genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58610649--58610848	41	4.9	41	91	0	319	29	27	22	20	1.98
58610885--58611019	40	3.4	40	79	4	150	20	20	22	37	1.95
58617166--58617263	27	3.6	27	88	2	126	26	26	7	39	1.82
58618443--58618554	57	2.0	56	80	3	118	25	16	25	33	1.95
58622242--58622490	47	5.4	47	87	3	355	42	14	10	32	1.79
58622242--58622490	92	2.7	91	90	1	381	42	14	10	32	1.79
58622242--58622500	138	1.9	137	91	2	430	42	14	10	32	1.79
58622834--58622863	14	2.1	15	93	6	53	56	20	0	23	1.42
58623516--58623636	43	2.8	43	74	18	117	32	28	17	21	1.96
58632389--58632446	26	2.2	26	87	0	80	25	15	17	41	1.89
58634536--58634617	25	3.3	25	74	3	76	40	21	18	19	1.92
58634535--58634653	25	4.8	24	71	7	69	40	21	19	19	1.92
58641839--58641899	25	2.5	25	78	5	63	40	16	26	16	1.89
58653316--58653349	15	2.1	17	89	10	54	55	5	0	38	1.24
58654936--58654966	11	2.8	11	100	0	62	29	19	29	22	1.98
58654983--58655064	37	2.2	36	87	6	112	30	14	29	25	1.95
58658983--58659507	261	2.0	262	95	0	953	27	16	9	45	1.79
58659510--58659753	106	2.3	104	83	5	296	58	14	2	25	1.47
58659697--58659744	25	1.9	25	83	8	62	60	10	2	27	1.41
58663228--58663461	49	4.6	50	78	10	206	28	18	24	28	1.98
58663223--58663405	57	3.5	50	81	11	208	28	19	24	27	1.98
58663294--58663408	57	2.0	57	100	0	230	29	20	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58668515--58668701	49	3.8	49	85	2	266	26	19	25	28	1.99
58668510--58668697	100	1.9	100	97	0	358	26	20	25	28	1.99
58671444--58671729	27	10.6	27	85	0	383	39	19	8	32	1.83
58671713--58671782	26	2.6	27	79	2	79	42	24	7	25	1.80
58671444--58671837	27	14.6	27	77	8	268	38	21	8	31	1.84
58671824--58671998	27	6.5	27	85	0	206	37	20	19	23	1.94
58671824--58671998	54	3.2	54	85	0	233	37	20	19	23	1.94
58671821--58671998	81	2.2	81	87	0	266	37	19	19	23	1.94
58672418--58672505	6	14.3	6	75	17	83	18	17	17	47	1.83
58672418--58672496	31	2.5	31	91	0	122	17	17	16	48	1.82
58680487--58680670	79	2.3	81	81	11	213	25	27	21	25	2.00
58680487--58680670	40	4.6	41	81	12	190	25	27	21	25	2.00
58697042--58697079	20	1.9	20	84	10	51	36	0	2	60	1.11
58700276--58700347	22	3.3	22	94	3	119	30	33	0	36	1.58
58700381--58700445	30	2.2	30	91	5	105	33	1	0	64	1.03
58702770--58703941	29	41.3	29	93	3	1964	43	27	0	28	1.55
58703788--58703858	23	3.4	18	74	25	52	45	23	0	30	1.54
58703892--58703939	23	2.4	19	83	16	53	43	25	0	31	1.55
58703964--58704088	56	2.2	56	87	2	180	36	13	7	42	1.72
58707450--58707474	8	3.1	8	100	0	50	36	28	0	36	1.58
58707232--58707530	131	2.4	125	89	7	453	31	23	16	29	1.96
58714708--58714751	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58722180--58722253	38	1.9	38	100	0	148	25	16	21	36	1.94
58723003--58723071	11	6.3	11	79	12	79	43	0	36	20	1.52
58722993--58723079	33	2.7	32	81	10	88	43	1	33	21	1.60
58723007--58723079	22	3.3	22	79	11	69	43	0	32	23	1.54
58723002--58723079	11	7.3	10	75	16	52	43	0	33	23	1.54
58726223--58726274	24	2.2	24	89	0	77	50	9	5	34	1.59
58730440--58730491	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
58734852--58734950	22	4.5	22	82	5	101	35	20	26	18	1.95
58734854--58734968	44	2.6	44	79	5	126	36	19	26	18	1.94
58734899--58734968	22	3.2	21	74	8	59	38	18	25	17	1.92
58737180--58737217	20	1.9	20	88	0	58	65	2	0	31	1.06
58739203--58739260	18	3.1	18	80	5	62	51	0	1	46	1.11
58739387--58739432	21	2.2	21	81	14	51	39	4	0	56	1.19
58750538--58750573	18	2.1	16	90	10	54	69	11	0	19	1.18
58759479--58759530	18	2.8	18	82	8	61	50	1	3	44	1.31
58759541--58759588	22	2.3	20	85	7	60	31	4	6	58	1.42
58761692--58761962	91	3.0	91	96	1	490	32	7	24	35	1.84
58763809--58764131	49	6.8	49	92	3	502	29	29	8	33	1.86
58772807--58773210	44	8.9	44	71	10	269	30	20	17	31	1.96
58772822--58773210	89	4.3	89	80	5	392	30	19	17	31	1.95
58772822--58773210	179	2.1	179	82	6	446	30	19	17	31	1.95
58786590--58786621	16	2.0	16	100	0	64	43	12	12	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58786974--58787015	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
58789631--58789703	26	2.8	26	78	0	83	41	31	9	17	1.82
58794323--58794369	14	2.9	16	74	25	53	38	17	21	23	1.93
58798324--58798357	15	2.3	15	100	0	68	32	29	8	29	1.87
58799154--58799225	20	3.6	20	74	7	65	37	19	30	12	1.89
58799594--58799782	40	4.7	40	85	1	227	32	17	31	18	1.94
58799602--58799728	20	6.3	20	69	9	89	30	16	33	18	1.94
58799594--58799782	80	2.4	80	88	1	263	32	17	31	18	1.94
58799626--58799785	40	4.0	40	88	0	230	33	18	30	17	1.94
58810856--58810894	4	9.8	4	100	0	78	25	0	25	48	1.51
58810860--58810906	12	4.0	12	91	2	60	29	0	23	46	1.52
58813768--58813798	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55
58813901--58813969	20	3.4	20	78	9	77	39	2	0	57	1.13
58813937--58813982	20	2.3	20	85	7	58	45	0	0	54	0.99
58813972--58814007	19	1.9	19	94	5	65	38	0	5	55	1.23
58813978--58814047	19	3.6	19	78	14	72	38	0	7	54	1.28
58817252--58817289	5	7.6	5	88	11	60	81	0	0	18	0.69
58818256--58818364	44	2.6	43	78	7	116	30	25	18	25	1.98
58832072--58832122	27	1.9	26	88	4	75	17	0	7	74	1.05
58832089--58832122	17	2.0	17	88	0	50	14	0	5	79	0.91
58834011--58834111	9	11.5	8	73	18	53	63	1	1	32	1.17
58834016--58834046	7	4.3	7	95	4	53	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58834069--58834122	18	3.1	18	79	15	58	66	0	3	29	1.09
58834405--58834436	16	1.9	17	93	6	57	25	3	0	71	1.00
58837836--58837879	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
58837840--58837882	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
58839120--58839254	38	3.4	38	71	15	101	42	1	15	40	1.56
58839414--58840071	343	1.9	343	98	0	1262	30	13	18	37	1.89
58858128--58858165	17	2.2	18	85	4	51	68	5	2	23	1.23
58862046--58862230	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
58862027--58862230	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
58877664--58877724	26	2.4	26	86	8	81	40	16	11	31	1.84
58888355--58888422	34	2.0	34	100	0	136	41	23	17	17	1.90
58895211--58895252	10	3.8	11	80	20	52	54	7	0	38	1.28
58895945--58895999	8	6.9	8	78	13	51	1	12	1	83	0.80
58895949--58896000	17	3.0	17	78	10	52	1	11	3	82	0.88
58899938--58899996	25	2.3	26	80	8	68	32	22	25	20	1.98
58905365--58905431	3	23.0	3	79	11	77	64	1	4	29	1.22
58905385--58905431	17	2.8	17	96	3	87	68	0	0	31	0.90
58905541--58905596	3	19.0	3	87	10	80	67	1	0	30	1.01
58906702--58906735	8	4.1	8	85	7	50	38	0	2	58	1.13
58919268--58919293	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
58922158--58922216	25	2.3	27	79	8	68	66	6	10	16	1.43
58923075--58923237	6	27.2	6	100	0	326	33	0	16	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58933368--58933442	19	3.8	19	87	6	96	36	18	13	32	1.90
58933368--58933422	21	2.7	21	91	5	87	36	18	10	34	1.86
58933815--58934155	44	7.8	44	81	3	391	29	25	14	29	1.95
58933859--58934155	89	3.4	89	89	2	422	29	26	14	29	1.95
58933785--58934154	131	2.8	133	86	1	503	28	26	14	30	1.95
58934158--58935234	88	12.2	88	90	1	1557	23	27	23	25	2.00
58934034--58935234	176	6.8	176	86	2	953	24	26	22	25	2.00
58936830--58936854	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
58942136--58942187	19	2.7	19	100	0	104	36	21	11	30	1.89
58943309--58943343	18	1.9	18	88	0	52	85	5	2	5	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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