genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59526071--59526306	123	1.9	123	87	3	350	23	21	25	30	1.99
59531680--59531738	17	3.6	17	72	19	54	52	1	1	44	1.21
59534452--59534571	49	2.4	49	90	0	177	22	24	13	40	1.90
59541987--59542020	9	3.7	9	84	7	50	41	0	8	50	1.34
59542367--59542579	108	2.0	109	83	3	268	35	14	12	38	1.83
59543222--59543278	22	2.6	22	89	8	82	36	21	0	42	1.53
59543237--59543297	22	2.8	21	85	5	68	36	19	0	44	1.51
59543463--59543815	37	9.5	37	77	2	323	37	18	22	22	1.94
59543463--59543802	111	3.1	110	87	5	445	37	17	22	22	1.94
59546487--59546535	25	2.0	25	95	0	89	44	8	18	28	1.78
59560024--59560169	20	7.4	20	71	15	90	37	3	17	41	1.67
59561815--59561909	20	4.8	20	79	14	90	37	4	17	40	1.70
59573311--59573367	28	2.0	28	93	0	96	21	17	26	35	1.95
59573837--59573894	28	2.1	28	90	0	89	46	10	13	29	1.77
59574916--59574949	18	2.0	16	88	11	50	58	0	0	41	0.98
59574916--59574963	17	2.8	18	81	9	55	58	0	0	41	0.98
59582491--59582547	24	2.4	23	82	2	69	42	1	1	54	1.21
59583604--59583726	62	2.0	62	85	0	165	28	21	11	39	1.88
59583776--59583927	61	2.5	60	84	10	188	44	11	17	26	1.83
59586851--59586876	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
59590083--59590121	21	2.0	20	85	10	53	25	30	2	41	1.69
59593752--59593787	18	2.1	17	94	5	63	36	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59594999--59595119	63	1.9	63	84	0	161	23	28	20	27	1.99
59596821--59596874	20	2.8	20	74	2	56	44	7	1	46	1.42
59599717--59599746	13	2.3	13	94	0	51	26	13	20	40	1.89
59600590--59600714	64	2.0	64	88	0	187	26	7	15	51	1.69
59602888--59602942	28	2.0	28	81	0	65	9	16	1	72	1.18
59606428--59606553	63	2.0	64	83	6	159	38	11	4	46	1.61
59607480--59607526	21	2.2	21	85	7	60	34	0	2	63	1.06
59607915--59608015	41	2.5	41	91	3	150	36	18	14	29	1.91
59611881--59611905	12	2.1	12	100	0	50	84	16	0	0	0.63
59611879--59611923	19	2.4	19	85	3	56	80	15	4	0	0.87
59618538--59618838	44	6.7	44	74	8	250	28	18	21	30	1.97
59620364--59620401	4	9.8	4	83	16	53	26	0	0	73	0.83
59624643--59624719	39	2.0	39	90	7	122	64	0	1	33	1.01
59624926--59624965	18	2.2	18	90	0	62	32	0	0	67	0.91
59629139--59629175	4	9.2	4	100	0	74	48	24	0	27	1.51
59638844--59638937	20	4.7	20	73	5	64	25	18	37	19	1.94
59638869--59638946	40	2.0	40	86	0	111	25	16	35	21	1.94
59638931--59639018	40	2.2	40	87	0	131	30	17	31	20	1.95
59641344--59641479	68	2.0	68	91	2	220	30	16	19	33	1.93
59645229--59645284	27	2.1	27	100	0	112	32	14	17	35	1.90
59650464--59650503	16	2.5	17	84	15	50	62	5	5	27	1.37
59650495--59650547	6	8.0	6	78	17	52	73	5	0	20	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59650498--59650547	21	2.5	20	79	17	59	72	6	0	22	1.07
59650495--59650547	13	4.0	13	81	15	56	73	5	0	20	1.03
59650496--59650547	22	2.4	22	83	9	70	73	5	0	21	1.04
59650574--59650598	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
59650731--59650812	42	2.0	42	80	9	96	70	2	8	18	1.24
59650773--59650844	7	9.7	7	73	13	56	75	0	4	20	0.97
59655390--59655468	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59655587--59655997	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
59663193--59665532	132	17.7	132	85	1	3116	31	18	24	26	1.97
59663920--59664379	44	10.5	44	64	17	159	30	16	25	26	1.97
59665107--59665450	44	7.8	44	66	18	171	29	18	25	26	1.98
59677431--59677471	14	3.1	14	83	16	61	43	4	0	51	1.23
59677434--59677473	11	3.4	11	89	10	53	45	2	0	52	1.14
59679459--59679685	47	4.8	47	83	1	267	24	25	17	33	1.96
59681602--59681626	13	1.9	13	100	0	50	8	8	0	84	0.79
59682819--59682843	13	1.9	13	100	0	50	8	8	0	84	0.79
59685802--59685867	33	1.9	35	87	6	100	9	0	37	53	1.33
59686074--59686360	126	2.3	125	93	0	484	31	20	21	26	1.98
59688378--59688442	34	2.0	32	87	6	94	43	7	4	44	1.53
59689531--59689558	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
59690505--59690570	19	3.3	20	69	26	59	60	3	1	34	1.21
59690772--59690841	11	6.4	11	80	11	81	41	0	34	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59690772--59690841	22	3.2	22	84	10	90	41	0	34	24	1.55
59690772--59690841	33	2.1	33	84	10	90	41	0	34	24	1.55
59694219--59694308	43	2.1	42	81	8	101	31	16	23	28	1.96
59698290--59698329	16	2.3	18	87	12	57	20	10	2	67	1.31
59716836--59716884	19	2.4	21	83	10	57	73	8	2	16	1.16
59716935--59716997	27	2.3	27	94	0	108	9	31	34	23	1.87
59717885--59717947	27	2.3	27	91	5	101	25	33	28	12	1.92
59719232--59719269	15	2.5	15	95	0	67	60	10	7	21	1.54
59735337--59735440	43	2.4	43	82	6	122	30	16	25	27	1.96
59738916--59738981	33	2.0	33	100	0	132	27	18	18	36	1.94
59741072--59741113	17	2.5	17	88	0	66	33	21	16	28	1.95
59741062--59741134	17	4.3	17	77	3	58	34	17	13	34	1.90
59741018--59741156	68	2.0	68	83	0	170	33	16	15	34	1.91
59741269--59741311	14	3.0	14	83	12	52	39	9	23	27	1.85
59750245--59750337	46	2.0	46	100	0	186	23	10	21	44	1.84
59761132--59761170	8	4.9	8	87	0	60	84	0	5	10	0.76
59761598--59761633	15	2.5	15	90	4	56	2	0	44	52	1.15
59761603--59761633	7	4.3	7	92	8	53	0	0	48	51	1.00
59762031--59762148	57	2.1	57	98	0	227	33	6	23	36	1.81
59767388--59767416	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
59776047--59776084	15	2.4	16	91	4	60	55	0	7	36	1.29
59778986--59779163	59	3.0	59	100	0	356	22	20	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59779380--59779430	21	2.4	21	100	0	102	0	31	17	50	1.46
59781213--59781443	62	3.7	62	92	0	381	28	5	46	19	1.71
59781829--59781909	39	2.1	39	92	0	135	59	9	12	18	1.60
59784842--59784891	23	2.2	23	92	0	82	30	18	30	22	1.97
59789754--59789785	15	2.1	15	100	0	64	28	0	9	62	1.26
59790368--59790556	78	2.4	78	90	0	306	30	8	10	49	1.68
59791671--59791712	19	2.2	19	95	0	75	30	0	21	47	1.51
59795204--59795327	61	2.0	61	87	0	176	41	5	12	41	1.66
59795500--59795544	20	2.2	20	84	8	54	53	4	13	28	1.59
59797425--59797460	18	2.0	18	88	0	54	16	2	0	80	0.83
59797791--59797835	24	1.9	23	82	13	56	24	0	8	66	1.20
59798985--59799025	19	2.2	19	86	8	57	70	2	4	21	1.18
59799318--59799347	7	4.3	7	95	0	51	73	0	3	23	0.98
59800269--59800336	34	2.0	34	100	0	136	35	11	17	35	1.87
59801858--59801950	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
59802301--59802332	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
59803251--59803288	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
59803268--59803311	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
59803263--59803325	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
59803280--59803328	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
59806515--59806756	50	4.8	50	69	1	189	22	26	21	29	1.99
59806463--59806756	100	3.0	100	91	0	473	22	25	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59806589--59806926	170	2.0	170	84	6	445	24	22	20	32	1.98
59806759--59807073	100	3.2	99	84	1	432	26	20	20	33	1.96
59806490--59807007	270	1.9	270	82	6	638	24	22	20	32	1.98
59806759--59807076	50	6.4	50	71	2	226	26	20	19	33	1.97
59808425--59808449	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
59811987--59813984	999	2.0	999	99	0	3951	35	20	17	27	1.94
59819129--59819164	15	2.3	16	90	4	56	83	8	2	5	0.89
59821776--59821848	28	2.6	28	82	8	78	36	5	1	56	1.31
59821757--59821817	20	3.2	20	68	13	56	32	4	1	60	1.28
59832483--59832742	4	65.0	4	86	0	349	24	5	25	45	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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