genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17925928--17926030	37	2.8	37	89	0	161	25	31	18	25	1.98
17926171--17926338	48	3.5	48	96	0	300	31	28	6	33	1.83
17926445--17926557	48	2.4	48	98	0	217	31	25	9	32	1.88
17926226--17926664	219	2.0	219	98	0	842	34	23	9	33	1.86
17937516--17937548	17	1.9	17	100	0	66	45	24	0	30	1.53
17940842--17940890	23	2.2	22	81	3	53	24	53	4	18	1.62
17946571--17946700	43	3.0	43	77	1	145	30	23	16	29	1.96
17948721--17948745	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
17949293--17949471	27	6.6	27	80	6	182	27	14	27	29	1.95
17949291--17949471	82	2.2	81	78	4	204	28	14	27	29	1.95
17950546--17950883	169	2.0	169	98	0	658	37	15	18	27	1.92
17954173--17954378	40	5.2	40	92	1	317	22	21	27	27	1.99
17958311--17958413	28	3.7	28	88	0	143	25	14	33	26	1.94
17961743--17961799	23	2.8	20	77	17	64	75	0	8	15	1.04
17963596--17963653	29	2.0	29	100	0	116	37	10	6	44	1.65
17966569--17966648	26	3.1	26	87	1	117	20	21	25	33	1.97
17974867--17975275	43	9.6	43	83	4	356	30	28	15	26	1.96
17974846--17975270	86	5.0	86	82	4	493	30	28	15	26	1.96
17974865--17975275	129	3.2	128	84	3	517	30	27	15	26	1.96
17983258--17983369	43	2.6	43	73	6	111	28	26	19	25	1.99
17992491--17992668	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17992512--17992667	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17994561--17994662	37	2.8	37	89	0	141	27	29	17	25	1.98
17994781--17995066	47	6.1	47	96	0	511	28	30	8	32	1.87
17995256--17995385	63	2.1	63	92	2	217	30	23	6	40	1.79
17999567--17999678	42	2.6	44	84	5	149	25	16	25	33	1.95
17999571--17999688	43	2.8	42	79	6	139	23	16	25	33	1.96
18001337--18001386	25	2.0	25	88	0	73	26	32	24	18	1.97
18005357--18005391	18	1.9	18	88	11	54	57	28	5	8	1.52
18005356--18005397	18	2.4	18	80	11	52	57	30	4	7	1.47
18008537--18008570	17	2.0	17	94	0	59	26	5	11	55	1.58
18012050--18012123	24	3.0	24	86	6	85	33	17	22	25	1.96
18017683--18018095	47	8.7	47	95	1	727	29	30	7	32	1.86
18032048--18032421	48	7.8	48	75	6	236	25	26	18	28	1.98
18032048--18032366	96	3.3	96	79	2	273	26	27	17	28	1.98
18035203--18035331	46	2.8	46	92	0	204	19	20	29	31	1.97
18040023--18040055	17	1.9	17	93	0	57	21	24	27	27	1.99
18050517--18050695	46	3.8	47	83	10	206	29	19	29	21	1.97
18062054--18062129	38	2.0	38	89	0	116	26	23	11	38	1.89
18064993--18065840	51	16.8	51	98	0	1586	31	8	29	30	1.86
18066014--18066092	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
18074759--18074800	21	2.1	21	86	8	61	64	7	0	28	1.20
18074771--18074812	21	2.0	21	85	4	57	66	4	0	28	1.12
18084797--18084889	42	2.2	42	86	3	134	32	20	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18092938--18093115	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
18092938--18093115	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
18102119--18102296	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
18102119--18102296	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
18107321--18107535	27	8.0	27	88	1	279	42	19	13	24	1.88
18107329--18107535	81	2.6	81	90	1	317	42	18	14	25	1.88
18107758--18107803	19	2.4	19	96	0	83	13	28	34	23	1.92
18110147--18110271	42	3.0	42	90	3	189	34	24	10	30	1.89
18111757--18111817	30	2.0	30	96	0	113	32	22	21	22	1.98
18120697--18120775	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
18120944--18121282	47	7.2	47	98	0	660	30	29	8	32	1.86
18123417--18123517	50	2.0	50	92	0	166	35	15	20	27	1.94
18125820--18125854	18	1.9	18	94	0	61	37	14	8	40	1.76
18132426--18132609	40	4.6	41	81	12	199	25	22	26	25	2.00
18132426--18132609	79	2.3	80	81	11	202	25	22	26	25	2.00
18132478--18132642	79	2.1	79	81	8	185	26	21	26	24	2.00
18142270--18142304	17	1.9	19	88	11	56	40	14	0	45	1.45
18142658--18142800	72	2.0	72	97	0	268	46	20	11	21	1.81
18145796--18145979	40	4.6	40	81	6	212	25	23	25	25	2.00
18145796--18145979	80	2.3	80	85	5	239	25	23	25	25	2.00
18154749--18154850	49	2.1	49	96	0	186	22	21	10	45	1.83
18154902--18154995	48	2.0	48	91	0	152	29	31	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18158301--18158380	41	2.0	40	87	2	115	38	16	25	20	1.92
18168493--18168524	13	2.5	13	94	0	55	37	9	21	31	1.85
18173982--18174036	21	2.6	21	88	0	74	32	25	25	16	1.96
18183911--18183944	3	11.7	3	87	6	52	64	0	2	32	1.08
18186478--18186549	26	2.8	26	85	4	83	29	18	25	27	1.98
18203014--18203069	28	2.0	28	96	0	103	25	30	14	30	1.95
18205932--18206109	27	6.6	26	82	6	169	26	15	28	28	1.96
18205933--18206088	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
18205929--18206109	82	2.2	81	81	2	211	27	16	28	28	1.97
18206014--18206120	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
18208384--18208603	40	5.6	40	79	5	232	25	26	24	24	2.00
18226361--18226388	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
18228560--18228714	76	2.0	76	96	0	283	44	16	7	31	1.76
18229216--18229333	59	2.0	59	100	0	236	40	25	10	23	1.86
18231867--18231915	17	2.9	16	90	6	71	87	2	10	0	0.62
18231866--18231920	5	9.7	6	79	15	55	83	1	12	1	0.80
18242719--18242916	48	4.1	48	90	2	281	31	24	17	25	1.97
18242688--18242916	96	2.4	96	85	0	314	32	25	16	25	1.96
18242896--18242980	37	2.3	37	87	0	116	28	24	17	29	1.97
18256534--18256706	46	3.7	46	77	14	194	23	21	26	28	1.99
18256531--18256701	93	1.8	93	92	2	290	22	21	27	28	1.99
18258913--18258972	29	2.1	29	81	6	68	43	1	20	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18260909--18260948	20	2.0	20	85	0	53	32	10	12	45	1.75
18262966--18263005	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
18263188--18263249	24	2.7	24	92	7	103	46	6	24	22	1.75
18268342--18268372	13	2.4	13	94	0	53	6	9	41	41	1.63
18270623--18270824	41	5.0	41	93	0	316	30	28	16	24	1.96
18282410--18282567	46	3.3	46	88	3	217	34	14	22	28	1.93
18290697--18290735	19	2.2	18	90	9	62	46	5	15	33	1.68
18294448--18294510	25	2.6	25	97	2	119	34	26	11	26	1.90
18294866--18295012	41	3.6	41	83	6	165	31	28	17	23	1.96
18296445--18296564	24	4.8	25	69	12	79	34	20	26	18	1.96
18296445--18296564	48	2.4	50	81	9	122	34	20	26	18	1.96
18298457--18298567	29	3.8	29	86	1	132	21	26	15	36	1.93
18298457--18298567	58	1.9	59	84	1	152	21	26	15	36	1.93
18301919--18302010	46	2.0	46	95	0	166	28	7	30	33	1.85
18312692--18312912	46	4.8	46	97	0	397	29	28	20	20	1.98
18320258--18320429	46	3.7	46	78	13	208	21	20	28	29	1.98
18320254--18320424	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
18320654--18320691	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18322358--18322451	47	2.0	47	97	0	179	41	6	24	27	1.79
18326869--18326906	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18330834--18330880	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
18332299--18332410	27	4.2	26	80	7	107	15	24	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18332299--18332410	54	2.1	54	84	3	145	15	24	23	37	1.93
18338672--18338731	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
18340161--18340272	27	4.1	27	77	7	102	16	24	21	37	1.94
18340162--18340268	54	2.0	54	85	3	144	17	23	20	38	1.93
18357262--18357306	13	3.5	13	81	0	54	17	33	28	20	1.95
18358938--18359062	29	4.3	29	88	1	180	25	14	30	29	1.95
18364610--18364730	60	2.0	60	93	0	206	19	43	9	28	1.81
18372370--18372411	22	1.9	22	100	0	84	33	23	14	28	1.94
18374389--18374668	96	2.9	96	86	2	357	26	17	29	26	1.97
18374399--18374668	48	5.6	48	78	4	231	27	17	29	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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