genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20220524--20220610	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
20223523--20223643	35	3.5	35	80	0	125	44	15	9	29	1.79
20229912--20229972	30	2.0	29	84	12	79	27	31	18	22	1.97
20230941--20230989	22	2.2	22	85	0	62	36	18	10	34	1.85
20230945--20231021	27	2.9	27	71	7	66	31	19	10	38	1.85
20230948--20230990	22	2.0	22	90	0	68	34	18	13	32	1.90
20230981--20231056	15	4.8	15	69	12	53	27	17	9	46	1.78
20231037--20231092	22	2.5	22	79	0	67	30	25	5	39	1.78
20232168--20232200	17	2.0	17	88	5	50	75	0	21	3	0.93
20234206--20234250	19	2.3	20	88	3	65	28	6	17	46	1.73
20239948--20240328	191	2.0	191	90	0	600	30	22	14	32	1.94
20246554--20246578	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
20247077--20247141	30	2.2	30	82	0	76	30	43	16	9	1.80
20250328--20250585	46	5.5	46	72	12	156	29	18	30	21	1.97
20252142--20252210	30	2.3	30	97	0	129	20	34	24	20	1.96
20253343--20253429	45	1.9	45	90	0	138	35	22	13	27	1.92
20261938--20262037	40	2.4	41	81	11	114	27	17	29	27	1.97
20264232--20264731	125	4.0	125	84	3	673	27	17	16	37	1.92
20264782--20264904	29	4.0	29	77	12	120	43	18	2	35	1.64
20264788--20264931	34	4.5	32	76	14	138	39	18	2	40	1.62
20264778--20264919	64	2.2	64	88	1	214	42	17	2	37	1.61
20264897--20264954	24	2.5	23	83	13	82	37	10	0	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20264778--20264933	63	2.5	64	86	2	217	41	16	1	39	1.60
20264897--20264965	22	3.0	23	83	10	86	40	11	1	46	1.49
20267776--20267928	48	3.2	48	84	3	209	26	20	24	28	1.99
20270154--20270311	41	3.9	40	81	8	176	26	27	22	22	1.99
20284347--20284486	48	2.9	48	89	0	190	25	23	24	26	2.00
20293578--20293734	43	3.7	43	83	9	178	28	17	21	32	1.96
20293871--20293914	21	2.1	21	100	0	88	47	9	13	29	1.74
20294486--20294514	9	3.2	9	100	0	58	34	0	20	44	1.52
20304048--20304298	129	1.9	129	85	3	344	31	13	23	31	1.93
20313364--20313734	27	13.8	27	74	9	251	41	19	9	29	1.83
20313364--20313731	54	6.9	54	78	8	317	41	19	9	29	1.83
20313686--20313745	27	2.2	27	87	0	84	41	16	13	28	1.86
20314190--20314251	27	2.3	27	83	5	72	24	19	16	40	1.91
20314531--20314590	27	2.2	27	78	0	66	23	20	26	30	1.98
20315274--20315322	20	2.5	20	86	6	64	40	14	8	36	1.75
20315288--20315342	20	2.7	21	88	5	78	49	10	7	32	1.65
20322452--20322531	41	2.0	41	97	0	151	46	17	13	22	1.83
20325143--20325215	22	3.2	22	82	5	83	26	23	19	31	1.98
20335241--20335287	22	2.1	23	84	11	62	34	23	14	27	1.94
20345622--20345732	22	5.0	22	86	6	136	30	19	25	24	1.98
20345622--20345719	45	2.2	44	87	5	135	29	20	25	24	1.99
20355277--20355371	40	2.3	41	75	10	97	32	8	12	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20355284--20355364	20	4.1	20	76	4	67	32	8	13	45	1.74
20359125--20359226	51	2.0	50	90	5	161	28	32	14	23	1.94
20359979--20360099	48	2.6	46	80	5	127	27	22	14	36	1.92
20364692--20364730	13	3.0	13	84	0	51	69	2	0	28	1.02
20364903--20364941	17	2.2	18	90	4	62	58	0	15	25	1.37
20372833--20373009	91	2.0	90	88	1	264	37	12	7	42	1.71
20377378--20377408	16	1.9	16	93	0	53	29	0	32	38	1.57
20380960--20381009	26	1.9	26	83	0	64	36	24	24	16	1.94
20381013--20381090	20	3.9	20	96	0	138	42	26	19	11	1.85
20381378--20381442	27	2.4	27	92	0	112	18	15	21	44	1.86
20384922--20385019	20	4.9	20	78	2	81	39	24	22	13	1.90
20391982--20392039	22	2.6	22	78	5	64	24	18	15	41	1.89
20395891--20395993	42	2.4	43	80	4	111	24	18	25	32	1.97
20395834--20396004	43	4.0	44	70	15	133	24	16	25	33	1.95
20402866--20402921	21	2.7	21	85	0	76	26	7	35	30	1.83
20405910--20406035	49	2.6	47	86	3	162	22	29	18	30	1.97
20413977--20414033	30	1.9	29	85	3	78	42	1	24	31	1.65
20414245--20414276	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
20414377--20414562	50	3.6	49	86	6	219	26	25	27	19	1.99
20414485--20414562	26	3.0	26	61	17	63	28	25	26	19	1.99
20423021--20423056	17	2.1	17	89	0	54	83	0	13	2	0.76
20433335--20433374	21	1.9	21	85	10	55	25	25	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20442363--20442536	47	3.7	46	74	15	153	31	27	17	23	1.97
20451134--20451261	39	3.3	39	85	0	175	32	21	25	21	1.98
20451133--20451287	78	2.0	76	82	5	186	30	21	26	21	1.98
20459037--20459164	39	3.3	39	87	0	184	32	18	25	23	1.97
20462411--20462443	15	2.1	16	88	5	50	6	24	0	69	1.10
20462855--20462897	20	2.1	20	83	12	52	41	0	4	53	1.21
20463020--20463049	8	3.6	8	91	8	51	33	0	0	66	0.92
20463019--20463048	9	3.4	9	90	9	53	30	0	0	70	0.88
20463129--20463200	30	2.4	31	77	13	78	34	2	2	59	1.26
20463185--20463241	28	2.0	28	80	12	64	21	7	3	68	1.29
20463416--20463456	22	1.9	21	90	5	64	24	4	4	65	1.32
20463548--20463587	15	2.6	16	80	11	57	67	0	0	32	0.91
20467679--20467731	24	2.2	24	90	6	81	41	0	0	58	0.98
20471435--20471493	29	2.0	29	100	0	118	30	16	13	38	1.88
20473891--20473958	31	2.2	31	86	5	93	44	7	13	35	1.71
20477821--20477864	5	8.8	5	80	9	54	56	2	2	38	1.24
20478572--20478771	109	1.8	109	94	2	357	35	9	7	48	1.63
20492639--20492677	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
20495928--20495998	34	2.1	34	86	0	97	21	26	23	28	1.99
20499915--20500101	39	4.8	39	93	0	329	22	28	26	22	1.99
20510768--20510836	21	3.2	21	63	25	54	26	27	14	31	1.95
20510765--20510849	43	2.0	43	95	0	152	25	29	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20511353--20511413	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20522490--20522528	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
20537086--20537157	29	2.5	28	82	8	92	29	33	13	23	1.93
20541595--20541872	50	5.6	49	80	5	301	23	28	20	27	1.99
20541590--20541873	100	2.9	101	84	5	348	23	28	20	27	1.99
20548377--20548492	59	2.0	59	100	0	232	25	30	24	20	1.99
20550263--20550333	36	2.0	36	100	0	142	26	28	5	39	1.79
20554427--20554487	30	2.1	29	90	3	95	29	16	21	32	1.95
20556924--20557107	40	4.6	41	80	11	197	26	21	26	25	2.00
20556976--20557140	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
20568146--20568255	55	2.0	55	98	0	211	24	14	28	32	1.94
20568446--20568737	148	2.0	148	87	2	426	31	18	27	22	1.97
20570321--20570504	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
20570321--20570504	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
20570373--20570537	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
20578395--20578508	46	2.5	46	80	0	138	29	19	21	29	1.97
20579317--20579424	27	4.0	27	90	0	171	27	21	9	41	1.83
20579402--20579596	27	7.2	27	80	7	173	41	21	7	30	1.80
20579321--20579436	54	2.1	54	88	0	169	30	22	8	38	1.84
20579337--20579505	54	3.1	54	81	1	160	34	20	7	37	1.81
20579402--20579598	81	2.4	81	81	9	267	40	21	7	30	1.81
20579416--20579597	54	3.4	54	86	0	256	42	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20579713--20579781	27	2.6	27	85	0	75	34	18	26	20	1.96
20579720--20579791	27	2.7	27	86	4	101	29	23	25	22	1.99
20580595--20580788	26	7.5	26	87	5	270	26	22	22	28	1.99
20580933--20581024	42	2.2	42	88	0	130	29	15	22	32	1.95
20581048--20581124	31	2.5	31	91	0	127	31	16	24	27	1.97
20582424--20583048	313	2.0	313	98	0	1198	37	18	13	30	1.90
20583849--20584023	50	3.5	49	80	7	174	29	28	17	25	1.97
20596929--20597008	39	2.1	39	92	0	133	30	2	18	48	1.61
20597407--20597443	13	2.8	13	87	0	56	21	32	32	13	1.92
20605642--20605715	38	1.9	38	88	0	112	31	13	14	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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