genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82787043--82787164	44	2.8	44	78	5	122	25	13	26	34	1.93
82788914--82788965	21	2.5	20	76	14	52	36	5	3	53	1.43
82794582--82794622	15	2.7	15	85	10	57	41	4	0	53	1.22
82796482--82796532	22	2.4	22	83	6	61	19	27	39	13	1.90
82801851--82802422	188	3.0	188	97	0	1058	39	8	4	47	1.55
82802538--82802795	41	6.4	40	74	12	177	33	24	19	22	1.97
82802525--82802798	81	3.4	80	78	6	275	32	25	20	21	1.98
82802578--82802795	121	1.8	118	82	8	280	33	23	20	22	1.97
82803059--82803130	19	3.2	23	65	31	64	41	15	0	43	1.46
82803044--82803132	45	2.0	45	100	0	178	40	15	0	43	1.47
82803138--82803187	15	3.1	15	82	8	55	44	0	12	44	1.41
82803141--82803201	18	3.5	18	82	10	74	45	0	9	44	1.37
82803404--82803473	27	2.6	27	83	0	86	15	27	20	37	1.93
82803474--82803536	27	2.4	27	94	2	110	52	0	6	41	1.27
82807594--82807638	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
82808960--82809010	25	2.0	26	84	3	68	50	5	7	35	1.55
82811577--82811601	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
82815921--82815962	21	2.0	21	90	0	66	30	26	16	26	1.97
82818305--82818365	28	2.2	27	85	2	86	27	24	24	22	2.00
82818742--82818815	27	2.7	27	87	4	105	20	17	17	44	1.87
82824548--82824881	27	12.4	26	78	4	227	17	15	19	47	1.82
82824567--82824891	81	4.0	82	77	6	306	18	13	19	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82824547--82824881	54	6.2	53	80	4	323	17	15	19	47	1.82
82837294--82837336	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
82841735--82842045	70	4.5	70	81	5	335	34	21	20	23	1.96
82841981--82842083	41	2.5	42	90	4	165	29	23	24	23	1.99
82843090--82843199	57	1.9	59	81	7	136	44	4	20	30	1.71
82844307--82844759	227	2.0	227	97	0	852	41	14	11	33	1.81
82844837--82844927	41	2.2	42	86	5	132	27	21	24	26	1.99
82846242--82846357	58	2.0	58	81	8	137	47	5	18	29	1.70
82847417--82848555	230	5.0	230	97	1	2068	37	16	12	33	1.86
82850460--82850493	17	2.0	18	88	11	54	41	11	0	47	1.40
82859106--82859521	40	10.4	40	86	2	523	11	13	28	45	1.79
82869666--82869728	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
82881662--82881746	29	3.0	27	72	11	66	32	11	2	52	1.50
82885726--82885818	6	15.7	6	87	6	118	68	11	5	13	1.36
82885732--82885827	47	2.0	48	91	2	158	68	10	8	12	1.39
82885803--82885852	20	2.5	19	78	9	55	76	0	20	4	0.95
82888011--82888693	128	5.3	128	92	1	1066	31	19	23	25	1.98
82888725--82889092	87	4.2	87	99	0	727	29	18	20	31	1.96
82888767--82889099	46	7.6	46	67	14	236	29	18	21	31	1.97
82889071--82889376	44	7.0	44	70	9	194	30	18	22	28	1.97
82889352--82889604	50	5.0	50	72	10	194	32	22	19	24	1.97
82889354--82889624	100	2.7	101	83	4	341	33	22	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82891376--82891461	29	3.0	28	72	14	79	33	10	2	53	1.48
82894543--82894609	22	3.0	22	84	0	89	47	16	20	14	1.82
82895594--82895651	26	2.2	26	78	0	62	31	15	17	36	1.91
82898929--82899012	12	6.9	12	89	4	107	16	27	0	55	1.41
82898929--82899012	18	4.6	18	83	5	107	16	27	0	55	1.41
82902988--82903012	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
82905345--82905369	11	2.3	11	100	0	50	8	72	0	20	1.10
82906543--82906607	29	2.2	29	81	5	78	27	15	15	41	1.87
82907281--82907310	7	4.3	7	91	0	51	43	40	0	16	1.48
82909948--82910460	257	2.0	257	95	0	918	28	18	19	33	1.96
82914629--82914667	14	2.7	14	84	4	51	71	0	25	2	0.98
82915318--82915365	23	2.1	23	96	0	87	33	18	25	22	1.97
82917020--82917091	27	2.7	27	82	2	92	31	16	16	34	1.92
82923461--82923517	27	2.1	28	83	3	71	35	8	1	54	1.42
82924704--82924739	18	2.0	18	94	0	63	63	0	0	36	0.94
82924964--82925023	31	1.9	32	86	10	88	53	10	11	25	1.68
82935834--82935877	19	2.3	19	88	4	70	65	29	0	4	1.12
82935834--82935877	20	2.2	20	92	4	72	65	29	0	4	1.12
82936881--82936912	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
82938706--82938741	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
82947018--82948077	72	14.5	72	90	3	1544	30	16	21	31	1.96
82963167--82963268	41	2.6	41	89	7	149	36	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82973558--82973595	5	7.4	5	96	3	67	78	0	0	21	0.74
82976670--82976706	19	1.9	19	88	0	56	54	16	10	18	1.71
82976688--82976874	95	2.0	93	95	3	340	60	17	7	13	1.55
82977910--82977969	29	2.0	30	90	3	95	50	0	11	38	1.39
82978075--82978099	7	3.6	7	100	0	50	44	12	12	32	1.78
82997116--82997158	19	2.3	19	88	4	61	25	11	13	48	1.77
83001523--83001572	21	2.4	21	89	0	73	34	40	0	26	1.56
83008056--83008111	28	2.0	28	89	6	87	57	7	0	35	1.26
83008144--83008220	27	2.9	27	86	0	91	32	23	28	15	1.95
83008153--83008231	27	2.9	27	88	0	104	31	18	31	17	1.95
83008310--83008376	27	2.5	27	95	0	116	28	23	28	19	1.98
83008163--83008604	147	3.0	147	94	0	785	31	17	23	27	1.97
83008457--83008525	27	2.6	27	95	0	120	30	23	31	14	1.94
83010686--83011293	44	13.8	44	66	15	274	27	23	18	30	1.98
83010562--83011359	132	6.0	132	91	1	1258	27	23	18	30	1.97
83010996--83011341	44	7.9	42	66	16	116	28	23	17	30	1.97
83015346--83015387	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
83017142--83017208	23	2.8	23	75	6	62	58	0	7	34	1.26
83017194--83017237	16	2.7	16	78	3	52	61	0	6	31	1.22
83017954--83017993	15	2.6	15	88	4	53	80	0	7	12	0.91
83017955--83017988	10	3.4	10	92	8	52	82	0	5	11	0.83
83018981--83019041	27	2.3	27	85	0	77	14	29	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83024469--83024542	32	2.3	32	80	0	85	36	9	5	48	1.59
83027363--83027411	25	1.9	26	95	4	91	32	8	0	59	1.27
83028217--83028260	22	2.0	22	82	8	54	27	2	11	59	1.44
83029777--83029807	12	2.6	12	94	0	53	35	3	41	19	1.67
83030172--83030389	71	3.1	70	75	5	222	35	5	13	45	1.66
83033626--83033780	9	17.6	9	72	10	61	49	15	0	34	1.49
83033626--83033753	18	7.3	18	69	15	70	50	15	0	33	1.50
83033626--83033753	53	2.4	52	89	1	184	50	15	0	33	1.50
83035174--83035303	50	2.6	50	93	0	224	23	23	31	20	1.98
83035174--83035361	50	3.7	50	83	2	216	25	21	30	22	1.99
83043964--83044042	41	2.0	40	87	7	115	56	2	2	37	1.26
83061965--83062103	67	2.0	70	91	6	230	44	7	15	33	1.73
83066000--83066103	54	1.9	54	84	3	138	30	27	23	18	1.97
83069418--83069444	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
83071532--83071565	17	1.9	18	88	5	52	47	0	17	35	1.48
83073165--83073197	16	2.0	17	88	5	50	39	21	15	24	1.91
83081198--83081389	106	1.8	106	85	2	269	37	18	14	29	1.90
83082250--83082382	62	2.2	59	84	5	169	52	2	13	31	1.53
83091709--83091754	23	2.0	23	100	0	92	30	4	8	56	1.49
83091711--83091761	23	2.2	23	92	3	84	33	3	11	50	1.57
83106032--83106098	3	22.7	3	87	3	100	67	1	31	0	1.00
83106114--83106161	3	16.0	3	86	0	69	35	0	64	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83106707--83106800	47	2.0	47	95	0	170	46	5	18	29	1.70
83108969--83109025	3	19.0	3	92	0	96	1	29	0	68	1.00
83112696--83112745	20	2.7	18	77	22	59	50	4	2	44	1.32
83114120--83114151	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
83115420--83115450	11	2.8	11	95	0	53	22	0	16	61	1.34
83118564--83118698	40	3.4	40	78	7	159	30	24	18	26	1.98
83119605--83119653	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
83138335--83138364	10	3.0	10	90	0	51	86	0	3	10	0.67
83143204--83143241	20	1.9	20	94	0	67	55	5	23	15	1.61
83145259--83145475	35	6.1	35	66	17	92	70	5	12	10	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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