genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70563841--70564023	44	4.2	43	65	10	102	30	23	22	23	1.99
70567302--70567358	28	2.0	28	93	6	98	38	3	0	57	1.16
70567302--70567355	15	3.7	15	72	16	51	38	3	0	57	1.17
70567331--70567372	20	2.0	21	86	4	59	47	4	0	47	1.23
70567550--70567578	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
70575593--70575694	43	2.4	43	81	0	132	16	27	33	22	1.96
70578517--70578586	32	2.3	31	85	11	99	57	2	1	38	1.23
70580702--70580779	27	2.9	27	78	14	97	43	20	19	16	1.88
70583605--70583666	20	3.1	20	80	0	70	40	22	19	17	1.91
70584083--70584314	120	1.9	120	97	0	437	26	10	27	34	1.90
70591937--70591982	23	2.0	23	95	4	85	26	15	15	43	1.85
70604814--70604845	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
70606199--70606340	40	3.5	40	90	0	203	28	14	23	33	1.94
70615973--70616261	50	5.7	50	75	6	165	24	26	20	27	1.99
70616079--70616268	50	3.7	51	78	9	206	24	28	21	24	1.99
70619063--70619258	63	3.0	65	72	17	163	40	5	5	48	1.47
70626878--70626917	20	2.0	20	90	0	62	32	12	15	40	1.84
70626921--70626961	20	2.0	20	85	0	55	46	9	9	34	1.70
70627030--70627104	20	3.8	20	77	8	73	34	9	24	32	1.87
70627202--70627264	20	3.2	20	79	0	72	42	7	9	39	1.67
70627241--70627279	20	2.0	20	89	0	60	33	12	15	38	1.85
70627328--70627551	59	3.8	59	72	11	138	32	10	15	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70627328--70627575	20	12.7	20	72	10	165	33	10	15	40	1.81
70627622--70627677	19	2.9	19	84	12	78	37	10	16	35	1.83
70627625--70627688	19	3.4	19	76	18	71	37	9	12	40	1.75
70630334--70630386	16	3.2	16	89	5	88	26	0	35	37	1.57
70630599--70630656	16	3.6	16	78	21	52	53	1	0	44	1.10
70630622--70630656	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
70630600--70630987	120	3.2	120	95	0	695	49	5	1	42	1.37
70630742--70630776	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
70634513--70634725	81	2.6	81	83	7	256	40	18	18	23	1.91
70634513--70634747	27	8.7	27	81	6	221	39	18	19	23	1.93
70634786--70634852	24	2.9	23	78	12	82	19	10	25	44	1.82
70634796--70634852	24	2.4	23	91	5	96	21	10	24	43	1.83
70634979--70635034	26	2.2	26	86	0	76	12	19	32	35	1.89
70635023--70635270	32	7.8	33	71	16	132	19	21	22	36	1.95
70635056--70635262	96	2.2	95	80	7	249	19	20	21	37	1.94
70635507--70635560	28	1.9	28	88	0	81	18	27	24	29	1.98
70636865--70636943	29	2.7	29	86	3	97	26	15	21	36	1.93
70636889--70636956	29	2.4	29	85	7	77	27	19	22	30	1.97
70637567--70637811	29	8.4	29	79	5	199	24	15	21	37	1.93
70637823--70637881	29	2.0	29	83	0	73	27	10	22	40	1.85
70638547--70638788	29	8.4	29	74	5	132	23	14	22	39	1.91
70636862--70638945	977	2.1	975	88	2	3083	29	16	22	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70638627--70638793	87	1.9	87	80	7	196	26	15	19	38	1.92
70638958--70639132	29	6.2	29	74	10	121	25	11	25	37	1.89
70638976--70639127	82	1.9	82	85	2	216	26	13	25	34	1.93
70639080--70639143	29	2.2	29	83	5	76	25	14	23	37	1.92
70638720--70639197	252	1.9	252	86	0	679	27	15	22	34	1.94
70639658--70639720	26	2.3	27	81	15	76	25	11	26	36	1.90
70639758--70640152	29	13.8	29	77	8	310	23	15	24	36	1.94
70639762--70640149	87	4.5	86	76	7	351	23	15	23	36	1.94
70640742--70640918	27	6.6	27	83	2	221	41	19	16	21	1.90
70640740--70640918	81	2.2	81	85	4	245	41	20	16	21	1.90
70640742--70640945	54	3.8	54	78	6	216	41	19	17	22	1.91
70647972--70648023	3	17.3	3	80	7	61	61	3	0	34	1.14
70652072--70652148	27	2.7	29	78	11	97	37	14	15	32	1.88
70654987--70655047	23	2.6	23	77	17	63	59	13	0	27	1.35
70655833--70655862	9	3.4	9	95	4	53	0	0	6	93	0.35
70666559--70667003	222	2.0	222	100	0	890	25	12	15	46	1.80
70668099--70668140	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
70669808--70669860	3	17.7	3	100	0	106	66	0	33	0	0.92
70671593--70671627	15	2.4	15	85	4	54	22	0	17	60	1.37
70671834--70671872	11	3.6	11	86	3	53	33	2	0	64	1.08
70672924--70672981	28	2.1	28	96	0	107	53	15	8	22	1.69
70675533--70675664	50	2.7	49	83	9	153	21	31	21	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70675476--70675662	98	1.9	98	80	0	221	22	28	21	27	1.99
70682164--70682228	34	1.9	33	90	3	103	35	7	32	24	1.84
70684175--70684268	47	2.0	47	97	0	179	34	26	10	28	1.90
70686527--70686573	24	2.0	24	83	8	60	53	6	17	23	1.66
70690560--70691598	523	2.0	516	95	1	1889	33	13	23	29	1.93
70703835--70703867	11	2.8	12	86	9	50	39	0	0	60	0.97
70705116--70705151	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
70705145--70705207	19	3.3	18	81	18	74	50	0	0	49	1.00
70707765--70707798	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
70707748--70707807	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
70714281--70714338	22	2.8	20	80	16	66	29	5	0	65	1.14
70714409--70714462	17	3.0	17	76	17	56	29	1	3	64	1.21
70725928--70725984	29	2.0	30	93	6	100	50	10	7	31	1.63
70732734--70732991	119	2.2	120	85	6	337	25	26	22	25	2.00
70732715--70732998	40	7.1	40	86	5	353	24	27	22	25	2.00
70736449--70736491	10	4.1	10	85	11	50	60	4	0	34	1.17
70749943--70750015	37	2.0	37	100	0	146	35	12	16	35	1.86
70751745--70751785	20	2.0	20	85	4	55	58	4	4	31	1.40
70752641--70752703	20	3.1	21	77	9	76	33	23	9	33	1.87
70752598--70752703	40	2.6	42	84	3	135	33	26	11	28	1.91
70753529--70753640	40	2.7	41	83	4	127	33	25	11	30	1.91
70753581--70753640	20	3.0	21	78	7	70	33	23	8	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70753859--70754238	210	1.8	210	85	0	535	39	10	19	30	1.85
70762234--70762291	26	2.2	26	96	0	107	36	17	24	22	1.95
70762387--70762502	56	2.1	56	81	3	135	31	18	24	26	1.97
70762557--70762649	28	3.3	28	77	8	91	27	15	20	36	1.92
70770676--70770706	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
70773755--70773817	24	2.7	23	85	7	74	39	17	11	31	1.85
70776760--70776827	31	2.4	27	77	20	68	45	1	2	50	1.26
70777739--70777786	24	2.0	24	100	0	96	37	16	8	37	1.79
70779355--70779391	18	2.1	18	89	0	56	62	0	21	16	1.33
70780456--70780495	20	2.0	20	100	0	80	40	0	0	60	0.97
70780506--70780542	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
70780525--70780568	23	2.0	22	86	13	63	47	4	0	47	1.22
70780501--70780598	13	7.5	13	70	24	57	48	2	0	48	1.12
70781160--70781192	16	1.9	18	88	11	52	45	0	3	51	1.16
70781926--70781950	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
70786984--70787030	24	1.9	25	86	4	69	53	8	23	14	1.69
70787397--70787421	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
70793548--70793616	14	4.6	14	67	22	50	27	5	0	66	1.14
70793524--70793618	47	2.0	47	100	0	190	30	6	0	63	1.19
70808625--70808802	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
70808626--70808781	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
70808622--70808802	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70808707--70808813	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
70811942--70812109	21	8.0	21	74	5	72	42	17	23	16	1.89
70811948--70812084	42	3.3	42	75	4	141	43	17	22	16	1.88
70811939--70812104	84	2.0	84	81	0	197	42	18	22	16	1.89
70828932--70828979	20	2.4	20	82	6	62	22	14	6	56	1.61
70828937--70828981	19	2.3	19	82	14	56	24	13	6	55	1.62
70830812--70830850	19	2.1	19	85	0	51	28	5	25	41	1.77
70843927--70844054	57	2.2	57	84	13	167	46	5	21	26	1.73
70844029--70844061	13	2.5	13	90	9	50	63	0	21	15	1.30
70844030--70844061	7	4.9	7	88	11	50	62	0	21	15	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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