genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5584000--5584040	20	2.0	20	86	9	57	0	29	0	70	0.87
5585211--5585288	37	2.1	37	80	4	86	19	8	35	35	1.83
5585350--5585458	49	2.2	46	77	13	110	39	3	18	38	1.68
5585384--5585478	49	1.9	49	97	0	181	34	1	18	45	1.57
5585665--5585705	20	2.0	20	100	0	82	26	9	39	24	1.86
5587067--5587119	21	2.6	20	77	17	56	22	20	3	52	1.62
5603871--5603936	32	2.1	32	82	5	80	19	15	19	45	1.85
5614800--5615109	38	8.1	38	91	1	467	30	25	22	21	1.99
5624147--5624466	46	6.7	46	71	16	181	23	26	20	30	1.98
5624563--5624596	15	2.3	15	89	0	50	41	23	2	32	1.69
5629697--5629754	30	2.0	29	85	0	71	20	29	13	34	1.91
5631930--5632196	46	5.7	46	76	12	224	23	29	19	26	1.99
5631930--5632193	94	2.8	91	85	6	325	24	29	19	27	1.98
5637196--5637418	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
5637196--5637418	79	2.8	80	81	11	244	25	27	21	25	2.00
5637196--5637418	118	1.9	119	81	11	280	25	27	21	25	2.00
5641599--5641628	13	2.3	13	100	0	60	50	16	0	33	1.46
5672437--5672500	33	1.9	33	90	0	101	34	9	23	32	1.87
5681903--5681933	16	1.9	16	93	0	53	58	12	0	29	1.35
5682510--5682535	8	3.2	8	100	0	52	11	23	50	15	1.76
5686812--5686917	42	2.5	42	79	0	113	33	16	22	28	1.95
5686878--5686969	43	2.2	42	80	3	103	33	14	22	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5694623--5694662	19	2.1	19	85	0	53	40	12	15	32	1.84
5694691--5694738	20	2.4	20	89	0	69	31	2	12	54	1.49
5694818--5694894	20	3.7	20	75	13	73	29	3	15	50	1.62
5695310--5695375	32	2.1	32	85	0	87	24	25	22	27	2.00
5695480--5695512	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
5695524--5695577	19	2.7	21	86	8	69	62	1	1	33	1.16
5695524--5695584	19	3.1	21	82	13	60	60	1	3	34	1.23
5695521--5695584	9	6.9	9	78	16	60	62	1	3	32	1.20
5695548--5695593	19	2.3	20	85	3	58	58	2	6	32	1.36
5695538--5695600	29	2.1	30	83	13	78	60	1	4	33	1.27
5696057--5696093	17	2.1	17	90	10	56	37	0	5	56	1.22
5696057--5696121	19	3.4	19	80	19	57	32	1	6	60	1.31
5702356--5702403	4	12.5	4	76	24	50	79	0	20	0	0.74
5702356--5702399	9	5.0	9	84	15	65	79	0	20	0	0.73
5702356--5702404	13	3.8	13	75	21	50	79	0	20	0	0.73
5702333--5702375	22	2.0	22	85	0	59	69	4	16	9	1.31
5702338--5702403	22	3.1	21	79	12	55	75	3	18	3	1.06
5705202--5705260	29	2.0	29	96	0	109	37	23	20	18	1.94
5710679--5710759	25	3.2	26	85	5	103	40	7	17	34	1.77
5710679--5710759	26	3.2	25	84	5	92	40	7	17	34	1.77
5716267--5716291	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
5727649--5727677	14	2.1	14	100	0	58	41	6	20	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5736324--5736366	17	2.5	17	85	7	52	46	0	4	48	1.22
5739173--5739277	27	3.9	26	84	10	124	16	26	21	35	1.94
5739171--5739284	54	2.1	53	85	7	151	15	25	22	35	1.94
5745048--5745101	28	1.9	28	96	0	99	29	27	24	18	1.98
5747427--5747611	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
5747428--5747611	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
5747428--5747644	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
5755387--5755571	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
5755388--5755571	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
5755440--5755604	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
5758030--5758067	6	6.5	6	93	6	60	26	2	0	71	1.00
5760445--5760471	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
5763882--5763915	11	3.3	11	84	16	54	35	14	20	29	1.93
5763962--5764057	24	3.9	25	89	4	133	28	27	21	22	1.99
5763972--5764069	26	3.9	26	83	11	84	27	26	21	24	1.99
5764276--5764385	31	3.5	31	86	4	159	36	16	23	23	1.94
5772697--5772846	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
5772721--5772904	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
5775925--5775994	26	2.7	26	93	2	115	22	25	22	28	1.99
5775931--5776007	26	3.0	26	83	12	97	25	23	20	29	1.99
5776214--5776290	31	2.5	31	93	0	136	32	19	24	23	1.97
5783908--5783943	18	1.9	18	88	5	54	41	2	2	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5790392--5790712	48	6.7	48	76	8	278	30	19	26	23	1.98
5790379--5790661	144	2.0	144	87	2	408	30	18	27	24	1.98
5790383--5790712	144	2.3	144	84	4	398	30	19	26	23	1.98
5792942--5792998	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
5792941--5793015	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
5792960--5793015	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
5793065--5793200	52	2.7	51	85	5	179	29	21	20	28	1.98
5793065--5793200	26	5.3	26	79	3	145	29	21	20	28	1.98
5803816--5803857	21	2.0	21	90	0	66	47	4	35	11	1.61
5813317--5813425	27	4.0	26	77	10	103	18	23	21	36	1.95
5821077--5821145	27	2.6	27	88	4	95	17	26	24	31	1.97
5823026--5823145	38	3.1	38	84	7	127	30	23	21	25	1.99
5830090--5830124	17	2.0	18	88	5	54	11	25	42	20	1.85
5830099--5830141	18	2.4	17	81	11	50	18	23	37	20	1.94
5835162--5835208	23	2.0	23	95	0	85	36	19	8	36	1.82
5842521--5842549	15	1.9	15	100	0	58	34	17	20	27	1.95
5846251--5846333	41	2.0	41	97	0	157	24	21	13	40	1.89
5858321--5858438	40	2.9	39	88	5	173	27	27	20	25	1.99
5860849--5860890	19	2.2	20	86	4	59	40	4	16	38	1.70
5861790--5861828	17	2.3	17	86	8	53	28	28	25	17	1.98
5879093--5879122	13	2.3	13	94	0	51	20	33	33	13	1.91
5889908--5889932	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5891593--5891630	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
5907841--5908110	46	5.7	47	75	13	225	28	20	29	21	1.98
5916628--5916805	27	6.6	27	82	3	187	27	15	28	29	1.96
5916628--5916805	54	3.3	55	81	5	209	27	15	28	29	1.96
5916629--5916784	82	1.9	81	85	3	215	27	15	28	28	1.96
5916625--5916805	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	29	1.96
5921518--5921959	221	2.0	221	97	0	839	28	17	27	26	1.98
5925126--5925303	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
5925127--5925282	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
5925123--5925303	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
5926147--5926287	70	2.0	70	98	0	273	26	15	27	30	1.96
5931626--5931672	24	1.9	25	83	12	62	38	19	10	31	1.86
5935692--5935762	25	2.7	27	85	8	85	30	23	28	16	1.97
5935844--5935929	25	3.4	25	73	13	70	39	17	22	20	1.92
5943530--5943608	25	3.0	27	72	10	65	30	25	27	16	1.97
5945233--5945291	25	2.4	26	83	11	79	40	20	22	16	1.91
5947647--5947824	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
5947648--5947803	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
5947644--5947824	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
5952915--5952939	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5957802--5957974	46	3.7	46	75	15	176	23	21	26	28	1.99
5957799--5957969	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5958837--5958872	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
5973598--5973859	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
5978357--5978402	24	1.9	24	86	8	67	10	21	17	50	1.77
5981365--5981417	27	2.0	27	84	0	70	37	18	15	28	1.91
5984672--5984728	28	2.1	28	93	3	98	21	24	21	33	1.97
5987715--5987866	43	3.5	42	73	9	112	36	13	21	28	1.91
5995659--5996060	46	8.5	46	73	13	222	27	19	29	23	1.98
5995756--5995926	48	3.7	43	82	11	173	26	19	29	23	1.98
5995891--5996067	96	1.8	96	85	8	250	25	18	31	24	1.97
5999645--5999693	10	4.9	10	75	9	55	34	16	12	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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