Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  83  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27893618--27893690
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0
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34
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1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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132
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2.2
22
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5
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
Entropy
(0-2)
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61
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
28083776--28083830
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2
0
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1.15
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352
47
4
2
45
1.37
28085887--28085920
17
2.0
17
94
0
59
50
0
5
44
1.26
28085953--28086147
93
2.1
92
88
4
286
47
4
4
44
1.41
28087548--28087574
11
2.5
11
100
0
54
51
18
7
22
1.70
28094848--28094895
21
2.5
19
75
18
55
27
0
4
68
1.07
28094865--28094918
29
1.9
30
85
11
78
27
1
7
62
1.32
28097017--28097067
23
2.2
23
82
6
59
64
1
5
27
1.27
28097000--28098005
151
6.6
151
89
5
1469
56
9
6
26
1.57
28097000--28098005
309
3.3
302
88
4
1469
56
9
6
26
1.57
28100103--28100242
72
1.9
72
85
0
190
24
23
17
34
1.96
28100738--28100893
63
2.5
63
98
0
303
45
10
3
39
1.58
28104118--28104169
19
2.8
20
80
16
67
17
9
3
69
1.31
28104797--28104908
9
12.4
9
65
16
54
29
7
1
61
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28104790--28104848
18
3.3
17
81
9
64
28
10
0
61
1.29
28104790--28104836
9
5.2
9
80
10
51
27
8
0
63
1.23
28108373--28108410
20
2.0
20
89
5
60
47
0
18
34
1.49
28108496--28108553
30
1.9
30
89
0
89
32
12
25
29
1.92
28108896--28109197
47
6.5
46
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10
256
28
19
28
24
1.98
28108896--28109197
94
3.2
91
79
8
315
28
19
28
24
1.98
28116173--28116226
27
2.0
27
85
0
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9
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1.79
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24
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24
100
0
104
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0
38
1.30
28120572--28120742
48
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48
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1
236
26
17
28
27
1.98
28120561--28120742
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1.9
96
93
0
310
27
17
28
26
1.98
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48
4.7
48
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0
270
25
30
18
26
1.98
28126226--28126451
96
2.3
97
88
0
319
25
30
18
26
1.98
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10
3.9
10
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12
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17
7
2
71
1.21
28130680--28130757
4
19.8
4
73
23
51
19
3
1
75
1.02
28130666--28130757
26
3.6
25
80
10
98
19
3
1
76
0.99
28131811--28131999
96
1.9
98
89
2
292
29
14
23
32
1.94
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9
3.1
9
100
0
56
78
0
21
0
0.75
28132690--28132737
10
4.8
10
80
10
62
20
10
2
66
1.32
28132678--28132724
20
2.4
19
86
10
67
23
10
0
65
1.23
28133461--28133494
17
1.9
18
94
5
61
26
11
5
55
1.58
28144494--28144530
16
2.2
18
85
9
51
37
32
8
21
1.83
28145028--28145052
2
12.5
2
100
0
50
48
52
0
0
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28148418--28148537
58
2.1
58
100
0
240
51
9
11
27
1.68
28168234--28168340
36
2.9
37
78
14
107
40
1
2
55
1.25
28168234--28168327
47
1.9
50
85
6
131
39
2
3
55
1.28
28168234--28168308
11
6.8
11
71
24
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40
1
2
56
1.22
28168291--28168345
20
2.9
19
80
20
62
41
1
3
52
1.29
28173591--28173619
14
2.0
15
93
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51
58
13
6
20
1.58
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26
2.4
25
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7
70
45
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11
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1.76
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28
1.9
28
96
0
99
48
9
16
25
1.76
28187375--28187952
291
2.0
291
88
2
865
29
22
14
33
1.94
28189792--28189998
40
5.2
40
92
0
315
27
26
21
24
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313