genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50451658--50451699	21	2.0	21	90	0	66	45	30	2	21	1.65
50453735--50455584	924	2.0	924	100	0	3700	35	17	8	38	1.79
50458082--50458118	4	9.5	4	94	5	67	51	0	0	48	1.00
50458912--50458966	24	2.3	23	76	11	58	56	7	3	32	1.44
50459462--50459736	148	1.9	148	87	5	412	43	9	4	43	1.55
50459708--50459763	29	2.0	29	86	10	80	35	8	0	55	1.31
50460718--50460768	17	3.4	17	67	27	51	56	3	11	27	1.52
50461697--50461766	9	7.8	9	93	0	113	38	30	8	22	1.84
50466352--50466497	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
50466461--50466729	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
50466504--50466723	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
50466461--50466729	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
50469855--50470058	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
50469939--50470057	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
50469948--50470038	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
50471311--50471456	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
50471420--50471688	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
50471463--50471682	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
50471420--50471688	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
50473882--50474938	496	2.1	497	99	0	2089	36	21	8	34	1.83
50475039--50475304	37	7.0	37	90	7	392	25	20	16	37	1.93
50475222--50475634	46	8.6	46	84	9	520	28	21	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50475222--50475634	98	4.3	98	94	1	667	28	21	14	35	1.93
50478935--50478963	15	1.9	15	100	0	58	37	13	20	27	1.91
50480014--50480044	15	2.1	15	93	0	53	45	6	16	32	1.72
50487083--50487125	21	2.0	21	100	0	86	41	18	4	34	1.71
50488080--50488207	64	2.0	64	93	0	220	36	22	2	38	1.67
50490213--50490256	23	2.0	23	91	8	74	45	4	2	47	1.35
50494771--50494841	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
50494799--50494841	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
50494851--50494884	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
50494851--50494884	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
50495455--50495512	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
50495724--50495755	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
50495850--50496091	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
50495850--50496099	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
50505701--50505752	19	2.8	19	85	8	63	51	7	0	40	1.30
50505743--50505779	16	2.3	16	90	0	56	51	0	0	48	1.00
50505743--50505780	17	2.2	17	86	9	51	52	0	0	47	1.00
50508445--50508481	7	5.3	7	100	0	74	27	0	0	72	0.84
50512660--50512715	28	2.0	28	100	0	112	28	10	35	25	1.89
50519273--50519328	26	2.4	25	85	14	75	37	0	1	60	1.07
50519274--50519318	20	2.2	21	84	4	56	37	0	2	60	1.09
50520913--50520965	26	2.0	26	89	7	81	35	16	7	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50530394--50530427	16	2.1	16	88	0	50	64	5	0	29	1.17
50534446--50534488	17	2.5	17	81	7	52	44	0	2	53	1.13
50534555--50534588	12	2.8	12	86	4	50	5	2	8	82	0.93
50535599--50535632	15	2.2	16	89	5	52	61	11	5	20	1.50
50536786--50536880	47	2.0	47	97	0	181	35	23	17	23	1.95
50547749--50547785	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
50547765--50547854	46	2.0	46	89	4	139	28	4	27	38	1.76
50548098--50548177	41	2.0	41	82	9	101	52	2	0	45	1.14
50548093--50548167	15	5.3	15	73	15	70	56	1	0	42	1.08
50547999--50548258	107	2.3	111	87	9	352	50	4	1	43	1.32
50548214--50548277	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
50548812--50548915	49	2.1	49	83	0	127	48	10	9	31	1.70
50550981--50551006	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
50550955--50551100	67	2.2	67	83	1	184	36	10	6	46	1.65
50551045--50551073	12	2.4	12	100	0	58	24	6	10	58	1.55
50550981--50551186	67	3.2	67	88	7	297	33	11	6	49	1.63
50551057--50551190	57	2.4	55	90	5	198	36	11	5	46	1.64
50552208--50552315	54	2.0	54	100	0	216	35	22	12	29	1.91
50553261--50553286	13	2.0	13	100	0	52	30	15	38	15	1.88
50553283--50553312	15	1.9	16	93	6	53	73	3	10	13	1.21
50555284--50555466	46	4.0	46	89	1	260	27	26	8	36	1.86
50564747--50564790	22	2.0	23	86	4	63	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50567695--50567844	33	4.5	34	70	22	111	34	28	18	18	1.94
50567722--50567773	27	1.9	27	100	0	104	26	32	25	15	1.95
50567655--50567847	101	1.9	102	91	1	316	32	28	18	20	1.96
50568915--50568948	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
50568979--50569131	76	2.0	76	93	0	261	24	22	19	33	1.97
50584466--50584700	44	5.3	44	71	9	156	29	19	22	28	1.98
50584462--50584882	45	9.5	44	69	12	175	30	18	21	29	1.97
50584606--50585011	177	2.3	177	90	1	616	31	17	19	30	1.96
50584909--50585012	41	2.6	40	78	4	102	28	19	18	33	1.95
50585828--50585877	19	2.7	18	79	11	57	74	18	4	4	1.14
50590170--50590220	11	4.8	11	73	9	52	43	1	0	54	1.11
50590204--50590252	22	2.3	22	92	3	82	30	2	0	67	1.02
50590167--50590305	39	3.4	43	75	12	141	35	2	0	61	1.13
50609000--50609026	6	4.5	6	100	0	54	14	33	0	51	1.43
50617312--50617357	20	2.5	18	86	10	58	41	17	8	32	1.80
50617312--50617350	21	1.9	20	84	5	51	43	12	7	35	1.72
50618942--50618973	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
50620968--50621018	10	5.1	10	84	13	61	39	1	1	56	1.22
50620938--50621015	40	1.9	40	82	12	97	39	3	1	55	1.26
50620932--50621019	10	8.6	10	76	15	58	38	3	1	56	1.23
50621334--50621367	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
50626661--50626920	130	2.0	130	99	0	511	35	14	24	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50631539--50631627	44	2.0	44	100	0	178	29	24	13	32	1.93
50631684--50631709	9	2.9	9	100	0	52	46	46	7	0	1.31
50636735--50636810	9	8.3	9	78	8	73	81	7	2	7	0.96
50636734--50636778	20	2.2	20	100	0	90	82	8	0	8	0.85
50636734--50636805	20	3.7	19	83	10	74	83	6	2	6	0.90
50636783--50636860	7	10.1	7	70	26	52	78	2	15	3	1.01
50636813--50636858	22	2.1	22	91	0	74	80	0	17	2	0.81
50636764--50636838	33	2.2	34	85	4	98	80	4	9	6	1.02
50636825--50636858	11	3.1	11	82	0	50	85	0	14	0	0.60
50637677--50637709	8	4.1	8	85	14	50	75	0	12	12	1.04
50637677--50637718	16	2.8	15	86	10	59	71	0	14	14	1.15
50638920--50640216	88	14.7	88	93	0	2108	26	21	25	26	2.00
50640243--50640402	46	3.5	46	87	0	230	26	14	26	33	1.94
50640636--50640775	45	3.2	45	66	15	137	32	19	23	24	1.97
50640617--50640811	88	2.2	88	100	0	390	31	21	23	24	1.98
50640370--50640725	132	2.7	132	94	0	613	30	17	25	26	1.97
50640485--50640880	220	1.8	220	91	1	659	31	19	23	24	1.98
50647454--50647607	9	17.2	9	97	0	247	22	11	25	40	1.86
50648160--50648252	44	2.1	46	82	8	111	36	22	6	34	1.80
50648242--50648300	16	3.7	16	90	0	91	28	30	1	38	1.67
50648234--50648300	32	2.1	32	86	5	91	31	28	2	37	1.72
50650827--50650866	21	2.0	20	90	5	62	25	20	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50652135--50652192	29	2.0	29	82	0	71	51	8	17	22	1.72
50654665--50654735	37	1.9	37	97	0	133	49	1	8	40	1.42
50654665--50654739	18	4.1	19	83	6	102	52	1	8	38	1.40
50654813--50654898	27	3.2	26	85	4	102	19	26	23	30	1.98
50654936--50655034	28	3.5	29	88	12	152	50	0	11	38	1.38
50656767--50656867	43	2.3	43	87	0	148	20	19	24	34	1.96
50656958--50657002	21	2.1	21	83	0	54	40	26	17	15	1.90
50657239--50657286	25	1.9	25	87	8	71	41	4	6	47	1.48
50663394--50663433	21	1.9	21	100	0	80	40	20	0	40	1.52
50663996--50664023	14	2.0	14	100	0	56	21	57	7	14	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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