genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52069440--52069496	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
52069636--52069671	15	2.3	16	90	4	56	13	8	13	63	1.50
52071148--52071196	25	1.9	26	87	4	73	16	18	8	57	1.63
52071148--52071198	24	2.0	26	85	7	70	15	19	7	56	1.63
52073758--52073797	20	2.0	20	85	9	55	70	0	7	22	1.12
52080682--52080925	50	4.9	50	90	2	373	21	32	22	23	1.98
52082760--52082789	15	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
52084146--52084316	88	1.9	88	87	7	247	39	7	15	37	1.76
52084478--52084525	23	2.1	23	84	3	62	20	2	6	70	1.19
52084876--52084911	18	2.0	18	88	0	54	52	0	25	22	1.47
52087198--52087247	25	1.9	27	88	8	77	36	4	6	54	1.44
52088199--52088226	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
52089018--52089042	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
52089251--52089304	22	2.5	22	85	8	76	46	1	27	24	1.63
52089950--52089988	14	2.7	15	84	4	53	51	0	0	48	1.00
52090424--52090458	18	2.0	17	88	5	52	28	2	8	60	1.41
52091885--52092378	246	2.0	246	100	0	988	29	17	24	28	1.97
52098707--52098736	6	4.8	6	95	4	51	66	0	0	33	0.92
52102137--52102164	13	2.2	13	100	0	56	42	7	14	35	1.73
52103751--52103896	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
52103860--52104128	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
52103903--52104122	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52103860--52104128	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
52113053--52113093	21	2.0	21	90	0	64	17	12	21	48	1.79
52113880--52113984	28	3.8	28	81	2	124	34	22	23	19	1.96
52113878--52113984	56	1.9	54	84	3	142	34	22	23	19	1.96
52114195--52114461	32	8.4	32	80	5	263	37	21	20	20	1.95
52114464--52114515	26	2.0	26	92	0	86	38	26	19	15	1.91
52114606--52114739	24	5.6	24	85	0	160	46	21	5	26	1.72
52114606--52114739	72	1.9	72	87	0	196	46	21	5	26	1.72
52114731--52114797	27	2.5	27	79	13	68	31	19	16	32	1.94
52114758--52114823	27	2.4	27	87	0	87	27	21	16	34	1.95
52114757--52114830	27	2.7	27	77	8	71	25	18	20	35	1.96
52115069--52115109	19	2.2	19	86	0	55	14	41	24	19	1.89
52127701--52127732	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
52127856--52127954	46	2.2	43	82	12	119	32	25	19	23	1.97
52127950--52128150	51	4.0	51	82	8	266	29	29	17	23	1.97
52127958--52128142	101	1.8	102	91	3	311	30	28	17	23	1.97
52127950--52128142	102	1.9	102	90	3	300	30	28	18	23	1.97
52128378--52128436	31	1.9	31	82	6	75	33	16	6	42	1.75
52130952--52130976	13	1.9	13	100	0	50	72	4	16	8	1.24
52132017--52132226	104	2.0	104	100	0	420	40	7	17	34	1.78
52133574--52133647	28	2.6	28	87	4	114	31	9	31	28	1.89
52134390--52134611	47	4.7	47	70	16	167	25	14	18	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52134413--52134631	70	3.1	69	86	3	303	24	13	19	42	1.87
52134390--52134611	23	9.5	22	75	11	158	25	14	18	42	1.87
52137563--52137617	18	2.9	19	78	8	58	45	3	1	49	1.30
52140950--52141009	31	1.9	31	89	0	93	53	15	13	18	1.73
52151419--52151473	28	2.0	27	89	6	85	58	9	10	21	1.60
52167587--52167648	27	2.3	27	91	0	97	30	12	14	41	1.83
52168940--52168979	21	1.9	21	84	0	53	52	22	5	20	1.65
52170532--52170557	7	3.7	7	100	0	52	42	0	11	46	1.40
52170984--52171033	4	13.0	4	76	16	52	2	26	0	72	0.96
52175045--52175086	22	1.9	22	85	9	59	45	14	9	30	1.77
52175298--52175344	20	2.3	21	79	17	55	61	4	0	34	1.15
52176266--52176292	13	2.1	13	100	0	54	37	7	55	0	1.28
52178637--52178677	19	2.2	19	100	0	82	43	12	19	24	1.85
52184823--52184877	27	2.1	25	81	15	67	25	10	30	32	1.90
52185587--52185626	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
52185850--52185925	39	1.9	39	81	5	91	40	5	1	52	1.32
52186028--52186065	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
52191287--52191346	29	2.0	30	83	3	77	23	35	30	11	1.90
52196640--52197054	27	15.6	27	85	3	416	42	21	16	19	1.89
52211297--52211348	24	2.2	24	96	0	95	32	15	32	19	1.93
52221424--52221543	62	2.0	60	95	3	213	28	32	23	15	1.95
52222798--52223008	89	2.3	91	81	1	246	25	15	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52223620--52223654	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
52226051--52226195	76	1.9	76	89	0	227	31	4	20	43	1.73
52227191--52227269	3	26.3	3	82	10	99	63	1	1	34	1.11
52232982--52233610	211	3.0	211	89	1	976	22	18	17	41	1.90
52245285--52245386	49	2.1	49	81	7	118	30	27	16	25	1.97
52255196--52255229	17	2.1	16	88	5	50	20	14	17	47	1.83
52266607--52266709	50	2.1	50	100	0	206	21	30	13	34	1.92
52272254--52272284	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
52271604--52272722	571	2.0	567	83	2	1440	34	13	16	35	1.88
52275082--52275146	28	2.3	28	94	0	112	32	27	0	40	1.57
52290642--52290680	14	2.9	14	84	3	53	30	0	10	58	1.31
52297252--52297301	25	2.0	25	84	7	66	64	2	0	34	1.05
52309313--52309356	21	2.1	21	91	0	70	15	11	29	43	1.82
52318513--52318611	33	3.0	33	89	1	146	35	11	32	21	1.88
52320242--52320351	45	2.4	45	96	0	202	29	24	16	30	1.96
52323471--52323506	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
52323632--52323662	15	2.1	15	100	0	62	25	6	16	51	1.68
52323757--52323791	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
52323716--52323959	79	3.1	79	64	13	207	47	3	2	46	1.33
52323651--52323957	154	2.0	156	95	1	555	44	2	4	47	1.38
52323891--52323932	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
52323900--52323941	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52323894--52324190	125	2.4	121	86	6	397	51	5	2	40	1.40
52324151--52324189	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
52324156--52324189	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
52328058--52328138	25	3.3	25	80	13	114	37	9	6	46	1.62
52328021--52328138	48	2.5	48	94	4	206	38	7	5	47	1.57
52328042--52328120	23	3.3	23	78	13	97	34	7	6	51	1.55
52328758--52328841	23	3.7	23	88	0	132	44	28	7	20	1.78
52328827--52328872	22	2.1	21	84	4	56	58	19	4	17	1.55
52329740--52329803	33	1.9	34	87	6	96	34	4	17	43	1.69
52331288--52331368	25	3.4	25	67	19	82	25	13	7	53	1.66
52331289--52331382	46	2.0	46	100	0	188	26	12	10	50	1.73
52338898--52339067	59	3.0	57	83	6	175	27	16	22	33	1.95
52338898--52339067	29	6.0	29	82	4	177	27	16	22	33	1.95
52345506--52345553	24	2.0	24	100	0	96	37	16	8	37	1.79
52353535--52353573	17	2.2	18	86	4	53	48	0	0	51	1.00
52353903--52353944	22	2.0	21	86	13	59	9	4	45	40	1.58
52360471--52360515	23	2.0	23	86	8	65	46	6	6	40	1.56
52362494--52363055	92	6.1	92	99	0	1115	40	6	4	48	1.48
52363052--52363436	9	44.9	9	67	14	136	45	19	4	29	1.70
52363171--52363270	37	2.7	37	95	0	173	50	19	3	28	1.62
52363255--52363376	16	8.0	16	68	20	82	45	18	5	29	1.73
52363275--52363406	25	5.3	25	71	5	70	43	20	5	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52368880--52369004	66	1.9	66	86	6	182	40	18	25	15	1.89
52368882--52369021	66	2.1	66	84	5	176	41	18	26	13	1.88
52368997--52369041	21	2.1	21	84	8	56	42	17	37	2	1.62
52369030--52369084	21	2.6	21	91	0	83	34	20	40	5	1.75
52369439--52369886	43	10.3	43	73	5	301	22	20	29	27	1.99
52369439--52369712	130	2.1	129	82	4	318	21	17	31	30	1.96
52369459--52369734	87	3.2	88	87	2	371	24	17	30	26	1.97
52369982--52370024	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
52371289--52371437	79	1.9	79	90	0	235	43	16	10	28	1.82
52372430--52372454	11	2.3	11	100	0	50	56	0	8	36	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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