genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68824440--68825936	538	2.8	535	82	5	1887	35	15	12	36	1.85
68827499--68827638	29	4.8	29	73	9	124	35	25	2	37	1.68
68827500--68827598	30	3.3	29	82	9	112	34	25	2	38	1.67
68827499--68827635	59	2.3	59	80	8	154	34	25	2	37	1.68
68828096--68828184	4	24.5	4	75	19	88	77	0	21	1	0.83
68828096--68828198	14	8.1	12	72	21	68	78	0	18	2	0.87
68828098--68828166	14	4.7	16	81	18	96	76	0	23	0	0.78
68828091--68828166	29	2.7	29	97	2	145	76	0	23	0	0.79
68828091--68828198	29	3.8	29	87	7	123	77	0	19	2	0.88
68828096--68828184	25	3.6	25	81	17	105	77	0	21	1	0.83
68828164--68828214	7	7.0	7	82	12	50	80	0	7	11	0.90
68828100--68828217	22	5.4	22	76	15	93	77	0	16	5	0.95
68828306--68828359	27	2.0	28	88	3	83	29	42	16	11	1.83
68830777--68830875	49	2.0	49	96	0	180	23	35	16	25	1.95
68839963--68840872	40	22.8	40	98	0	1748	24	27	20	27	1.99
68842862--68842913	19	2.7	21	80	14	58	50	13	25	11	1.75
68843186--68843501	75	4.2	75	86	3	406	26	16	20	36	1.94
68843795--68843937	30	4.8	30	81	4	164	33	23	3	39	1.71
68843794--68843933	61	2.3	59	87	2	190	32	22	3	41	1.71
68844643--68844673	9	3.4	9	95	0	53	90	0	3	6	0.55
68847667--68847759	46	2.1	43	82	9	107	32	23	17	26	1.96
68849221--68850681	525	2.8	525	93	3	2384	36	15	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68849900--68850086	98	1.9	98	79	4	207	37	13	14	34	1.85
68851423--68852150	392	1.9	393	87	3	1072	34	17	11	36	1.86
68852131--68854278	548	3.9	545	84	4	2706	35	15	11	36	1.84
68853907--68854672	392	2.0	389	87	2	1122	33	17	10	38	1.85
68855265--68855427	43	3.8	43	85	4	204	30	27	17	24	1.97
68855285--68855449	85	1.9	85	82	4	208	32	27	15	24	1.96
68858916--68858953	13	2.8	14	88	8	60	36	5	0	57	1.21
68859663--68859736	21	3.5	21	71	12	53	40	36	0	22	1.55
68859683--68859720	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
68859677--68859729	14	3.7	15	82	7	56	39	37	0	22	1.54
68859919--68859953	14	2.5	14	90	9	54	28	45	2	22	1.67
68860394--68860695	41	7.4	41	86	1	408	29	32	20	17	1.96
68861305--68862546	548	2.3	551	87	3	1756	36	15	11	36	1.84
68865398--68865441	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
68865397--68865452	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
68865441--68865486	23	2.0	23	95	0	83	36	8	15	39	1.78
68870929--68871237	44	7.0	43	63	15	123	29	20	24	24	1.99
68870888--68871300	132	3.1	132	92	0	675	30	21	23	24	1.99
68871292--68872088	217	3.7	217	88	3	1153	27	20	24	27	1.99
68871717--68872525	89	9.3	88	67	16	232	29	20	22	27	1.99
68871717--68872216	173	2.9	173	86	5	561	28	20	23	28	1.99
68871586--68872480	390	2.3	391	86	2	1208	28	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68871292--68872392	217	5.1	213	84	6	1015	28	20	23	27	1.99
68871843--68872260	173	2.4	173	91	3	657	27	20	23	28	1.99
68871373--68872480	44	25.5	43	70	15	337	28	20	23	27	1.99
68872193--68872525	174	1.9	175	84	4	449	30	20	21	27	1.98
68872833--68872895	19	3.4	18	91	4	74	38	7	19	34	1.81
68872835--68872888	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
68872848--68872911	19	3.0	22	86	8	80	37	6	17	39	1.75
68873087--68873125	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
68879406--68879448	16	2.6	17	75	14	54	41	6	4	46	1.51
68890014--68890282	126	2.1	126	90	2	425	30	15	17	36	1.92
68890344--68890419	34	2.3	33	84	6	118	48	10	0	40	1.38
68895883--68895926	17	2.4	20	85	14	60	59	4	0	36	1.18
68897700--68897733	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
68900534--68900574	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
68902480--68902513	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
68913449--68913600	76	2.0	75	96	1	277	17	28	11	42	1.83
68918521--68918550	6	4.8	6	92	8	51	16	0	13	70	1.18
68918521--68918550	13	2.4	12	94	5	51	16	0	13	70	1.18
68920303--68920334	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
68920966--68921000	3	11.7	3	87	0	52	28	5	0	65	1.15
68923844--68923897	25	2.2	25	83	6	65	22	7	12	57	1.60
68930738--68930770	15	2.1	16	94	5	59	15	18	6	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68932261--68932332	27	2.6	27	84	2	90	22	2	23	51	1.61
68932300--68932368	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
68933309--68933451	71	2.0	72	95	1	261	27	9	20	42	1.82
68933641--68933668	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
68933701--68933785	32	2.6	33	77	5	93	44	18	10	25	1.82
68933778--68933837	20	3.0	20	95	0	102	50	13	10	26	1.73
68933821--68933860	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
68937623--68937656	15	2.2	16	89	5	52	11	0	11	76	1.02
68940119--68940194	9	8.4	9	86	5	109	42	18	11	27	1.85
68956874--68956909	16	2.2	17	90	5	56	47	0	0	52	1.00
68957473--68957512	9	4.4	9	93	0	62	25	10	25	40	1.86
68962514--68962638	31	4.1	30	73	12	94	40	3	4	51	1.39
68962514--68962643	61	2.1	61	84	2	172	41	3	4	50	1.38
68964637--68964671	14	2.5	14	86	13	54	40	0	8	51	1.33
68966317--68966389	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
68976099--68976131	15	2.1	16	88	5	50	63	6	6	24	1.40
68984506--68984691	40	4.7	40	87	5	234	25	27	22	24	1.99
68986934--68987008	34	2.2	34	92	0	132	30	26	14	28	1.95
68997839--68997877	19	2.0	19	85	5	51	51	12	5	30	1.62
68999628--68999665	17	2.2	17	90	0	58	21	7	36	34	1.82
69009400--69009577	27	6.6	27	79	3	151	28	29	16	26	1.97
69009426--69009576	82	1.9	81	84	4	205	27	29	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69013564--69013610	23	2.0	23	91	0	76	51	10	10	27	1.70
69020886--69020923	6	6.3	6	82	11	51	81	2	0	15	0.80
69021874--69021900	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
69033539--69033631	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
69033991--69034036	3	15.3	3	95	0	83	65	2	0	32	1.05
69034762--69034794	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
69036194--69036272	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
69036391--69036738	47	7.4	47	96	0	624	29	30	8	31	1.87
69039498--69039533	18	2.0	18	94	0	63	36	11	5	47	1.63
69043951--69043976	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
69044399--69044433	17	2.1	17	100	0	70	28	5	11	54	1.59
69045855--69046121	51	5.3	51	94	1	430	31	16	23	28	1.96
69046714--69046805	28	3.3	28	81	6	116	31	6	6	55	1.51
69046788--69046818	14	2.2	14	94	0	53	22	6	9	61	1.50
69049004--69049084	42	1.9	43	87	7	121	4	30	0	64	1.15
69049018--69049079	19	3.1	19	71	24	54	4	30	0	64	1.14
69051535--69051578	20	2.2	20	84	8	54	59	0	15	25	1.37
69052025--69052054	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
69054126--69054161	18	2.0	18	88	0	54	58	0	13	27	1.36
69054326--69054363	18	2.1	18	90	0	58	42	21	15	21	1.89
69054691--69054769	9	8.8	9	97	0	122	22	10	27	39	1.86
69058719--69058873	41	3.8	41	86	1	206	21	29	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69063895--69063943	25	1.9	26	83	4	64	42	8	14	34	1.75
69065785--69065943	41	3.9	41	80	4	187	17	19	23	38	1.92
69065907--69065968	25	2.5	25	84	10	74	16	17	27	38	1.91
69084978--69085020	22	2.0	22	82	17	54	16	6	25	51	1.69
69086804--69086844	21	2.0	21	90	0	64	24	34	9	31	1.88
69090728--69090828	26	3.9	25	85	2	112	29	19	10	39	1.86
69090728--69090828	51	2.0	52	86	5	143	29	19	10	39	1.86
69094773--69094879	53	2.0	53	94	0	187	32	5	13	48	1.65
69102959--69103010	24	2.2	24	96	0	95	32	23	7	36	1.83
69103378--69103438	24	2.5	26	75	20	69	6	44	0	49	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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