genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19198576--19198697	43	2.9	42	79	7	156	31	17	25	26	1.97
19203967--19204003	19	1.9	19	94	0	65	37	16	2	43	1.62
19204815--19204857	21	2.0	22	95	4	79	30	9	27	32	1.88
19209622--19209684	28	2.2	28	85	0	81	19	17	38	25	1.93
19210023--19210314	27	10.8	27	76	5	250	37	19	9	33	1.83
19210049--19210258	108	1.9	108	87	1	305	39	18	8	33	1.81
19217843--19217978	24	5.7	24	89	0	164	37	29	15	17	1.91
19217843--19217978	48	2.8	48	88	0	191	37	29	15	17	1.91
19220346--19220420	28	2.7	28	89	0	105	24	14	32	29	1.95
19220750--19220982	107	2.2	107	91	2	369	37	18	11	32	1.87
19220750--19221021	27	10.2	27	81	6	279	37	18	11	32	1.86
19220965--19221011	23	2.0	23	83	4	58	38	23	8	29	1.84
19220851--19221046	78	2.5	79	83	8	195	38	16	10	34	1.84
19225926--19225977	15	3.5	15	70	19	54	9	17	42	30	1.81
19225924--19225985	30	2.1	30	100	0	124	12	19	41	25	1.87
19228428--19228460	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
19231953--19232062	28	4.0	28	88	3	154	33	21	25	19	1.97
19231953--19232067	55	2.1	55	87	4	162	34	20	25	19	1.96
19235610--19235642	17	1.9	17	93	0	57	36	15	24	24	1.93
19237944--19238013	33	2.1	33	84	5	88	30	24	17	28	1.97
19240881--19241001	47	2.6	46	85	6	154	28	15	30	24	1.96
19240881--19241057	48	3.7	46	77	9	162	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19248218--19248382	27	6.1	28	84	10	204	31	10	20	37	1.87
19248218--19248395	54	3.3	54	88	6	256	30	10	19	39	1.85
19248218--19248382	81	2.0	80	88	3	242	31	10	20	37	1.87
19248245--19248395	27	5.6	27	90	3	223	30	9	19	39	1.85
19248694--19248774	28	2.9	28	71	1	72	23	30	17	28	1.97
19253218--19253486	47	5.7	47	71	17	184	25	32	16	25	1.96
19253262--19253489	50	4.8	48	75	15	179	25	32	17	25	1.97
19255367--19255492	28	4.5	28	88	2	173	26	13	28	31	1.94
19255367--19255492	55	2.2	57	88	2	184	26	13	28	31	1.94
19255395--19255505	28	4.0	27	89	3	116	29	11	26	32	1.92
19263507--19263662	27	5.7	27	81	5	170	27	14	28	29	1.95
19263508--19263662	82	1.9	82	88	5	233	27	14	28	29	1.95
19263479--19263657	55	3.3	55	78	7	184	26	15	28	29	1.96
19267992--19268151	41	3.9	41	77	12	168	22	22	28	26	1.99
19276116--19276157	15	2.8	15	82	13	59	16	11	14	57	1.66
19284120--19284199	40	2.0	40	95	0	142	32	17	25	25	1.97
19292357--19292453	25	3.9	25	91	0	140	26	20	25	26	1.99
19292344--19292451	50	2.2	50	83	5	130	25	21	23	29	1.99
19292654--19292897	27	9.0	27	84	0	317	23	20	20	35	1.96
19292886--19293039	27	5.8	27	81	3	161	29	7	22	40	1.80
19293040--19293207	27	6.2	27	88	2	239	38	8	22	30	1.84
19293039--19293209	81	2.1	81	89	2	272	38	8	22	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19295571--19295664	25	3.8	25	90	5	138	26	23	24	25	2.00
19295571--19295664	49	1.9	49	89	4	145	26	23	24	25	2.00
19295866--19296108	27	9.0	27	85	3	294	23	20	19	35	1.96
19296096--19296225	27	4.8	26	79	8	129	30	10	20	39	1.85
19296111--19296277	27	6.2	27	81	2	183	30	8	19	40	1.82
19296111--19296277	81	2.1	81	83	2	210	30	8	19	40	1.82
19296152--19296453	27	11.2	27	88	0	194	35	8	22	33	1.84
19296270--19296505	27	8.7	27	92	0	355	39	8	22	28	1.83
19314423--19314930	255	2.0	255	92	0	838	28	21	22	27	1.99
19318634--19318729	27	3.6	26	83	6	102	36	19	22	20	1.95
19318667--19318748	28	3.0	28	87	3	96	34	18	26	20	1.96
19325032--19325175	75	1.9	75	100	0	288	28	20	20	31	1.97
19325426--19325589	84	2.0	84	98	0	319	37	12	18	31	1.88
19331164--19331435	136	2.0	136	95	0	490	29	15	22	32	1.94
19337867--19338071	53	3.8	53	80	10	229	34	17	25	23	1.96
19341185--19341269	43	2.0	43	97	0	161	32	15	17	34	1.91
19341748--19342011	45	6.0	45	88	1	374	23	20	28	27	1.99
19349621--19349837	45	5.0	45	81	7	243	23	21	28	26	1.99
19349621--19349787	91	1.9	89	88	5	255	22	20	28	28	1.99
19349762--19349837	40	1.9	40	89	5	118	25	23	30	21	1.99
19350309--19350341	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
19352657--19352745	35	2.5	35	87	1	115	12	10	31	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19356987--19357050	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
19357074--19357123	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
19357079--19357548	94	5.0	94	98	0	895	39	19	10	30	1.86
19360404--19360999	298	2.0	298	100	0	1192	24	12	28	34	1.91
19361125--19361163	20	2.0	20	89	0	60	20	30	25	23	1.98
19361758--19361795	19	2.1	19	85	5	51	57	18	2	21	1.52
19364155--19364332	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19364156--19364311	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19364152--19364332	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19376108--19376327	46	4.8	46	94	0	370	30	27	20	21	1.98
19385874--19386019	46	3.1	46	87	5	204	27	29	8	34	1.86
19386036--19386111	22	3.3	22	66	28	59	26	28	10	34	1.90
19385993--19386324	47	7.1	47	90	0	477	26	29	9	34	1.89
19386058--19386325	25	11.3	25	62	18	99	27	28	9	33	1.89
19395086--19395250	43	3.9	43	92	2	264	25	19	29	26	1.99
19395086--19395276	43	4.6	42	90	3	250	26	20	28	25	1.99
19402892--19403052	43	3.8	42	87	2	227	24	20	29	26	1.99
19402895--19403078	43	4.5	40	83	8	219	24	21	28	25	1.99
19405258--19405338	28	2.9	28	78	10	94	30	29	12	27	1.93
19406771--19407028	27	9.6	27	77	7	220	40	21	8	29	1.83
19406771--19407019	54	4.6	54	81	4	270	40	22	8	29	1.83
19407040--19407155	27	4.3	27	89	0	178	31	22	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19406796--19407166	27	13.7	27	77	5	131	37	21	8	32	1.83
19407053--19407184	54	2.4	54	82	0	138	31	21	8	38	1.83
19407038--19407193	81	1.9	81	79	5	172	32	22	7	37	1.83
19408098--19408192	25	3.8	25	92	0	154	27	25	23	24	2.00
19408098--19408205	25	4.4	25	90	1	137	30	23	22	24	1.99
19408339--19408430	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
19409573--19409603	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19409570--19409609	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19409841--19410038	108	1.8	110	85	2	283	24	24	15	35	1.94
19409802--19410049	55	4.7	53	79	6	245	22	24	16	36	1.94
19417164--19417194	16	1.9	16	93	0	53	41	22	0	35	1.54
19417393--19417639	55	4.6	54	80	7	240	21	23	18	36	1.94
19417432--19417576	53	2.7	53	87	4	193	22	24	17	35	1.96
19428730--19428776	24	2.0	24	83	8	60	19	48	0	31	1.49
19431115--19431149	18	1.9	18	88	11	54	71	0	0	28	0.86
19431115--19431150	19	1.9	18	88	5	54	72	0	0	27	0.85
19431402--19431459	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
19440402--19440560	48	3.3	48	93	0	255	30	26	6	36	1.81
19457134--19457171	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
19474882--19474919	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
19477792--19477967	46	3.8	46	76	12	198	21	20	29	28	1.98
19477789--19477960	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19480381--19480480	49	2.0	49	100	0	200	33	20	23	24	1.97
19484661--19484967	154	2.0	154	98	0	587	31	8	17	42	1.78
19484700--19485011	154	2.0	152	85	4	414	33	8	17	39	1.81
19485624--19485799	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
19485621--19485792	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
19488930--19489312	203	1.9	203	86	2	545	31	16	17	34	1.93
19491139--19491407	46	5.8	46	75	11	244	21	19	28	30	1.97
19491191--19491354	47	3.5	47	77	8	199	20	18	29	31	1.96
19491135--19491400	93	2.9	93	91	0	424	21	19	28	29	1.98
19494287--19494351	15	4.4	15	77	9	71	13	15	9	61	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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