genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90921584--90921632	15	3.3	15	77	11	64	24	8	4	63	1.40
90925234--90925278	22	2.1	22	84	12	58	55	0	8	35	1.31
90925859--90925923	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
90925885--90925923	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
90928953--90929024	37	1.9	37	85	0	99	34	19	23	22	1.96
90936649--90936673	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
90937705--90937807	43	2.3	44	81	6	120	35	14	28	21	1.93
90953298--90953376	28	2.8	29	78	16	76	41	0	3	54	1.18
90960002--90960059	27	2.1	27	84	6	73	48	5	20	25	1.70
90961386--90961420	18	1.9	18	100	0	70	34	17	14	34	1.90
90961601--90961709	45	2.4	45	86	6	157	44	20	17	18	1.88
90961687--90961711	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
90961821--90961877	22	2.5	24	72	16	57	29	19	3	47	1.66
90969661--90969691	6	5.2	6	92	0	53	3	48	0	48	1.17
90974758--90974828	28	2.5	28	88	0	97	26	35	14	23	1.93
90975027--90975058	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
90976390--90976685	69	4.2	71	76	4	269	22	20	25	31	1.98
90976390--90976685	140	2.1	140	82	0	340	22	20	25	31	1.98
90978401--90978464	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
90978488--90978534	24	2.0	24	91	0	76	31	23	12	31	1.92
90978493--90978868	94	4.0	94	97	0	689	39	19	10	30	1.84
90986321--90986384	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90986408--90986457	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
90986413--90986976	94	6.0	94	95	0	993	39	19	10	31	1.85
90989540--90989578	19	2.1	19	100	0	78	33	5	10	51	1.58
90989628--90989689	24	2.6	24	87	7	83	33	29	16	20	1.94
90989714--90989763	24	2.1	24	88	0	73	34	30	12	24	1.91
90989719--90990091	94	4.0	94	96	0	665	39	19	9	30	1.84
90994727--90994857	47	2.8	47	84	0	154	35	27	14	22	1.93
90997469--90997508	19	2.1	19	95	0	71	32	10	0	57	1.32
90999149--90999314	46	3.6	46	80	8	151	28	20	28	22	1.98
90999337--90999444	49	2.2	49	83	3	137	28	18	27	25	1.98
91000571--91000607	13	2.8	13	91	0	56	29	24	37	8	1.84
91002129--91002160	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
91004718--91004755	18	2.1	18	95	0	67	21	28	23	26	1.99
91012273--91012311	12	3.3	12	85	3	53	82	0	10	7	0.86
91013922--91014092	35	4.9	35	80	5	175	21	12	28	37	1.90
91015851--91015921	37	1.9	37	88	0	106	26	33	18	21	1.96
91016062--91016261	48	4.2	48	94	0	337	30	26	6	37	1.81
91020351--91020382	9	3.7	9	95	4	57	43	12	31	12	1.80
91021935--91022038	42	2.4	43	87	4	140	32	25	15	25	1.95
91021882--91022038	85	1.8	85	80	2	190	33	25	12	28	1.92
91021882--91022047	43	3.9	43	75	5	140	33	24	12	28	1.92
91030577--91030628	27	1.9	27	92	0	86	42	7	25	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91036635--91036739	40	2.6	40	83	8	133	22	17	26	33	1.96
91041258--91041296	19	2.1	19	100	0	78	25	35	10	28	1.89
91042716--91042770	25	2.2	26	93	3	94	52	9	3	34	1.50
91046632--91046702	32	2.2	32	84	0	88	18	33	29	18	1.95
91046705--91046762	24	2.4	24	97	0	107	29	32	20	17	1.95
91054659--91054705	23	2.0	23	83	0	58	53	2	2	42	1.25
91055194--91055235	22	1.9	22	90	0	66	61	7	7	23	1.47
91060778--91060826	19	2.5	19	78	15	55	30	8	4	57	1.47
91062978--91063341	131	2.8	129	78	4	343	33	18	19	28	1.95
91068343--91068420	39	2.0	39	100	0	156	38	12	15	33	1.85
91071098--91071144	22	2.1	22	88	7	69	34	31	4	29	1.77
91071466--91071491	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
91075558--91075582	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
91075849--91075887	10	3.8	10	83	6	51	41	0	0	58	0.98
91076072--91076105	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
91078220--91078269	26	2.0	24	84	7	64	62	6	0	32	1.20
91078210--91078298	21	4.1	21	73	17	65	68	6	0	24	1.13
91080111--91080159	18	2.6	19	81	15	57	6	20	2	71	1.18
91082190--91082233	14	2.7	18	70	26	51	15	11	9	63	1.51
91084052--91084077	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
91084555--91084690	51	2.7	51	76	0	146	40	5	12	41	1.67
91086374--91086659	96	3.0	96	94	1	484	34	17	34	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91087535--91087670	51	2.7	51	76	0	146	40	5	12	41	1.67
91089111--91089187	40	1.9	40	81	5	93	33	32	18	15	1.92
91089989--91090047	29	2.0	29	90	0	91	35	25	15	23	1.94
91091545--91091580	19	1.9	18	88	5	54	55	8	5	30	1.52
91091757--91091801	18	2.5	18	79	13	56	60	2	6	31	1.35
91091794--91091847	19	2.9	17	82	15	63	59	11	1	27	1.42
91091868--91091917	21	2.4	21	79	0	64	64	2	4	30	1.23
91091976--91092068	33	2.7	34	76	14	93	60	6	3	30	1.38
91091981--91092069	23	3.9	22	70	16	56	60	6	2	30	1.34
91092039--91092077	9	4.1	9	86	6	51	56	7	0	35	1.28
91092145--91092179	12	2.9	12	91	8	54	62	0	0	37	0.95
91092220--91092271	13	3.8	13	78	9	50	57	3	1	36	1.28
91092145--91092274	15	9.2	14	70	20	62	57	3	3	34	1.35
91092896--91092925	12	2.5	12	100	0	60	30	0	0	70	0.88
91092903--91092942	21	1.9	22	90	10	66	32	0	2	65	1.06
91096858--91096928	16	4.4	16	85	0	88	30	26	4	38	1.76
91096858--91096928	32	2.2	32	89	0	106	30	26	4	38	1.76
91098218--91098269	16	3.2	16	89	5	79	38	5	26	28	1.79
91103338--91103363	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
91110255--91110359	40	2.7	40	92	1	176	45	5	38	10	1.62
91114663--91114692	13	2.3	13	94	0	51	46	6	20	26	1.75
91114951--91115001	20	2.6	21	76	14	56	52	0	1	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91134434--91134484	20	2.5	21	80	6	68	23	9	11	54	1.66
91135112--91135149	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
91135909--91135976	33	2.1	33	88	5	102	16	52	16	14	1.74
91137039--91137064	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
91137055--91137118	3	20.3	3	78	9	65	29	7	1	60	1.34
91137453--91137483	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
91137567--91137603	15	2.5	15	86	0	56	32	5	0	62	1.18
91139565--91140118	44	12.5	43	80	6	588	32	24	15	27	1.95
91139580--91140121	89	6.1	89	93	1	867	31	25	14	28	1.95
91141553--91141627	37	2.0	37	97	0	141	16	22	10	50	1.75
91170237--91170271	18	1.9	18	88	0	52	54	0	5	40	1.24
91170256--91170322	23	2.9	24	76	12	61	50	0	10	38	1.37
91171398--91171463	33	2.0	33	100	0	132	21	15	21	42	1.89
91173999--91174398	198	2.0	198	100	0	800	30	15	19	34	1.92
91180067--91180118	25	2.0	26	85	10	72	21	7	0	71	1.11
91185246--91185322	22	3.3	23	82	8	86	29	16	24	28	1.97
91187490--91187562	36	2.0	36	89	5	112	20	34	8	36	1.83
91193865--91193919	9	5.7	9	80	16	65	58	1	0	40	1.09
91193865--91193924	31	1.9	31	96	0	111	55	3	0	41	1.16
91212276--91212439	47	3.5	47	81	10	167	25	28	17	28	1.98
91223264--91223346	37	2.2	37	95	0	148	36	19	7	37	1.79
91226057--91226221	72	2.3	72	100	0	330	18	30	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91226057--91226255	72	2.8	71	93	3	287	20	31	16	32	1.94
91233630--91233788	72	2.3	71	81	4	171	21	28	15	34	1.94
91234308--91234461	77	2.0	77	98	0	299	26	17	15	40	1.90
91245692--91245790	42	2.3	43	82	5	121	33	25	17	24	1.96
91248343--91248383	12	3.5	12	93	3	66	29	39	24	7	1.82
91257208--91257235	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
91257550--91257624	29	2.6	29	95	0	132	24	9	16	50	1.73
91262072--91262100	13	2.3	13	94	5	51	86	0	0	13	0.58
91270818--91270862	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
91273817--91273908	40	2.4	37	82	8	103	36	34	13	15	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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