80
57329271--57329304	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
57331107--57331218	44	2.5	43	83	9	127	27	24	20	27	1.99
57331871--57331935	4	16.0	4	77	15	53	73	3	0	23	0.97
57331874--57331919	17	2.6	17	79	3	56	76	2	0	21	0.90
57332291--57332329	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
57332502--57332559	22	2.7	21	79	10	62	43	18	3	34	1.68
57332531--57332583	17	3.0	17	76	10	52	35	20	9	33	1.85
57332515--57332572	19	2.8	19	78	16	62	39	18	6	34	1.78
57332882--57333987	44	25.6	44	69	15	456	27	23	20	28	1.99
57332923--57333340	217	1.9	216	83	5	531	27	22	20	28	1.99
57333183--57333468	128	2.2	128	91	2	475	29	23	19	27	1.98
57332967--57333685	345	2.1	343	86	3	998	28	23	20	28	1.99
57333099--57333947	173	4.9	169	78	11	624	28	23	19	28	1.99
57333657--57333947	89	3.3	89	76	12	366	27	24	20	27	1.99
57333311--57333855	217	2.5	216	89	1	786	27	24	20	28	1.99
57333311--57333949	217	2.9	217	84	6	782	27	24	20	28	1.99
57333620--57333984	173	2.1	173	99	0	721	27	23	21	27	1.99
57333744--57334026	84	3.3	82	73	11	255	28	24	19	26	1.99
57333659--57334026	173	2.1	173	94	0	637	28	24	19	26	1.99
57334018--57334429	132	3.1	132	90	1	646	25	24	19	29	1.99
57334717--57334880	82	2.0	82	98	0	319	39	23	12	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57341256--57341294	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
57345800--57345828	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
57345800--57345828	11	2.7	11	94	5	51	0	17	0	82	0.66
57358812--57358888	38	2.0	38	100	0	154	61	2	28	7	1.37
57359536--57359585	21	2.4	20	75	24	50	42	12	14	32	1.82
57372314--57372351	19	2.0	19	94	0	67	65	0	28	5	1.14
57376953--57377023	25	2.8	25	80	0	70	32	21	28	18	1.96
57384291--57384348	25	2.3	25	84	0	71	34	20	24	20	1.97
57384302--57384373	25	2.9	25	85	2	92	33	16	29	20	1.95
57393824--57393854	16	1.9	16	93	0	53	25	16	25	32	1.96
57401427--57401478	22	2.3	22	87	9	70	53	9	11	25	1.67
57401486--57401529	16	2.8	16	89	0	70	40	0	11	47	1.39
57403658--57403706	26	2.0	23	84	11	62	28	4	16	51	1.63
57415795--57415825	15	2.1	15	93	0	53	70	6	3	19	1.22
57420026--57420053	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
57430082--57430130	24	2.0	24	92	0	80	38	4	8	48	1.52
57430224--57430269	24	2.0	23	82	4	56	6	0	32	60	1.22
57433603--57433656	15	3.5	15	75	12	56	33	3	0	62	1.12
57435149--57435215	23	2.9	24	77	14	70	64	0	0	35	0.94
57435148--57435196	25	2.0	25	88	8	73	63	0	0	36	0.95
57435162--57435212	15	3.4	14	75	21	50	66	0	0	33	0.92
57444102--57444139	18	2.2	18	86	9	53	18	2	2	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57448333--57448402	23	3.0	23	81	6	79	28	14	15	41	1.86
57450622--57450661	21	1.9	21	85	10	55	50	10	2	37	1.50
57452751--57453050	152	2.0	152	88	0	447	35	12	8	44	1.72
57452893--57453363	238	1.9	245	84	5	634	35	9	6	48	1.61
57453342--57453406	30	2.3	27	86	7	94	40	0	6	53	1.26
57453331--57453410	30	2.7	29	76	21	92	38	1	5	55	1.30
57454943--57455066	53	2.3	53	91	0	194	25	16	33	25	1.96
57455332--57455361	15	1.9	16	93	6	53	33	6	13	46	1.69
57456237--57456262	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
57456680--57456731	26	2.0	25	82	14	61	44	1	1	51	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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