genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61339342--61339495	79	1.9	80	84	6	206	25	28	21	24	1.99
61341687--61341746	30	2.0	30	96	0	111	45	11	3	40	1.57
61356428--61356489	27	2.3	27	78	10	72	16	29	19	35	1.93
61360665--61360722	26	2.3	26	82	5	75	56	1	1	39	1.19
61360665--61360723	25	2.4	24	78	13	66	57	1	1	38	1.19
61361418--61361474	30	1.9	30	85	7	80	45	12	8	33	1.72
61369087--61369133	10	4.6	10	77	12	51	59	2	2	36	1.21
61370230--61370367	25	5.5	25	73	16	124	26	15	21	37	1.92
61370227--61370383	50	3.1	50	87	1	217	26	14	22	36	1.92
61370227--61370404	50	3.6	49	84	3	194	26	14	22	37	1.92
61372203--61372248	16	2.8	17	84	12	60	26	0	2	71	0.97
61373369--61373399	5	6.0	5	96	3	53	19	22	0	58	1.40
61374767--61374792	5	5.2	5	100	0	52	76	23	0	0	0.78
61379412--61379470	30	2.0	30	83	12	77	28	16	23	30	1.97
61380573--61380602	13	2.3	13	94	0	51	80	3	6	10	1.01
61383533--61383565	14	2.3	15	89	5	50	39	0	3	57	1.14
61385384--61385540	71	2.2	72	82	3	181	41	23	14	20	1.89
61389341--61389407	19	3.5	20	73	6	66	14	31	19	34	1.92
61389317--61389492	39	4.5	39	80	4	178	15	31	18	34	1.92
61389320--61389492	77	2.2	78	84	3	215	15	30	19	34	1.93
61389589--61389757	39	4.4	39	84	1	205	15	30	20	33	1.94
61389594--61389693	19	5.2	19	69	11	78	15	34	19	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61389589--61389757	77	2.2	78	86	1	232	15	30	20	33	1.94
61389256--61389787	267	2.0	267	93	0	920	20	22	16	40	1.91
61402585--61402643	28	2.1	28	96	0	109	27	16	30	25	1.97
61413464--61413536	38	1.9	38	91	0	119	42	16	12	28	1.84
61415784--61416089	27	11.3	27	83	4	269	18	16	21	42	1.89
61415784--61416089	54	5.7	54	83	3	348	18	16	21	42	1.89
61415784--61416090	81	3.8	80	78	5	330	18	16	21	42	1.88
61419053--61419414	27	13.5	26	77	11	295	20	17	19	42	1.90
61419055--61419414	54	6.7	54	80	3	395	20	18	18	42	1.89
61419054--61419414	81	4.5	81	80	4	381	20	18	19	42	1.90
61419825--61420209	27	14.3	27	85	1	468	17	16	22	43	1.88
61420471--61420572	53	1.9	53	89	2	159	16	17	19	46	1.85
61420471--61420572	27	3.8	26	88	3	150	16	17	19	46	1.85
61420584--61420671	46	1.9	46	80	0	104	31	27	17	23	1.97
61421623--61421711	38	2.3	40	77	14	96	28	13	17	40	1.88
61423013--61423049	17	2.2	17	90	9	58	35	5	8	51	1.55
61428447--61429145	347	2.0	348	96	0	1303	39	18	12	29	1.87
61431495--61431820	26	12.5	26	83	0	391	37	21	15	24	1.93
61438939--61439056	26	4.5	26	92	0	191	34	19	16	28	1.94
61439214--61439269	27	2.1	26	87	9	78	12	23	21	42	1.86
61451935--61452144	107	2.0	107	90	0	330	43	20	14	20	1.87
61472615--61472649	17	2.1	17	88	0	52	31	0	25	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61475320--61475430	54	2.1	54	94	0	195	34	27	10	27	1.90
61476334--61476553	43	5.2	44	74	11	190	31	28	17	22	1.96
61476336--61476554	86	2.6	85	80	5	248	31	28	17	23	1.97
61476436--61476554	40	2.9	40	74	3	112	31	30	15	22	1.95
61477541--61477571	15	2.1	15	100	0	62	25	12	25	35	1.92
61478511--61478560	26	1.9	26	83	0	64	20	18	24	38	1.93
61478520--61478584	26	2.5	26	82	0	76	20	18	21	40	1.92
61478681--61478744	33	1.9	33	83	0	83	23	23	25	28	2.00
61485314--61485443	9	14.6	9	70	7	86	37	1	14	46	1.54
61485287--61485442	36	4.1	36	76	16	145	37	1	14	46	1.52
61485286--61485442	27	5.9	26	72	10	84	37	1	14	47	1.52
61485314--61485424	45	2.5	44	91	1	186	37	1	13	46	1.54
61486775--61486830	27	2.0	28	93	3	96	55	3	1	39	1.28
61489480--61489522	18	2.4	18	88	7	61	46	6	16	30	1.73
61506013--61506072	31	1.9	32	83	10	79	56	5	20	18	1.59
61522721--61522846	66	1.9	66	80	3	146	13	23	18	44	1.85
61531249--61531439	61	3.2	61	71	14	214	42	2	5	50	1.36
61531199--61531520	120	2.7	120	98	0	617	40	1	4	53	1.32
61531420--61531554	18	8.0	17	70	19	95	37	0	3	57	1.22
61531448--61531504	13	4.2	14	75	20	50	36	0	5	57	1.21
61531709--61531800	44	2.0	46	87	4	134	34	30	5	29	1.80
61533089--61533311	72	3.1	71	81	3	205	43	14	6	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61533222--61533410	99	1.9	99	85	2	263	44	12	7	34	1.72
61535561--61535644	37	2.3	37	93	0	141	41	9	33	15	1.79
61543808--61543862	17	3.2	18	79	7	60	58	0	0	41	0.98
61543850--61543879	12	2.5	12	94	0	51	53	0	0	46	1.00
61547106--61547131	12	2.2	12	100	0	52	65	7	26	0	1.20
61550439--61550706	40	6.7	40	96	0	473	29	20	28	22	1.98
61558924--61559147	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
61558885--61559147	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
61558885--61559147	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
61561292--61561316	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
61572421--61572485	25	2.6	25	87	2	87	21	21	16	40	1.92
61575985--61576227	27	9.1	27	87	6	309	19	19	21	39	1.93
61576001--61576227	80	2.8	78	89	4	337	18	19	22	39	1.93
61580950--61581007	29	2.0	29	90	3	91	24	24	15	36	1.94
61582799--61582828	16	1.9	15	93	6	51	26	10	16	46	1.78
61586551--61586699	22	7.0	22	70	9	112	48	20	13	16	1.80
61586489--61586699	42	5.0	42	86	1	244	46	22	14	16	1.83
61586690--61586741	24	2.2	24	82	6	61	44	11	19	25	1.84
61586702--61586757	24	2.3	24	87	0	85	41	12	23	23	1.88
61589706--61589759	25	2.2	25	86	6	74	22	14	42	20	1.88
61604641--61604902	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
61613322--61613364	17	2.5	17	96	0	77	16	27	13	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61616835--61616863	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
61619330--61619682	47	7.4	47	93	1	553	28	30	8	32	1.87
61620583--61620761	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
61624891--61624973	37	2.2	38	84	2	105	40	12	3	43	1.59
61625480--61625600	61	2.0	61	98	0	233	44	18	4	33	1.68
61636745--61636795	25	2.0	25	100	0	102	27	27	11	33	1.92
61640694--61640885	50	3.9	50	77	5	174	28	20	28	23	1.99
61647300--61647490	50	3.8	50	83	2	215	27	23	28	20	1.99
61660771--61660948	40	4.4	40	95	0	320	26	26	20	26	1.99
61669024--61669201	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61669045--61669200	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61672814--61672843	14	2.1	14	100	0	60	20	13	26	40	1.89
61675159--61675299	68	2.1	68	94	0	246	34	12	17	36	1.86
61679803--61679943	68	2.1	68	94	0	246	31	12	18	37	1.87
61681578--61681657	19	4.3	19	75	9	83	40	0	0	60	0.97
61681585--61681652	24	2.8	23	70	23	59	42	0	0	57	0.98
61681601--61681647	13	3.8	13	81	13	55	42	0	0	57	0.98
61681843--61681881	16	2.4	16	95	0	69	20	28	5	46	1.72
61691712--61691897	59	3.1	57	67	16	153	45	2	4	47	1.36
61691759--61691793	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
61691711--61691930	120	1.8	120	94	3	390	45	2	4	47	1.36
61691879--61691913	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61692078--61692168	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
61692149--61692217	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
61692149--61692217	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
61707571--61707621	23	2.2	23	89	0	75	27	31	19	21	1.97
61718520--61718551	14	2.3	14	100	0	64	21	21	28	28	1.99
61723967--61724124	25	6.3	25	73	13	128	25	15	24	34	1.94
61723957--61724052	50	1.9	50	89	0	147	22	18	25	33	1.97
61723969--61724124	75	2.1	75	84	4	199	25	15	25	33	1.95
61739636--61739675	10	3.8	10	84	12	53	60	0	0	40	0.97
61739636--61739668	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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