genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60417697--60417740	19	2.3	19	88	4	61	27	2	4	65	1.23
60417678--60417740	21	3.1	20	79	9	56	23	1	6	68	1.22
60418723--60418775	14	3.8	13	79	18	54	39	1	3	54	1.29
60420178--60420231	20	2.7	20	77	13	56	42	0	11	46	1.39
60420552--60420905	5	70.8	5	100	0	708	60	0	0	39	0.97
60426497--60426534	18	2.1	18	90	0	58	50	10	10	28	1.70
60428385--60428469	30	2.8	31	78	5	95	31	18	17	31	1.95
60431988--60432035	19	2.5	19	76	6	53	6	4	29	60	1.40
60434082--60434494	47	8.7	47	96	0	727	32	8	30	29	1.86
60434613--60434691	37	2.1	37	83	4	97	25	16	30	27	1.97
60436544--60436685	43	3.3	43	97	1	259	25	13	33	27	1.93
60436659--60436714	27	2.1	27	100	0	112	17	10	42	28	1.83
60436617--60436784	70	2.4	69	93	5	275	22	13	36	27	1.91
60436740--60436813	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60437206--60437362	40	4.0	39	75	8	131	25	21	28	24	1.99
60439575--60439879	96	3.2	94	92	2	484	31	8	30	29	1.86
60439575--60439879	47	6.4	47	92	3	484	31	8	30	29	1.86
60439575--60439879	143	2.1	143	93	0	520	31	8	30	29	1.86
60439998--60440075	37	2.1	37	85	4	104	25	16	30	26	1.97
60442963--60443047	28	3.1	28	71	8	75	28	14	23	34	1.93
60442990--60443116	28	4.5	28	73	3	87	33	19	19	27	1.96
60446320--60446376	28	2.0	28	93	0	96	26	31	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60447081--60447149	27	2.6	26	81	2	84	34	15	21	27	1.94
60447081--60447197	53	2.2	53	80	8	123	34	17	21	27	1.95
60447218--60447276	24	2.5	24	83	5	84	23	6	23	45	1.76
60447392--60447447	26	2.2	26	93	0	94	16	17	23	42	1.88
60447392--60447458	26	2.6	26	87	0	89	16	17	25	40	1.90
60447472--60447565	32	2.9	32	77	3	100	23	21	19	36	1.95
60455090--60455138	23	2.1	23	100	0	98	46	4	0	48	1.20
60460186--60460221	18	2.0	18	89	10	56	22	19	5	52	1.66
60466074--60466407	27	12.4	26	86	5	380	42	20	17	18	1.89
60469567--60469647	4	20.2	4	72	14	51	18	3	4	72	1.17
60476349--60476392	20	2.2	20	84	8	54	34	27	13	25	1.93
60478634--60478803	43	3.7	43	68	15	124	34	25	17	23	1.96
60478633--60478818	97	1.9	97	87	0	273	34	25	16	24	1.95
60482490--60482586	46	2.1	46	96	0	176	34	31	8	25	1.86
60483601--60483636	18	1.9	19	88	5	56	50	5	0	44	1.25
60483781--60483818	15	2.6	15	87	4	60	44	36	0	18	1.50
60483773--60483815	22	2.0	22	86	9	61	44	37	0	18	1.50
60483980--60484076	7	13.3	7	68	12	52	41	38	0	20	1.53
60483998--60484031	17	1.9	18	88	5	52	41	38	0	20	1.53
60483984--60484075	21	4.6	21	74	15	70	42	36	0	20	1.53
60484043--60484090	15	3.3	15	79	5	53	43	35	2	18	1.62
60483765--60484484	272	2.6	272	99	0	1413	43	23	2	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60484252--60484348	7	13.3	7	68	12	52	41	38	0	20	1.53
60484270--60484303	17	1.9	18	88	5	52	41	38	0	20	1.53
60484256--60484347	21	4.6	21	74	15	70	42	36	0	20	1.53
60484315--60484362	15	3.3	15	79	5	53	43	35	2	18	1.62
60484705--60484900	41	4.8	41	83	1	232	28	28	19	23	1.98
60484923--60485057	40	3.4	38	80	11	130	20	23	22	33	1.97
60484943--60485058	40	2.9	39	83	3	135	23	24	21	31	1.99
60488347--60488377	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
60503457--60503634	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60503478--60503633	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60507648--60507708	32	1.9	32	93	0	104	52	0	9	37	1.35
60518445--60518478	9	3.8	9	88	0	50	47	0	2	50	1.16
60519057--60519091	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
60524562--60524613	24	2.2	24	92	0	86	36	5	9	48	1.60
60525457--60525586	59	2.2	59	97	1	242	45	3	6	44	1.47
60526970--60527075	44	2.4	44	82	3	115	39	20	6	33	1.79
60527001--60527075	22	3.4	23	75	5	66	44	21	2	32	1.66
60527591--60527623	12	2.8	12	95	0	57	33	48	9	9	1.66
60537361--60537396	19	1.9	18	88	5	54	25	13	2	58	1.49
60537578--60537885	42	7.2	43	79	6	306	23	18	29	28	1.97
60537578--60537885	85	3.6	85	82	4	325	23	18	29	28	1.97
60547339--60547373	18	2.0	17	88	5	52	34	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60547944--60547974	10	3.1	10	90	0	53	29	0	22	48	1.51
60551783--60551813	15	2.1	15	100	0	62	12	19	19	48	1.81
60558509--60558929	126	3.3	126	87	1	621	33	19	20	26	1.96
60558875--60558959	44	1.9	44	90	0	134	29	25	20	24	1.99
60564235--60564296	18	3.5	18	70	22	51	59	3	0	37	1.13
60564470--60564581	11	10.6	11	77	12	110	43	1	31	23	1.64
60564458--60564559	51	2.0	51	96	0	186	43	1	29	25	1.66
60570462--60570508	8	5.2	9	85	12	53	21	0	2	76	0.89
60570462--60570511	26	2.0	25	88	11	75	22	0	2	76	0.89
60570461--60570513	5	11.2	5	73	18	51	20	0	1	77	0.87
60572135--60572171	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
60574623--60574658	13	2.6	14	86	8	56	83	0	11	5	0.80
60578968--60579104	29	4.8	29	73	10	122	26	20	20	32	1.97
60579255--60579405	53	2.9	53	82	4	155	32	20	9	37	1.86
60583333--60583379	16	2.8	17	81	18	55	40	17	2	40	1.61
60583921--60583975	20	2.7	20	71	18	51	38	3	3	54	1.36
60587280--60587337	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
60587817--60588119	131	2.3	132	85	1	410	27	23	18	30	1.97
60588172--60588564	44	8.8	44	68	10	158	28	22	18	30	1.98
60588585--60589070	44	11.0	44	79	3	451	27	19	18	33	1.96
60588591--60589070	133	3.6	131	80	3	455	27	20	18	33	1.96
60588578--60589080	177	2.8	177	87	1	706	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60605612--60605641	12	2.5	12	88	0	51	40	0	0	60	0.97
60609653--60609680	12	2.3	12	100	0	56	42	14	17	25	1.87
60612206--60612373	61	2.8	61	81	0	185	30	13	26	29	1.94
60612707--60612737	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
60622391--60622448	30	1.9	31	85	3	82	48	5	22	24	1.71
60631105--60631165	25	2.4	25	81	5	70	39	1	1	57	1.18
60637137--60637191	17	3.4	17	66	19	53	40	12	18	27	1.87
60637130--60637192	32	2.0	31	93	0	99	44	12	15	25	1.82
60637453--60637487	14	2.5	14	90	0	52	14	11	8	65	1.46
60644056--60644093	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
60645738--60645791	26	2.1	26	100	0	108	29	16	14	38	1.89
60649678--60649934	47	5.4	47	89	3	365	33	9	30	26	1.88
60649785--60649906	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
60653468--60653576	57	1.9	57	92	0	182	44	16	11	28	1.82
60653468--60653590	57	2.2	57	88	2	176	43	17	12	26	1.84
60662034--60662063	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
60665533--60665569	16	2.2	18	85	9	51	54	2	0	43	1.14
60665833--60665875	22	2.0	22	100	0	86	27	25	0	46	1.53
60667711--60667743	16	2.1	16	100	0	66	42	21	6	30	1.77
60670991--60671035	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
60673961--60674033	39	1.9	37	86	10	103	42	4	2	50	1.35
60674025--60674140	61	1.9	59	82	6	144	40	3	6	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60679527--60679553	12	2.2	12	100	0	54	85	0	0	14	0.61
60679727--60679785	5	12.0	5	76	16	61	76	1	0	22	0.88
60679641--60679785	34	4.3	33	67	20	86	73	1	3	22	1.06
60679694--60679785	15	6.1	14	75	20	71	76	1	2	20	0.96
60680037--60680232	104	1.9	102	85	6	270	23	27	26	23	2.00
60683153--60683214	6	10.2	6	79	10	72	79	1	3	16	0.95
60686767--60686797	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
60705979--60706019	20	2.1	20	90	4	66	70	2	0	26	0.99
60706473--60706504	14	2.3	14	100	0	64	40	21	15	21	1.91
60710042--60710130	44	2.0	44	93	0	151	22	22	16	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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