genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71265414--71265466	27	2.0	27	88	7	81	54	0	3	41	1.18
71265573--71265606	12	3.0	11	87	8	50	55	0	0	44	0.99
71266264--71266330	34	1.9	35	93	3	118	47	10	7	34	1.66
71267509--71267552	22	2.0	23	86	4	63	54	2	9	34	1.44
71269318--71269375	24	2.4	24	88	0	89	37	24	3	34	1.72
71270923--71271145	42	5.2	41	73	10	146	25	21	18	35	1.95
71275345--71275396	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
71277314--71277365	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
71278038--71278227	95	2.0	97	90	2	303	31	17	13	36	1.89
71280012--71280059	24	2.0	25	84	12	64	54	10	10	25	1.66
71282860--71282924	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
71282867--71282924	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
71289761--71290025	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
71290353--71290417	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
71290360--71290417	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
71291846--71291883	20	2.0	20	94	5	69	31	5	31	31	1.80
71294138--71294196	29	2.0	29	100	0	118	20	20	3	55	1.57
71294197--71294257	24	2.5	24	91	0	104	21	22	13	42	1.87
71297363--71297404	18	2.4	17	84	15	50	23	4	0	71	1.05
71300095--71300289	43	4.5	43	83	3	241	30	32	15	20	1.94
71305231--71305486	41	6.3	41	90	1	390	29	28	21	19	1.98
71309528--71309597	27	2.6	27	81	6	70	25	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71326616--71326649	6	5.7	6	89	0	50	73	11	0	14	1.10
71326679--71326717	8	5.0	8	81	6	53	74	0	12	12	1.08
71326673--71326717	15	2.8	16	83	10	65	71	0	15	13	1.15
71331714--71331953	98	2.4	98	86	2	311	22	28	20	28	1.99
71331665--71331953	50	5.8	50	82	3	307	22	27	20	29	1.99
71346439--71346682	50	4.8	50	85	3	245	26	20	27	25	1.99
71346883--71346921	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
71349948--71350118	39	4.3	39	85	5	195	25	20	27	26	1.99
71349902--71350118	79	2.7	81	83	9	252	26	20	26	26	1.99
71349895--71350118	40	5.6	39	83	6	224	25	20	27	25	1.99
71349902--71350151	79	3.2	78	79	11	201	27	20	26	25	1.99
71351945--71351976	14	2.4	14	94	5	57	68	6	0	25	1.12
71353437--71353556	57	2.1	58	84	3	154	27	22	5	44	1.76
71354566--71354700	54	2.5	53	75	4	144	24	27	25	22	2.00
71355656--71355843	73	2.6	72	82	7	204	37	27	12	22	1.90
71355678--71355843	36	4.6	36	78	10	169	37	26	12	23	1.91
71369717--71369762	20	2.3	19	78	10	56	36	0	0	63	0.95
71369885--71369929	21	2.1	22	83	4	56	71	11	0	17	1.14
71373652--71373749	39	2.5	39	85	8	128	35	10	12	41	1.76
71374957--71375013	29	2.0	29	85	0	78	24	15	28	31	1.96
71375910--71375957	18	2.5	20	73	16	55	29	14	33	20	1.92
71380544--71380593	19	2.4	19	83	12	55	34	0	6	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71380972--71381275	102	3.0	100	79	8	312	40	8	19	31	1.82
71382470--71382510	17	2.4	18	80	8	50	68	0	2	29	1.03
71384565--71384625	25	2.5	24	78	7	68	32	3	1	62	1.21
71384588--71384649	26	2.4	25	78	2	61	29	6	4	59	1.43
71384859--71384892	17	2.0	17	94	0	59	35	2	0	61	1.11
71387215--71387399	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
71387196--71387399	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
71387847--71387902	28	2.0	28	100	0	112	39	25	17	17	1.92
71395680--71396030	47	7.4	47	95	1	603	29	29	7	32	1.86
71396303--71396602	150	2.0	150	99	0	591	33	25	12	29	1.92
71399573--71399624	25	2.1	25	92	0	86	78	17	3	0	0.89
71401002--71401873	50	17.6	50	67	7	474	30	22	21	24	1.99
71400979--71401945	100	9.8	100	87	2	1276	30	22	22	25	1.99
71401948--71402155	40	4.9	40	70	15	150	33	22	20	24	1.97
71401945--71402220	129	2.1	129	90	3	396	35	22	19	23	1.96
71403685--71403746	26	2.4	25	78	2	61	29	6	4	59	1.43
71403956--71403989	17	2.0	17	94	0	59	35	2	0	61	1.11
71405489--71405513	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
71408584--71408625	18	2.3	18	95	0	75	40	2	42	14	1.58
71413363--71413545	88	2.1	87	82	3	215	38	19	9	33	1.83
71413723--71413793	29	2.4	30	80	13	85	61	2	1	33	1.19
71415764--71415822	19	2.9	21	78	14	70	25	10	3	61	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71415764--71415822	20	2.9	22	76	19	65	25	10	3	61	1.44
71415804--71415906	30	3.5	30	70	9	79	32	8	1	57	1.40
71415881--71415926	20	2.3	21	82	14	62	43	2	0	54	1.12
71416759--71416787	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
71422367--71422467	44	2.3	45	77	1	105	25	19	23	30	1.98
71422389--71422897	218	2.3	218	91	0	840	26	25	19	28	1.99
71422821--71422968	76	1.9	76	94	0	260	19	29	19	31	1.97
71422603--71423186	294	2.0	294	95	0	1053	25	26	19	28	1.99
71422897--71424299	218	6.4	218	88	1	1757	26	24	19	29	1.99
71422391--71423408	512	2.0	512	93	0	1752	26	25	19	28	1.99
71423121--71424069	44	21.8	44	68	12	225	26	24	20	28	1.99
71422926--71424299	654	2.1	650	89	4	2050	26	24	19	28	1.99
71429002--71429032	11	2.7	12	90	10	55	58	6	9	25	1.54
71434598--71434875	69	4.0	69	98	0	520	30	21	19	28	1.98
71436982--71437015	17	1.9	18	94	5	61	58	0	5	35	1.22
71438060--71438111	6	8.3	6	78	16	52	11	0	5	82	0.82
71438060--71438111	12	4.2	12	83	13	61	11	0	5	82	0.82
71438060--71438115	15	4.1	14	80	19	57	12	0	5	82	0.83
71441495--71441533	20	2.0	20	90	10	62	53	7	2	35	1.43
71443824--71443991	26	6.5	26	85	4	205	23	28	10	37	1.88
71443824--71443991	52	3.2	52	88	0	228	23	28	10	37	1.88
71443824--71443991	78	2.2	78	87	6	234	23	28	10	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71445046--71445088	19	2.3	19	100	0	86	27	41	0	30	1.56
71448843--71448876	6	5.7	6	92	0	59	29	32	2	35	1.73
71453200--71453269	20	3.5	20	70	24	58	58	1	2	37	1.22
71453648--71453684	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
71456400--71456800	132	3.0	132	91	0	633	26	24	18	30	1.98
71456773--71456932	46	3.5	46	89	1	241	31	25	15	26	1.96
71456959--71457991	88	11.7	88	94	0	1697	25	24	22	27	2.00
71459196--71459231	16	2.2	17	95	5	65	11	8	0	80	0.90
71459195--71459241	24	2.0	23	83	4	58	14	10	0	74	1.07
71460054--71460101	18	2.5	19	83	10	53	4	20	0	75	0.97
71460054--71460101	19	2.5	19	83	10	53	4	20	0	75	0.97
71460054--71460096	20	2.2	20	86	0	59	2	20	0	76	0.89
71460099--71460146	9	5.3	9	89	0	78	12	0	8	79	0.94
71464871--71465041	72	2.4	72	79	2	173	26	22	23	27	1.99
71465141--71465284	75	1.9	77	80	8	170	20	24	24	30	1.99
71465641--71465703	7	8.9	7	74	10	56	15	3	46	34	1.62
71465853--71465902	20	2.5	20	84	9	66	14	0	38	48	1.44
71466030--71466111	21	3.9	19	77	13	65	19	2	31	46	1.63
71466030--71466111	7	12.0	6	75	16	56	19	2	31	46	1.63
71466030--71466111	14	5.9	13	77	17	67	19	2	31	46	1.63
71466560--71466797	115	2.1	115	91	0	395	29	18	18	33	1.95
71469279--71469625	9	38.6	9	68	16	168	43	17	1	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71469349--71469625	16	15.4	18	70	16	116	42	17	0	38	1.55
71469505--71469557	19	2.8	19	85	2	72	47	18	1	32	1.60
71469342--71469625	25	11.6	25	67	18	109	42	17	1	38	1.56
71474656--71474724	21	3.3	21	83	0	84	36	17	42	4	1.69
71475169--71475377	85	2.5	85	84	7	257	24	23	20	31	1.98
71475169--71475378	42	5.0	42	85	6	257	24	23	20	31	1.98
71477609--71477925	159	2.0	159	98	1	609	28	24	14	32	1.95
71478526--71478703	27	6.6	27	84	3	205	30	27	14	27	1.95
71478547--71478702	82	1.9	81	89	3	242	30	27	14	27	1.95
71485606--71485646	18	2.3	19	79	12	50	19	43	21	14	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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