genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27248131--27248326	49	4.0	49	99	0	383	34	20	2	42	1.64
27249037--27249873	43	19.6	43	67	9	408	19	22	21	36	1.95
27249188--27249873	87	7.9	87	88	1	970	20	22	21	35	1.96
27249123--27249873	173	4.4	174	90	2	1096	19	22	21	35	1.96
27251354--27251385	4	7.8	4	93	6	55	0	25	0	75	0.81
27255908--27255993	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
27255904--27256002	36	3.0	30	71	26	76	67	1	3	28	1.12
27256497--27256578	30	2.7	30	96	0	155	24	7	52	15	1.68
27256497--27256577	18	5.2	18	60	32	51	24	7	51	16	1.69
27261727--27261894	85	2.0	85	80	2	194	19	39	23	17	1.92
27266160--27266204	23	1.9	24	90	4	74	57	20	4	17	1.56
27273157--27273181	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
27279760--27279800	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
27284100--27284166	28	2.3	29	85	10	93	59	0	7	32	1.25
27284227--27284263	14	2.8	14	84	8	51	43	0	21	35	1.53
27285832--27285875	20	2.2	20	83	0	52	50	6	9	34	1.61
27288358--27288516	27	5.9	27	77	11	157	35	22	22	19	1.96
27288376--27288516	54	2.6	54	87	2	212	36	23	21	18	1.95
27288622--27288684	26	2.3	26	83	5	72	28	9	26	34	1.88
27290080--27290187	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
27294771--27295266	264	1.9	266	83	6	657	29	23	16	29	1.97
27295295--27295387	43	2.1	45	82	7	111	31	22	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27295046--27295432	176	2.2	174	83	1	497	29	23	16	30	1.96
27295300--27295582	147	1.9	146	88	2	424	26	24	16	32	1.96
27295793--27295977	64	2.8	66	86	2	248	37	14	18	29	1.90
27297067--27297111	23	1.9	24	90	4	74	6	13	4	75	1.15
27297090--27297132	13	3.2	13	78	18	52	6	9	2	81	0.95
27304620--27304773	71	2.2	71	96	2	285	43	3	22	29	1.71
27307862--27307886	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
27309875--27309905	14	2.2	14	94	0	53	45	29	0	25	1.54
27314749--27314806	15	3.9	15	79	0	71	10	13	32	43	1.78
27314741--27314807	30	2.2	30	83	0	89	8	16	31	43	1.79
27321805--27322102	35	8.5	35	82	0	283	30	25	14	29	1.95
27321806--27322102	105	2.8	105	80	0	335	30	25	14	29	1.95
27329202--27329271	28	2.5	28	80	0	95	34	10	25	30	1.89
27329642--27329682	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
27332449--27332502	19	2.7	21	78	21	55	46	5	20	27	1.73
27336269--27336316	4	12.0	4	81	0	51	68	4	6	20	1.28
27341682--27341716	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27341878--27341972	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
27341951--27341983	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
27341964--27342006	21	2.0	21	90	0	68	34	34	0	30	1.58
27342688--27342743	21	2.6	21	80	8	60	58	7	3	30	1.42
27342924--27342962	16	2.5	17	88	12	57	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27343895--27343940	24	1.9	24	82	8	58	45	6	6	41	1.56
27343906--27343957	24	2.2	24	82	6	61	48	5	3	42	1.45
27344916--27345059	72	2.0	72	97	0	270	24	25	9	40	1.84
27344944--27345055	35	3.1	35	65	22	88	24	26	9	39	1.86
27350977--27351019	16	2.6	16	82	14	52	58	4	2	34	1.32
27351570--27351645	6	12.7	6	74	14	59	17	2	5	75	1.11
27356385--27356409	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
27359878--27359906	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
27361326--27361354	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
27363568--27363604	4	9.2	4	100	0	74	0	24	0	75	0.80
27366907--27367144	40	5.9	40	98	0	458	22	19	29	28	1.98
27366922--27367170	120	2.1	120	92	0	408	22	20	29	27	1.99
27376520--27376549	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
27380557--27380610	23	2.3	23	96	0	99	46	35	11	7	1.67
27380578--27380712	39	3.5	39	81	4	148	37	29	16	16	1.90
27384788--27384815	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
27390790--27390818	13	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
27390868--27390917	13	3.2	16	75	18	61	52	0	0	48	1.00
27390924--27390979	19	3.2	18	71	19	55	48	0	1	50	1.11
27390930--27390993	34	2.0	34	87	9	98	51	0	3	45	1.17
27391358--27391404	22	2.1	23	88	4	69	46	0	8	44	1.33
27392764--27392812	21	2.3	22	82	3	55	22	0	12	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27395300--27395330	16	1.9	16	100	0	62	64	6	12	16	1.47
27398051--27398094	18	2.4	18	84	3	61	47	13	15	22	1.81
27398538--27398683	72	2.0	72	98	0	283	28	15	23	32	1.95
27403790--27403819	15	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
27404391--27404423	16	2.0	17	88	5	50	48	12	9	30	1.71
27406567--27406618	26	2.1	26	85	7	72	28	3	11	55	1.53
27408746--27408800	16	3.7	15	70	15	51	47	0	1	50	1.11
27408961--27408994	16	2.1	16	89	10	52	55	0	2	41	1.15
27412646--27412695	6	9.2	5	91	4	55	16	0	2	82	0.77
27412653--27412697	6	7.8	6	97	2	76	17	0	0	82	0.68
27420300--27420331	5	6.4	5	96	0	55	56	0	43	0	0.99
27420362--27420407	7	6.6	7	81	18	60	69	2	0	28	1.00
27421122--27421150	12	2.4	12	100	0	58	20	17	48	13	1.81
27427239--27427288	25	2.0	25	100	0	100	20	16	16	48	1.82
27430768--27430853	36	2.5	33	78	12	84	23	13	6	55	1.62
27431243--27431328	15	6.0	14	76	14	61	26	8	0	65	1.21
27431250--27431283	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
27431250--27431308	29	2.0	29	81	12	68	27	8	0	64	1.22
27431260--27431328	20	3.6	20	77	15	74	26	7	0	66	1.17
27431276--27431320	15	2.9	15	90	9	65	26	6	0	66	1.16
27431276--27431330	17	3.4	16	82	14	60	27	7	0	65	1.19
27431260--27431339	20	4.2	20	78	12	62	28	7	0	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27431450--27431511	25	2.5	24	75	17	63	33	9	1	54	1.43
27434172--27434207	18	2.0	18	94	0	63	44	13	22	19	1.86
27434404--27434447	23	2.0	22	82	13	54	31	13	18	36	1.90
27434794--27434851	19	2.9	19	75	14	64	39	8	12	39	1.73
27440628--27440660	12	2.8	12	90	0	57	24	45	18	12	1.83
27446169--27446215	23	2.1	21	81	14	51	42	8	8	40	1.66
27448064--27448179	43	2.7	43	85	5	146	23	13	27	35	1.93
27448054--27448219	43	3.9	43	77	7	142	25	13	27	34	1.93
27452687--27452735	19	2.5	19	77	9	55	40	10	12	36	1.77
27471826--27471862	16	2.3	16	95	0	65	78	8	0	13	0.96
27471824--27471868	15	3.0	14	81	15	54	73	8	0	17	1.08
27471829--27471881	20	2.8	20	78	18	69	75	11	0	13	1.05
27472821--27472847	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
27478048--27478092	17	2.5	18	82	7	56	64	2	6	26	1.30
27481785--27481887	46	2.2	46	96	1	188	27	7	27	37	1.84
27491273--27491335	32	2.0	32	90	6	101	36	12	20	30	1.90
27491351--27491392	21	2.0	22	85	4	59	52	0	4	42	1.22
27491911--27491949	6	6.5	6	100	0	78	35	0	15	48	1.45
27492024--27492092	18	3.9	17	78	17	61	37	1	0	60	1.06
27502806--27502898	46	2.0	46	100	0	186	29	19	12	38	1.89
27507969--27508240	136	2.0	136	100	0	544	37	16	11	35	1.84
27514957--27514991	17	1.9	19	88	11	56	51	0	20	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27515731--27515810	35	2.3	35	89	4	126	35	18	23	22	1.96
27518057--27518130	13	5.7	13	83	0	103	36	29	8	25	1.85
27518677--27518772	41	2.5	37	73	18	95	42	3	16	37	1.64
27519101--27519352	126	2.0	126	90	0	396	29	21	21	27	1.98
27524846--27524874	13	2.2	13	100	0	58	20	13	31	34	1.92
27533245--27533277	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
27534033--27534143	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
27535538--27535566	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
27539035--27539059	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
27543799--27543874	6	12.7	6	74	14	59	75	5	2	17	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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