genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
556786--556825	21	1.9	21	89	0	62	45	5	15	35	1.68
558391--558495	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
558351--558514	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
558351--558501	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
565522--565626	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
565482--565626	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
565482--565628	79	1.9	80	81	7	183	25	23	27	24	2.00
571465--571638	46	3.8	46	76	10	183	21	20	27	29	1.98
571460--571631	93	1.8	93	89	0	272	22	20	27	29	1.98
573734--573764	16	1.9	16	93	0	53	45	22	19	12	1.84
575271--575303	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
575858--575944	26	3.3	26	76	6	86	33	20	21	24	1.97
605236--605271	18	2.0	18	100	0	72	50	22	11	16	1.77
613025--613165	43	3.3	43	88	0	219	24	19	27	29	1.98
617756--617836	26	3.1	26	84	7	110	33	23	22	20	1.97
622811--622864	28	1.9	28	92	0	90	16	27	20	35	1.94
626892--627191	47	6.4	47	91	1	406	32	10	31	26	1.89
626945--627067	22	5.2	24	60	18	60	30	11	33	25	1.91
626882--627190	141	2.2	141	87	0	456	33	9	31	25	1.88
633871--633987	43	2.7	43	86	0	162	24	30	21	23	1.99
635076--635347	138	2.0	138	93	1	465	48	15	9	26	1.76
644636--644678	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644750--644995	43	5.7	43	87	0	296	26	29	17	26	1.98
644750--644971	85	2.6	86	85	2	295	26	29	18	26	1.98
649555--649595	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
649793--649846	22	2.3	24	84	9	76	62	0	0	37	0.95
649869--649938	22	3.1	22	77	6	70	38	40	2	18	1.66
649951--649991	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
649954--650000	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
650224--650339	41	2.8	40	87	7	162	28	31	20	19	1.97
650374--650511	40	3.5	40	76	5	145	22	20	18	39	1.93
650387--650527	40	3.5	39	75	7	131	25	22	17	34	1.95
655643--655672	11	2.7	11	89	0	51	70	6	10	13	1.34
669422--669597	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
669419--669590	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
674173--674234	31	2.0	31	90	0	97	9	35	30	24	1.87
679039--679943	46	19.7	46	99	0	1756	21	19	28	30	1.98
689965--690025	21	2.9	21	83	11	63	16	14	18	50	1.78
692348--692418	35	2.0	35	94	0	124	54	11	8	25	1.63
694094--694381	49	5.9	50	70	16	167	35	16	21	26	1.94
696509--696589	23	3.3	23	70	26	76	20	23	11	44	1.84
696507--696603	51	1.9	51	97	0	185	20	22	11	45	1.83
700583--700766	43	4.3	43	85	0	215	32	13	20	34	1.90
716006--716149	39	3.7	39	84	0	198	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719411--719635	40	5.7	40	86	5	287	25	22	26	25	2.00
719411--719658	119	2.1	119	82	8	292	26	21	26	25	2.00
725037--725431	198	2.0	198	97	0	754	30	16	12	40	1.86
758514--758691	79	2.2	79	81	8	202	24	28	23	24	2.00
758514--758691	40	4.5	40	82	7	204	24	28	23	24	2.00
762629--762663	16	2.2	16	100	0	70	57	0	0	42	0.99
762626--762665	16	2.3	18	83	16	66	52	0	0	47	1.00
766428--766467	20	2.0	20	100	0	80	35	35	10	20	1.86
769080--769352	137	2.0	138	81	2	316	36	25	18	20	1.95
771460--771504	22	2.0	22	95	0	81	53	2	8	35	1.45
772672--772706	16	2.2	16	94	0	61	0	40	0	60	0.97
774243--774347	3	35.3	3	69	12	56	61	1	7	28	1.34
774279--774345	26	2.5	28	77	18	72	62	2	7	26	1.36
774240--774322	32	2.6	31	73	16	80	63	1	7	27	1.28
774240--774337	21	4.6	21	71	12	74	63	2	7	27	1.32
775187--775217	16	1.9	16	93	0	53	80	0	16	3	0.83
775593--775640	17	2.9	17	90	3	80	10	4	45	39	1.58
779415--779456	21	2.0	21	100	0	84	23	9	19	47	1.78
779916--779975	28	2.1	27	81	6	66	51	1	6	40	1.38
783472--783496	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
783442--783483	18	2.4	18	96	4	77	16	16	11	54	1.70
789981--790046	31	2.1	31	88	0	96	42	12	6	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794497--794526	11	2.7	11	94	0	51	36	0	13	50	1.42
804143--804234	46	2.0	46	97	0	175	39	8	7	44	1.64
804160--804238	23	3.5	23	67	8	72	43	5	8	43	1.57
804212--804252	21	2.0	21	85	9	57	53	0	4	41	1.22
817470--817495	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
818330--818371	20	2.2	20	88	12	63	0	33	0	66	0.92
830417--830542	63	2.0	63	95	0	225	20	30	33	15	1.94
831338--831456	56	2.1	57	96	1	222	15	25	33	26	1.95
831654--831760	54	2.0	54	94	0	187	28	22	27	22	1.99
837264--837495	40	5.8	40	92	2	374	26	21	28	22	1.99
837256--837495	82	3.0	81	93	1	392	26	21	28	23	1.99
851895--852009	53	2.1	54	85	1	151	40	18	8	32	1.81
851895--852066	80	2.1	82	79	6	190	40	20	8	30	1.83
851895--852071	27	6.6	27	80	6	153	39	19	9	31	1.83
852060--852253	27	7.2	27	86	0	244	29	20	8	41	1.81
852060--852250	54	3.5	54	86	0	274	30	18	8	42	1.80
852022--852190	81	2.1	81	79	0	176	33	18	8	39	1.81
852686--852770	6	13.8	6	67	18	50	23	15	12	48	1.79
852686--852765	31	2.6	31	79	0	88	23	15	13	47	1.81
852799--852880	34	2.4	34	100	0	164	18	19	30	31	1.96
854674--854740	27	2.5	27	87	0	89	29	17	23	28	1.97
854736--854920	27	6.9	27	82	6	169	39	20	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854882--854957	27	2.8	26	78	11	64	32	26	7	32	1.85
854869--855039	81	2.1	81	81	2	191	33	20	7	38	1.81
854909--855102	27	7.2	27	86	2	246	29	20	7	42	1.79
855561--855669	6	17.8	6	69	14	62	21	19	11	47	1.81
855573--855642	19	3.7	19	72	11	72	20	21	11	47	1.81
855561--855648	37	2.4	37	90	0	140	21	20	11	46	1.82
855574--855667	43	2.4	37	84	10	107	20	19	11	48	1.79
858488--858523	18	2.0	18	100	0	72	50	5	16	27	1.68
860574--860737	52	3.2	52	100	0	328	26	15	28	29	1.96
863632--863753	24	5.0	24	92	1	199	36	4	38	20	1.74
865367--865447	33	2.4	34	76	12	87	29	18	23	28	1.98
875245--875405	83	1.9	83	96	0	295	24	14	9	50	1.72
875950--876069	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
889254--889301	25	1.9	25	95	0	87	25	25	27	22	2.00
893443--893564	50	2.5	49	82	5	142	27	22	14	35	1.93
900556--900756	46	4.4	46	85	3	253	31	23	21	22	1.98
900556--900766	69	3.1	70	82	8	263	32	22	22	22	1.98
900556--900767	23	9.2	23	79	5	207	32	23	22	22	1.98
903364--903524	32	5.0	32	100	0	322	37	12	15	34	1.85
903806--904117	40	7.7	40	93	2	498	23	29	21	26	1.99
903806--904117	166	1.9	162	94	2	543	23	29	21	26	1.99
907185--907237	27	2.0	27	84	0	70	37	22	11	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907495--907558	22	2.9	22	90	0	92	14	21	29	34	1.93
914245--914427	40	4.6	39	82	5	190	25	21	28	25	1.99
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922421--922604	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
922473--922637	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
929151--929248	29	3.4	29	80	4	101	30	30	13	25	1.93
933703--933795	29	3.2	29	83	4	118	26	31	15	26	1.95
943019--943162	39	3.6	41	81	13	160	25	22	27	24	2.00
943099--943181	40	2.1	39	82	6	96	24	24	30	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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