genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11213380--11213465	42	2.0	42	88	4	129	41	11	26	19	1.86
11213380--11213556	63	2.8	63	84	1	203	44	12	23	18	1.85
11213439--11213556	42	2.8	42	84	2	157	46	13	22	17	1.83
11216614--11216673	28	2.2	26	80	11	84	35	10	10	45	1.71
11217256--11217318	31	2.0	31	100	0	126	28	9	15	46	1.78
11221590--11221639	6	8.3	6	90	0	64	78	2	2	18	0.95
11223223--11223279	9	6.4	9	77	4	62	61	0	12	26	1.31
11223246--11223282	18	2.1	18	100	0	74	67	0	5	27	1.12
11223392--11223442	25	2.0	25	82	14	61	52	3	43	0	1.19
11224410--11224465	27	2.1	27	100	0	112	41	0	26	32	1.56
11232352--11232591	39	6.1	39	85	3	279	32	29	21	17	1.96
11232369--11232591	117	1.9	119	86	3	326	31	28	21	17	1.97
11232664--11232736	28	2.6	28	84	0	101	30	24	9	35	1.87
11232664--11232745	28	2.9	28	80	3	94	30	24	10	34	1.90
11237854--11238025	86	2.0	86	98	0	335	48	17	9	24	1.77
11238951--11239197	39	6.4	39	85	4	331	30	28	21	19	1.97
11239282--11239352	28	2.5	28	83	0	79	29	26	11	32	1.91
11242294--11242387	42	2.2	43	83	3	120	30	17	20	31	1.95
11245302--11245331	3	10.3	3	92	7	53	0	30	0	70	0.88
11246980--11247008	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
11253590--11253725	57	2.3	58	76	8	134	61	1	7	30	1.32
11259590--11259616	9	3.0	9	100	0	54	33	0	22	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11259876--11259935	29	2.1	29	96	0	111	31	13	8	46	1.72
11260292--11260337	20	2.3	21	74	11	51	6	32	26	34	1.82
11276539--11276582	22	2.0	22	100	0	88	36	13	22	27	1.92
11277536--11277610	29	2.6	31	85	12	106	37	12	29	21	1.89
11281774--11281813	13	3.1	13	88	0	62	17	30	35	17	1.93
11283568--11283601	17	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
11295965--11296349	175	2.2	177	87	2	562	31	15	23	29	1.95
11296036--11296327	87	3.3	87	71	14	242	31	14	23	30	1.94
11296158--11296745	131	4.5	131	79	10	660	30	14	23	31	1.95
11296289--11296649	175	2.0	177	92	1	600	29	15	24	29	1.96
11295981--11296613	306	2.1	308	91	1	1038	30	15	23	30	1.95
11296332--11296897	88	6.5	87	79	10	609	29	15	24	30	1.95
11296332--11296877	263	2.1	264	93	0	941	28	15	24	31	1.95
11296899--11297340	78	5.7	78	98	0	841	33	16	24	25	1.96
11297303--11297561	44	5.9	44	88	0	347	29	14	27	28	1.95
11304497--11304759	133	2.0	133	96	0	490	42	23	9	24	1.84
11304758--11305020	131	2.0	131	96	1	483	36	23	19	20	1.95
11305228--11305634	204	2.0	204	98	0	778	34	23	10	31	1.89
11305710--11305779	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
11305710--11305807	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
11314449--11314498	21	2.4	21	96	0	91	24	16	16	44	1.86
11317463--11317650	39	4.8	39	88	1	268	27	27	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11317632--11317724	39	2.4	39	89	3	134	25	24	19	30	1.98
11323424--11323514	39	2.3	39	90	3	139	25	21	19	32	1.97
11326806--11326905	42	2.5	40	82	8	114	43	16	19	22	1.88
11326885--11326961	41	1.9	41	92	5	131	35	19	22	23	1.96
11326877--11326971	41	2.4	39	83	3	127	37	21	20	21	1.94
11327833--11327879	18	2.5	19	82	3	51	10	4	38	46	1.58
11327989--11328020	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
11330812--11330876	20	3.2	20	71	16	71	33	13	1	50	1.51
11332296--11332324	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
11337880--11337944	21	3.1	21	95	0	112	24	20	53	1	1.54
11338242--11338358	42	2.7	42	86	2	162	25	18	24	30	1.98
11338242--11338370	43	3.0	42	87	2	186	23	19	25	31	1.98
11338902--11338954	25	2.1	25	92	0	88	32	15	9	43	1.78
11347133--11347182	26	1.9	26	100	0	100	20	22	16	42	1.89
11353158--11353289	48	2.7	47	84	4	158	23	18	25	33	1.97
11354154--11354222	30	2.3	30	97	0	129	15	20	31	31	1.94
11354154--11354201	17	3.1	17	65	22	50	16	20	33	29	1.95
11362343--11362387	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
11368066--11368126	15	4.2	14	75	12	52	83	0	9	6	0.80
11368081--11368120	12	3.2	12	89	3	62	87	0	2	10	0.63
11368066--11368136	22	3.3	22	77	15	60	81	0	11	7	0.86
11368084--11368122	13	3.1	13	85	14	55	84	0	5	10	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11368064--11368136	34	2.2	34	82	2	85	82	0	10	6	0.85
11369027--11369615	44	13.4	44	72	10	391	29	18	24	26	1.98
11369027--11369602	132	4.4	132	91	1	895	30	18	24	26	1.98
11369554--11369638	44	1.9	44	92	0	143	29	17	27	25	1.98
11369631--11370302	205	3.3	205	91	0	1092	31	17	20	30	1.96
11370292--11370478	18	10.5	18	86	5	247	38	12	13	35	1.82
11370292--11370478	35	5.3	35	93	1	293	38	12	13	35	1.82
11372753--11372791	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
11373253--11373307	28	2.0	28	89	7	85	32	21	21	23	1.98
11373413--11373473	28	2.2	28	87	0	86	32	9	26	31	1.89
11373429--11373485	28	2.0	28	86	0	78	35	8	21	35	1.84
11375858--11375935	36	2.2	36	85	0	102	33	30	8	26	1.87
11380686--11380764	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
11380882--11381222	47	7.2	47	90	2	520	29	30	8	31	1.87
11384719--11384757	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
11385187--11385264	28	2.8	29	82	5	90	35	19	23	21	1.96
11385381--11385444	28	2.3	28	91	0	101	32	7	28	31	1.85
11390112--11390167	27	2.1	27	96	0	103	33	19	7	39	1.79
11392369--11392442	27	2.7	27	79	4	78	25	32	14	27	1.95
11400279--11400541	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
11400318--11400576	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
11408232--11408494	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11408271--11408529	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
11420912--11421100	97	2.0	96	90	0	288	35	11	14	38	1.82
11422699--11422771	7	10.4	7	93	0	128	41	42	0	16	1.48
11422699--11422771	28	2.6	28	100	0	146	41	42	0	16	1.48
11429832--11429864	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
11434262--11434311	22	2.2	22	79	10	57	28	2	12	58	1.45
11435016--11435056	20	2.0	20	85	4	55	48	12	7	31	1.68
11439255--11439293	18	2.2	18	90	9	62	38	0	0	61	0.96
11439541--11439573	16	2.1	16	100	0	66	42	15	18	24	1.88
11440037--11440075	20	2.1	18	85	9	51	41	0	5	53	1.23
11443305--11443429	66	1.9	66	85	3	171	41	16	13	28	1.86
11444459--11444505	24	2.0	24	91	0	76	44	0	19	36	1.51
11445649--11445680	16	2.1	15	94	5	55	78	0	21	0	0.76
11445651--11445696	17	2.6	19	83	13	62	76	0	19	4	0.96
11451825--11451890	29	2.3	29	92	2	107	25	12	28	33	1.92
11455051--11455431	27	14.1	27	76	7	103	39	21	7	31	1.81
11455051--11455163	54	2.1	54	84	0	145	30	23	7	37	1.84
11455063--11455206	54	2.7	54	78	0	135	35	21	7	35	1.82
11455157--11455429	81	3.4	79	79	8	264	43	20	6	28	1.78
11455223--11455430	54	3.9	53	78	10	208	43	20	7	28	1.78
11455157--11455492	27	12.4	27	74	10	175	42	19	7	30	1.79
11455548--11455607	27	2.2	27	82	5	77	36	20	23	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11456421--11456544	26	4.8	26	84	3	153	25	25	20	28	1.99
11456421--11456544	52	2.4	51	89	5	189	25	25	20	28	1.99
11458902--11458959	27	2.1	27	83	0	71	32	22	8	36	1.85
11458911--11459014	27	3.9	27	89	2	156	27	20	8	43	1.81
11458992--11459266	27	10.2	27	75	8	114	40	20	8	30	1.82
11458919--11459041	54	2.3	54	84	2	158	30	18	8	41	1.81
11458992--11459351	54	6.7	55	76	6	236	39	20	9	31	1.83
11459033--11459240	27	7.7	27	80	8	176	42	20	8	28	1.81
11459058--11459240	81	2.3	81	89	2	271	41	19	8	30	1.82
11459058--11459264	81	2.6	81	86	3	249	42	19	9	29	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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