genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6651721--6651895	49	3.7	48	83	7	191	28	18	29	24	1.98
6658336--6658698	49	7.6	48	79	5	339	27	20	30	21	1.98
6665415--6665592	49	3.6	49	80	0	176	30	21	24	23	1.99
6667900--6668011	55	2.1	54	91	1	179	38	14	27	19	1.91
6678610--6678792	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
6678611--6678794	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
6678663--6678827	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
6682110--6682217	25	4.2	25	80	12	89	27	24	19	28	1.98
6685348--6685380	18	1.9	17	88	11	50	24	6	3	66	1.28
6691437--6691614	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
6691458--6691613	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
6699587--6699764	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
6699608--6699763	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
6713467--6713522	28	2.0	28	92	0	94	33	16	26	23	1.95
6727107--6727264	27	5.9	27	79	3	156	38	20	10	30	1.86
6727105--6727266	54	3.0	55	80	3	184	38	20	10	30	1.87
6727246--6727309	27	2.4	27	89	0	92	37	18	17	26	1.93
6727445--6727507	26	2.4	27	84	5	76	26	22	19	31	1.97
6727720--6727809	33	2.7	33	82	3	92	26	21	25	26	1.99
6734672--6734716	19	2.4	19	85	7	56	24	24	13	37	1.91
6753537--6753811	44	6.2	44	71	9	191	29	17	25	27	1.97
6753470--6753701	44	5.2	45	64	12	109	30	18	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6753443--6753905	178	2.6	177	88	1	676	28	19	25	25	1.99
6753737--6753862	44	2.9	44	81	7	114	29	18	25	26	1.98
6776081--6776306	48	4.7	48	72	2	175	27	19	25	26	1.99
6776081--6776256	96	1.8	96	82	2	228	29	18	24	27	1.98
6780798--6780928	47	2.8	47	76	2	138	25	14	25	34	1.94
6783774--6783803	15	2.1	14	93	6	51	33	10	6	50	1.62
6786018--6786059	21	2.0	21	100	0	84	42	14	19	23	1.87
6797341--6797365	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
6808441--6808553	40	2.8	41	91	2	185	23	23	28	24	2.00
6815943--6816036	32	2.8	32	75	13	84	27	25	20	26	1.99
6819181--6819206	6	4.3	6	100	0	52	69	0	30	0	0.89
6823312--6823429	45	2.7	42	76	11	105	22	18	27	31	1.97
6834578--6834793	40	5.4	40	84	2	267	22	24	28	25	2.00
6842772--6843071	150	2.0	150	98	0	582	26	23	19	30	1.98
6844136--6844305	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
6847868--6848037	43	4.0	43	83	1	207	22	31	19	26	1.98
6849819--6849981	41	4.1	40	75	12	145	27	26	22	23	1.99
6858794--6858984	40	4.8	40	85	1	251	24	23	28	24	2.00
6860574--6860736	41	4.1	40	75	12	145	26	28	22	23	1.99
6867934--6868104	43	4.0	43	82	1	218	24	29	19	26	1.98
6868818--6868952	70	1.9	70	93	0	234	36	19	13	31	1.90
6875788--6875897	23	4.6	25	89	7	174	27	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6875944--6875987	20	2.2	20	95	0	79	31	22	11	34	1.90
6875950--6875994	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
6876031--6876078	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
6878324--6878495	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
6878317--6878492	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
6885939--6886020	24	3.4	24	78	11	78	28	19	18	34	1.95
6889940--6890060	46	2.6	46	96	0	215	19	20	29	29	1.97
6890337--6890374	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
6899138--6899188	10	5.0	10	79	13	50	9	25	17	47	1.78
6899127--6899187	30	2.0	31	83	3	79	11	24	18	45	1.82
6899580--6899634	28	2.0	28	92	0	92	29	23	18	29	1.98
6901601--6901653	19	2.7	20	82	14	65	73	1	20	3	1.08
6901619--6901701	18	4.6	18	69	11	62	66	1	24	8	1.27
6901957--6902031	36	2.1	36	87	0	105	34	12	21	32	1.90
6901966--6902040	36	2.1	36	82	0	87	32	13	18	36	1.90
6903457--6903501	20	2.2	20	84	0	54	13	24	22	40	1.90
6904191--6904275	42	2.0	42	100	0	170	38	23	14	23	1.91
6910614--6910678	20	3.2	20	68	0	67	33	26	23	16	1.96
6910571--6910739	40	4.2	40	81	0	185	33	23	20	21	1.97
6913245--6913307	29	2.2	29	82	0	72	31	17	14	36	1.90
6913264--6913323	28	2.1	29	87	3	86	36	20	13	30	1.90
6916574--6916644	28	2.5	28	86	2	106	25	16	33	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6920882--6920913	16	2.0	16	93	0	55	46	18	21	12	1.82
6921130--6921230	28	3.6	28	89	0	139	23	12	35	27	1.92
6922471--6922504	18	2.0	17	88	11	52	47	11	14	26	1.79
6925369--6925427	30	2.0	30	93	0	100	16	18	20	44	1.87
6926276--6926313	19	2.0	19	100	0	76	21	5	31	42	1.75
6930930--6931036	42	2.6	41	86	1	124	32	27	14	25	1.95
6932915--6933121	53	3.8	53	75	4	146	21	22	17	38	1.93
6935982--6936105	39	3.2	39	94	0	203	27	30	20	20	1.98
6945979--6946016	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
6956205--6956411	53	3.8	53	73	6	148	22	23	15	38	1.93
6960473--6961490	47	21.6	47	97	0	1919	32	8	29	29	1.87
6963071--6963145	23	3.5	23	63	20	63	22	18	29	29	1.98
6962905--6963256	40	8.8	40	91	0	551	23	21	28	26	1.99
6967283--6967875	47	12.6	47	92	0	907	32	8	29	28	1.87
6967490--6967614	22	5.4	22	65	23	78	29	11	30	28	1.91
6969922--6969980	30	2.0	29	93	3	100	38	22	13	25	1.90
6978392--6978575	40	4.6	40	79	6	203	25	22	25	26	2.00
6978392--6978607	80	2.7	79	82	4	240	24	23	25	26	2.00
6986557--6986740	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
6986557--6986776	80	2.8	80	85	5	279	24	23	26	25	2.00
6992432--6992469	18	2.1	18	100	0	76	39	10	10	39	1.74
6996794--6996861	28	2.4	28	88	9	95	27	13	26	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7004332--7004407	28	2.7	27	86	9	100	27	15	25	31	1.96
7009306--7009354	26	1.9	25	84	12	64	48	24	4	22	1.67
7012212--7012238	8	3.4	8	100	0	54	55	22	22	0	1.44
7012652--7012705	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
7018035--7018088	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
7020316--7020351	16	2.2	16	90	0	54	47	11	25	16	1.79
7021781--7021957	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
7032599--7032638	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
7042204--7042314	28	3.9	28	89	2	152	27	15	29	27	1.96
7042202--7042312	56	2.0	57	89	5	172	27	15	29	27	1.96
7047091--7047253	27	6.1	27	81	4	134	33	20	23	22	1.97
7047129--7047242	53	2.1	53	82	6	140	31	21	23	22	1.98
7047092--7047251	54	3.0	51	76	9	149	33	20	22	23	1.97
7050642--7050676	17	2.0	18	88	5	54	17	17	42	22	1.88
7055236--7055330	34	2.8	33	84	4	111	29	21	22	27	1.99
7059899--7059937	19	2.1	19	100	0	78	20	5	48	25	1.70
7060446--7060620	87	2.0	87	97	0	332	53	4	5	36	1.45
7064320--7064389	27	2.6	27	93	2	104	31	27	14	27	1.95
7064320--7064417	28	3.5	28	88	2	126	31	27	14	26	1.95
7077392--7077469	39	2.0	39	97	0	147	35	12	19	32	1.89
7088453--7088537	32	2.7	32	77	0	80	37	23	12	25	1.91
7089053--7089145	27	3.4	27	86	2	125	25	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7089131--7089341	27	7.9	27	80	9	173	32	10	18	37	1.86
7089130--7089354	53	4.2	52	77	8	193	31	11	19	38	1.86
7089151--7089354	80	2.5	82	84	5	265	32	10	18	37	1.86
7091345--7091406	22	2.8	23	80	7	74	30	19	25	24	1.98
7091554--7091673	41	2.9	41	89	0	177	30	27	19	23	1.98
7091931--7092298	27	13.6	27	75	6	201	32	7	18	41	1.79
7091983--7092255	54	5.1	53	77	6	228	32	5	17	43	1.73
7091994--7092282	81	3.6	81	75	4	255	31	5	18	43	1.74
7092300--7092386	27	3.2	27	91	0	138	26	19	18	35	1.95
7099725--7099837	43	2.7	43	78	12	133	31	26	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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