genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71486844--71486890	20	2.3	20	96	0	85	19	48	10	21	1.78
71491441--71491547	53	2.0	52	90	1	169	28	18	15	35	1.92
71492436--71492480	23	2.0	23	91	8	74	26	53	4	15	1.61
71496686--71496772	44	2.0	43	88	0	120	24	21	6	45	1.76
71500825--71501922	284	3.9	284	97	0	2016	31	14	17	36	1.90
71511055--71511238	40	4.6	40	83	8	214	25	23	26	24	2.00
71511968--71512025	28	2.1	28	93	0	98	48	5	17	29	1.68
71518126--71518177	25	2.1	25	100	0	104	46	11	15	26	1.80
71519472--71519640	83	2.0	83	94	0	293	15	20	23	40	1.90
71521169--71521217	24	2.0	24	100	0	98	32	8	16	42	1.77
71530869--71530977	42	2.6	42	79	4	112	32	22	18	26	1.97
71530869--71531016	44	3.4	43	77	10	126	31	24	18	25	1.98
71532586--71532648	31	2.0	31	100	0	126	15	15	25	42	1.87
71538162--71538186	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
71545810--71545863	4	14.2	4	81	14	62	50	0	0	50	1.00
71578002--71578036	14	2.5	14	100	0	70	25	20	17	37	1.94
71579308--71580143	26	32.2	26	100	0	1672	34	26	7	30	1.85
71581324--71581409	42	2.0	42	90	0	136	17	30	16	36	1.92
71581628--71581929	41	7.4	41	87	2	376	36	24	21	18	1.95
71587770--71587931	43	3.8	43	83	5	184	29	16	24	30	1.96
71588063--71588112	21	2.3	21	89	3	73	44	26	8	22	1.80
71588731--71588836	42	2.5	42	86	3	142	20	33	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71589088--71589131	3	14.7	3	100	0	88	68	31	0	0	0.90
71590023--71590113	39	2.3	40	85	9	125	31	19	23	25	1.98
71590107--71590382	39	7.1	39	92	0	426	20	21	28	29	1.98
71590107--71590382	117	2.4	117	93	0	471	20	21	28	29	1.98
71591950--71592025	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
71591986--71592042	18	3.2	19	90	9	93	35	15	10	38	1.82
71593415--71593458	22	2.0	21	83	12	54	43	13	6	36	1.71
71593453--71593520	19	3.7	19	88	7	113	36	14	10	38	1.81
71594286--71594749	166	2.8	164	87	5	637	25	21	22	30	1.99
71594371--71594787	43	9.9	43	65	17	214	25	22	22	29	1.99
71594256--71594749	84	5.9	84	87	5	705	24	21	22	30	1.99
71594621--71594866	122	2.0	123	87	4	350	27	22	20	30	1.98
71594748--71594945	79	2.5	79	99	0	387	27	24	19	28	1.99
71594802--71594924	38	3.2	38	66	22	110	29	24	17	28	1.98
71594537--71594950	201	2.0	203	86	4	580	27	22	20	29	1.98
71595933--71595993	7	8.9	7	76	20	58	3	11	0	85	0.72
71595947--71596004	10	5.5	11	81	6	59	3	13	0	82	0.79
71595935--71596005	21	3.4	20	81	13	81	2	14	0	83	0.77
71601382--71601545	81	2.0	83	93	2	287	58	7	20	14	1.59
71601733--71601790	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
71601760--71601807	19	2.5	19	75	25	55	33	16	8	41	1.78
71601783--71601820	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71601772--71601849	36	2.2	36	86	9	106	37	14	12	35	1.84
71601769--71601841	19	3.9	19	89	7	123	35	16	10	36	1.84
71603858--71603907	21	2.3	21	82	3	64	50	22	8	20	1.74
71604349--71604373	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
71604543--71604638	42	2.3	42	90	0	156	16	30	13	39	1.87
71604775--71604824	21	2.3	21	89	3	73	46	24	8	22	1.78
71603808--71606091	984	2.4	931	84	9	2781	33	17	13	35	1.89
71605316--71605447	64	2.0	65	95	1	239	36	13	1	48	1.52
71605534--71605622	42	2.1	42	89	4	135	17	29	14	38	1.90
71605761--71605803	21	2.0	21	90	0	68	48	23	4	23	1.69
71605866--71605900	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
71605962--71606226	135	2.0	135	93	0	458	19	24	11	43	1.84
71606409--71606438	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
71606800--71606849	21	2.3	21	93	3	82	46	26	6	22	1.74
71606907--71606944	3	12.7	3	88	0	58	63	2	0	34	1.09
71607316--71607358	3	14.3	3	95	0	77	65	0	2	32	1.06
71607537--71607602	24	2.8	24	90	0	105	10	16	24	48	1.78
71609729--71609836	26	4.2	26	88	4	155	37	23	5	33	1.78
71609729--71609836	52	2.1	52	91	0	171	37	23	5	33	1.78
71616076--71616259	51	3.6	51	99	0	359	30	17	34	17	1.94
71618691--71618727	18	2.1	17	95	5	65	45	13	5	35	1.66
71619754--71619891	47	3.0	47	94	1	242	28	13	14	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71621380--71621539	40	4.0	40	83	6	198	30	26	19	24	1.98
71628878--71629055	40	4.5	40	84	6	220	28	25	21	24	1.99
71630537--71630708	45	3.9	44	87	5	206	24	21	27	26	1.99
71634981--71635152	27	6.4	27	86	0	128	30	24	6	38	1.82
71635025--71635175	54	2.8	54	89	0	230	31	25	4	38	1.76
71635025--71635173	81	1.8	81	88	0	226	32	24	4	38	1.74
71635025--71635175	27	5.6	27	86	0	203	31	25	4	38	1.76
71635170--71635335	27	6.2	26	75	11	111	36	22	12	28	1.90
71635168--71635360	54	3.6	52	78	6	170	39	21	10	28	1.86
71635210--71635445	27	8.7	27	80	3	213	41	20	7	30	1.79
71635464--71635537	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
71635477--71635541	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
71636351--71636419	25	2.8	24	86	6	86	24	26	23	26	2.00
71636567--71636700	42	3.2	42	94	0	232	32	14	18	33	1.92
71637344--71637377	17	2.0	17	94	0	59	32	5	23	38	1.79
71641816--71641859	17	2.5	17	85	10	54	36	9	6	47	1.62
71649718--71649751	17	2.0	17	88	11	52	14	2	17	64	1.40
71650441--71650611	43	4.0	43	79	8	179	25	14	26	33	1.94
71650622--71650665	20	2.2	20	88	4	63	34	13	11	40	1.81
71655905--71655940	17	2.1	17	100	0	72	41	27	25	5	1.77
71661021--71661073	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
71663767--71663825	16	3.5	17	81	9	68	66	6	5	22	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71674502--71674726	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
71674466--71674726	80	3.3	80	83	3	312	23	26	24	25	2.00
71677434--71677475	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
71689691--71689764	23	3.4	22	66	11	62	24	31	27	17	1.97
71689682--71689765	43	2.0	43	95	0	150	22	29	26	21	1.99
71700992--71701201	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
71700939--71701201	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
71700940--71701236	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
71708938--71709147	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
71708885--71709147	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
71708886--71709182	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
71733252--71733358	54	2.0	54	94	0	187	36	25	6	31	1.81
71741920--71742092	46	3.7	46	75	13	192	22	21	26	28	1.99
71750627--71750675	25	2.0	25	87	0	71	38	10	14	36	1.80
71752135--71752260	41	3.1	41	79	5	130	22	16	24	36	1.94
71758962--71759018	28	2.0	28	93	6	98	24	10	14	50	1.73
71759729--71759911	42	4.4	44	83	9	208	19	19	25	34	1.96
71759730--71759911	83	2.2	83	83	7	219	19	19	25	35	1.95
71764282--71764351	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
71769000--71769063	23	2.9	21	75	13	56	32	14	17	35	1.89
71769000--71769051	23	2.3	23	83	9	63	28	15	17	38	1.90
71769164--71769216	10	5.1	10	78	17	54	58	18	1	20	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71770260--71770382	44	2.8	44	86	7	171	21	30	21	26	1.98
71772900--71772940	16	2.5	17	88	11	68	14	12	9	63	1.52
71775465--71775518	25	2.2	26	86	6	76	75	5	0	18	0.98
71786115--71786147	13	2.4	14	90	5	50	57	3	0	39	1.14
71787543--71787602	30	2.0	30	90	0	93	23	1	16	58	1.47
71793614--71793654	18	2.3	18	95	0	73	14	17	41	26	1.88
71800767--71800845	39	2.0	42	82	12	103	65	1	1	31	1.08
71802820--71802935	55	2.1	55	82	6	137	18	30	26	24	1.98
71803272--71803381	56	2.0	56	92	0	184	25	15	23	35	1.94
71818375--71818467	12	7.8	12	65	9	55	33	4	38	23	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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