genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64792082--64792119	18	2.1	18	100	0	76	44	26	15	13	1.83
64796187--64796238	27	1.9	27	81	14	63	48	5	15	30	1.68
64796702--64796743	20	2.2	20	87	12	61	57	4	21	16	1.58
64803606--64803663	28	2.1	27	93	3	98	27	25	25	20	1.99
64803774--64803854	26	3.1	26	87	0	117	38	22	19	19	1.94
64804000--64804206	27	7.7	27	81	5	224	21	16	18	43	1.88
64803998--64804206	80	2.6	79	84	5	278	21	17	18	43	1.88
64804014--64804206	53	3.6	53	85	2	253	20	17	17	44	1.87
64804399--64804436	19	2.0	19	85	10	51	23	44	21	10	1.83
64808154--64808189	8	4.5	8	92	0	63	22	0	25	52	1.47
64808154--64808196	16	2.8	16	89	3	61	20	2	23	53	1.57
64815862--64815902	3	13.7	3	94	0	73	68	0	31	0	0.90
64819913--64819954	15	2.8	15	85	0	57	42	2	2	52	1.27
64827073--64827131	21	2.8	21	75	10	57	15	33	28	22	1.94
64830236--64830263	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
64842901--64842972	20	3.7	20	83	1	92	25	27	15	31	1.95
64845604--64845733	45	2.9	45	91	0	206	40	16	19	24	1.91
64854973--64855001	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
64865135--64865186	23	2.3	23	93	0	86	7	32	9	50	1.64
64867392--64867435	17	2.7	17	86	13	58	15	45	0	38	1.47
64868187--64868229	20	2.0	22	82	8	54	32	2	11	53	1.50
64882697--64882734	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64888939--64888981	21	2.1	21	86	4	61	23	2	9	65	1.34
64889355--64889387	15	2.2	15	94	0	57	15	12	9	63	1.51
64892301--64892354	26	2.1	26	100	0	108	59	0	7	33	1.25
64893465--64893566	5	19.6	5	73	18	84	35	2	0	60	1.18
64893484--64893566	26	3.2	26	79	17	75	34	3	1	60	1.22
64893469--64893560	31	2.9	30	78	15	96	34	3	1	60	1.20
64897455--64897632	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
64897476--64897631	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
64907563--64907740	27	6.6	27	82	3	196	30	27	14	27	1.95
64907584--64907739	82	1.9	81	88	3	233	30	27	14	27	1.95
64915946--64915970	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
64918070--64918257	50	3.6	50	77	7	171	25	29	17	27	1.98
64924917--64925163	50	4.8	50	81	3	208	21	27	21	29	1.99
64927697--64927735	9	4.2	9	83	6	51	41	0	46	12	1.42
64927707--64927741	16	2.1	17	89	5	54	40	0	48	11	1.39
64929623--64929652	15	2.0	15	93	0	51	50	0	16	33	1.46
64931528--64931761	50	4.6	50	80	9	199	26	20	29	23	1.99
64931616--64931761	50	2.9	50	90	0	229	24	21	32	21	1.98
64933480--64933538	31	1.9	31	82	6	75	49	8	18	23	1.75
64933778--64933809	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
64940675--64940722	10	4.9	10	82	2	62	66	2	8	22	1.29
64940747--64940778	15	2.1	15	94	0	55	40	9	0	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64946223--64946254	10	3.1	11	86	13	50	71	0	6	21	1.07
64946276--64946311	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
64947020--64947048	11	2.6	11	100	0	58	72	0	0	27	0.85
64955201--64955246	17	2.6	18	76	20	51	39	0	45	15	1.46
64955207--64955252	15	3.0	16	82	17	62	39	0	45	15	1.46
64959226--64959649	27	15.5	28	76	11	314	40	21	8	29	1.82
64959267--64959710	55	8.1	54	79	9	390	41	20	7	30	1.80
64959226--64959649	82	5.2	80	81	6	370	40	21	8	29	1.82
64959226--64959722	27	18.2	27	76	7	290	41	21	7	29	1.81
64960157--64960215	28	2.1	28	96	0	109	20	20	22	37	1.95
64976184--64976228	19	2.3	20	78	17	51	33	2	2	62	1.20
64976377--64976491	50	2.3	50	78	3	124	22	26	23	26	2.00
64994356--64994454	23	4.3	23	72	11	85	45	32	3	19	1.65
64994767--64995456	345	2.0	345	99	0	1362	35	22	11	30	1.89
65005566--65005773	106	2.0	106	94	0	362	37	21	9	32	1.85
65007865--65008040	38	4.6	38	78	0	163	35	30	18	16	1.93
65011010--65011107	42	2.3	43	91	3	155	37	11	26	24	1.89
65014270--65014425	71	2.2	71	88	0	231	23	10	30	35	1.88
65017794--65018094	39	7.6	39	89	5	398	24	27	22	25	2.00
65025859--65026036	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65025880--65026035	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65029564--65029620	21	2.7	21	83	0	78	26	29	29	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65030296--65030321	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
65037223--65037419	23	8.6	23	73	9	98	41	32	4	21	1.74
65037166--65037410	115	2.1	112	90	4	382	41	31	4	21	1.74
65040234--65040258	11	2.3	11	100	0	50	40	16	0	44	1.47
65044018--65044093	35	2.2	36	82	15	99	40	19	9	30	1.83
65046240--65046280	21	1.9	22	90	5	66	21	4	2	70	1.18
65050900--65051206	40	7.8	39	79	5	296	21	28	18	31	1.97
65050902--65051185	119	2.4	120	81	3	324	22	28	18	30	1.97
65059276--65059421	56	2.6	56	87	5	181	24	13	30	31	1.94
65059297--65059421	28	4.5	28	93	2	200	26	14	28	30	1.95
65059297--65059421	55	2.3	55	91	2	198	26	14	28	30	1.95
65064802--65064875	16	4.4	16	68	15	51	31	17	13	37	1.89
65068584--65068738	40	3.9	40	87	0	220	20	30	17	31	1.96
65069846--65070368	260	2.0	262	93	0	906	27	16	18	37	1.92
65072791--65072983	50	3.7	50	82	8	210	26	21	28	23	1.99
65082028--65082073	24	1.9	24	90	0	74	65	6	4	23	1.35
65088133--65088178	13	3.5	13	87	3	65	36	4	23	34	1.75
65088155--65088216	27	2.3	26	80	2	70	37	1	19	41	1.61
65093611--65093689	37	2.1	37	88	4	115	25	29	18	26	1.98
65093808--65094238	47	9.1	47	93	0	682	29	29	8	32	1.87
65107695--65107795	47	2.2	47	96	1	186	18	21	7	51	1.72
65109036--65109151	27	4.4	26	72	4	90	37	21	18	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65109168--65109226	24	2.5	24	91	0	91	27	8	22	42	1.82
65109299--65109364	27	2.4	27	82	9	73	24	22	18	34	1.96
65109399--65109481	32	2.6	32	79	5	89	16	20	26	36	1.94
65109778--65109854	33	2.4	32	75	2	82	20	23	20	35	1.96
65114934--65115466	109	4.9	109	98	0	1039	48	6	9	35	1.62
65115725--65115773	25	2.0	25	92	8	82	0	24	2	73	0.94
65116102--65116148	5	9.4	5	81	9	60	36	2	0	61	1.08
65122358--65122424	30	2.2	31	91	2	109	35	14	7	41	1.75
65123057--65123100	22	2.0	22	100	0	88	54	4	4	36	1.41
65124482--65124662	36	5.0	36	65	19	117	35	1	23	40	1.62
65124462--65124662	72	2.8	72	96	0	366	34	2	22	40	1.67
65125962--65126017	24	2.3	24	84	6	69	57	1	1	39	1.20
65125979--65126033	24	2.3	23	87	9	83	60	0	0	40	0.97
65129675--65129714	20	2.0	21	85	14	57	62	7	5	25	1.42
65129896--65129981	19	4.4	19	70	18	68	69	2	1	26	1.07
65130231--65130259	12	2.3	13	94	5	51	89	10	0	0	0.48
65133511--65133817	110	2.8	109	91	1	476	34	18	17	29	1.94
65133868--65133914	17	2.7	17	75	15	51	72	0	6	21	1.07
65134342--65134401	3	19.3	3	75	16	52	66	3	3	26	1.23
65153860--65153920	21	3.0	21	86	11	74	70	0	21	8	1.13
65159772--65159796	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
65172002--65172049	18	2.7	18	83	0	60	43	2	16	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65179048--65179074	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
65179708--65180570	281	3.0	279	84	9	1153	34	18	10	36	1.85
65179988--65180639	300	2.2	298	89	2	986	35	18	10	35	1.85
65182740--65182821	23	3.5	23	81	8	87	31	9	19	39	1.84
65182787--65182832	23	2.0	23	83	8	58	39	10	17	32	1.84
65183909--65183956	21	2.2	23	82	14	57	43	6	10	39	1.64
65185882--65185943	29	2.1	29	79	8	72	24	14	17	43	1.86
65186164--65186514	124	2.8	125	92	1	571	29	16	21	32	1.95
65189625--65189649	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
65189633--65189869	55	4.3	55	88	5	361	46	5	10	37	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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