genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28464076--28464429	152	2.4	148	82	5	408	34	18	16	30	1.94
28464432--28464656	72	3.0	72	84	10	283	34	19	16	30	1.94
28464311--28464550	121	2.0	121	91	1	392	34	18	16	31	1.93
28464620--28464725	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
28464705--28464738	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
28464576--28465203	140	4.5	140	95	1	1114	37	20	16	25	1.93
28464760--28464865	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
28464900--28465005	54	1.9	54	85	9	144	37	17	15	29	1.91
28464996--28465020	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
28465040--28465145	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
28465136--28465297	72	2.3	71	89	3	243	40	21	15	22	1.91
28465248--28465349	52	2.0	52	88	3	152	42	18	12	26	1.86
28465176--28465421	124	2.0	124	93	1	422	39	22	14	23	1.90
28465300--28465475	72	2.4	72	99	0	343	36	23	15	23	1.94
28473759--28473789	12	2.6	12	94	0	53	45	6	22	25	1.76
28475863--28475940	40	2.0	40	89	0	120	8	37	37	16	1.80
28478101--28478155	27	2.0	27	89	6	85	27	3	18	50	1.63
28478080--28478188	32	3.6	31	75	20	88	26	4	17	51	1.65
28479141--28479262	46	2.7	46	96	0	217	23	9	24	42	1.83
28479637--28479676	14	2.9	15	82	14	50	45	10	5	40	1.60
28480903--28480933	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
28485498--28485591	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28485508--28485585	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
28489629--28489685	28	2.0	28	100	0	114	28	14	29	28	1.95
28491151--28491184	18	1.9	17	94	5	59	47	2	0	50	1.16
28491221--28491278	29	1.9	30	83	13	75	53	6	3	36	1.45
28501784--28501821	11	3.5	11	85	0	58	21	7	5	65	1.38
28502444--28502524	42	1.9	42	94	0	144	38	9	22	29	1.86
28505433--28505465	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
28506772--28506843	29	2.5	29	84	4	101	25	31	18	25	1.97
28507073--28507110	16	2.4	16	90	0	58	13	23	18	44	1.85
28512893--28512981	18	4.8	18	67	17	56	65	1	24	8	1.29
28512938--28512982	24	1.9	23	86	4	63	68	0	22	8	1.16
28526363--28526401	16	2.4	17	91	8	64	48	0	0	51	1.00
28527687--28527732	21	2.3	19	92	7	74	17	0	6	76	1.00
28527827--28527956	64	2.0	64	85	5	174	16	22	21	39	1.92
28534508--28534561	27	2.0	28	82	7	67	1	44	0	53	1.11
28540182--28540212	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
28551436--28551469	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
28551436--28551473	18	2.2	17	90	4	58	52	2	0	44	1.14
28552771--28552832	19	3.1	19	72	9	52	27	0	4	67	1.10
28554014--28554059	24	1.9	24	90	0	74	41	13	10	34	1.79
28563359--28563445	18	4.8	18	89	0	129	29	25	13	31	1.94
28563356--28563445	36	2.5	36	92	0	153	28	24	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28566592--28566776	96	1.9	96	97	0	352	27	27	18	26	1.98
28568525--28568588	20	3.5	20	71	20	75	35	10	3	50	1.54
28568519--28568591	35	2.1	35	100	0	146	34	12	2	50	1.54
28569068--28569094	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
28569262--28569299	6	6.5	6	93	3	51	0	55	0	44	0.99
28573078--28573116	19	2.1	19	100	0	78	46	12	10	30	1.75
28573104--28573143	14	2.9	14	92	0	62	32	17	10	40	1.83
28588444--28588587	75	1.9	75	100	0	288	29	11	22	36	1.90
28589209--28589309	23	4.3	23	75	13	82	27	21	17	32	1.96
28589482--28589591	20	5.5	20	76	4	87	32	9	18	40	1.82
28589485--28589590	40	2.7	38	77	12	106	33	9	16	39	1.81
28590599--28590645	23	2.0	23	100	0	94	29	25	27	17	1.97
28600596--28600716	43	2.8	43	77	7	138	29	16	23	30	1.96
28600566--28600720	42	3.7	42	76	7	145	27	18	25	28	1.98
28604657--28604681	8	3.1	8	100	0	50	28	0	24	48	1.52
28605507--28605563	23	2.3	26	85	8	75	28	15	17	38	1.91
28605556--28605619	22	2.8	23	83	9	87	18	26	21	32	1.97
28605524--28605630	23	4.7	22	74	12	83	23	22	19	34	1.96
28605832--28605888	20	2.8	20	76	5	53	31	10	14	43	1.79
28608761--28608858	6	16.8	6	92	1	112	32	1	2	64	1.12
28612121--28612262	75	1.9	75	83	2	187	28	22	22	26	1.99
28614274--28614331	29	2.0	29	93	0	98	55	13	6	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28615530--28615579	16	3.1	16	77	11	57	46	0	6	48	1.27
28618476--28618516	21	2.0	21	100	0	82	48	24	4	21	1.69
28621149--28621187	18	2.3	18	86	8	55	69	5	7	17	1.32
28623743--28623810	14	5.2	13	78	7	57	54	0	1	44	1.09
28623773--28623831	7	9.3	7	75	20	58	59	0	0	40	0.97
28623780--28623853	22	3.3	23	85	11	84	60	0	1	37	1.05
28623786--28623862	22	4.0	19	70	18	52	64	0	1	33	1.01
28624081--28624143	10	5.8	10	75	21	56	63	0	3	33	1.10
28624042--28624143	24	4.1	24	77	7	89	60	2	3	32	1.30
28624153--28624242	26	3.6	25	75	11	78	48	0	4	46	1.22
28625838--28626624	205	3.8	205	92	1	1256	30	20	17	31	1.95
28633171--28633214	22	2.0	22	86	8	63	29	36	11	22	1.89
28634727--28634758	14	2.2	15	94	5	57	50	3	6	40	1.43
28638518--28638565	7	7.4	7	86	9	59	60	0	0	39	0.97
28638518--28638577	13	4.7	13	81	10	70	63	0	0	36	0.95
28638524--28638601	23	3.5	21	75	15	68	61	0	2	35	1.10
28638524--28638575	24	2.1	25	82	10	63	65	0	0	34	0.93
28638717--28638746	13	2.3	13	94	0	51	56	0	10	33	1.32
28638800--28638908	24	4.6	24	75	4	87	59	1	6	32	1.33
28638836--28638911	19	3.7	19	75	16	64	61	0	5	32	1.18
28638894--28638980	25	3.5	25	74	13	72	50	0	4	44	1.22
28638891--28638980	26	3.6	25	75	11	78	51	0	4	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28645129--28645154	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28647378--28647424	22	2.1	22	96	0	85	27	4	8	59	1.45
28650933--28651842	39	23.3	39	98	0	1698	18	25	28	28	1.98
28656443--28656481	19	2.1	20	86	13	57	64	5	5	25	1.35
28661315--28661549	39	6.0	40	81	6	214	24	22	27	26	2.00
28668434--28668477	15	2.8	16	79	6	54	36	13	15	34	1.87
28668579--28668611	15	2.2	15	94	0	57	42	15	15	27	1.86
28670371--28670406	18	2.0	18	89	10	56	50	2	0	47	1.15
28677510--28677550	17	2.3	19	76	20	52	26	2	4	65	1.25
28679434--28679590	4	39.2	4	100	0	314	49	25	0	24	1.50
28679905--28679974	10	6.7	10	74	8	59	61	4	4	30	1.34
28679946--28679991	10	4.5	11	76	13	53	58	0	2	39	1.10
28680073--28680140	18	3.8	17	77	14	66	36	1	0	61	1.05
28680098--28680131	16	2.1	17	94	5	61	38	0	0	61	0.96
28680073--28680140	27	2.5	26	83	6	82	36	1	0	61	1.05
28680032--28680144	36	3.1	36	72	16	97	37	3	0	59	1.15
28680073--28680141	8	7.6	10	77	18	55	36	1	0	62	1.04
28680498--28680594	11	9.8	10	75	19	80	37	1	3	58	1.20
28680497--28680616	20	6.2	19	72	18	88	34	2	3	60	1.27
28685602--28685653	23	2.2	24	80	10	63	34	15	25	25	1.95
28685812--28685937	28	4.4	27	73	13	101	25	18	29	26	1.98
28685846--28685987	58	2.4	59	87	3	189	27	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28687016--28687065	26	1.9	26	84	8	66	58	2	4	36	1.29
28705376--28705432	21	2.7	22	83	5	82	21	35	22	21	1.96
28705378--28705453	21	3.7	19	82	7	71	22	35	21	21	1.96
28707170--28707201	12	2.7	12	90	0	55	40	15	3	40	1.63
28707754--28707782	11	2.5	12	94	5	51	0	13	0	86	0.58
28708787--28708869	41	2.0	41	93	2	141	19	4	25	50	1.67
28710316--28710356	21	1.9	22	85	5	57	39	2	0	58	1.11
28716055--28716906	2	426.0	2	100	0	1704	50	50	0	0	1.00
28723466--28723574	53	2.1	53	87	0	155	38	12	22	25	1.90
28723686--28723804	57	2.1	55	81	3	130	32	18	23	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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