genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17577322--17577388	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17577438--17577615	24	7.4	24	88	0	257	28	20	23	26	1.99
17579392--17579556	43	3.9	43	75	9	140	26	16	25	30	1.97
17595260--17595314	29	1.9	29	92	3	94	34	27	23	14	1.94
17596649--17596696	23	2.1	23	100	0	96	37	12	12	37	1.81
17598056--17598107	20	2.6	20	81	0	59	42	15	7	34	1.75
17601284--17601376	45	2.1	45	87	4	134	27	16	23	32	1.96
17601298--17601408	45	2.5	45	80	2	125	27	18	26	27	1.98
17603778--17603840	23	2.9	21	76	21	58	34	26	23	14	1.93
17604664--17604720	23	2.5	23	83	13	73	36	12	5	45	1.64
17604937--17605000	24	2.7	24	85	2	76	54	10	1	32	1.45
17607817--17607894	41	1.9	41	97	0	147	44	23	6	25	1.76
17610255--17610384	27	4.8	27	88	0	197	32	24	4	38	1.76
17610416--17610538	27	4.6	27	84	2	149	39	20	10	29	1.86
17610396--17610567	54	3.2	53	82	3	173	39	20	11	28	1.87
17610416--17610565	81	1.9	81	83	5	196	40	20	10	28	1.85
17610416--17610580	27	6.1	27	78	7	147	40	20	9	29	1.84
17610416--17610630	27	7.9	27	75	9	123	39	19	10	31	1.85
17610683--17610746	27	2.4	27	78	5	67	39	17	20	23	1.92
17620717--17620985	139	1.9	143	81	6	325	22	28	19	28	1.98
17647320--17647365	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
17653686--17653747	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17662619--17662796	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
17662640--17662795	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
17667951--17668031	23	3.4	23	86	3	99	27	22	17	33	1.96
17674112--17674163	26	2.0	26	96	0	95	50	25	11	13	1.75
17674816--17675030	46	4.6	45	78	9	184	24	31	17	26	1.97
17674816--17675032	94	2.3	91	82	10	246	24	30	17	26	1.97
17679353--17679469	44	2.6	44	88	6	157	27	15	29	27	1.96
17689289--17689447	44	3.7	42	77	9	169	32	27	18	20	1.97
17689284--17689448	85	1.9	85	85	8	228	33	27	18	20	1.96
17692518--17692622	43	2.5	42	80	7	97	30	26	19	23	1.98
17692505--17692665	44	3.7	43	74	9	132	32	26	18	22	1.97
17694568--17694718	43	3.5	42	78	8	110	31	28	19	21	1.97
17694611--17694723	44	2.6	42	84	6	138	32	27	20	19	1.97
17714863--17715186	162	2.0	162	100	0	648	28	13	23	34	1.93
17719562--17719757	46	4.2	46	74	13	168	28	18	29	23	1.98
17722678--17722789	42	2.6	42	82	9	122	30	26	19	23	1.98
17728069--17728251	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
17728048--17728251	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
17732161--17732185	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
17733741--17733774	14	2.4	14	85	0	50	41	5	0	52	1.25
17735650--17735713	29	2.2	30	88	2	94	32	29	12	25	1.92
17743667--17743846	40	4.5	40	98	0	342	27	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17744813--17744933	61	2.0	61	96	0	224	23	28	16	32	1.96
17750448--17750627	40	4.5	40	98	0	342	27	28	20	22	1.99
17755219--17755274	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
17756678--17756764	43	2.1	41	82	8	104	22	26	21	28	1.99
17757423--17757453	15	2.1	15	93	0	53	51	25	0	22	1.48
17760200--17760322	27	4.6	27	90	0	201	32	19	24	23	1.97
17760200--17760548	54	6.7	54	80	9	350	35	19	21	23	1.96
17760304--17760334	16	1.9	16	100	0	62	38	9	32	19	1.84
17760277--17760364	43	2.1	42	89	2	131	35	14	25	25	1.94
17760321--17760548	27	8.5	27	82	2	262	36	18	20	24	1.95
17760223--17760418	96	2.0	97	85	4	263	35	18	22	23	1.96
17760914--17760989	33	2.3	33	81	0	80	30	23	23	22	1.99
17760927--17760992	33	2.0	33	87	0	96	28	21	24	25	1.99
17766559--17766833	48	5.7	48	80	4	259	24	30	18	26	1.98
17766559--17766843	144	2.0	144	84	2	376	25	29	17	26	1.97
17782350--17782415	25	2.7	25	90	6	109	31	19	21	27	1.97
17782350--17782426	23	3.2	24	90	5	120	29	19	19	31	1.96
17782472--17782511	20	2.1	19	90	9	64	32	20	10	37	1.85
17783655--17783795	27	5.2	27	89	0	219	31	7	19	40	1.80
17783655--17783813	27	5.9	26	81	7	156	33	8	18	39	1.81
17783655--17783804	54	2.8	54	94	1	264	32	8	19	39	1.82
17785955--17786216	47	5.6	45	74	10	183	29	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17788768--17788820	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
17792619--17792659	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
17793441--17793728	143	2.0	143	100	0	576	44	12	11	30	1.78
17795140--17795181	20	2.1	20	95	0	75	42	45	2	9	1.49
17797169--17797208	17	2.4	17	87	4	55	45	2	0	52	1.14
17800330--17800677	40	8.7	40	96	0	633	31	21	26	20	1.98
17803997--17804031	18	1.9	18	100	0	70	34	0	22	42	1.54
17807605--17807642	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
17807606--17807643	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
17808252--17808336	30	2.9	30	81	8	88	14	18	0	67	1.24
17808278--17808312	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
17808300--17808404	6	17.2	6	66	9	52	7	17	3	71	1.25
17808351--17808404	6	9.2	6	75	4	56	3	14	5	75	1.12
17809464--17809491	14	2.0	14	100	0	56	14	0	7	78	0.95
17810722--17810759	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
17810723--17810760	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
17817292--17817406	27	4.3	26	80	5	113	20	22	20	35	1.96
17826697--17826757	25	2.3	26	83	8	79	36	26	11	26	1.90
17826710--17826759	25	2.0	25	92	0	82	34	24	16	26	1.95
17829569--17829643	28	2.7	27	87	2	105	22	25	20	32	1.98
17829569--17829682	27	4.2	26	83	8	104	21	22	20	35	1.96
17831630--17831758	47	2.7	47	97	0	240	34	13	24	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17831737--17831890	53	2.9	53	83	0	191	36	16	24	23	1.94
17833749--17833834	43	2.0	43	93	0	145	29	33	16	20	1.95
17848887--17848928	22	2.0	22	95	4	77	9	40	28	21	1.84
17854438--17854477	21	2.0	20	85	5	53	40	10	5	45	1.60
17859751--17859793	18	2.6	16	79	13	50	48	0	0	51	1.00
17859756--17859798	18	2.4	18	92	0	68	48	0	2	48	1.14
17866116--17866160	22	2.0	23	82	4	56	64	2	31	2	1.18
17870326--17870371	20	2.3	20	84	0	56	41	8	6	43	1.61
17870687--17870781	50	1.9	50	86	4	138	43	13	13	29	1.83
17872911--17872935	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
17872941--17873019	28	2.8	28	94	1	131	20	3	12	63	1.44
17873215--17873461	131	1.9	131	91	0	404	27	17	20	34	1.95
17876811--17876852	20	2.1	20	86	8	59	23	19	11	45	1.83
17896420--17896560	47	3.0	47	86	4	196	29	13	12	44	1.81
17901223--17901773	89	6.2	90	81	6	599	32	19	24	23	1.98
17901227--17901752	176	3.0	176	88	1	768	31	19	24	23	1.98
17903299--17903369	19	3.4	19	74	20	70	23	8	16	50	1.73
17903308--17903385	25	3.4	25	72	20	96	21	8	17	51	1.73
17903298--17903387	44	2.0	44	97	0	171	22	8	17	51	1.73
17904478--17904718	131	1.8	131	90	0	383	26	17	19	36	1.94
17904478--17904778	131	2.3	131	83	5	373	27	16	19	35	1.94
17907116--17907211	48	2.0	48	100	0	192	25	14	27	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17908463--17908774	156	2.0	156	100	0	624	32	12	27	28	1.92
17914244--17914295	26	2.0	26	96	0	95	44	3	21	30	1.70
17914426--17915343	40	23.0	40	98	0	1712	20	19	29	29	1.97
17916451--17916922	248	1.9	248	98	0	908	33	11	20	35	1.88
17918772--17918892	47	2.6	45	80	6	136	31	10	30	27	1.90
17918969--17919053	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
17920291--17920409	63	1.9	63	94	0	211	32	26	7	32	1.85
17920354--17920473	48	2.5	48	94	0	213	30	30	7	32	1.85
17921949--17921994	24	1.9	24	82	8	58	41	23	10	23	1.86
17923813--17924644	40	20.8	40	98	0	1549	29	32	20	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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