genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9901541--9901706	45	3.7	45	76	7	142	30	22	20	27	1.98
9903557--9903603	16	2.8	16	75	18	51	40	4	0	55	1.19
9907802--9907854	19	2.7	20	88	5	81	58	7	0	33	1.26
9909468--9909509	22	1.9	22	90	9	68	19	21	14	45	1.85
9913960--9914014	28	1.9	28	89	10	85	18	45	21	14	1.85
9915168--9915528	49	7.6	48	78	8	228	24	28	18	27	1.98
9915316--9915530	46	4.6	48	81	6	217	24	27	18	29	1.98
9915126--9915530	48	8.6	47	75	10	228	25	28	18	27	1.98
9915316--9915530	94	2.3	94	86	3	290	24	27	18	29	1.98
9915116--9915530	94	4.4	93	76	8	288	25	29	19	26	1.98
9921957--9921985	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
9922019--9922047	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
9922081--9922109	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
9921909--9922132	62	3.6	62	100	0	448	34	6	10	48	1.64
9925281--9925374	49	1.9	49	80	8	111	1	34	2	62	1.14
9929396--9929428	15	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
9934125--9934168	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
9939860--9939905	23	2.0	23	86	0	65	65	0	2	32	1.05
9945456--9945496	22	1.9	21	85	5	55	48	4	31	14	1.65
9951525--9951709	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
9951526--9951709	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	25	2.00
9951578--9951742	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9955615--9955679	26	2.5	26	82	0	76	24	20	13	41	1.88
9969531--9969573	20	2.2	20	82	0	50	69	2	11	16	1.28
9971598--9972443	90	9.4	90	100	0	1692	27	25	19	26	1.99
9974575--9974639	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
9974575--9974643	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
9977665--9978605	150	6.3	150	99	0	1873	29	27	18	24	1.98
9981722--9981774	21	2.5	21	78	0	61	66	1	1	30	1.13
9991884--9991958	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
9991884--9991970	21	4.0	23	79	10	83	37	24	21	16	1.93
9995338--9995399	12	5.2	12	75	14	58	72	0	1	25	0.94
9995346--9995373	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
9995351--9995410	21	2.8	21	85	12	86	73	0	0	26	0.84
9999274--9999304	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
10005111--10005143	16	2.1	16	94	0	57	33	0	21	45	1.52
10005306--10005358	15	3.4	15	80	15	63	52	1	0	45	1.11
10005741--10005800	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
10005924--10005956	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
10007370--10007419	24	2.1	24	92	0	82	36	4	24	36	1.74
10008026--10008097	28	2.5	29	90	2	110	41	22	23	12	1.88
10008001--10008189	79	2.4	79	80	0	209	39	18	26	15	1.91
10010365--10010410	22	2.1	22	91	0	74	47	15	21	15	1.81
10015828--10015856	14	2.1	14	100	0	58	6	31	6	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10035359--10035725	187	2.0	187	93	0	626	35	21	13	30	1.91
10045500--10045543	23	2.0	22	86	4	61	40	15	6	36	1.74
10046222--10046260	19	2.1	19	95	0	69	23	0	23	53	1.46
10046867--10047016	43	3.5	43	72	10	155	26	18	26	28	1.98
10056039--10056089	26	2.0	26	92	0	84	41	13	19	25	1.88
10065453--10065477	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
10066331--10066372	10	4.2	10	85	11	59	38	0	23	38	1.55
10073160--10073209	26	1.9	26	83	0	64	40	22	2	36	1.65
10073292--10073471	46	3.9	46	86	1	234	20	24	14	40	1.90
10073292--10073472	93	1.9	93	87	0	263	20	24	14	40	1.90
10075889--10075932	24	1.9	24	86	9	65	27	18	4	50	1.66
10084333--10084359	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
10089153--10089270	45	2.7	45	77	7	125	22	18	28	30	1.97
10091862--10091912	6	8.5	6	100	0	102	15	0	0	84	0.63
10096300--10096363	28	2.3	28	83	0	74	18	15	37	28	1.92
10096688--10096991	27	11.3	27	85	3	339	36	20	11	31	1.89
10096863--10097008	27	5.4	27	86	3	109	39	19	12	28	1.88
10104538--10104590	18	2.9	18	77	5	61	39	18	1	39	1.62
10109286--10109313	3	9.3	3	100	0	56	0	35	32	32	1.58
10111651--10111726	39	1.9	39	94	0	134	42	14	11	31	1.82
10120193--10120244	24	2.2	24	96	0	95	53	9	5	30	1.57
10120558--10120596	13	2.8	14	84	11	53	35	2	17	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10121247--10121290	21	2.1	21	91	0	70	34	25	13	27	1.93
10121546--10121575	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
10121530--10121605	38	2.0	39	87	10	113	32	0	0	67	0.91
10121544--10121601	10	5.8	9	79	16	53	29	0	0	70	0.87
10125514--10125556	14	3.0	14	78	15	52	72	4	18	4	1.20
10128770--10128823	26	2.1	25	82	3	63	35	7	16	40	1.77
10147717--10147775	26	2.3	26	84	0	73	28	11	13	45	1.79
10148268--10148339	27	2.6	27	91	2	108	31	15	9	43	1.79
10149224--10149248	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
10151100--10151232	67	2.0	67	89	0	203	23	15	30	30	1.95
10154522--10154563	16	2.7	15	85	7	57	71	0	21	7	1.09
10154522--10154560	15	2.5	16	91	4	62	74	0	20	5	1.01
10157563--10157609	19	2.4	19	82	3	58	29	21	19	29	1.97
10164125--10164159	18	2.0	18	88	5	54	0	20	2	77	0.90
10172548--10172674	44	2.9	44	85	5	159	32	30	17	19	1.95
10176806--10176903	51	1.9	53	83	6	130	43	9	19	27	1.81
10176865--10176889	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
10180111--10180273	5	32.6	5	100	0	326	39	0	0	60	0.97
10180282--10180311	14	2.1	14	93	0	51	80	0	10	10	0.92
10185711--10185778	21	3.2	21	75	8	75	20	36	23	19	1.95
10185711--10185799	42	2.1	42	93	0	151	20	35	23	20	1.95
10185730--10185805	21	3.6	21	76	0	71	19	35	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10214936--10215113	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
10214957--10215112	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
10228854--10228878	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
10233100--10233243	43	3.2	43	63	16	112	25	27	20	25	1.99
10233142--10233445	48	6.4	48	70	8	194	25	26	20	26	1.99
10233078--10233289	91	2.3	91	98	0	406	25	28	21	24	1.99
10233262--10233450	96	2.0	97	86	1	263	25	26	19	28	1.98
10237775--10237810	18	2.0	18	100	0	72	22	22	22	33	1.97
10243268--10243415	48	3.1	47	69	7	127	27	23	18	30	1.98
10244498--10244523	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
10245634--10245680	18	2.6	18	82	0	67	48	14	12	23	1.78
10245997--10246314	27	11.8	27	87	1	424	42	18	14	24	1.87
10249475--10249511	17	2.1	18	90	5	58	64	0	0	35	0.94
10263795--10263876	27	3.0	27	83	0	92	36	19	21	21	1.95
10264017--10264392	27	13.9	27	83	2	396	24	20	19	35	1.96
10265914--10266176	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
10265953--10266211	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
10273867--10274129	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
10273906--10274164	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
10277092--10277629	272	2.0	272	94	0	943	36	27	12	23	1.91
10286897--10286955	30	2.0	30	83	6	75	44	8	11	35	1.72
10308195--10308255	26	2.3	26	97	2	113	14	8	34	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10314151--10314194	22	2.0	22	90	0	70	59	2	0	38	1.10
10314151--10314186	12	3.3	11	88	11	56	66	0	0	33	0.92
10314142--10314193	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
10322092--10322148	29	1.9	30	85	3	80	42	24	7	26	1.80
10323407--10323667	48	5.7	48	76	10	267	31	15	22	30	1.95
10323509--10323718	38	5.0	38	69	19	141	29	14	24	31	1.95
10323455--10323626	85	2.0	86	86	1	238	29	15	23	31	1.95
10323381--10323716	133	2.5	133	91	0	555	30	15	23	30	1.95
10329450--10329675	40	5.7	40	90	2	321	23	22	28	25	1.99
10331778--10331969	38	4.6	38	71	21	159	28	16	25	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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