genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80476468--80476571	51	2.0	51	98	0	199	30	15	19	34	1.93
80476626--80476737	48	2.3	48	81	3	125	25	20	15	38	1.92
80490016--80490046	16	2.0	15	93	6	53	38	25	3	32	1.72
80496560--80496588	12	2.3	13	94	5	51	20	34	10	34	1.87
80502105--80503429	519	2.6	519	88	2	1950	34	14	20	30	1.93
80505101--80505322	111	2.0	111	99	0	435	22	16	2	59	1.48
80507643--80507829	93	2.0	93	98	0	365	50	2	8	38	1.47
80509065--80509115	21	2.4	21	96	0	93	43	15	17	23	1.88
80512725--80512761	6	6.2	6	90	0	56	32	16	13	37	1.87
80517811--80517853	18	2.4	17	78	14	50	20	4	4	69	1.25
80518151--80518206	21	3.0	18	78	16	60	66	0	1	32	1.03
80518370--80518424	27	2.1	27	93	3	94	47	12	9	30	1.73
80520690--80520724	17	2.1	16	89	5	52	25	0	5	68	1.11
80525306--80525376	19	3.8	18	71	10	52	64	0	4	30	1.12
80525227--80525412	10	20.0	9	71	14	87	62	1	4	31	1.23
80525593--80525680	37	2.3	38	88	3	124	29	2	2	65	1.16
80525593--80525735	28	5.1	27	77	10	112	30	2	2	65	1.19
80525593--80525735	9	15.4	9	73	10	110	30	2	2	65	1.19
80525613--80525721	38	2.9	37	82	6	112	33	2	1	62	1.20
80530333--80530384	24	2.2	23	89	3	77	40	17	19	23	1.91
80530333--80530394	23	2.7	24	85	5	83	41	16	19	22	1.89
80530818--80530851	5	6.8	5	93	0	59	44	14	0	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80536531--80536577	20	2.3	20	88	3	67	34	0	6	59	1.23
80537077--80537108	17	1.9	16	93	6	55	37	9	12	40	1.75
80537810--80537843	16	2.1	16	88	0	50	61	2	5	29	1.34
80540986--80541045	23	2.7	21	78	17	59	63	0	1	35	1.05
80543099--80543135	12	3.1	12	84	0	56	32	21	24	21	1.98
80550411--80550462	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
80552381--80552432	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
80553946--80553986	16	2.7	16	85	7	59	41	0	12	46	1.41
80554206--80554244	20	2.1	19	85	9	53	53	15	23	7	1.67
80555052--80555077	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
80555066--80555234	43	3.9	43	87	1	223	23	31	22	22	1.98
80555066--80555229	86	1.9	86	88	2	249	23	32	21	22	1.98
80556276--80556547	138	2.0	138	94	1	474	48	14	9	26	1.75
80558809--80558851	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
80558814--80558900	22	4.0	22	67	7	52	45	31	0	22	1.53
80558875--80558900	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
80558997--80559038	15	2.9	15	82	3	50	40	30	0	28	1.57
80559303--80559389	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
80559613--80559873	41	6.4	41	88	3	348	20	22	22	34	1.97
80559613--80559904	82	3.6	82	85	3	383	20	22	22	34	1.96
80559613--80559904	123	2.4	121	81	6	336	20	22	22	34	1.96
80564214--80564338	46	2.7	46	88	4	173	30	30	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80566867--80566935	33	2.1	33	86	0	93	18	30	23	27	1.98
80568428--80568552	45	2.7	46	91	4	200	28	30	22	18	1.97
80579873--80579906	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
80579870--80579905	16	2.4	14	86	13	54	80	0	0	19	0.71
80590649--80590706	30	1.9	30	85	0	80	13	29	29	27	1.94
80595635--80595732	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
80595663--80595745	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
80595635--80595746	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
80612806--80612856	26	2.0	26	88	0	75	45	11	11	31	1.77
80618049--80618116	34	2.0	33	88	2	100	23	38	13	23	1.90
80618679--80618749	16	4.4	16	92	0	115	36	5	36	21	1.77
80619090--80619135	15	3.0	16	81	9	60	52	2	0	45	1.13
80619128--80619167	12	3.5	11	90	6	62	27	2	2	67	1.16
80622546--80622580	13	2.8	13	91	4	54	31	34	8	25	1.86
80627644--80627676	13	2.6	13	85	4	50	36	36	6	21	1.78
80632361--80632406	23	2.0	23	100	0	92	34	13	13	39	1.83
80633000--80633222	56	4.0	56	88	2	297	32	23	14	29	1.94
80638678--80638781	43	2.4	43	82	6	129	30	25	18	25	1.98
80638698--80638792	43	2.2	43	81	7	104	36	25	14	23	1.93
80647208--80647241	16	2.1	16	89	10	52	85	0	0	14	0.60
80647721--80647792	27	2.8	26	87	6	94	36	16	30	16	1.91
80648060--80648089	15	2.0	15	93	0	51	23	26	0	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80649619--80649650	15	2.1	15	94	0	55	12	28	15	43	1.83
80652375--80652476	51	2.0	51	90	0	159	32	14	19	33	1.92
80659249--80659313	28	2.4	28	92	2	105	46	10	0	43	1.38
80659249--80659321	28	2.6	28	85	6	87	49	12	0	38	1.41
80659374--80659425	27	1.9	27	96	0	95	30	23	32	13	1.93
80659967--80660028	19	3.3	19	81	4	90	40	11	0	48	1.39
80660219--80660289	37	1.9	37	100	0	142	43	15	7	33	1.74
80660424--80660484	26	2.3	26	97	0	113	50	0	6	42	1.28
80664344--80664429	19	4.4	19	79	13	79	66	1	9	23	1.28
80676149--80676177	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
80676219--80676245	6	4.5	6	100	0	54	37	0	62	0	0.95
80677176--80677237	18	3.4	18	80	8	65	54	9	0	35	1.33
80677407--80677437	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
80680984--80681064	32	2.5	32	85	0	108	51	19	2	25	1.59
80682439--80682561	27	4.5	27	85	1	156	28	28	16	26	1.97
80683044--80683071	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
80699452--80699496	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
80705390--80705510	36	3.5	35	67	13	90	30	16	25	27	1.97
80707522--80707565	19	2.2	21	84	11	58	38	0	4	56	1.20
80721708--80721756	24	2.0	24	100	0	98	32	12	26	28	1.92
80727373--80727488	60	1.9	60	91	0	187	40	10	14	34	1.80
80732864--80733024	70	2.3	70	93	0	277	37	18	14	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80734001--80734039	15	2.6	15	84	11	53	46	15	0	38	1.46
80734404--80734445	14	2.8	15	75	10	50	47	14	14	23	1.80
80743891--80743934	21	2.0	22	83	12	56	59	2	0	38	1.10
80744555--80744729	90	1.9	90	81	4	210	33	14	23	28	1.94
80748356--80748412	28	2.0	28	96	0	105	33	31	8	26	1.87
80749100--80749136	15	2.5	15	100	0	74	43	24	0	32	1.55
80757301--80757350	22	2.4	22	76	6	59	38	2	6	54	1.37
80773985--80774022	19	2.0	19	89	0	58	28	7	5	57	1.49
80774944--80774993	25	1.9	27	84	8	68	52	8	2	38	1.43
80778029--80778098	34	2.1	34	94	0	122	14	27	11	47	1.78
80778371--80778498	50	2.6	50	83	3	159	29	22	18	28	1.98
80792232--80792295	30	2.2	28	84	13	85	68	0	6	25	1.12
80792409--80792464	27	2.1	27	83	12	71	67	3	8	19	1.32
80792413--80792472	31	1.9	32	82	3	77	70	3	6	20	1.25
80793424--80793509	43	2.0	43	100	0	172	39	9	13	37	1.78
80808311--80808362	8	6.6	8	73	4	52	67	0	3	28	1.08
80808309--80808403	31	3.0	31	75	9	86	60	0	6	33	1.22
80808614--80808701	32	2.7	32	78	1	86	67	2	5	25	1.25
80821581--80821623	20	2.1	21	95	4	79	41	0	34	23	1.55
80823083--80823107	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
80823121--80823171	22	2.3	23	82	6	68	17	9	11	60	1.57
80823129--80823177	22	2.2	22	82	7	55	18	10	10	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80824099--80824123	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
80825370--80825413	21	2.1	21	91	0	70	31	27	13	27	1.94
80825407--80825464	7	8.4	7	82	3	73	41	43	1	13	1.55
80830158--80830183	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
80849879--80849977	35	2.9	35	70	14	89	73	9	7	10	1.24
80849901--80849946	15	3.2	14	81	12	58	76	8	2	13	1.11
80852198--80852561	87	4.2	87	91	1	586	29	21	24	24	1.99
80852198--80852561	173	2.1	174	92	1	604	29	21	24	24	1.99
80852607--80852725	40	2.8	42	78	13	136	32	22	21	23	1.98
80852590--80852720	44	3.1	43	76	12	153	36	22	19	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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