genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63241475--63241729	120	2.1	119	86	3	343	36	17	28	17	1.93
63243886--63243919	16	2.1	16	100	0	68	47	26	5	20	1.73
63248468--63248504	18	2.0	19	85	15	51	32	18	5	43	1.73
63249303--63249434	30	4.5	30	82	6	112	28	23	25	23	2.00
63249340--63249434	30	3.3	28	82	10	120	31	24	21	23	1.98
63249554--63249676	26	5.0	26	71	15	116	34	26	22	16	1.95
63249574--63249618	20	2.2	20	92	0	72	40	28	17	13	1.88
63249800--63249911	27	4.2	27	84	2	136	19	12	20	47	1.82
63249800--63249911	53	2.1	54	86	1	154	19	12	20	47	1.82
63256640--63256736	26	3.8	26	83	1	115	40	26	17	15	1.89
63256931--63257069	27	5.2	27	72	10	97	24	12	15	48	1.79
63256944--63257069	53	2.4	52	82	6	155	24	11	15	47	1.79
63263647--63263709	19	3.3	19	68	16	58	36	19	31	12	1.89
63263658--63263718	19	3.2	19	69	17	63	37	18	29	14	1.90
63263593--63263844	39	6.5	39	80	6	217	34	18	30	16	1.93
63265131--63265173	22	2.0	22	100	0	86	20	18	13	46	1.83
63273388--63273617	39	5.9	39	87	0	307	33	18	33	14	1.92
63273390--63273617	19	11.7	19	67	12	86	33	18	33	14	1.92
63273390--63273607	117	1.9	117	92	0	364	33	18	33	15	1.92
63275481--63275518	20	1.9	20	88	0	58	36	7	5	50	1.54
63276950--63276979	14	2.1	14	93	0	51	40	20	20	20	1.92
63285965--63286038	34	2.2	34	92	2	123	27	18	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63287922--63287989	27	2.6	27	85	2	84	30	17	17	33	1.94
63296356--63296395	21	1.9	21	89	0	62	32	22	12	32	1.91
63296186--63296397	96	2.2	96	87	0	307	26	24	14	34	1.94
63298494--63298836	38	8.8	38	87	2	337	16	20	29	33	1.94
63298512--63298884	41	9.4	41	83	5	337	16	20	28	34	1.94
63298902--63299224	161	2.0	161	94	1	567	38	8	19	33	1.82
63301680--63301714	18	2.0	18	88	5	54	11	28	45	14	1.79
63304090--63304134	18	2.5	19	80	20	60	44	0	13	42	1.43
63306733--63306816	44	1.9	44	90	0	132	51	14	11	22	1.75
63306942--63306980	19	2.0	20	90	5	62	38	0	7	53	1.30
63307293--63307333	14	2.6	16	81	14	50	21	0	2	75	0.92
63307269--63307334	21	3.0	21	72	14	53	22	1	1	74	0.99
63308433--63308474	9	4.7	9	82	5	50	33	0	0	66	0.92
63325156--63325182	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
63358155--63358198	15	2.8	16	83	10	54	59	2	2	36	1.23
63358489--63358531	4	10.8	4	80	9	52	72	0	0	27	0.85
63372085--63372220	40	3.4	39	87	8	193	38	19	24	16	1.92
63372842--63372913	32	2.3	31	80	9	83	43	12	1	43	1.51
63379539--63379572	16	2.1	17	88	5	52	38	2	2	55	1.30
63379534--63379580	16	2.6	17	80	16	51	36	2	4	57	1.30
63380549--63380599	9	5.7	9	79	9	59	29	1	1	66	1.13
63392499--63392528	15	2.0	15	93	0	51	70	6	10	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63395593--63395680	20	4.7	18	68	16	56	51	3	2	43	1.31
63412066--63412170	9	11.3	9	70	9	59	58	1	1	38	1.20
63412091--63412151	27	2.3	27	82	5	79	55	1	3	39	1.26
63412704--63412746	19	2.2	20	80	12	54	37	0	0	62	0.95
63417521--63417560	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
63417544--63417583	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
63417529--63417595	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
63417523--63417599	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
63423866--63423911	16	2.7	19	75	24	50	13	13	0	73	1.09
63430599--63430639	12	2.9	14	86	13	50	60	0	0	39	0.96
63432878--63432915	6	6.2	6	90	3	58	0	60	0	39	0.97
63432880--63432915	18	2.0	18	100	0	72	0	61	0	38	0.96
63433233--63433286	18	3.0	16	86	13	54	38	0	1	59	1.08
63433248--63433286	18	2.2	17	95	4	69	41	0	0	58	0.98
63433450--63433504	21	2.6	22	82	8	69	27	38	9	25	1.86
63439566--63439738	73	2.4	72	84	1	211	26	24	24	24	2.00
63439637--63440197	115	4.9	113	82	4	608	24	20	27	28	1.99
63439637--63440197	229	2.4	229	84	2	712	24	20	27	28	1.99
63440293--63440319	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
63440574--63440638	29	2.2	29	81	13	80	23	1	40	35	1.64
63440568--63440683	14	8.1	14	75	12	76	25	1	38	34	1.66
63440975--63441244	137	2.0	137	88	4	411	45	13	14	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63441116--63441643	251	2.1	248	90	1	815	44	14	14	26	1.83
63441490--63441750	104	2.5	106	82	4	332	44	13	13	28	1.82
63442474--63442523	22	2.3	22	96	0	91	24	14	18	44	1.86
63444196--63444256	30	2.0	30	84	6	79	45	6	0	47	1.28
63444205--63444249	23	2.0	22	86	4	63	46	6	0	46	1.29
63444305--63444795	9	54.9	9	64	19	106	45	19	2	32	1.64
63444292--63444352	20	3.1	20	81	6	63	49	14	1	34	1.54
63444341--63444429	25	3.6	25	82	0	88	44	21	3	30	1.68
63444568--63444601	12	2.8	12	81	0	50	44	14	11	29	1.81
63444638--63444762	34	3.8	34	73	18	129	44	24	1	29	1.63
63444701--63444797	25	3.9	24	73	16	90	45	21	1	31	1.59
63448932--63448978	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
63450396--63450819	215	2.0	214	88	2	627	33	16	16	32	1.92
63450396--63450821	108	4.0	107	89	1	620	33	16	16	33	1.92
63452027--63452071	19	2.3	20	88	3	74	77	0	11	11	0.99
63462191--63462232	18	2.3	18	84	8	59	45	19	0	35	1.50
63474486--63474598	25	4.5	25	78	8	113	28	20	25	25	1.99
63476011--63476068	25	2.3	26	82	8	75	24	18	24	32	1.97
63478594--63478840	50	4.8	50	81	5	246	22	27	21	28	1.99
63485356--63485503	74	2.0	74	98	0	287	31	16	18	34	1.93
63485477--63485599	25	5.0	25	78	5	108	23	22	19	34	1.97
63488291--63488332	9	4.7	9	84	0	57	35	19	11	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63488293--63488327	18	1.9	18	100	0	70	40	17	11	31	1.85
63491462--63491494	10	3.4	10	87	8	50	69	3	0	27	1.03
63492416--63492526	40	2.8	40	80	1	134	35	25	24	15	1.94
63492595--63492697	41	2.5	41	85	0	152	24	21	26	28	1.99
63493773--63493818	23	2.0	23	91	4	76	23	15	6	54	1.64
63498434--63498743	43	7.3	42	83	6	349	25	19	30	25	1.98
63498434--63498743	42	7.3	43	84	3	371	25	19	30	25	1.98
63498434--63498726	86	3.5	85	83	4	387	24	18	30	26	1.98
63499316--63499397	27	3.1	27	64	22	75	36	12	15	35	1.85
63499267--63499780	51	10.1	51	85	0	589	30	12	18	38	1.87
63499323--63499404	24	3.3	24	65	15	67	35	9	18	36	1.84
63499343--63499421	24	3.2	24	66	16	61	34	7	17	40	1.78
63499269--63499774	153	3.3	153	87	1	690	31	11	17	39	1.86
63499930--63499977	25	1.9	25	82	0	60	20	6	33	39	1.78
63501143--63501261	42	2.7	43	83	5	132	47	12	15	23	1.80
63501427--63501594	67	2.5	67	81	0	183	31	19	22	27	1.97
63501470--63501612	67	2.1	67	77	2	144	34	14	23	27	1.94
63513348--63513493	78	1.9	78	86	2	213	30	21	14	32	1.93
63515160--63515191	15	2.0	17	88	11	50	56	21	0	21	1.43
63518392--63518469	26	3.2	26	64	23	69	19	44	6	29	1.75
63518376--63518473	47	2.1	47	98	0	187	16	44	7	31	1.74
63519428--63519479	21	2.5	21	83	0	68	28	1	32	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63531169--63531301	66	2.0	66	89	0	203	30	12	22	35	1.90
63536494--63536602	28	3.9	28	78	5	96	24	33	32	9	1.87
63543322--63543456	25	5.5	25	72	16	129	22	15	26	34	1.94
63543317--63543450	48	2.8	48	89	4	207	23	16	26	33	1.96
63545720--63545904	27	6.9	27	85	3	232	43	20	16	19	1.88
63545720--63545900	80	2.2	80	84	10	228	43	20	16	19	1.88
63551423--63551530	36	2.7	41	77	19	136	34	14	5	45	1.69
63556515--63556539	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
63557671--63557878	39	5.3	39	90	2	303	25	21	27	25	1.99
63557617--63557878	78	3.3	79	84	8	306	25	21	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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