genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13211141--13211240	45	2.4	42	83	8	114	48	1	5	46	1.31
13226273--13226310	19	2.0	19	100	0	76	73	5	0	21	1.02
13235356--13235393	8	4.8	8	81	12	51	15	2	0	81	0.80
13235354--13235390	15	2.5	15	91	8	58	16	2	0	81	0.81
13243553--13243718	43	3.9	43	75	7	131	33	27	17	22	1.96
13243976--13244023	20	2.4	20	92	0	78	50	8	0	41	1.33
13249364--13249432	35	2.0	35	91	0	111	34	11	13	40	1.80
13249896--13250005	57	1.9	58	84	1	150	29	18	7	45	1.76
13262596--13262787	75	2.6	75	84	3	217	31	20	16	31	1.95
13262872--13262947	35	2.2	35	97	2	145	32	27	7	31	1.85
13266186--13266223	20	1.9	20	100	0	76	26	18	18	36	1.94
13270644--13270687	19	2.3	19	84	4	52	59	2	2	36	1.23
13270849--13270931	41	2.0	41	97	0	157	25	12	13	49	1.76
13271879--13271929	25	2.0	25	96	0	93	33	21	3	41	1.72
13276536--13276573	12	3.0	12	85	14	58	73	2	7	15	1.17
13276539--13276573	14	2.6	13	95	4	61	80	2	5	11	1.00
13285044--13285339	148	2.0	148	89	0	448	36	19	13	30	1.91
13287306--13287458	43	3.5	44	81	3	168	26	16	24	32	1.96
13297384--13297567	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
13297384--13297567	80	2.3	80	86	3	255	25	23	26	25	2.00
13308032--13308178	47	3.1	47	93	2	231	34	7	30	27	1.85
13309960--13310099	39	3.5	40	86	6	189	20	22	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13314039--13314116	18	4.3	18	80	6	86	42	5	38	14	1.67
13314021--13314103	36	2.3	36	83	4	105	42	7	34	15	1.75
13314021--13314116	36	2.7	36	80	3	104	42	6	36	14	1.71
13315931--13316543	48	12.8	48	78	2	620	27	26	17	28	1.98
13315933--13316543	96	6.4	96	90	1	909	27	26	17	28	1.98
13320329--13320445	56	2.1	55	87	1	162	47	17	11	23	1.80
13321696--13321740	13	3.4	13	93	6	81	28	6	22	42	1.79
13321695--13321738	14	3.2	14	93	6	81	31	6	20	40	1.79
13331645--13331686	20	2.1	20	86	8	59	57	4	0	38	1.20
13335280--13335323	10	4.4	10	80	11	54	13	9	4	72	1.24
13335280--13335334	19	2.8	19	89	10	76	14	7	3	74	1.17
13335280--13335343	19	3.2	19	86	10	67	15	9	3	71	1.24
13335668--13335697	15	2.0	15	100	0	60	33	33	20	13	1.91
13337500--13337540	18	2.2	20	79	16	52	48	2	0	48	1.14
13337741--13337791	19	2.9	17	75	13	50	60	1	11	25	1.41
13337856--13337893	19	2.0	19	90	10	60	42	2	0	55	1.14
13337896--13337935	19	2.0	19	85	9	53	55	0	5	40	1.22
13339837--13339871	7	4.9	7	86	6	52	31	0	8	60	1.27
13339845--13339878	15	2.3	15	94	0	59	32	0	5	61	1.20
13339803--13339872	23	3.1	21	78	15	77	30	0	7	62	1.21
13340116--13340154	18	2.0	18	85	14	51	61	0	2	35	1.10
13340155--13340195	20	2.2	20	87	12	61	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13340773--13340823	19	2.6	19	84	9	59	64	3	5	25	1.33
13343189--13343256	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
13343237--13343346	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
13343472--13343513	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
13343481--13343522	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
13343470--13343738	120	2.2	121	93	3	456	49	4	2	42	1.37
13343588--13343633	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
13343588--13343642	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
13343520--13343707	61	3.1	61	68	14	181	48	6	2	42	1.42
13347143--13347177	8	4.4	8	89	10	54	34	0	0	65	0.93
13347144--13347177	17	2.1	16	94	5	59	32	0	0	67	0.91
13365003--13365046	15	2.8	16	86	6	54	70	2	4	22	1.17
13366940--13366973	8	4.5	8	85	14	54	38	0	0	61	0.96
13384547--13384665	58	2.1	58	96	3	222	31	10	8	50	1.66
13384475--13384820	131	2.5	134	87	6	482	32	11	7	49	1.66
13384605--13384820	73	3.0	73	93	0	369	31	12	6	49	1.67
13390664--13390780	44	2.7	44	79	13	118	29	25	18	26	1.98
13400665--13400763	42	2.3	42	82	1	117	31	20	20	28	1.97
13402039--13402193	42	3.7	42	85	3	204	29	25	15	29	1.96
13405601--13405833	27	8.6	27	87	3	297	30	28	15	26	1.96
13405601--13405833	55	4.3	54	87	2	306	30	28	15	26	1.96
13405601--13405832	82	2.8	82	88	3	315	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13415545--13415722	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13415566--13415721	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13416210--13416235	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
13424835--13424895	30	2.0	30	83	0	77	39	9	9	40	1.72
13446695--13446721	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
13448856--13448973	39	3.0	39	94	0	200	23	30	23	22	1.99
13451967--13452151	40	4.6	39	84	5	212	23	21	28	26	1.99
13452020--13452184	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
13455838--13455953	37	3.1	37	90	4	180	26	32	18	22	1.97
13456072--13457140	47	22.7	47	98	0	1971	28	30	9	31	1.89
13467795--13468163	43	8.7	43	77	8	351	26	16	26	30	1.97
13467817--13468152	85	3.9	87	81	9	304	26	16	25	31	1.96
13467796--13468163	128	2.9	126	86	3	472	26	16	26	30	1.97
13469458--13469562	50	2.1	51	94	1	185	32	10	17	40	1.83
13471319--13471522	40	5.1	39	81	5	205	25	21	27	25	1.99
13471319--13471536	79	2.7	78	81	7	235	25	21	27	26	1.99
13479823--13479880	30	1.9	30	82	6	73	31	13	8	46	1.74
13482383--13482508	48	2.6	49	82	2	139	27	13	26	32	1.94
13490469--13490516	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
13490526--13490619	42	2.3	42	83	1	118	34	5	11	48	1.62
13490539--13490622	42	2.0	42	90	0	132	32	9	11	46	1.73
13496671--13496824	77	2.0	77	97	0	290	46	12	24	16	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13502353--13502402	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
13504431--13504464	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
13505100--13505268	84	2.0	84	98	0	329	23	17	13	46	1.83
13505523--13505581	30	2.0	30	82	0	73	40	8	25	25	1.83
13505802--13505848	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
13506196--13506540	50	6.9	50	79	3	388	26	18	25	29	1.98
13506197--13506479	101	2.8	101	96	0	512	26	18	24	30	1.98
13506740--13506770	15	2.1	15	93	0	53	45	0	19	35	1.51
13510115--13510206	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
13510096--13510259	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
13520178--13520225	20	2.3	21	89	3	71	33	10	18	37	1.85
13523131--13523212	29	2.7	30	83	9	105	31	19	23	25	1.98
13530541--13530565	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
13543660--13543710	23	2.2	23	82	6	59	23	3	7	64	1.37
13547889--13547940	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
13548018--13548059	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
13548009--13548050	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
13548185--13548294	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
13548275--13548342	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
13551231--13551262	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
13551902--13551927	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
13553761--13553818	20	2.9	20	78	0	62	32	36	12	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13557764--13557821	20	2.9	20	78	0	71	34	34	12	18	1.88
13561446--13561657	40	5.3	40	89	1	293	27	28	20	23	1.99
13569539--13569723	40	4.7	40	79	10	193	24	27	22	25	2.00
13569539--13569723	79	2.3	81	80	8	209	24	27	22	25	2.00
13576525--13576559	6	5.8	6	93	0	61	51	17	14	17	1.77
13577996--13578035	19	2.1	19	100	0	80	30	12	37	20	1.89
13580133--13580212	32	2.5	32	85	0	106	16	46	21	16	1.84
13591888--13591955	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
13591777--13592104	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	30	1.95
13592057--13592135	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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